New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2476453 | 77 (0.780) | 9 (0.110) | 6/136 | NT | 10.7% | intergenic (‑198/+42) | tcaA/tcaR | Membrane‑associated protein TcaA/HTH‑type transcriptional regulator TcaR |
? | USA300TCH1516_ALE | = 2476476 | 85 (1.020) | intergenic (‑221/+19) | tcaA/tcaR | Membrane‑associated protein TcaA/HTH‑type transcriptional regulator TcaR |
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
GAATTGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCTAATACTTGCCTTACATTTTCAATAT > USA300TCH1516_ALE/2476387‑2476565 | gAATTGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATt < 1:1793370‑M2/91‑2 (MQ=255) gAATTGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATt < 1:2452615‑M2/91‑2 (MQ=255) aTTGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATttg > 1:3674120‑M2/1‑88 (MQ=255) aTTGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATttg > 1:3674187‑M2/1‑88 (MQ=255) aTTGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTATTATATttg < 1:3978490‑M2/91‑4 (MQ=255) ttGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATttga > 1:418757‑M2/1‑87 (MQ=255) ttGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATttga > 1:418493‑M2/1‑87 (MQ=255) gTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATttgaac < 1:1120941‑M2/91‑7 (MQ=255) aCCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATttgaacac > 1:315505‑M2/1‑83 (MQ=255) ccTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATttgaacacc > 1:546942‑M2/1‑82 (MQ=255) ccTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATttgaacacc > 1:511820‑M2/1‑82 (MQ=255) ccTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATttgaacacc > 1:1779625‑M2/1‑82 (MQ=255) ccTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATttgaacacc > 1:1147395‑M2/1‑82 (MQ=255) cTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATttgaacacct < 1:2518488‑M2/91‑11 (MQ=255) ttattaCATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATttgaacacctt > 1:2991148‑M2/1‑80 (MQ=255) ttaCATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCaa < 1:2163158/91‑1 (MQ=255) aCATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCaaaa < 1:967454/91‑1 (MQ=255) aCATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCaaaa < 1:966518/91‑1 (MQ=255) aCATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCaaaa < 1:967316/91‑1 (MQ=255) cATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCaaaaa < 1:481219/91‑1 (MQ=255) ttatGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTAtt < 1:3416558/91‑1 (MQ=255) tatGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTAttt < 1:793566/91‑1 (MQ=255) tatGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTAttt < 1:1993964/91‑1 (MQ=255) atGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTa < 1:2802120/91‑1 (MQ=255) tGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTAt < 1:270011/91‑1 (MQ=255) tGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTAt > 1:532979/1‑91 (MQ=255) gAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACTTATTTTGTCTTATATTAGAACACTTTCAAAACCCTATTTATg > 1:523589/1‑91 (MQ=255) aGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGAtt < 1:806568/91‑1 (MQ=255) tACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGc < 1:354109/91‑1 (MQ=255) aCTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCt < 1:1972838/91‑1 (MQ=255) ctctctCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACAAACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCta > 1:3072043/1‑91 (MQ=255) tctctcAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCtat > 1:2140186/1‑91 (MQ=255) tctctcAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCtat > 1:2142248/1‑91 (MQ=255) tctctcAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCtat < 1:1287718/91‑1 (MQ=255) tctctcAATTACAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCCTATATTTGAACGCCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCtat < 1:3768110/91‑1 (MQ=255) tctcAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTatat > 1:1295344/1‑91 (MQ=255) ctcAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATg > 1:3827066/1‑91 (MQ=255) cAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGtt < 1:842867/91‑1 (MQ=255) tataACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTaa > 1:3156038/1‑91 (MQ=255) ataACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAAt < 1:2794720/91‑1 (MQ=255) ataACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAAt > 1:3408520/1‑91 (MQ=255) ataACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAAt < 1:3339701/91‑1 (MQ=255) aaCTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGc > 1:2479125/1‑91 (MQ=255) aCTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCg < 1:3896566/91‑1 (MQ=255) cTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCga > 1:1613439/1‑91 (MQ=255) aaaaGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCgatga > 1:1633182/1‑91 (MQ=255) aaaaGAAGGAGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCgatga < 1:3962681/91‑1 (MQ=255) aaaGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCgatgat > 1:100176/1‑91 (MQ=255) aaaGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCgatgat < 1:762538/91‑1 (MQ=255) aagaagGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGAtgatt < 1:3443149/91‑1 (MQ=255) aagaagGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGAtgatt < 1:3441858/91‑1 (MQ=255) aagaagGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGAtgatt > 1:4083538/1‑91 (MQ=255) gaagGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGAtgattga > 1:2438867/1‑91 (MQ=255) gaagGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGAtgattga > 1:3136339/1‑91 (MQ=255) gaagGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGAtgattga > 1:4119603/1‑91 (MQ=255) ggTGTTCAATACATACATTTTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATtgatga > 1:375336/1‑91 (MQ=255) ggTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATttgaacaccttctttttagttataattgagagagtactttcataaataatgtaataagg < 1:3610976‑M2/91‑60 (MQ=255) ggTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATtgatga > 1:1783315/1‑91 (MQ=255) ggTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATtgatga > 1:194957/1‑91 (MQ=255) ggTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATtgatga > 1:856014/1‑91 (MQ=255) ggTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATtgatga > 1:1783194/1‑91 (MQ=255) gtgtTCAATACATACATATTTAGTCTTATATttgaacaccttctttttagttataattgagagagtactttcataaataatgtaataaggt < 1:675169‑M2/91‑61 (MQ=255) gtgtTCAATACATACATATTTAGTCTTATATttgaacaccttctttttagttataattgagagagtactttcataaataatgtaataaggt < 1:3914999‑M2/91‑61 (MQ=255) gtgtTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGAc < 1:417430/91‑1 (MQ=255) tgtTCAATACATACATATTTAGTCTTATATttgaacaccttctttttagttataattgagagagtactttcataaataatgtaataaggta < 1:3103412‑M2/91‑62 (MQ=255) tgtTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACt > 1:1689661/1‑91 (MQ=255) ttCAATACATACATATTTAGTCTTATATttgaacaccttctttttagttataattgagagagtactttcataaataatgtaataaggtaca < 1:2401670‑M2/91‑64 (MQ=255) tCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCt < 1:1334487/91‑1 (MQ=255) tCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCt < 1:2933051/91‑1 (MQ=255) tCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCt < 1:2933087/91‑1 (MQ=255) tCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCt < 1:2739427/91‑1 (MQ=255) aaTACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCTaa > 1:1514834/1‑91 (MQ=255) aaTACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCTaa > 1:1957426/1‑91 (MQ=255) atacatacATATTTAGTCTTATATttgaacaccttctttttagttataattgagagagtactttcataaataatgtaataaggtacaattc < 1:1905754‑M2/91‑68 (MQ=255) tacatacaTATTTAGTCTTATATttgaacaccttctttttagttataattgagagagtactttcataaataatgtaataaggtacaattct < 1:561372‑M2/91‑69 (MQ=255) catacataTTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCTAATACt < 1:2562943/91‑1 (MQ=255) catacataTTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCTAATACt < 1:507825/91‑1 (MQ=255) catacataTTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCTAATACt < 1:507516/91‑1 (MQ=255) atacataTTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCTAATACtt > 1:278731/1‑91 (MQ=255) atacataTTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCTAATACtt > 1:278034/1‑91 (MQ=255) atacataTTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCTAATACtt < 1:1170739/91‑1 (MQ=255) tacataTTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCTAATACTTg > 1:2275895/1‑91 (MQ=255) acataTTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCTAATACTTGc < 1:955514/91‑1 (MQ=255) acataTTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCTAATACTTGc < 1:955713/91‑1 (MQ=255) acataTTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCTAATACTTGc < 1:27572/91‑1 (MQ=255) cataTTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCTAATACTTGcc < 1:3438038/91‑1 (MQ=255) atatTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCTAATACTTGCCt > 1:3084284/1‑91 (MQ=255) tatTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCTAATACTTGCCtt < 1:1427879/91‑1 (MQ=255) atTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCTAATACTTGCCTTa < 1:2018677/91‑1 (MQ=255) tAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCTAATACTTGCCTTACAt > 1:1308979/1‑91 (MQ=255) tAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCTAATACTTGCCTTACAt < 1:1453092/91‑1 (MQ=255) tAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCTAATACTTGCCTTACAt < 1:1339641/91‑1 (MQ=255) aGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCTAATACTTGCCTTACAtt > 1:2926588/1‑91 (MQ=255) cTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCTAATACTTGCCTTACATTTTc < 1:2850043/91‑1 (MQ=255) cTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCTAATACTTGCCTTACATTTTc < 1:3272701/91‑1 (MQ=255) ttATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCTAATACTTGCCTTACATTTTCa < 1:3371295/91‑1 (MQ=255) ttATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCTAATACTTGCCTTACATTTTCa < 1:3371283/91‑1 (MQ=255) atatTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCTAATACTTGCCTTACATTTTCAat > 1:2736276/1‑91 (MQ=255) atatTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCTAATACTTGCCTTACATTTTCAat > 1:1955578/1‑91 (MQ=255) atTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCTAATACTTGCCTTACATTTTCAatat > 1:1944272/1‑91 (MQ=255) | GAATTGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCTAATACTTGCCTTACATTTTCAATAT > USA300TCH1516_ALE/2476387‑2476565 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |