| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1660030 | 102 (1.040) | 9 (0.110) | 5/138 | NT | 9.2% | coding (1279/1464 nt) | gluP | Rhomboid protease GluP |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1660054 | 90 (1.060) | coding (1255/1464 nt) | gluP | Rhomboid protease GluP | |||||
Only 100 of 212 total aligned reads displayed.
ATTTTAATGCTTTTTCATCATCATTTAATGAACGATTTGCTATCGCTAACTCAAAATTTAATAAACCTGATTTAGGAAACATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCATACCTTCGGACTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGCATAATT > USA300TCH1516_ALE/1659940‑1660120 | atTTTAATGCTTTTTCATCATCATTTAATGAACGATTTGCTATCGCTAACTCAAAATTTAATAAACCTGATTTAGGAAACATTCTAAGTCC < 1:2436718‑M1/91‑1 (MQ=255) aTGCTTTTTCATCATCATTTAATGAACGATTTGCTATCGCTAACTCAAAATTTAATAAACCTGATTTAGGAAACATTCTAAGTCCTCGCTc > 1:3966191/1‑91 (MQ=255) tGCTTTTTCATCATCATTTAATGAACGATTTGCTATCGCTAACTCAAAATTTAATAAACCTGATTTAGGAAACATTCTAAGTCCTCGCTcc < 1:354594/91‑1 (MQ=255) gCTTTTTCATCATCATTTAATGAACGATTTGCTATCGCTAACTCAAAATTTAATAAACCTGATTTAGGAAACATTCTAAGTCCTCGCTccc < 1:2021421/91‑1 (MQ=255) tttttCATCATCATTTAATGAACGATTTGCTATCGCTAACTCAAAATTTAATAAACCTGATTTAGGAAACATTCTAAGTCCTCGCTCCCAt > 1:3593516/1‑91 (MQ=255) ttttCATCATCATTTAATGAACGATTTGCTATCGCTAACTCAAAATTTAATAAACCTGATTTAGGAAACATTCTAAGTCCTCGCTCCCAtt < 1:1363395/91‑1 (MQ=255) tcttcatcatTTAATGAACGATTTGCTATCGCTAACTCAAAATTTAATAAACCTGATTTAGGAAACATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTg < 1:1342525/88‑1 (MQ=255) tcatcatcaTTTAATGAACGATTTGCTATCGCTAACTCAAAATTTAATAAACCTGATTTAGGAAACATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTg < 1:2343468/91‑1 (MQ=255) tcatcatcaTTTAATGAACGATTTGCTATCGCTAACTCAAAATTTAATAAACCTGATTTAGGAAACATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTg > 1:832448/1‑91 (MQ=255) catcatcatTTAATGAACGATTTGCTATCGCTAACTCAAAATTTAATAAACCTGATTTAGGAAACATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGt < 1:1000818/91‑1 (MQ=255) atcatcatTTAATGAACGATTTGCTATCGCTAACTCAAAATTTAATAAACCTGATTTAGGAAACATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTc < 1:779192/91‑1 (MQ=255) atcatcatTTAATGAACGATTTGCTATCGCTAACTCAAAATTTAATAAACCTGATTTAGGAAACATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTc < 1:1558940/91‑1 (MQ=255) tcatcatTTAATGAACGATTTGCTATCGCTAACTCAAAATTTAATAAACCTGATTTAGGAAACATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCa > 1:2869408/1‑91 (MQ=255) tcatcatTTAATGAACGATTTGCTATCGCTAACTCAAAATTTAATAAACCTGATTTAGGAAACATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCa > 1:1861386/1‑91 (MQ=255) tcatcatTTAATGAACGATTTGCTATCGCTAACTCAAAATTTAATAAACCTGATTTAGGAAACATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCa > 1:1682214/1‑91 (MQ=255) catcatTTAATAAACGATTTGCTATCGCTAACTCAAAATTTAATAAACCTGATTTAGGAAACATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCAt < 1:3764186/91‑1 (MQ=255) atcatTTAATGAACGATTTGCTATCGCTAACTCAAAATTTAATAAACCTGATTTAGGAAACATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCATa > 1:1451584/1‑91 (MQ=255) tcatTTAATGAACGATTTGCTATCGCTAACTCAAAATTTAATAAACCTGATTTAGGAAACATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCATAc < 1:213571/91‑1 (MQ=255) tcatTTAATGAACGATTTGCTATCGCTAACTCAAAATTTAATAAACCTGATTTAGGAAACATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCATAc < 1:213642/91‑1 (MQ=255) aaaaattatgtcgatgatcaaacatattatttaagtggtatgattatggctactatcaATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCATACCt > 1:515479‑M1/59‑91 (MQ=255) aaaattatgccgatgatcaaacatattatttaagtggtatgattatggctactatcaATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCATACCtt > 1:738639‑M1/58‑91 (MQ=255) aaaattatgccgatgatcaaacatattatttaagtggtatgattatggctactatcaATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCATACCtt > 1:738780‑M1/58‑91 (MQ=255) aaaattatgccgatgatcaaacatattatttaagtggtatgattatggctactatcaATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCATACCtt > 1:3840493‑M1/58‑91 (MQ=255) aaattatgccgatgatcaaacatattatttaagtggtatgattatggctactatcaATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCATACCTTc > 1:493484‑M1/57‑91 (MQ=255) tAATGAACGATTTGCTATCGCTAACTCAAAATTTAATAAACCTGATTTAGGAAACATTCTAAGTCCgaaggtatgacagaatgggagcgag < 1:1226277‑M1/91‑26 (MQ=255) aattatgccgatgatcaaacatattatttaagtggtatgattatggctactatcaATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCATACCTTCg > 1:2743933‑M1/56‑91 (MQ=255) aattatgccgatgatcaaacatattatttaagtggtatgattatggctactatcaATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCATACCTTCg > 1:1498782‑M1/56‑91 (MQ=255) aattatgccgatgatcaaacatattatttaagtggtatgattatggctactatcaATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCATACCTTCg > 1:1746127‑M1/56‑91 (MQ=255) aattatgccgatgatcaaacatattatttaagtggtatgattatggctactatcaATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCATACCTTCg > 1:32836‑M1/56‑91 (MQ=255) attatgccgatgatcaaacatattatttaagtggtatgattatggctactatcaATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCATACCTTCgg > 1:2364669‑M1/55‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |