| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1759680 | 90 (0.920) | 8 (0.100) | 7/132 | NT | 10.5% | intergenic (‑387/+87) | USA300HOU_RS08780/USA300HOU_RS08785 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1759708 | 62 (0.760) | intergenic (‑415/+59) | USA300HOU_RS08780/USA300HOU_RS08785 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 164 total aligned reads displayed.
GTTGCTCGATTTTTTTCAAATAAATAGTGGATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCACGGATACTACTTGATGAACAGATTACTATT > USA300TCH1516_ALE/1759590‑1759768 | gTTGCTCGATTTTTTTCAAATAAATAGTGGATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT > 1:2159326‑M1/1‑91 (MQ=255) tGCTCGATTTTTTTCAAATAAATAGTGGATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑Ac > 1:2272265/1‑91 (MQ=255) tGCTCGATTTTTTTCAAATAAATAGTGGATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑Ac > 1:1744417/1‑91 (MQ=255) gCTCGATTTTTTTCAAATAAATAGTGGATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACt < 1:2832138/91‑1 (MQ=255) cGATTTTTTTCAAATAAATAGTGGGTTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGt > 1:65820/1‑91 (MQ=255) cGATTTTTTTCAAATAAATAGTGGATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGt < 1:205526/91‑1 (MQ=255) cGATTTTTTTCAAATAAATAGTGGATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGt < 1:2401803/91‑1 (MQ=255) gATTTTTTTCAAATAAATAGTGGATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGtt < 1:2535156/91‑1 (MQ=255) aTTTTTTTCAAATAAATAGTGGATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAATTTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGttt < 1:3495640/91‑1 (MQ=255) tttttttCAAATAAATAGTGGATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTa > 1:2721666/1‑91 (MQ=255) ttttttCAAATAAATAGTGGATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAg > 1:547371/1‑91 (MQ=255) tttttCAAATAAATAGTGGATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGa < 1:3188532/91‑1 (MQ=255) tttttCAAATAAATAGTGGATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGa > 1:1928056/1‑91 (MQ=255) tttttCAAATAAATAGTGGATTTTTACCGCACGTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGa < 1:3534374/91‑1 (MQ=255) ttCAAATAAATAGTGGATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAAtt > 1:1285402/1‑91 (MQ=255) ttCAAATAAATAGTGGATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAAtt > 1:357045/1‑91 (MQ=255) ttCAAATAAATAGTGGATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAAtt > 1:356962/1‑91 (MQ=255) ttCAAATAAATAGTGGATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAAtt > 1:324426/1‑91 (MQ=255) tCAAATAAATAGTGGATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAAttt > 1:2480441/1‑91 (MQ=255) tCAAATAAATAGTGGATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAAttt < 1:750784/91‑1 (MQ=255) tCAAATAAATAGTGGATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAAttt > 1:423088/1‑91 (MQ=255) tCAAATAAATAGTGGATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAAttt < 1:749595/91‑1 (MQ=255) tCAAATAAATAGTGGATTTTTACCACACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAAttt < 1:4077128/91‑1 (MQ=255) cAAATAAATAGTGGATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAAtttt < 1:1776363/91‑1 (MQ=255) aaataaatAGTGGATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAAttttt < 1:3127969/91‑1 (MQ=255) aataaataGTGGATTTTTACCGCACTTTCAATTGAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAAtttttt < 1:3397746/91‑1 (MQ=255) aataGTGGATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTggaactagttaaaaaattctaa > 1:3659582‑M1/1‑69 (MQ=255) aataGTGGATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACt < 1:2242578/91‑1 (MQ=255) ataGTGGATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTactagttaaaaaattctaaacta < 1:2989455‑M1/91‑24 (MQ=255) taGTGGATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAg > 1:83359/1‑91 (MQ=255) taGTGGATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAg < 1:1631880/91‑1 (MQ=255) taGTGGATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAg < 1:1631502/91‑1 (MQ=255) taGTGGATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAg < 1:1995632/91‑1 (MQ=255) cgtaagtaatagtaatctgttcatcaagtagtatccgtgcttgaaaacaaactAAAACTCCTAATGTGGAACTAGTTTAGAATTTTTTAAc > 1:2907209‑M1/54‑91 (MQ=255) aGTGGATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGt < 1:3632169/91‑1 (MQ=255) gTGGATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGtt > 1:3755539/1‑91 (MQ=255) tGGATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTc > 1:1849559/1‑91 (MQ=255) tGGATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTc > 1:2998230/1‑91 (MQ=255) tGGATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTc < 1:385996/91‑1 (MQ=255) ggATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTggaactagttaaaaaattctaaactagt < 1:2702621‑M1/91‑29 (MQ=255) ggATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTcc > 1:1511895/1‑91 (MQ=255) agtaatagtaatctgttcatcaagtagtatccgtgcttgaaaacaaactAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTcc > 1:481390‑M1/50‑91 (MQ=255) tttACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCacatt < 1:3920114‑M2/91‑6 (MQ=255) tttACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCacatt > 1:1837471‑M2/1‑86 (MQ=255) tagtaatctgttcatcaagtagtatccgtgcttgaaaacaaactAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACAtt < 1:1233614‑M1/47‑1 (MQ=255) tACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCacattag < 1:533624‑M2/91‑8 (MQ=255) tACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCacattag < 1:534016‑M2/91‑8 (MQ=255) taatctgttcatcaagtagtatccgtgcttgaaaacaaactAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAgg > 1:2018047‑M1/42‑91 (MQ=255) ccGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTggaactagttaaaaaattctaaactagtacattagga < 1:1179500‑M1/91‑38 (MQ=255) ccGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCacattagga < 1:2247411‑M2/91‑10 (MQ=255) gCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCacattaggagt < 1:1723304‑M2/91‑12 (MQ=255) gCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCacattaggagt < 1:1525577‑M2/91‑12 (MQ=255) aCTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCacattaggagttt < 1:3776155‑M2/91‑14 (MQ=255) cTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCacattaggagtttt > 1:228056‑M2/1‑77 (MQ=255) tttCGATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTa < 1:3457802/91‑1 (MQ=255) ttCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAg < 1:2830502/91‑1 (MQ=255) ttCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAg < 1:1486360/91‑1 (MQ=255) ttCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAg < 1:2726682/91‑1 (MQ=255) tCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAgt < 1:1808779/91‑1 (MQ=255) aaTTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAgttt < 1:3320275/91‑1 (MQ=255) ttAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAgtttgtt < 1:3201433/91‑1 (MQ=255) ttAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAgtttgtt < 1:3513143/91‑1 (MQ=255) aCAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTc < 1:766895/91‑1 (MQ=255) aCAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTc > 1:335157/1‑91 (MQ=255) cAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCa > 1:1514902/1‑91 (MQ=255) aaTTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCACg < 1:608382/91‑1 (MQ=255) aTTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCACgg < 1:2771311/91‑1 (MQ=255) tttATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCACGGa < 1:2626135/91‑1 (MQ=255) tATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCACGGAta < 1:1409391/91‑1 (MQ=255) aTTCTGCATAACAATACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTTGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCACGGAtac < 1:3742773/91‑1 (MQ=255) aTTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCACGTAtac > 1:489927/1‑91 (MQ=255) aTTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCACGGAtac > 1:490604/1‑91 (MQ=255) aTTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCACGGAtac < 1:1249285/91‑1 (MQ=255) ttCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCACGGAtact < 1:3103219/91‑1 (MQ=255) cTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCACGGAtactac < 1:620163/91‑1 (MQ=255) tGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCACGGATactact > 1:2027442/1‑91 (MQ=255) gCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCACGGATACTACtt < 1:2045077/91‑1 (MQ=255) tAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCACGGATACTACTtgat < 1:2744865/91‑1 (MQ=255) aaCAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCACGGATACTACTtgatg < 1:1853553/91‑1 (MQ=255) aaaaCTCCTAATGTggaactagttaaaaaattctaaactagtacattaggagttttgttatgcagaataaatttaattgttaaattgaaag > 1:228056‑M1/1‑14 (MQ=255) AAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCACGGATACTACTTGATGAAc > 1:2320663‑M1/1‑91 (MQ=255) aaaCTCCTAATGTggaactagttaaaaaattctaaactagtacattaggagttttgttatgcagaataaatttaattgttaaattgaaagt < 1:3776155‑M1/91‑79 (MQ=255) AAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCACGGATACTACTTGATGAACa < 1:400820‑M1/91‑1 (MQ=255) AACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCACGGATACTACTTGATGAACAg > 1:2591485‑M1/1‑91 (MQ=255) aCTCCTAATGTggaactagttaaaaaattctaaactagtacattaggagttttgttatgcagaataaatttaattgttaaattgaaagtgc < 1:1723304‑M1/91‑81 (MQ=255) ACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCACGGATACTACTTGATGAACAGa < 1:4109572‑M1/91‑1 (MQ=255) ACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCACGGATACTACTTGATGAACAGa < 1:145630‑M1/91‑1 (MQ=255) ACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCACGGATACTACTTGATGAACAGa > 1:749934‑M1/1‑91 (MQ=255) cTCCTAATGTggaactagttaaaaaattctaaactagtacattaggagttttgttatgcagaataaatttaattgttaaattgaaagtgcg < 1:571031‑M1/91‑82 (MQ=255) tCCTAATGTggaactagttaaaaaattctaaactagtacattaggagttttgttatgcagaataaatttaattgttaaattgaaagtgcgg < 1:2247411‑M1/91‑83 (MQ=255) CCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCACGGATACTACTTGATGAACAGatta < 1:211613‑M1/91‑1 (MQ=255) CCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCACGGATACTACTTGATGAACAGatta < 1:3785470‑M1/91‑1 (MQ=255) CCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCACGGATACTACTTGATGAACAGatta < 1:383355‑M1/91‑1 (MQ=255) cTAATGTggaactagttaaaaaattctaaactagtacattaggagttttgttatgcagaataaatttaattgttaaattgaaagtgcggta < 1:534230‑M1/91‑85 (MQ=255) TAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCACGGATACTACTTGATGAACAGattact > 1:761704‑M1/1‑91 (MQ=255) aaTGTggaactagttaaaaaattctaaactagtacattaggagttttgttatgcagaataaatttaattgttaaattgaaagtgcggtaaa > 1:2413438‑M1/1‑5 (MQ=255) aTGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCacattaggagttttgttatgcagaataaatttaattgttaaattgaaagtgcggtaaaa < 1:3077771‑M2/91‑60 (MQ=255) ATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCACGGATACTACTTGATGAACAGattactat > 1:102590‑M1/1‑91 (MQ=255) tGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCacattaggagttttgttatgcagaataaatttaattgttaaattgaaagtgcggtaaaaa < 1:35578‑M2/91‑61 (MQ=255) TGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCACGGATACTACTTGATGAACAGattactatt > 1:573737‑M1/1‑91 (MQ=255) | GTTGCTCGATTTTTTTCAAATAAATAGTGGATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑ACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCACGGATACTACTTGATGAACAGATTACTATT > USA300TCH1516_ALE/1759590‑1759768 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |