New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | USA300TCH1516_ALE | 1758568 = | 124 (1.260) | 6 (0.070) | 4/140 | NT | 5.6% | intergenic (‑141/+252) | mreC/USA300HOU_RS08780 | Cell shape‑determining protein MreC/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | 1758603 = | 92 (1.070) | intergenic (‑176/+217) | mreC/USA300HOU_RS08780 | Cell shape‑determining protein MreC/hypothetical protein |
Only 100 of 163 total aligned reads displayed.
ATTACTTTGAAAATGAACAACTCCGTAAAAAATTTGTGGCATTTTAAAAACAAAAAAACTACTAGCAAACATTCCAGTCACTAGTAGTTTAAATAATCGATTTAAATTTTAAAATTATTTGTTTGTATCGTTCGAGGATTCACTGTTCGAATTCTGAAGTTGTCTCCAACGTGCGAATAAG > USA300TCH1516_ALE/1758513‑1758693 | cagtgaatcctcgaacgatacaaacaaataattttaaaatttaaatcgattatttAAACTACTAGCAAACATTCCAGTCACTAGTAGTTTa > 1:1065515‑M1/56‑91 (MQ=255) cagtgaatcctcgaacgatacaaacaaataattttaaaatttaaatcgattatttAAACTACTAGCAAACATTCCAGTCACTAGTAGTTTa > 1:3419130‑M1/56‑91 (MQ=255) aTTACTTTGAAAATGAACAACTCCGTAAAAAATTTGTGGCATTTTAAAAACAAAAAAACTACTAGCAAACATTCCAGTCACTAGTAGTTTa < 1:1707310/91‑1 (MQ=255) aTTACTTTGAAAATGAACAACTCCGTAAAAAATTTGTGGCATTTTAAAAACAAAAAAACTACTAGCAAACATTCCAGTCACTAGTAGTTTa < 1:1707294/91‑1 (MQ=255) ttACTTTGAAAATGAACAACTCCGTAAAAAATTTGTGGCATTTTAAAAACAAAAAAACTACTAGCAAACATTCCAGTCACTAGTAGTTTaa < 1:2511015/91‑1 (MQ=255) cTTTGAAAATGGACAACTCCGTAAAAAATTTGTGGCATTTTAAAAACAAAAAAACTACTAGCAAACATTCCAGTCACTAGTAGTTTAaata > 1:3828021/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |