| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1660030 | 102 (1.040) | 9 (0.110) | 5/138 | NT | 9.2% | coding (1279/1464 nt) | gluP | Rhomboid protease GluP |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1660054 | 90 (1.060) | coding (1255/1464 nt) | gluP | Rhomboid protease GluP | |||||
Only 100 of 163 total aligned reads displayed.
TAATGAACGATTTGCTATCGCTAACTCAAAATTTAATAAACCTGATTTAGGAAACATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCATACCTTCGGACTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGCATAATTTTTATTTATTGTCTGCTTCACAAT > USA300TCH1516_ALE/1659965‑1660144 | aattatgccgatgatcaaacatattatttaagtggtatgattatggctactatcaATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCATACCTTCg > 1:2743933‑M1/56‑91 (MQ=255)aattatgccgatgatcaaacatattatttaagtggtatgattatggctactatcaATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCATACCTTCg > 1:32836‑M1/56‑91 (MQ=255)aattatgccgatgatcaaacatattatttaagtggtatgattatggctactatcaATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCATACCTTCg > 1:1498782‑M1/56‑91 (MQ=255) attatgccgatgatcaaacatattatttaagtggtatgattatggctactatcaATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCATACCTTCgg > 1:2364669‑M1/55‑91 (MQ=255) ttatgccgatgatcaaacatattatttaagtggtatgattatggctactatcaATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCATACCTTCGGa > 1:902408‑M1/54‑91 (MQ=255) tGAACGATTTGCTATCGCTAACTCAAAATTTAATAAACCTGATTTAGGAAACATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCATACCTTCggac > 1:25033‑M2/1‑87 (MQ=255) 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taaACCTGATTTAGGAAACATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCATACCTTCGGACTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACtt > 1:1010323/1‑91 (MQ=255) taaACCTGATTTAGGAAACATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCATACCTTCGGACTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACtt < 1:1751481/91‑1 (MQ=255) aaaCCTGATTTAGGAAACATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCATACCTTCGGACTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTa < 1:2057502/91‑1 (MQ=255) tccTGATTTAGGAAACATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCATACCTTCGGACTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTaaa < 1:42217/90‑1 (MQ=255) ccTGATTTAGGAAACATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCATACCTTCGGACTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAaat < 1:859426/91‑1 (MQ=255) ccTGATTTAGGAAACATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCATACCTTCGGACTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAaat < 1:2189142/91‑1 (MQ=255) cTGATTTAGGAAACATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCATACCTTCGGACTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAaata > 1:2220111/1‑91 (MQ=255) cTGATTTAGGAAACATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCATACCTTCGGACTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAaata > 1:2220062/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |