| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2023587 = | 93 (0.950) | 8 (0.090) | 6/148 | NT | 9.1% | coding (200/207 nt) | USA300HOU_RS10200 | hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2023639 = | 73 (0.800) | coding (148/207 nt) | USA300HOU_RS10200 | hypothetical protein | |||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
TGGTTGAACATTCATACCAACCTTAACTAATAGTTCAGCGTATTGTTGTAACTTTTCTTTGTAATTAGTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGCGTCAGCAATAGCTGTCACTTCACTTGGCGACAATCTTTCTCTTGATTGAACAAAATCATATATATCTGTT > USA300TCH1516_ALE/2023497‑2023676 | tGGTTGAACATTCATACCAACCTTAACTAATAGTTCAGCGTATTGTTGTAACTTTTCTTTGTAATTAGTCAAAATTCCCACTCCTATTCgt < 1:3668246/91‑1 (MQ=255) tcaaggattattagatcctgaaaaatataaaaatgcaaatgaagaagaattaacagatatatatgattttgttcaatcaagagaaagatTg > 1:389626‑M1/90‑91 (MQ=255) tcaaggattattagatcctgaaaaatataaaaatgcaaatgaagaagaattaacagatatatatgattttgttcaatcaagagaaagatTg > 1:2967830‑M1/90‑91 (MQ=255) ggTTGAACATTCATACCAACCTTAACTAATAGTTCAGCGTATTGTTGTAACTTTTCTTTGTAATTAGTCAAAATTCCCACTCCTATTCgtg < 1:1780331/91‑1 (MQ=255) gTTGAACATTCATACCAACCTTAACTAATAGTTCAGCGTATTGTTGTAACTTTTCTTTGTAATTAGTCAAAATTCCCACTCCTATTCgtgt > 1:1008327/1‑91 (MQ=255) gTTGAACATTCATACCAACCTTAACTAATAGTTCAGCGTATTGTTGTAACTTTTCTTTGTAATTAGTCAAAATTCCCACTCCTATTCgtgt < 1:2934457/91‑1 (MQ=255) ttGAACATTCATACCAACCTTAACTAATAGTTCAGCGTATTGTTGTAACTTTTCTTTGTAATTAGTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTc < 1:103477/91‑1 (MQ=255) aaggattattagatcctgaaaaatataaaaatgcaaatgaagaagaattaacagatatatatgattttgttcaatcaagagaaagatTGTc < 1:3141142‑M1/4‑1 (MQ=255) gAACATTCATACCAACCTTAACTAATAGTTCAGCGTATTGTTGTAACTTTTCTTTGTAATTAGTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTCGc < 1:2546035/91‑1 (MQ=255) gAACATTCATACCAACCTTAACTAATAGTTCAGCGTATTGTTGTAACTTTTCTTTGTAATTAGTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTCGc > 1:3508520/1‑91 (MQ=255) cATTCATACCAACCTTAACTAATAGTTCAGCGTATTGTTGTAACTTTTCTTTGTAATTAGTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTCGC‑AAt < 1:110446/91‑1 (MQ=255) ttCATACCAACCTTAACTAATAGTTCAGCGTATTGTTGTAACTTTTCTTTGTAATTAGTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTCGC‑AATTg < 1:234382/91‑1 (MQ=255) ttCATACCAACCTTAACTAATAGTTCAGCGTATTGTTGTAACTTTTCTTTGTAATTAGTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTCGC‑AATTg < 1:3907845/91‑1 (MQ=255) ttCATACCAACCTTAACTAATAGTTCAGCGTATTGTTGTAACTTTTCTTTGTAATTAGTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTCGC‑AATTg < 1:3908127/91‑1 (MQ=255) cATACCAACCTTAACTAATAGTTCAGCGTATTGTTGTAACTTTTCTTTGTAATTAGTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTCGC‑AATTGTc > 1:2721717/1‑91 (MQ=255) tACCAACCTTAACTAATAGTTCAGCGTATTGTTGTAACTTTTCTTTGTAATTAGTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTCGC‑AATTGTCCt < 1:2363973/91‑1 (MQ=255) tACCAACCTTAACTAATAGTTCAGCGTATTGTTGTAACTTTTCTTTGTAATTAGTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTCGC‑AATTGTCCt > 1:742331/1‑91 (MQ=255) aCCAACCTTAACTAATAGTTCAGCGTATTGTTGTAACTTTTCTTTGTAATTAGTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTTTCGC‑AATTGTCCTa > 1:2760685/1‑91 (MQ=255) cAACCTTAACTAATAGTTCAGCGTATTGTTGTAACTTTTCTTTGTAATTAGTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTCGC‑AATTGTCCTaaa < 1:245438/91‑1 (MQ=255) aaCCTTAACTAATAGTTCAGCGTATTGTTGTAACTTTTCTTTGTAATTAGTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTCGC‑AATTGTCCTAAAg > 1:1509810/1‑91 (MQ=255) aCCTTAACTAATAGTTCAGCGTATTGTTGTAACTTTTCTTTGTAATTAGTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGc > 1:2502844/1‑91 (MQ=255) ccTTAACTAATAGTTCAGCGTATTGTTGTAACTTTTCTTTGTAATTAGTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGCg > 1:520643/1‑91 (MQ=255) ccTTAACTAATAGTTCAGCGTATTGTTGTAACTTTTCTTTGTAATTAGTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGCg < 1:1833367/91‑1 (MQ=255) ccTTAACTAATAGTTCAGCGTATTGTTGTAACTTTTCTTTGTAATTAGTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGCg < 1:2239706/91‑1 (MQ=255) ttAACTAATAGTTCAGCGTATTGTTGTAACTTTTCTTTGTAATTAGTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGCGTc > 1:2438204/1‑91 (MQ=255) ttAACTAATAGTTCAGCGTATTGTTGTAACTTTTCTTTGTAATTAGTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGCGTc > 1:930797/1‑91 (MQ=255) tAACTAATAGTTCAGCGTATTGTTGTAACTTTTCTTTGTAATTAGTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGCGTCa < 1:1429932/91‑1 (MQ=255) aaCTAATAGTTCCGCGTATTGTTGTAACTTTTCTTTGTAATTAGTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGCGTCAg > 1:3204786/1‑91 (MQ=255) aaCTAATAGTTCAGCGTATTGTTGTAACTTTTCTTTGTAATTAGTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGCGTCAg > 1:3426463/1‑91 (MQ=255) aaCTAATAGTTCAGCGTATTGTTGTAACTTTTCTTTGTAATTAGTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGCGTCAg > 1:2547528/1‑91 (MQ=255) aaCTAATAGTTCAGCGTATTGTTGTAACTTTTCTTTGTAATTAGTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGCGTCAg > 1:1041414/1‑91 (MQ=255) aCTAATAGTTCAGCGTATTGTTGTAACTTTTCTTTGTAATTAGTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGCGTCAGc < 1:2480353/91‑1 (MQ=255) aCTAATAGTTCAGCGTATTGTTGTAACTTTTCTTTGTAATTAGTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGCGTCAGc < 1:2284642/91‑1 (MQ=255) cTAATAGTTCAGCGTATTGTTGTAACTTTTCTTTGTAATTAGTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGCGTCAGCa > 1:2515182/1‑91 (MQ=255) tAGTTCAGCGTATTGTTGTAACTTTTCTTTGTACTTAGTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGCGTCAGCAATAg < 1:3681018/91‑1 (MQ=255) aGTTCAGCGTATTGTTGTAACTTTTCTTTGTAATTAGTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGCGTCAGCAATAGc < 1:1095162/91‑1 (MQ=255) ttCAGCGTATTGTTGTAACTTTTCTTTGTAATTAGTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGCGTCAGCAATAGCTg > 1:3635860/1‑91 (MQ=255) ttCAGCGTATTGTTGTAACTTTTCTTTGTAATTAGTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGCGTCAGCAATAGCTg > 1:814191/1‑91 (MQ=255) cAGCGTATTGTTGTAACTTTTCTTTGTAATTAGTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTCGC‑CATTGTCCTACAGCGTCAGCAATAGCTGtc > 1:164671/1‑91 (MQ=255) aGCGTATTGTTGTAACTTTTCTTTGTAATTAGTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGCGTCAGCAATAGCTGtca > 1:1005683/1‑91 (MQ=255) gCGTATTGTTGTAACTTTTCTTTGTAATTAGTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGCGTCAGCAATAGCTGtcac > 1:2694631/1‑91 (MQ=255) gCGTATTGTTGTAACTTTTCTTTGTAATTAGTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGCGTCAGCAATAGCTGtcac > 1:669904/1‑91 (MQ=255) gCGTATTGTTGTAACTTTTCTTTGTAATTAGTCAAAATTCCCACGCCTATGCGTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGCGTCAGCAATAGCTGtcac < 1:1773908/91‑1 (MQ=255) cGTATTGTTGTAACTTTTCTTTGTAATTAGTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGCGTCAGCAATAGCTGtcact > 1:2400064/1‑91 (MQ=255) cGTATTGTTGTAACTTTTCTTTGTAATTAGTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGCGTCAGCAATAGCTGtcact > 1:2400076/1‑91 (MQ=255) cGTATTGTTGTAACTTTTCTTTGTAATTAGTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGCGTCAGCAATAGCTGtcact > 1:2400103/1‑91 (MQ=255) cGTATTGTTGTAACTTTTCTTTGTAATTAGTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGCGTCAGCAATAGCTGtcact < 1:1506907/91‑1 (MQ=255) tgaagaagaattaacagatatatatgattttgttcaatcaagagaaagatTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGCGTCAGCAATAGCTGtcacttc > 1:1222973‑M1/51‑91 (MQ=255) tATTGTTGTAACTTTTCTTTGTAATTAGTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGCGTCAGCAATAGCTGtcacttc < 1:2031146/91‑1 (MQ=255) tATTGTTGTAACTTTTCTTTGTAATTAGTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGCGTCAGCAATAGCTGtcacttc > 1:1193996/1‑91 (MQ=255) tATTGTTGTAACTTTTCTTTGTAATTAGTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGCGTCAGCAATAGCTGtcacttc > 1:1197038/1‑91 (MQ=255) ttgttgTAACTTTTCTTTGTAATTAGTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGCGTCAGCAATAGCTGtcacttcac > 1:2181038/1‑91 (MQ=255) gttgtAACTTTTCTTTGTAATTAGTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGCGTCAGCAATAGCTGTcacttcactt < 1:640027/91‑1 (MQ=255) gttgtAACTTTTCTTTGTAATTAGTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGCGTCAGCAATAGCTGTcacttcactt < 1:303448/91‑1 (MQ=255) ttgtAACTTTTCTTTGTAATTAGTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGCGTCAGCAATAGCTGTCACTTCACTTg > 1:2039493/1‑91 (MQ=255) ttgtAACTTTTCTTTGTAATTAGTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGCGTCAGCAATAGCTGTCACTTCACTTg < 1:1297011/91‑1 (MQ=255) gtAACTTTTCTTTGTAATTAGTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGCGTCAGCAATAGCTGTCACTTCACTTGGc > 1:3096664/1‑91 (MQ=255) tAACTTTTCTTTGTAATTAGTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGCGTCAGCAATAGCTGTCACTTCACTTGGCg < 1:3582104/91‑1 (MQ=255) tAACTTTTCTTTGTAATTAGTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGCGTCAGCAATAGCTGTCACTTCACTTGGCg < 1:2728658/91‑1 (MQ=255) aattaacagatatatatgattttgttcaatcaagagaaagatTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGCGTCAGCAATAGCTGTCACTTCACTTGGCg > 1:2704623‑M1/43‑91 (MQ=255) aattaacagatatatatgattttgtgcaatcaagagaaagatTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGCGTCAGCAATAGCTGTCACTTCACTTGGCg > 1:3864911‑M1/43‑91 (MQ=255) ttaacagatatatatgattttgttcaatcaagagaaagatTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGCGTCAGCAATAGCTGTCACTTCACTTGGCGAc > 1:2830794‑M1/41‑91 (MQ=255) aCTTTTCTTTGTAATTAGTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGCGTCAGCAATAGCTGTCACTTCACTTGGCGAc < 1:2658348/91‑1 (MQ=255) aCTTTTCTTTGTAATTAGTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGCGTCAGCAATAGCTGTCACTTCACTTGGCGAc < 1:2428772/91‑1 (MQ=255) aCTTTTCTTTGTAATTAGTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGCGTCAGCAATAGCTGTCACTTCACTTGGCGAc > 1:2346024/1‑91 (MQ=255) ttttCTTTGTAATTAGTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGCGTCAGCAATAGCTGTCACTTCACTTGGCGACaa > 1:375204/1‑91 (MQ=255) aacagatatatatgattttgttcaatcaagagaaagatTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGCGTCAGCAATAGCTGTCACTTCACTTGGCGACaa > 1:596861‑M1/39‑91 (MQ=255) tttCTTTGTAATTAGTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGCGTCAGCAATAGCTGTCACTTCACTTGGCGACAAt > 1:1316246/1‑91 (MQ=255) ttCTTTGTAATTAGTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGCGTCAGCAATAGCTGTCACTTCACTTGGCGACAATc > 1:3668903/1‑91 (MQ=255) ttCTTTGTAATTAGTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGCGTCAGCAATAGCTGTCACTTCACTTGGCGACAATc > 1:2354111/1‑91 (MQ=255) ttCTTTGTAATTAGTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTCGC‑AATTGCCCTAAAGCGTCAGCAATAGCTGTCACTTCACTTGGCGACAATc > 1:4136822/1‑91 (MQ=255) tCTTTGTAATTAGTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGCGTCAGCAATAGCTGTCACTTCACTTGGCGACAATCt < 1:1779951/91‑1 (MQ=255) tCTTTGTAATTAGTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGCGTCAGCAATAGCTGTCACTTCACTTGGCGACAATCt < 1:2399025/91‑1 (MQ=255) cTTTGTAATTAGTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGCGTCAGCAATAGCTGTCACTTCACTTGGCGACAATCtt > 1:473286/1‑91 (MQ=255) tttGTAATTAGTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGCGTCAGCAATAGCTGTCACTTCACTTGGCGACAATCttt > 1:1795834/1‑91 (MQ=255) ttGTAATTAGTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGCGTCAGCAATAGCTGTCACTTCACTTGGCGACAATCTTtc > 1:1775781/1‑91 (MQ=255) tGTAATTAGTCAAAATTCCCACTCCTTTTCGTGTCGC‑AATTGTCCTAAATCGTCTTCAATAGCTGTCACTTCACTTGGCGACAATCTTtct < 1:2247402/91‑1 (MQ=255) tGTAATTAGTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGCGTCAGCAATAGCTGTCACTTCACTTGGCGACAATCTTtct < 1:2247297/91‑1 (MQ=255) tAATTAGTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGCGTCAGCAATAGCTGTCACTTCACTTGGCGACAATCTTTctct > 1:2320187/1‑91 (MQ=255) aaTTAGTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGCGTCAGCAATAGCTGTCACTTCACTTGGCGACAATCTTTCTCtt > 1:1054343/1‑91 (MQ=255) gTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTCGG‑AATTGTCCTAAAGCGTCAGCAATAGCTGTCACTTCACTTGGCGACAATCTTTCTCttgattg < 1:1148237/91‑1 (MQ=255) gTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGCGTCAGCAATAGCTGTCACTTCACTTGGCGACAATCTTTCTCttgattg < 1:1147628/91‑1 (MQ=255) gTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGCGTCAGCAATAGCTGTCACTTCACTTGGCGACAATCTTTCTCttgattg > 1:4001433/1‑91 (MQ=255) gTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGCGTCAGCAATAGCTGTCACTTCACTTGGCGACAATCTTTCTCttgattg > 1:3999520/1‑91 (MQ=255) gTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGCGTCAGCAATAGCTGTCACTTCACTTGGCGACAATCTTTCTCttgattg < 1:3556522/91‑1 (MQ=255) gTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGCGTCAGCAATAGCTGTCACTTCACTTGGCGACAATCTTTCTCttcattg > 1:3455163/1‑91 (MQ=255) gTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGCGTCAGCAATAGCTGTCACTTCACTTGGCGACAATCTTTCTCttaattg > 1:3459632/1‑91 (MQ=255) aaaaTTCCCACTCCTATTCGTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGCGTCAGCAATAGCTGTCACTTCACTTGGCGACAATCTTTCTCTTGATTGAAc < 1:3308638/91‑1 (MQ=255) aaaaTTCCCACTCCTATTCGTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGCGTCAGCAATAGCTGTCACTTCACTTGGCGACAATCTTTCTCTTGATTGAAc < 1:3233044/91‑1 (MQ=255) gttcaatcaagagaaagatTGTCGCCAAGTG‑‑‑‑‑AAGCGTCAGCAATAGCTGTCACTTCACTTGGCGACAATCTTTCTCTTGATTGAACAAAAt > 1:973192‑M1/20‑91 (MQ=255) gttcaatcaagagaaagatTGTCGCCAAGTG‑‑‑‑‑AAGCGTCAGCAATAGCTGTCACTTCACTTGGCGACAATCTTTCTCTTGATTGAACAAAAt > 1:973290‑M1/20‑91 (MQ=255) cACTCCTATTCGTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGCGTCAGCAATAGCTGTCACTTCACTTGGCGACAATCTTTCTCTTGATTGAACAAAATCat < 1:4017372/91‑1 (MQ=255) aCTCCTATTCGTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGCGTCAGCAATAGCTGTCACTTCACTTGGCGACAATCTTTCTCTTGATTGAACAAAATCata > 1:2001403/1‑91 (MQ=255) aCTCCTATTCGTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGCGTCAGCAATAGCTGTCACTTCACTTGGCGACAATCTTTCTCTTGATTGAACAAAATCata > 1:4102797/1‑91 (MQ=255) aCTCCTATTCGTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGCGTCAGCAATAGCTGTCACTTCACTTGGCGACAATCTTTCTCTTGATTGAACAAAATCata > 1:1546659/1‑91 (MQ=255) tCCTATTCGTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGCGTCAGCAATAGCTGTCACTTCACTTGGCGACAATCTTTCTCTTGATTGAACAAAATCatata < 1:739905/91‑1 (MQ=255) ccTATTCGTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGCGTCAGCAATAGCTGTCACTTCACTTGGCGACAATCTTTCTCTTGATTGAACAAAATCatatat < 1:2661312/91‑1 (MQ=255) cGTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGCGTCAGCAATAGCTGTCACTTCACTTGGCGACAATCTTTCTCTTGATTGAACAAAATCATATATATCTGt > 1:1870038/1‑91 (MQ=255) gtgtCGC‑AATTGTCCTAAAGCGTCAGCAATAGCTGTCACTTCACTTGGCGACAATCTTTCTCTTGATTGAACAAAATCATATATATCTGtt < 1:3372821/91‑1 (MQ=255) gtgtCGC‑AATTGTCCTAAAGCGTCAGCAATAGCTGTCACTTCACTTGGCGACAATCTTTCTCTTGATTGAACAAAATCATATATATCTGtt < 1:1522337/91‑1 (MQ=255) | TGGTTGAACATTCATACCAACCTTAACTAATAGTTCAGCGTATTGTTGTAACTTTTCTTTGTAATTAGTCAAAATTCCCACTCCTATTCGTGTCGC‑AATTGTCCTAAAGCGTCAGCAATAGCTGTCACTTCACTTGGCGACAATCTTTCTCTTGATTGAACAAAATCATATATATCTGTT > USA300TCH1516_ALE/2023497‑2023676 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |