New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 1443204 = | 100 (1.020) | 7 (0.110) +CAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATC |
6/100 | NT | 10.1% | coding (224/393 nt) | USA300TCH1516_01342 | hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | 1803072 = | NA (NA) | coding (796/807 nt) | USA300HOU_RS12765 | hypothetical protein |
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
CCCAATTATAATTCTTCATAATTTTCTTATTGGATTTCGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCATATAGCTTGAAGTCACGTTTAAAACTATATCTATCATTACGGTATGCATATCTTTTAAAACCTATTCTTTTGTTATTAGGACATA > USA300TCH1516_ALE/1443115‑1443294 | cccAATTATAATTCTTCATAATTTTCTTATTGGATTTCGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATcaca > 1:1895554/1‑91 (MQ=39) ccAATTATAATTCTTCATAATTTTCTTATTGGATTTCGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACAt < 1:2359210/91‑1 (MQ=38) ccAATTATAATTCTTCATAATTTTCTTATTGGATTTCGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACAt < 1:2357331/91‑1 (MQ=39) ccAATTATAATTCTTCATAATTTTCTTATTGGATTTCGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACAt > 1:752345/1‑91 (MQ=39) ccAATTATAATTCTTCATAATTTTCTTATTGGATTTCGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACAt < 1:2714339/91‑1 (MQ=39) cAATTATAATTCTTCATAATTTTCTTATTGGATTTCGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACAtt > 1:3827355/1‑91 (MQ=39) cAATTATAATTCTTCATAATTTTCTTATTGGATTTCGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACAtt > 1:1463516/1‑91 (MQ=39) cAATTATAATTCTTCATAATTTTCTTATTGGATTTCGAATTTGGCTTCATGCATTGATCTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACAtt > 1:3529447/1‑91 (MQ=255) aaTTATAATTCTTCATAATTTTCTTATTGGATTTCGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTc > 1:2431663/1‑91 (MQ=39) aTTATAATTCTTCATAATTTTCTTATTGGATTTCGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCa < 1:1642605/91‑1 (MQ=39) aTTATAATTCTTCATAATTTTCTTATTGGATTTCGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCa < 1:2553751/91‑1 (MQ=39) tataATTCTTCATAATTTTCTTATTGGATTTCGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCata < 1:2136304/91‑1 (MQ=39) tataATTCTTCATAATTTTCTTATTGGATTTCGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCata < 1:4023763/91‑1 (MQ=39) ataATTCTTCATAATTTTCTTATTGGATTTCGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCatat > 1:1548041/1‑91 (MQ=39) aTTCTTCATAATTTTCTTATTGGATTTCGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCATATAGc > 1:2308560/1‑91 (MQ=40) aTTCTTCATAATTTTCTTATTGGATTTCGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCATATAGc < 1:2053294/91‑1 (MQ=40) ttcttcATAATTTTCTTATTGGATTTCGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATCCATATAGCt > 1:3722763/1‑91 (MQ=255) tcttcATAATTTTCTTATTGGATTTCGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCATATAGCtt < 1:61693/91‑1 (MQ=255) cttcATAATTTTCTTATTGGATTTCGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCATATAGCTTg > 1:910854/1‑91 (MQ=255) cATAATTTTCTTATTGGATTTCGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCATATAGCTTGAAg < 1:477445/91‑1 (MQ=255) aTAATTTTCTTATTGGATTTCGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCATATAGCTTGAAGt > 1:1492029/1‑91 (MQ=255) aTAATTTTCTTATTGGATTTCGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCATATAGCTTGAAGt < 1:3780339/91‑1 (MQ=255) aTAATTTTCTTATTGGATTTCGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCATATAGCTTGAAGt < 1:3609215/91‑1 (MQ=255) tAATTTTCTTATTGGATTTCGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCATATAGCTTGAAGTc < 1:1036688/91‑1 (MQ=255) tAATTTTCTTATTGGATTTCGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCATATAGCTTGAAGTc < 1:951685/91‑1 (MQ=40) aaTTTTCTTATTGGATTTCGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCATATAGCTTGAAGTCa < 1:2109889/91‑1 (MQ=255) ttttCTTATTGGATTTCGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCATATAGCTTGAAGTCACg < 1:2945129/91‑1 (MQ=255) atttctatcaaataattaatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtacagctcgttgCATTCATATAGCTTGAAGTCACGtt < 1:1995070‑M1/25‑1 (MQ=255) atttctatcaaataattaatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtacagctcgttgCATTCATATAGCTTGAAGTCACGtt < 1:3388291‑M1/25‑1 (MQ=255) tatcaaataattaatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtacagctcgttgCATTCATATAGCTTGAAGTCACGTTTaaaa < 1:588703‑M1/30‑1 (MQ=255) aTTGGATTTCGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCATATAGCTTGAAGTCACGTTTaaaa < 1:2504692/91‑1 (MQ=255) aTTGGATTTCGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCATATAGCTTGAAGTCACGTTTaaaa > 1:501288/1‑91 (MQ=255) aTTGGATTTCGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCATATAGCTTGAAGTCACGTTTaaaa > 1:3983764/1‑91 (MQ=255) aTTGGATTTCGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCATATAGCTTGAAGTCACGTTTaaaa > 1:1030503/1‑91 (MQ=255) ttGGATTTCGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCATATAGCTTGAAGTCACGTTTAAAAc < 1:2727413/91‑1 (MQ=255) ttGGATTTCGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCATATAGCTTGAAGTCACGTTTAAAAc < 1:975718/91‑1 (MQ=255) atcaaataattaatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtacagctcgttgCATTCATATAGCTTGAAGTCACGTTTAAAAc < 1:3004690‑M1/31‑1 (MQ=255) caaataattaatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtacagctcgttgCATTCATATAGCTTGAAGTCACGTTTAAaacca < 1:1161468‑M1/33‑3 (MQ=255) gATTTCGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCATATAGCTTGAAGTCACGTTTAAAACtat > 1:3121988/1‑91 (MQ=255) gATTTCGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCATATAGCTTGAAGTCACGTTTAAAACtat > 1:3121795/1‑91 (MQ=255) gATTTCGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCATATAGCTTGAAGTCACGTTTAAAACtat > 1:3121773/1‑91 (MQ=255) aTTTCGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCATATAGCTTGAAGTCACGTTTAAAACtata > 1:2556808/1‑91 (MQ=255) tttCGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCATATAGCTTGAAGTCACGTTTAAAACTatat > 1:1003735/1‑91 (MQ=255) tCGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCATATAGCTTGAAGTCACGTTTAAAACTAtatct < 1:194047/91‑1 (MQ=255) cGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCATATAGCTTGAAGTCACGTTTAAAACTAtatcta < 1:2299676/91‑1 (MQ=255) cGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCATATAGCTTGAAGTCACGTTTAAAACTAtatcta < 1:786406/91‑1 (MQ=255) cGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCATATAGCTTGAAGTCACGTTTAAAACTAtatcta < 1:142853/91‑1 (MQ=255) cGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCATATAGCTTGAAGTCACGTTTAAAACTAtatcta < 1:2021068/91‑1 (MQ=255) gAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCATATAGCTTGAAGTCACGTTTAAAACTAtatctat > 1:3751093/1‑91 (MQ=255) aTTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCATATAGCTTGAAGTCACGTTTAAAACTATATCTATCa > 1:1242251/1‑91 (MQ=255) ggCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCATATAGCTTGAAGTCACGTTTAAAACTATATCTATCATTAc > 1:2952971/1‑91 (MQ=255) gCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCATATAGCTTGAAGTCACGTTTAAAACTATATCTATCATTACg > 1:3417254/1‑91 (MQ=255) ttCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCATATAGCTTGAAGTCACGTTTAAAACTATATCTATCATTACGGt > 1:2550907/1‑91 (MQ=255) ttCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCATATAGCTTGAAGTCACGTTTAAAACTATATCTATCATTACGGt > 1:2550598/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |