| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1758568 = | 124 (1.260) | 6 (0.070) | 4/140 | NT | 5.6% | intergenic (‑141/+252) | mreC/USA300HOU_RS08780 | Cell shape‑determining protein MreC/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1758603 = | 92 (1.070) | intergenic (‑176/+217) | mreC/USA300HOU_RS08780 | Cell shape‑determining protein MreC/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 162 total aligned reads displayed.
TTACTCCCATTATGAAATAAAGCACTAACTACGAATTACTTTGAAAATGAACAACTCCGTAAAAAATTTGTGGCATTTTAAAAACAAAAAAACTACTAGCAAACATTCCAGTCACTAGTAGTTTAAATAATCGATTTAAATTTTAAAATTATTTGTTTGTATCGTTCGAGGATTCACTGT > USA300TCH1516_ALE/1758479‑1758658 | tattcgcacgttggagacaacttcagaattcgaacagtgaatcctcgaacgatacaaacaaataattttaaaatttaaatcgattatttaa < 1:2575746‑M1/2‑1 (MQ=255) tACTCCCATTATGAAATAAAGCACTAACTACGAATTACTTTGAAAATGAACAACTCCGTAAAAAATTTGTGGCATTTTAAAAACaaaaaaa < 1:3275507/91‑1 (MQ=255) attcgcacgttggagacaacttcagaattcgaacagtgaatcctcgaacgatacaaacaaataattttaaaatttaaatcgattatttaaa < 1:3044278‑M1/3‑1 (MQ=255) attcgcacgttggagacaacttcagaattcgaacagtgaatcctcgaacgatacaaacaaataattttaaaatttaaatcgattatttaaa < 1:2521639‑M1/3‑1 (MQ=255) attcgcacgttggagacaacttcagaattcgaacagtgaatcctcgaacgatacaaacaaataattttaaaatttaaatcgattatttaaa < 1:2218926‑M1/3‑1 (MQ=255) ttcgcacgttggagacaacttcagaattcgaacagtgaatcctcgaacgatacaaacaaataattttaaaatttaaatcgattatttAAac < 1:2514176‑M1/4‑1 (MQ=255) aCTCCCATTATGAAATAAAGCACTAACTACGAATTACTTTGAAAATGAACAACTCCGTAAAAAATTTGTGGCATTTTAAAAACAAAAAAac > 1:3472062/1‑91 (MQ=255) tcgcacgttggagacaacttcagaattcgaacagtgaatcctcgaacgatacaaacaaataattttaaaatttaaatcgattatttAAact < 1:1088105‑M1/5‑1 (MQ=255) tcgcacgttggagacaacttcagaattcgaacagtgaatcctcgaacgatacaaacaaataattttaaaatttaaatcgattatttAAact > 1:827616‑M1/87‑91 (MQ=255) tcgcacgttggagacaacttcagaattcgaacagtgaatcctcgaacgatacaaacaaataattttaaaatttaaatcgattatttAAact > 1:3691735‑M1/87‑91 (MQ=255) tcgcacgttggagacaacttcagaattcgaacagtgaatcctcgaacgatacaaacaaataattttaaaatttaaatcgattatttAAact < 1:3715407‑M1/5‑1 (MQ=255) cTCCCATTATGAAATAAAGCACTAACTACGAATTACTTTGAAAATGAACAACTCCGTAAAAAATTTGTGGCATTTTAAAAACAAAAAAact < 1:3192658/91‑1 (MQ=255) tCCCATTATGAAATAAAGCACTAACTACGAATTACTTTGAAAATGAACAACTCCGTAAAAAATTTGTGGCATTTTAAAAACAAAAAAacta > 1:496804/1‑91 (MQ=255) gcacgttggagacaacttcagaattcgaacagtgaatcctcgaacgatacaaacaaataattttaaaatttaaatcgattatttAAactac < 1:2903103‑M1/7‑1 (MQ=255) gcacgttggagacaacttcagaattcgaacagtgaatcctcgaacgatacaaacaaataattttaaaatttaaatcgattatttAAactac > 1:709104‑M1/85‑91 (MQ=255) gcacgttggagacaacttcagaattcgaacagtgaatcctcgaacgatacaaacaaataattttaaaatttaaatcgattatttAAactac > 1:3248455‑M1/85‑91 (MQ=255) ccATTATGAAATAAAGCACTAACTACGAATTACTTTGAAAATGAACAACTCCGTAAAAAATTTGTGGCATTTTAAAAACAAAAAAactact > 1:1644436/1‑91 (MQ=255) cacgttggagacaacttcagaattcgaacagtgaatcctcgaacgatacaaacaaataattttaaaatttaaatcgattatttAAactact > 1:1801862‑M1/84‑91 (MQ=255) cacgttggagacaacttcagaattcgaacagtgaatcctcgaacgatacaaacaaataattttaaaatttaaatcgattatttAAactact > 1:3339965‑M1/84‑91 (MQ=255) cATTATGAAATAAAGCACTAACTACGAATTACTTTGAAAATGAACAACTCCGTAAAAAATTTGTGGCATTTTAAAAACAAAAAAActacta < 1:3592413/91‑1 (MQ=255) tATGAAATAAAGCACTAACTACGAATTACTTTGAAAATGAACAACTCCGTAAAAAATTTGTGGCATTTTAAAAACAAAAAAACTACTAGCa < 1:3049324/91‑1 (MQ=255) tATGAAATAAAGCACTAACTACGAATTACTTTGAAAATGAACAACTCCGTAAAAAATTTGTGGCATTTTAAAAACAAAAAAACTACTAGCa < 1:1071554/91‑1 (MQ=255) tATGAAATAAAGCACTAACTACGAATTACTTTGAAAATGAACAACTCCGTAAAAAATTTGTGGCATTTTAAAAACAAAAAAACTACTAGCa < 1:3049640/91‑1 (MQ=255) tATGAAATAAAGCACTAACTACGAATTACTTTGAAAATGAACAACTCCGTAAAAAATTTGTGGCATTTTAAAAACAAAAAAACTACTAGCa < 1:233768/91‑1 (MQ=255) aTGAAATAAAGCACTAACTACGAATTACTTTGAAAATGAACAACTCCGTAAAAAATTTGTGGCATTTTAAAAACAAAAAAACTACTAGCaa < 1:779901/91‑1 (MQ=255) gAAATAAAGCACTAACTACGAATTACTTTGAAAATGAACAACTCCGTAAAAAATTTGTGGCATTTTAAAAACAAAAAAACTCCTAGCAAAc < 1:2248962/91‑1 (MQ=255) aaaTAAAGCACTAACTACGAATTACTTTGAAAATGAACAACTCCGTAAAAAATTTGTGGCATTTTAAAAACAAAAAAACTACTAGCAAACa < 1:1632738/91‑1 (MQ=255) aaTAAAGCACTAACTACGAATTACTTTGAAAATGAACAACTCCGTAAAAAATTTGTGGCATTTTAAAAACAAAAAAACTACTAGCAAACAt > 1:3515215/1‑91 (MQ=255) aaTAAAGCACTAACTACGAATTACTTTGAAAATGAACAACTCCGTAAAAAATTTGTGGCATTTTAAAAACAAAAAAACTACTAGCAAACAt > 1:1160634/1‑91 (MQ=255) aaTAAAGCACTAACTACGAATTACTTTGAAAATGAACAACTCCGTAAAAAATTTGTGACATTTTAAAAACAAAAAAACTACTAGCAAACAt > 1:3399287/1‑91 (MQ=255) aTAAAGCACTAACTACGAATTACTTTGAAAATGAACAACTCCGTAAAAAATTTGTGGCATTTTAAAAACAAAAAAACTACTAGCAAACAtt > 1:745725/1‑91 (MQ=255) tAAAGCACTAACTACGAATTACTTTGAAAATGAACAACTCCGTAAAAAATTTGTGGCATTTTAAAAACAAAAAAACTACTAGCAAACATTc > 1:2866267/1‑91 (MQ=255) aaaGCACTAACTACGAATTACTTTGAAAATGAACAACTCCGTAAAAAATTTGTGGCATTTTAAAAACAAAAAAACTACTAGCAAACATTcc < 1:3625811/91‑1 (MQ=255) aaGCACTAACTACGAATTACTTTGAAAATGAACAACTCCGTAAAAAATTTGTGGCATTTTAAAAACAAAAAAACTACTAGCAAACATTCCa > 1:3814749/1‑91 (MQ=255) aGCACTAACTACGAATTACTTTGAAAATGAACAACTCCGTAAAAAATTTGTGGCATTTTAAAAACAAAAAAACTACTAGCAAACATTCCAg < 1:2519396/91‑1 (MQ=255) gCACTAACTACGAATTACTTTGAAAATGAACAACTCCGTAAAAAATTTGTGGCATTTTAAAAACAAAAAAACTACTAGCAAACATTCCAGt > 1:11189/1‑91 (MQ=255) cACTAACTACGAATTACTTTGAAAATGAACAACTCCGTAAAAAATTTGTGGCATTTTAAAAACAAAAAAACTACTAGCAAACATTCCAGTc > 1:847318/1‑91 (MQ=255) actaactaCGAATTACTTTGAAAATGAACAACTCCGTAAAAAATTTGTGGCATTTTAAAAACAAAAAAACTACTAGCAAACATTCCAGTCa > 1:1759358/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |