| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2476453 | 77 (0.780) | 9 (0.110) | 6/136 | NT | 10.7% | intergenic (‑198/+42) | tcaA/tcaR | Membrane‑associated protein TcaA/HTH‑type transcriptional regulator TcaR |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2476476 | 85 (1.020) | intergenic (‑221/+19) | tcaA/tcaR | Membrane‑associated protein TcaA/HTH‑type transcriptional regulator TcaR | |||||
Only 100 of 149 total aligned reads displayed.
CAAGAAATGATTAACTTTACTTTAGAATTGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCTAAT > USA300TCH1516_ALE/2476363‑2476543 | cAAGAAATGATTAACTTTACTTTAGAATTGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAA < 1:2126467‑M1/91‑1 (MQ=255) aaaTGATTAACTTTACTTTAGAATTGTACCTTATTACATTATTAATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAataca < 1:4152843/91‑1 (MQ=255) aaTGATTAACTTTACTTTAGAATTGTACCTTATTACATTGTTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAatacat > 1:2180133/1‑91 (MQ=255) aaTGATTAACTTTACTTTAGAATTGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAatacat > 1:3142568/1‑91 (MQ=255) tGATTAACTTTACTTTAGAATTGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAatacatac > 1:3960685/1‑91 (MQ=255) gATTAACTTTACTTTAGAATTGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAAtacataca > 1:1167810/1‑91 (MQ=255) aTTAACTTTACTTTAGAATTGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATacatacat < 1:2167913/91‑1 (MQ=255) actttactttAGAATTGTGCCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATAttt > 1:3882862/1‑91 (MQ=255) actttactttAGAATTGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATAttt > 1:2699723/1‑91 (MQ=255) ctttactttaGAATTGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTa < 1:1823103/91‑1 (MQ=255) ctttactttaGAATTGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTa < 1:1822937/91‑1 (MQ=255) ttactttaGAGTTGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTAGAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGt < 1:1632780/91‑1 (MQ=255) ttactttaGAATTGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGt < 1:1630783/91‑1 (MQ=255) actttaGAATTGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCt > 1:3223960/1‑91 (MQ=255) actttaGAATTGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCt > 1:495307/1‑91 (MQ=255) actttaGAATTGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCt > 1:3223959/1‑91 (MQ=255) actttaGAATTGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCt > 1:1278349/1‑91 (MQ=255) actttaGAATTGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGCTGTTCAATACATACATATTTAGTCt > 1:3871115/1‑91 (MQ=255) ctttaGAATTGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCACTTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCtt < 1:1476846/91‑1 (MQ=255) ctttaGAATTGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCtt < 1:1343918/91‑1 (MQ=255) gAATTGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATt < 1:2452615‑M2/91‑2 (MQ=255) aTTGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATttg < 1:3976586‑M2/91‑4 (MQ=255) aTTGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATttg > 1:3674187‑M2/1‑88 (MQ=255) aTTGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATttg > 1:3674120‑M2/1‑88 (MQ=255) aTTGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTATTATATttg < 1:3978490‑M2/91‑4 (MQ=255) ttGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATttga > 1:418493‑M2/1‑87 (MQ=255) tGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAAatataagactaaatatgtatgtattgaa < 1:959777‑M1/91‑29 (MQ=255) tGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAAatataagactaaatatgtatgtattgaa < 1:2401670‑M1/91‑29 (MQ=255) gTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATttgaac < 1:1120941‑M2/91‑7 (MQ=255) tACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAAatataagactaaatatgtatgtattgaaca < 1:3103412‑M1/91‑31 (MQ=255) aCCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAAatataagactaaatatgtatgtattgaacac < 1:675169‑M1/91‑32 (MQ=255) aCCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATttgaacac > 1:315505‑M2/1‑83 (MQ=255) ccTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAAatataagactaaatatgtatgtattgaacacc < 1:3610976‑M1/91‑33 (MQ=255) ccTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATttgaacacc > 1:1779625‑M2/1‑82 (MQ=255) ccTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATttgaacacc < 1:831858‑M2/91‑10 (MQ=255) ccTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATttgaacacc > 1:1147395‑M2/1‑82 (MQ=255) ccTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATttgaacacc > 1:546942‑M2/1‑82 (MQ=255) cTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATttgaacacct < 1:2518488‑M2/91‑11 (MQ=255) ttaCATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCaa < 1:2163158/91‑1 (MQ=255) aCATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCaaaa < 1:967316/91‑1 (MQ=255) aCATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCaaaa < 1:966518/91‑1 (MQ=255) aCATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCaaaa > 1:2008311/1‑91 (MQ=255) cATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCaaaaa < 1:481219/91‑1 (MQ=255) ttatttatGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAAcc > 1:2806912/1‑91 (MQ=255) ttatGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTAtt < 1:3416558/91‑1 (MQ=255) tatGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTAttt < 1:793566/91‑1 (MQ=255) tGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTAt > 1:532918/1‑91 (MQ=255) tGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTAt < 1:270011/91‑1 (MQ=255) gAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACTTATTTTGTCTTATATTAGAACACTTTCAAAACCCTATTTATg > 1:523589/1‑91 (MQ=255) aGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGAtt > 1:3380009/1‑91 (MQ=255) aCTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCt < 1:1972838/91‑1 (MQ=255) ctctctCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACAAACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCta > 1:3072043/1‑91 (MQ=255) tctctcAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCtat > 1:2142248/1‑91 (MQ=255) tctctcAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCtat < 1:1287718/91‑1 (MQ=255) ctcAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATg > 1:3827066/1‑91 (MQ=255) ataACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAAt < 1:3339701/91‑1 (MQ=255) ataACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAAt < 1:2794720/91‑1 (MQ=255) aCTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCg < 1:3896566/91‑1 (MQ=255) aaaGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCgatgat > 1:100176/1‑91 (MQ=255) aaaGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCgatgat < 1:762538/91‑1 (MQ=255) aagaagGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGAtgatt > 1:4083538/1‑91 (MQ=255) aagaagGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGAtgatt < 1:3441858/91‑1 (MQ=255) aagaagGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGAtgatt < 1:3443149/91‑1 (MQ=255) aagaagGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGAtgatt < 1:6561/91‑1 (MQ=255) gaagGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGAtgattga > 1:4119603/1‑91 (MQ=255) aagGTGTTCAAatataagactaaatatgtatgtattgaacaccttctttttagttataattgagagagtactttcataaataatgtaataa > 1:2991148‑M1/1‑11 (MQ=255) aagGTGTTCAAatataagactaaatatgtatgtattgaacaccttctctttagttataattgagagagtactttcatcaataatgtaataa > 1:4152530‑M1/1‑11 (MQ=255) agGTGTTCAAatataagactaaatatgtatgtattgaacaccttctttttagttataattgagagagtactttcataaataatgtaataag < 1:2518488‑M1/91‑82 (MQ=255) ggTGTTCAAatataagactaaatatgtatgtattgaacaccttctttttagttataattgagagagtactttcataaataatgtaataagg < 1:831858‑M1/91‑83 (MQ=255) ggTGTTCAAatataagactaaatatgtatgtattgaacaccttctttttagttataattgagagagtactttcataaataatgtaataagg > 1:511820‑M1/1‑9 (MQ=255) ggTGTTCAAatataagactaaatatgtatgtattgaacaccttctttttagttataattgagagagtactttcataaataatgtaataagg < 1:3101873‑M1/91‑83 (MQ=255) ggTGTTCAAatataagactaaatatgtatgtattgaacaccttctttttagttataattgagagagtactttcataaataatgtaataagg > 1:1779625‑M1/1‑9 (MQ=255) ggTGTTCAAatataagactaaatatgtatgtattgaacaccttctttttagttataattgagagagtactttcataaataatgtaataagg > 1:546942‑M1/1‑9 (MQ=255) ggTGTTCAATACATACATTTTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATtgatga > 1:375336/1‑91 (MQ=255) ggTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATttgaacaccttctttttagttataattgagagagtactttcataaataatgtaataagg < 1:498312‑M2/91‑60 (MQ=255) ggTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATttgaacaccttctttttagttataattgagagagtactttcataaataatgtaataagg < 1:3610976‑M2/91‑60 (MQ=255) ggTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATtgatga > 1:856014/1‑91 (MQ=255) ggTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATtgatga > 1:1783315/1‑91 (MQ=255) ggTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATtgatga > 1:194957/1‑91 (MQ=255) gtgtTCAAatataagactaaatatgtatgtattgaacaccttctttttagttataattgagagagtactttcataaataatgtaataaggt > 1:315505‑M1/1‑8 (MQ=255) gtgtTCAAatataagactaaatatgtatgtattgaacaccttctttttagttataattgagagagtactttcataaataatgtaataaggt > 1:1723782‑M1/1‑8 (MQ=255) gtgtTCAATACATACATATTTAGTCTTATATttgaacaccttctttttagttataattgagagagtactttcataaataatgtaataaggt < 1:3914999‑M2/91‑61 (MQ=255) gtgtTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGAc < 1:417430/91‑1 (MQ=255) tgtTCAAatataagactaaatatgtatgtattgaacaccttctttttagttataattgagagagtactttcataaataatgtaataaggta > 1:3439088‑M1/1‑7 (MQ=255) tgtTCAATACATACATATTTAGTCTTATATttgaacaccttctttttagttataattgagagagtactttcataaataatgtaataaggta < 1:3103412‑M2/91‑62 (MQ=255) tgtTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACt > 1:1689661/1‑91 (MQ=255) gtTCAAatataagactaaatatgtatgtattgaacaccttctttttagttataattgagagagtactttcataaataatgtaataaggtac < 1:1120941‑M1/91‑86 (MQ=255) ttCAATACATACATATTTAGTCTTATATttgaacaccttctttttagttataattgagagagtactttcataaataatgtaataaggtaca < 1:2401670‑M2/91‑64 (MQ=255) tCAAatataagactaaatatgtatgtattgaacaccttctttttagttataattgagagagtactttcataaataatgtaataaggtacaa > 1:418757‑M1/1‑4 (MQ=255) tCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCt < 1:2739427/91‑1 (MQ=255) tCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCt < 1:2933051/91‑1 (MQ=255) tCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCt > 1:2944768/1‑91 (MQ=255) tCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCt < 1:1334487/91‑1 (MQ=255) cAAatataagactaaatatgtatgtattgaacaccttctttttagttataattgagagagtactttcataaataatgtaataaggtacaat > 1:3674120‑M1/1‑3 (MQ=255) cAAatataagactaaatatgtatgtattgaacaccttctttttagttataattgagagagtactttcataaataatgtaataaggtacaat < 1:3976586‑M1/91‑89 (MQ=255) aaTACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCTaa > 1:1957426/1‑91 (MQ=255) aaTACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCTaa > 1:1514834/1‑91 (MQ=255) atacatacATATTTAGTCTTATATttgaacaccttctttttagttataattgagagagtactttcataaataatgtaataaggtacaattc < 1:1905754‑M2/91‑68 (MQ=255) aatataagactaaatatgtatgtattgaacaccttctttttagttataattgagagagtactttcataaataatgtaataaggtacaattc < 1:2452615‑M1/91‑91 (MQ=255) aatataagactaaatatgtatgtattgaacaccttctttttagttataattgagagagtactttcataaataatgtaataaggtacaattc < 1:1793370‑M1/91‑91 (MQ=255) | CAAGAAATGATTAACTTTACTTTAGAATTGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCTAAT > USA300TCH1516_ALE/2476363‑2476543 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |