New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1759680 | 90 (0.920) | 8 (0.100) | 7/132 | NT | 10.5% | intergenic (‑387/+87) | USA300HOU_RS08780/USA300HOU_RS08785 | hypothetical protein/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | = 1759708 | 62 (0.760) | intergenic (‑415/+59) | USA300HOU_RS08780/USA300HOU_RS08785 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Only 100 of 128 total aligned reads displayed.
GGATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCACGGATACTACTTGATGAACAGATTACTATTACTTACGCCCAAATGCGTTAGATAAAAATC > USA300TCH1516_ALE/1759618‑1759798 | ggATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTcc < 1:2624317/91‑1 (MQ=255) ggATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTcc > 1:1511895/1‑91 (MQ=255) ggATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTcc < 1:2576174/91‑1 (MQ=255) agtaatagtaatctgttcatcaagtagtatccgtgcttgaaaacaaactAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTcc > 1:481390‑M1/50‑91 (MQ=255) atagtaatctgttcatcaagtagtatccgtgcttgaaaacaaactAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACAt > 1:2255385‑M1/46‑91 (MQ=255) tttACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCacatt < 1:3920114‑M2/91‑6 (MQ=255) tttACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCacatt > 1:1837471‑M2/1‑86 (MQ=255) tttACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCacatt > 1:2413438‑M2/1‑86 (MQ=255) tagtaatctgttcatcaagtagtatccgtgcttgaaaacaaactAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACAtt < 1:1233614‑M1/47‑1 (MQ=255) tACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCacattag < 1:533624‑M2/91‑8 (MQ=255) tACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCacattag < 1:534016‑M2/91‑8 (MQ=255) tACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCacattag < 1:534230‑M2/91‑8 (MQ=255) taatctgttcatcaagtagtatccgtgcttgaaaacaaactAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAgg > 1:2018047‑M1/42‑91 (MQ=255) cGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCacattaggag < 1:571031‑M2/91‑11 (MQ=255) 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ttCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAg < 1:2721837/91‑1 (MQ=255) ttCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAg < 1:2830502/91‑1 (MQ=255) tCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAgt < 1:1808779/91‑1 (MQ=255) aaTTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAgttt < 1:3320275/91‑1 (MQ=255) tttAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAgtttgt < 1:2767205/91‑1 (MQ=255) ttAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAgtttgtt < 1:628165/91‑1 (MQ=255) ttAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAgtttgtt < 1:3201433/91‑1 (MQ=255) ttAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAgtttgtt < 1:3513143/91‑1 (MQ=255) aCAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTc < 1:766895/91‑1 (MQ=255) aCAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTc > 1:335157/1‑91 (MQ=255) aCAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTCGTTTTc < 1:3226273/91‑1 (MQ=255) cAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCa > 1:2959510/1‑91 (MQ=255) tAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCa < 1:2824437/91‑1 (MQ=255) tAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCa < 1:1676880/91‑1 (MQ=255) aaaTTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCAc < 1:1922330/91‑1 (MQ=255) aaTTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCACg < 1:608382/91‑1 (MQ=255) aTTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCACgg < 1:2771311/91‑1 (MQ=255) tttATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCACGGa < 1:2626135/91‑1 (MQ=255) ttATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCACGGAt < 1:3410646/91‑1 (MQ=255) ttATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCACGGAt < 1:2276491/91‑1 (MQ=255) tATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCACGGAta < 1:1409391/91‑1 (MQ=255) aTTCTGCATAACAATACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTTGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCACGGAtac < 1:3742773/91‑1 (MQ=255) aTTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCACGTAtac > 1:489927/1‑91 (MQ=255) aTTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCACGGAtac < 1:1249285/91‑1 (MQ=255) 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ACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCACGGATACTACTTGATGAACAGa < 1:3559130‑M1/91‑1 (MQ=255) ACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCACGGATACTACTTGATGAACAGa < 1:145630‑M1/91‑1 (MQ=255) ACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCACGGATACTACTTGATGAACAGa < 1:4109572‑M1/91‑1 (MQ=255) tCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCacattaggagttttgttatgcagaataaatttaattgttaaattgaaagtgcgg < 1:1179500‑M2/91‑55 (MQ=255) CCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCACGGATACTACTTGATGAACAGatta < 1:3785495‑M1/91‑1 (MQ=255) CCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCACGGATACTACTTGATGAACAGatta < 1:2242797‑M1/91‑1 (MQ=255) CCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCACGGATACTACTTGATGAACAGatta < 1:7753‑M1/91‑1 (MQ=255) CCTAATGTACTAGTTTAGAATTTTTTAACTAGTTCCACATTAGGAGTTTTAGTTTGTTTTCAAGCACGGATACTACTTGATGAACAGatta < 1:211613‑M1/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |