New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1366496 | 118 (1.200) | 8 (0.090) | 6/152 | NT | 6.4% | intergenic (+72/‑85) | rpsN2/guaC | Alternate 30S ribosomal protein S14/GMP reductase |
? | USA300TCH1516_ALE | = 1366530 | 122 (1.310) | intergenic (+106/‑51) | rpsN2/guaC | Alternate 30S ribosomal protein S14/GMP reductase |
Only 100 of 149 total aligned reads displayed.
TAAAAAATCAAGTTGGTAAAATCAAATTTCGTACTTTAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGCATTTAAAAA‑TAATTAGTTTTTAAAGGGGCTATTTAAAGTGAA > USA300TCH1516_ALE/1366406‑1366585 | tAAAAAATCAAGTTGGTAAAATCAAATTTCGTACTTTAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAAC > 1:51216‑M1/1‑91 (MQ=255) aaaaTCAAGTTGGTAAAATCAAATTTCGTACTTTAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGa < 1:3298080/91‑1 (MQ=255) aaaTCAAGTTGGTAAAATCAAATTTCGTACTTTAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGaa > 1:4098962/1‑91 (MQ=255) aaaTCAAGTTGGTAAAATCAAATTTCGTACTTTAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGaa < 1:3025136/91‑1 (MQ=255) aaTCAAGTTGGTAAAATCAAATTTCGTACTTTAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAAt < 1:1066690/91‑1 (MQ=255) aaTCAAGTTGGTAAAATCAAATTTCGTACTTTAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAAt > 1:833150/1‑91 (MQ=255) tCAAGTTGGTAAAATCAAATTTCGTACTTTAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGt < 1:2385746/91‑1 (MQ=255) cAAGTTGGTAAAATCAAATTTCGTACTTTAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGtt < 1:2430387/91‑1 (MQ=255) aGTTGGTAAAATCAAATTTCGTACTTTAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGtttt < 1:753037/91‑1 (MQ=255) aGTTGGTAAAATCAAATTTCGTACTTTAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGtttt > 1:3903497/1‑91 (MQ=255) aGTTGGTAAAATCAAATTTCGTACTTTAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGtttt > 1:3067236/1‑91 (MQ=255) gTTGGTAAAATCAAATTTCGTACTTTAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTtc < 1:2293429/91‑1 (MQ=255) ttGGTAAAATCAAATTTCGTACTTTAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTtct > 1:155388/1‑91 (MQ=255) ggTAAAATCAAATTTCGTACTTTAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATGAACTGAATGTTTTCTCa > 1:3557107/1‑91 (MQ=255) gTAAAATCAAATTTCGTACTTTAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCat < 1:3535070/91‑1 (MQ=255) aaaaTCAAATTTCGTACTTTAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCatat > 1:481289/1‑91 (MQ=255) aaaaTCAAATTTCGTACTTTAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCatat < 1:2983968/91‑1 (MQ=255) aaaaTCAAATTTCGTACTTTAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCatat < 1:2983711/91‑1 (MQ=255) aaaaTCAAATTTCGTACTTTAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTGTTCTCctat > 1:3728305/1‑91 (MQ=255) tCAAATTTCGTACTTTAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATtaat > 1:3612166/1‑91 (MQ=255) aaaTTTCGTACTTTAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATtaataa < 1:1776202/91‑1 (MQ=255) aaTTTCGTACTTTAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAGTAAg > 1:3462213/1‑91 (MQ=255) atgtCGTACTTTAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGGACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAgg < 1:1559069/88‑1 (MQ=255) ttCGTACTTTAGCCCATTTACAATATCAATAACACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGTaa > 1:2731175/1‑91 (MQ=255) ttCGTACTTTAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGaa > 1:2304542/1‑91 (MQ=255) ttCGTACTTTAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGaa > 1:2731201/1‑91 (MQ=255) tcgcaCTTTAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGaaa < 1:606875/87‑1 (MQ=255) tACTTTAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACAt > 1:1006613/1‑91 (MQ=255) aCTTTAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACtgaatgtttccttattaatatgagaaaacatt < 1:3747826‑M1/91‑33 (MQ=255) aCTTTAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACcgaatgtttccttattaatatgagaaaacatt < 1:64877‑M1/91‑33 (MQ=255) aCTTTAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACAtt > 1:2049619/1‑91 (MQ=255) cTTTAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTc < 1:605421/91‑1 (MQ=255) tttAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACtgaatgtttccttattaatatgagaaaacattca < 1:3926829‑M1/91‑35 (MQ=255) ttAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGg < 1:1353450‑M2/91‑2 (MQ=255) tAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACcgaatgtttccttattaatatgagaaaacattcagt < 1:2232514‑M1/91‑37 (MQ=255) cccATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGtttt < 1:987434/91‑1 (MQ=255) ccATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACcgaatgtttccttattaatatgagaaaacattcagtttat < 1:3580384‑M1/91‑41 (MQ=255) ccATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGttttt > 1:1003108/1‑91 (MQ=255) ccATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGttttt > 1:1003087/1‑91 (MQ=255) tttACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATGAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAAt > 1:3853838/1‑91 (MQ=255) cAATATCAATAAAACAATGTACAGTCTATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGc < 1:3866696/91‑1 (MQ=255) cAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGc > 1:3721390/1‑91 (MQ=255) cAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGc > 1:2817807/1‑91 (MQ=255) atatCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGCAt > 1:3681442/1‑91 (MQ=255) tatCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGCAtt > 1:1526315/1‑91 (MQ=255) tatCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGCAtt > 1:2497015/1‑91 (MQ=255) atCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGCAttt < 1:2706214/91‑1 (MQ=255) tCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGCATTTa < 1:952496/91‑1 (MQ=255) aaTAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGCATTTaaa < 1:1983299/91‑1 (MQ=255) aTAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGCATTTaaaa < 1:393735/91‑1 (MQ=255) tAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGCATTTaaaaa > 1:3748014/1‑91 (MQ=255) aaaaCAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGCATTTAAAaa‑t > 1:3062626/1‑91 (MQ=255) aaaaCAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGCATTTAAAaa‑t > 1:3062584/1‑91 (MQ=255) aaaaCAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGCATTTAAAaa‑t > 1:2253460/1‑91 (MQ=255) aaaaCAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGCATTTAAAaa‑t > 1:2254063/1‑91 (MQ=255) aaaCAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGCATTTAAAaa‑ta < 1:2004824/91‑1 (MQ=255) aaaCAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGCATTTAAAaa‑ta < 1:2485348/91‑1 (MQ=255) aaaCAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGCATTTAAAaa‑ta < 1:3384559/91‑1 (MQ=255) aaCAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGCATTTAAAaa‑taa > 1:1177451/1‑91 (MQ=255) aaTGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGCATTTAAAAA‑TAATTa > 1:143820/1‑91 (MQ=255) aTGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGCATTTAAAAA‑TAATTAg > 1:1109091/1‑91 (MQ=255) gTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGCATTTAAAAA‑TAATTAGtt < 1:1068946/91‑1 (MQ=255) 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tataCGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGCATTTAAAAA‑TAATTAGTTTTTAAAgg < 1:3339866/91‑1 (MQ=255) ataCGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGCATTTAAAAA‑TAATTAGTTTTTAAAggg < 1:417122/91‑1 (MQ=255) ataCGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGCATTTAAAAA‑TAATTAGTTTTTAAAggg < 1:3360131/91‑1 (MQ=255) ataCGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGCATTTAAAAA‑TAATTAGTTTTTAAAggg < 1:3359620/91‑1 (MQ=255) ataCGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGCATTTAAAAA‑TAATTAGTTTTTAAAggg < 1:3359485/91‑1 (MQ=255) ataCGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGCATTTAAAAA‑TAATTAGTTTTTAAAggg < 1:2859733/91‑1 (MQ=255) taCGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGCATTTAAAAA‑TAATTAGTTTTTAAAgggg < 1:856969/91‑1 (MQ=255) aCGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGCATTTAAAAA‑TAATTAGTTTTTAAAGGGGc < 1:3817073/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |