| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1732970 | 94 (0.960) | 12 (0.140) | 7/136 | NT | 11.9% | intergenic (+156/+81) | limB_2/USA300HOU_RS08645 | Limonene 1,2‑monooxygenase/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1733003 | 97 (1.160) | intergenic (+189/+48) | limB_2/USA300HOU_RS08645 | Limonene 1,2‑monooxygenase/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 213 total aligned reads displayed.
TTTGAATGAAAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAATTTATTTCTCT > USA300TCH1516_ALE/1732880‑1733060 | tttGAATGAAAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCC > 1:1809948‑M1/1‑91 (MQ=255) ttGAATGAAAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCt < 1:344530/91‑1 (MQ=255) ttGAATGAAAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCt < 1:518957/91‑1 (MQ=255) ttGAACGAAAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTGGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCt < 1:3856905/91‑1 (MQ=255) tgaatgaaAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCtt > 1:665668/1‑91 (MQ=255) gaatgaaAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTc < 1:880405/91‑1 (MQ=255) atgaaAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCaa < 1:2111706/91‑1 (MQ=255) atgaaAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACGTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCaa < 1:510577/91‑1 (MQ=255) gaaAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACt < 1:2906118/91‑1 (MQ=255) gaaAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACt < 1:1897731/91‑1 (MQ=255) aaaGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACtt > 1:2207437/1‑91 (MQ=255) aaGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACttt < 1:182565/91‑1 (MQ=255) gATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTac < 1:2814097/91‑1 (MQ=255) gATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTac < 1:2743491/91‑1 (MQ=255) 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ttGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAg > 1:765102/1‑91 (MQ=255) ttCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAgtgt > 1:474681/1‑91 (MQ=255) aaTCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTa < 1:528614/91‑1 (MQ=255) aaTCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTa < 1:2284500/91‑1 (MQ=255) aaTCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTa < 1:2284127/91‑1 (MQ=255) agataaagagaaataaatttctttaaattttggatatgcttttcaatatttTGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTAt > 1:1700039‑M1/52‑91 (MQ=255) agataaagagaaataaatttctttaaattttggatatgcttttcaatatttTGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTAt > 1:2713994‑M1/52‑91 (MQ=255) cATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCatcaaataaacacttacacagtgtaaagtt < 1:2617313‑M1/91‑31 (MQ=255) tttatttTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCatcaaataaacacttacacagtgtaaagttga < 1:2018711‑M1/91‑33 (MQ=255) ttatttTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGAt < 1:3715463/91‑1 (MQ=255) ttatttTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACCTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGAt < 1:405402/91‑1 (MQ=255) atttTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCatcaaataaacacttacacagtgtaaagttgaagg < 1:1990287‑M1/91‑36 (MQ=255) atttTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCatcaaataaacacttacacagtgtaaagttgaagg < 1:3139688‑M1/91‑36 (MQ=255) aTTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATgg > 1:179942‑M2/1‑89 (MQ=255) ttttAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATggg < 1:2814698‑M2/91‑4 (MQ=255) agaaataaatttctttaaattttggatatgcttttcaatatttTGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATggg > 1:3234658‑M1/44‑91 (MQ=255) tttAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCatcaaataaacacttacacagtgtaaagttgaagggg < 1:1244859‑M1/91‑38 (MQ=255) aataaatttctttaaattttggatatgcttttcaatatttTGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGgcg > 1:4072260‑M1/41‑91 (MQ=255) aGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGAAAACATGAAAGCCCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATggggcgc < 1:3305583‑M2/91‑8 (MQ=255) gTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCatcaaataaacacttacacagtgtaaagttgaaggggcgct < 1:4136463‑M1/91‑42 (MQ=255) gTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATggggcgct < 1:3432187‑M2/91‑9 (MQ=255) gTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATggggcgct < 1:3781533‑M2/91‑9 (MQ=255) aaTGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATggggcgcttt > 1:3126291‑M2/1‑81 (MQ=255) aaTGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATggggcgcttt > 1:2650591‑M2/1‑81 (MQ=255) gATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCaa > 1:1502398/1‑91 (MQ=255) ttCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCaaaa > 1:266652/1‑91 (MQ=255) cAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAata < 1:2093723/91‑1 (MQ=255) cAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAata < 1:3059935/91‑1 (MQ=255) aaTTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATAtt < 1:2914473/91‑1 (MQ=255) aTTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTg > 1:3033559/1‑91 (MQ=255) tCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGaa < 1:1405175/91‑1 (MQ=255) cTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAg > 1:1854193/1‑91 (MQ=255) 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CCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAATTTATTtctc > 1:1113174‑M1/1‑91 (MQ=255) CCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAATTTATTtctc > 1:884611‑M1/1‑91 (MQ=255) catcaaataaacacttacacagtgtaaagttgaaggggcgctttcatatttgcattagaattttaagtgaatttgaatcattactaaaata > 1:366638‑M1/1‑1 (MQ=255) catcaaataaacacttacacagtgtaaagttgaaggggcgctttcatatttgcattagaattttaagtgaatttgaatcattactaaaata > 1:1721052‑M1/1‑1 (MQ=255) catcaaataaacacttacacagtgtaaagttgaaggggcgctttcatatttgcattagaattttaagtgaatttgaatcattactaaaata > 1:1100665‑M1/1‑1 (MQ=255) CTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAATTTATTTctct < 1:3653437‑M1/91‑1 (MQ=255) | TTTGAATGAAAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAATTTATTTCTCT > USA300TCH1516_ALE/1732880‑1733060 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |