| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1443204 = | 100 (1.020) | 7 (0.110) +CAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATC |
6/100 | NT | 10.1% | coding (224/393 nt) | USA300TCH1516_01342 | hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1803072 = | NA (NA) | coding (796/807 nt) | USA300HOU_RS12765 | hypothetical protein | |||||
TTATGTACTTAAGATATAAACGTATCGCTGCTAAATCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGAAATCAGCTTTTTTGATATGTATTTT > USA300TCH1516_ALE/1802982‑1803129 | ttATGTACTTAAGATATAAACGTATCGCTGCTAAATCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTa > 1:2570236/1‑91 (MQ=255)ttATGTACTTAAGATATAAACGTATCGCTGCTAAATCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTa > 1:2570164/1‑91 (MQ=255)ttATGTACTTAAGATATAAACGCATCGCTGCTAAATCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTa > 1:860920/1‑91 (MQ=255) tATGTACTTAAGATATAAACGTATCGCTGCTAAATCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTaa < 1:3911457/91‑1 (MQ=255) aTGTACTTAAGATATAAACGTATCGCTGCTAAATCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTaaa < 1:307401/91‑1 (MQ=255) aTGTACTTAAGATATAAACGTATCGCTGCTAAATCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTaaa > 1:724555/1‑91 (MQ=255) aTGTACTTAAGATATAAACGTATCGCTGCTAAATCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTaaa > 1:724418/1‑91 (MQ=255) aTGTACTTAAGATATAAACGTATCGCTGCTAAATCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTGAGGCAATGTaaa < 1:3202003/91‑1 (MQ=255) gTACTTAAGATATAAACGTATCGCTGCTAAATCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTaaaaa < 1:1553932/91‑1 (MQ=255) gTACTTAAGATATAAACGTATCGCTGCTAAATCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTaaaaa < 1:1553952/91‑1 (MQ=255) atACTTAAGATATAAACGTATCGCTGCTAAATCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTaaaaa > 1:570534/2‑91 (MQ=255) aCTTAAGATATAAACGTATCGCTGCTAAATCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAg < 1:2206413/91‑1 (MQ=255) aCTTAAGATATAAACGTATCGCTGCTAAATCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAg < 1:2206532/91‑1 (MQ=255) aCTTAAGATATAAACGTATCGCTGCTAAATCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAg > 1:3280287/1‑91 (MQ=255) cTTAAGATATAAACGTATCGCTGCTAAATCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAGc < 1:3936756/91‑1 (MQ=255) tAAGATATAAACGTATCGCTGCTAAATCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAGCTg < 1:2411767/91‑1 (MQ=255) tAAGATATAAACGTATCGCTGCTAAATCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAGCTg < 1:1378833/91‑1 (MQ=255) tAAGATATAAACGTATCGCTGCTAAATCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAGCTg < 1:307102/91‑1 (MQ=255) aaGATATAAACGTATCGCTGCTAAATCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAGCTGa < 1:202705/91‑1 (MQ=255) aGATATAAACGTATCGCTGCTAAATCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAGCTGAt > 1:285027/1‑91 (MQ=255) atatAAACGTATCGCTGCTAAATCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAGCTGAttt > 1:1526140/1‑91 (MQ=255) taAACGTATCGCTGCTAAATCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAGCTGATTTCTa < 1:214409/91‑1 (MQ=255) taAACGTATCGCTGCTAAATCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAGCTGATTTCTa < 1:1811115/91‑1 (MQ=255) taAACGTATCGCTGCTAAATCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAGCTGATTTCTa > 1:1435422/1‑91 (MQ=255) taAACGTATCGCTGCTAAATCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAGCTGATTTCTa > 1:636971/1‑91 (MQ=255) taAACGTATCGCTGCTAAATCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAGCTGATTTCTa > 1:577863/1‑91 (MQ=255) aaaTGTATCGCTGCTAAATCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAGCTGATTTCTat < 1:3738677/91‑1 (MQ=255) aaaCGTATCGCTGCTAAATCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGGTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAGGCTGATTTCTat < 1:3132268/91‑1 (MQ=255) cGTATCGCTGCTAAATCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAGCTGATTTCTattaa > 1:2197958/1‑91 (MQ=255) tATCGCTGCTAAATCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAGCTGATTTCTattaatt > 1:239919/1‑91 (MQ=255) tATCGCTGCTAAATCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAGCTGATTTCTattaatt > 1:1121113/1‑91 (MQ=255) tATCGCTGCTAAATCAAATAAATAACAACAAGTTTTAAGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAGCTGATTTCTattaatt > 1:3501437/1‑91 (MQ=255) tCGCTGCTAAATCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAGCTGATTTCTATTAattat > 1:1202036/1‑91 (MQ=255) gctgctAAATCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTAttt > 1:3946256/1‑91 (MQ=255) ctgctAAATCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTg < 1:2643068/91‑1 (MQ=255) gctAAATCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGAt < 1:2874193/91‑1 (MQ=255) gctAAATCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGAt < 1:71380/91‑1 (MQ=255) aaaTCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGa > 1:438033/1‑91 (MQ=255) aaaTCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGa < 1:1128777/91‑1 (MQ=18) aaTCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGaa > 1:2829578/1‑91 (MQ=255) aaTCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGaa < 1:891139/91‑1 (MQ=255) aaTCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGaa > 1:179402/1‑91 (MQ=255) aTCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGaaa < 1:2669114/91‑1 (MQ=255) aTCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGaaa < 1:2669809/91‑1 (MQ=255) aTCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGCACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGaaa < 1:3402783/91‑1 (MQ=255) tCAAATAAATAACTACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTGTTAGGCAATGTAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGAAAt < 1:4151547/91‑1 (MQ=255) tCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGAAAt < 1:616934/91‑1 (MQ=255) tCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGAAAt < 1:616870/91‑1 (MQ=255) tCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAAt < 1:1778091/91‑1 (MQ=18) tCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAAt < 1:1778090/91‑1 (MQ=18) tCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAAt < 1:3620597/91‑1 (MQ=18) cAAATAAATAATAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGAAATc < 1:3766954/91‑1 (MQ=255) aataaataACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAACGTAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGAAATCAg < 1:2546118/91‑1 (MQ=255) ataaataaCAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGAAATCAGc > 1:3381283/1‑91 (MQ=255) ataaataaCAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGAAATCAGc > 1:1278616/1‑91 (MQ=255) taaataaCAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGAAATCAGCt < 1:1120370/91‑1 (MQ=255) taaataaCAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGAAATCAGCt < 1:1119813/91‑1 (MQ=255) taaCAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCttttt < 1:294551/91‑1 (MQ=17) acaacaAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGAAATCAGCTTTTTTg < 1:1652989/91‑1 (MQ=255) acaacaAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGAAATCAGCTTTTTTg < 1:955799/91‑1 (MQ=255) caacaaGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGAAATCAGCTTTTTTGa > 1:544692/1‑91 (MQ=255) aacaaGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGAAATCAGCTTTTTTGat > 1:2706727/1‑91 (MQ=255) acaaGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGAAATCAGCTTTTTTGata > 1:3589138/1‑91 (MQ=40) aaGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGAAATCAGCTTTTTTGATATg < 1:1692818/91‑1 (MQ=38) aGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTTTTTGATAGAAATCAGCTTTTTTGATATGt > 1:3758320/1‑91 (MQ=37) ttttAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGAAATCAGCTTTTTTGATATGTAt > 1:1935186/1‑91 (MQ=34) tttAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGAAATCAGCTTTTTTGATATGTAtt > 1:175971/1‑91 (MQ=33) ttAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGAAATCAGCTTTTTTGATATGTAttt > 1:2906362/1‑91 (MQ=32) ttAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGAAATCAGCTTTTTTGATATGTAttt < 1:2587910/91‑1 (MQ=32) ttAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGAAATCAGCTTTTTTGATATGTAttt < 1:2587371/91‑1 (MQ=32) tAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGAAATCAGCTTTTTTGATATGTAtttt > 1:3937942/1‑91 (MQ=31) | TTATGTACTTAAGATATAAACGTATCGCTGCTAAATCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGAAATCAGCTTTTTTGATATGTATTTT > USA300TCH1516_ALE/1802982‑1803129 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |