New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1217693 | 92 (0.940) | 5 (0.060) | 5/128 | NT | 5.9% | intergenic (+22/‑415) | USA300HOU_RS06060/USA300HOU_RS06065 | hypothetical protein/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | = 1217729 | 87 (1.110) | intergenic (+58/‑379) | USA300HOU_RS06060/USA300HOU_RS06065 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Only 100 of 126 total aligned reads displayed.
AGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGA > USA300TCH1516_ALE/1217640‑1217818 | aGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACa < 1:2102857‑M2/91‑2 (MQ=255) ggATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACaa > 1:3521761‑M2/1‑89 (MQ=255) gATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACaaa < 1:2795450‑M2/91‑4 (MQ=255) gATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACaaa > 1:821197‑M2/1‑88 (MQ=255) atatatTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACaaac > 1:1371163‑M2/1‑87 (MQ=255) atatTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACaaacac > 1:3016116‑M2/1‑85 (MQ=255) atatTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACaaacac > 1:332543‑M2/1‑85 (MQ=255) tatTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACaaacact > 1:2518565‑M2/1‑84 (MQ=255) atTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACaaacacta < 1:878849‑M2/91‑9 (MQ=255) ttACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACACAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACaaacactat > 1:2060660‑M2/1‑82 (MQ=255) ttACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACaaacactat < 1:1158913‑M2/91‑10 (MQ=255) ttACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACaaacactat < 1:3138382‑M2/91‑10 (MQ=255) ttACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACaaacactat > 1:3819163‑M2/1‑82 (MQ=255) tACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACaaacactata < 1:1773585‑M2/91‑11 (MQ=255) gTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACaaacactatagct < 1:197293‑M2/91‑14 (MQ=255) aCAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTtta > 1:3014853/1‑91 (MQ=255) cAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTttat > 1:1916744/1‑91 (MQ=255) aaGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTttatt > 1:445370/1‑91 (MQ=255) aGAACAAGTTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTttatta < 1:2069576/91‑1 (MQ=255) aGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTttatta > 1:153922/1‑91 (MQ=255) gAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTtattat < 1:876193/91‑1 (MQ=255) cAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATtatata < 1:1365855/91‑1 (MQ=255) tttAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATaaaaa > 1:1811263/1‑91 (MQ=255) tAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAAt < 1:94290/91‑1 (MQ=255) tAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAAt < 1:4001682/91‑1 (MQ=255) tAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAAt < 1:1543922/91‑1 (MQ=255) aaaaaCAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAAtt < 1:4068635/91‑1 (MQ=255) aaaaaCAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAAtt > 1:2269108/1‑91 (MQ=255) aaaaCAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAAttt > 1:1991035/1‑91 (MQ=255) aaaaCAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAAttt < 1:2871275/91‑1 (MQ=255) aaaaCAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAAttt < 1:928083/91‑1 (MQ=255) aaaaCAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCAGCCTAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAAttt < 1:3444499/91‑1 (MQ=255) aaaCAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATtta < 1:3951945/91‑1 (MQ=255) aaCAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATttat < 1:138670/91‑1 (MQ=255) cAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATttatta > 1:2447184/1‑91 (MQ=255) aaaaaaGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAg > 1:1666365/1‑91 (MQ=255) aaaaGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCTAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCg < 1:4139665/91‑1 (MQ=255) aaaaGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAATAATTTATTAGCg < 1:3178190/91‑1 (MQ=255) aaaaGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCg < 1:1932797/91‑1 (MQ=255) aaaGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCgg > 1:633686/1‑91 (MQ=255) aaaGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCgg > 1:2566840/1‑91 (MQ=255) aaGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGa < 1:1998778/91‑1 (MQ=255) aaGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGa < 1:1998684/91‑1 (MQ=255) aaGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGa < 1:1996278/91‑1 (MQ=255) aGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGAt < 1:1279313/91‑1 (MQ=255) gCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACaaacactatagcttttttgtttttaaatttgttcttgtttacg < 1:2419844‑M2/91‑44 (MQ=255) cTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACaaacactatagcttttttgtttttaaatttgttcttgtttacgt < 1:442106‑M2/91‑45 (MQ=255) cTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATaa < 1:2224207/91‑1 (MQ=255) cTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATaa > 1:537935/1‑91 (MQ=255) tataGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAAt > 1:3634767/1‑91 (MQ=255) tataGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAAt < 1:1064241/91‑1 (MQ=255) ataGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACaaacactatagcttttttgtttttaaatttgttcttgtttacgtaa < 1:653444‑M2/91‑47 (MQ=255) taGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACaaacactatagcttttttgtttttaaatttgttcttgtttacgtaat < 1:534435‑M2/91‑48 (MQ=255) taGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTa > 1:1785763/1‑91 (MQ=255) taGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTa > 1:1855914/1‑91 (MQ=255) gtgtTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCTAATATTACAAACACTATAGCTTTTAGTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAAc < 1:3685987/91‑1 (MQ=255) gtgtTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAAc < 1:747196/91‑1 (MQ=255) gtgtTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCCAATATTACAAACACTATAGCTTTTAGTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAAc < 1:3686297/91‑1 (MQ=255) tgtTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACt < 1:736147/91‑1 (MQ=255) tttAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACttt < 1:3030183/91‑1 (MQ=255) tAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACaaacactatagcttttttgtttttaaatttgttcttgtttacgtaatatatcct < 1:731758‑M2/91‑55 (MQ=255) aaTATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTttatt > 1:3113751/1‑91 (MQ=255) aaTATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTttatt > 1:2944061/1‑91 (MQ=255) aaTATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTttatt < 1:3445847/91‑1 (MQ=255) atCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTaaa < 1:2822083/91‑1 (MQ=255) tCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTaaaa > 1:2331480/1‑91 (MQ=255) tCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTaaaa > 1:1819283/1‑91 (MQ=255) aGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATc > 1:3119268/1‑91 (MQ=255) aGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATc > 1:52758/1‑91 (MQ=255) aGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATc > 1:3119380/1‑91 (MQ=255) aGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATc < 1:692066/91‑1 (MQ=255) aGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATc > 1:1811617/1‑91 (MQ=255) aGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATc > 1:3119929/1‑91 (MQ=255) aGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATc > 1:2706054/1‑91 (MQ=255) ggggCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATcc < 1:562153/91‑1 (MQ=255) ggggCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATcc < 1:3240388/91‑1 (MQ=255) ggCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATccaa < 1:344587/91‑1 (MQ=255) ctgctTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATccaacc > 1:1880710/1‑91 (MQ=255) ctgctTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATccaacc > 1:1880504/1‑91 (MQ=255) ctgctTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATccaacc > 1:2160624/1‑91 (MQ=255) gctTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATccaaccaa > 1:3669221/1‑91 (MQ=255) gctTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATccaaccaa > 1:2536485/1‑91 (MQ=255) ttAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAAtt < 1:3786870/91‑1 (MQ=255) tAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAACTCCAACCAATTa < 1:3180549/91‑1 (MQ=255) tAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTa < 1:2098706/91‑1 (MQ=255) tAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTa < 1:1717818/91‑1 (MQ=255) ccGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGa < 1:1676800/91‑1 (MQ=255) ccGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGa > 1:3804971/1‑91 (MQ=255) ccGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGa > 1:1723488/1‑91 (MQ=255) aTCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATAc > 1:1034391/1‑91 (MQ=255) aaTATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTa > 1:121067/1‑91 (MQ=255) aaTATTACAAACACTATAGCTTTTACTATATAAAAAATTTATTAGCGGATACTTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTa > 1:3420709/1‑91 (MQ=255) atatTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTaa < 1:115112/91‑1 (MQ=255) tatTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAAt < 1:3137317/91‑1 (MQ=255) tACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAgg > 1:1488282/1‑91 (MQ=255) aCAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGa < 1:3980008/91‑1 (MQ=255) aCAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGa < 1:3978729/91‑1 (MQ=255) aCAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGa < 1:334892/91‑1 (MQ=255) aCAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGa < 1:257678/91‑1 (MQ=255) aCAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGa > 1:2666627/1‑91 (MQ=255) | AGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGA > USA300TCH1516_ALE/1217640‑1217818 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |