| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2494792 | 82 (0.830) | 6 (0.070) | 4/138 | NT | 7.9% | intergenic (‑155/+52) | USA300HOU_RS12845/mnmC_2 | hypothetical protein/tRNA 5‑methylaminomethyl‑2‑thiouridine biosynthesis bifunctional protein MnmC |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2494816 | 70 (0.830) | intergenic (‑179/+28) | USA300HOU_RS12845/mnmC_2 | hypothetical protein/tRNA 5‑methylaminomethyl‑2‑thiouridine biosynthesis bifunctional protein MnmC | |||||
Only 100 of 161 total aligned reads displayed.
AAGATATGACACAACTGAATTTGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAGTACGTTTTGTGCTATGTTTTCT > USA300TCH1516_ALE/2494703‑2494882 | aaGATATGACACAACTGAATTTGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATAcc > 1:1958959/1‑91 (MQ=255)aaGATATGACACAACTGAATTTGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATAcc < 1:539762/91‑1 (MQ=255) aGATATGACACAACTGAATTTGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCa > 1:2379647/1‑91 (MQ=255) gATATGACACAACTGAATTTGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCAt > 1:363929/1‑91 (MQ=255) gATATGACACAACTGAATTTGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCAt > 1:1584817/1‑91 (MQ=255) gATATGACACAACTGAATTTGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCAt > 1:1583446/1‑91 (MQ=255) gATATGACACAACTGAATTTGGTTTAGCAAATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCAt > 1:1200217/1‑91 (MQ=255) tatGACACAACTGAATTTGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGa > 1:2293123/1‑91 (MQ=255) gACACAACTGAATTTGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGAcgc > 1:3878143/1‑91 (MQ=255) acacAACTGAATTTGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGAcgct > 1:3751065/1‑91 (MQ=255) acacAACTGAATTTGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGAcgct > 1:1800247/1‑91 (MQ=255) cacaACTGAATTTGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGAcgctc > 1:557200/1‑91 (MQ=255) cacaACTGAATTTGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGAcgctc > 1:1403894/1‑91 (MQ=255) cacaACTGAATTTGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGAcgctc < 1:2315593/91‑1 (MQ=255) cacaACTGAATTTGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGAcgctc > 1:3395068/1‑91 (MQ=255) aaCTGAATTTGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGAcgctcgct < 1:1410155/91‑1 (MQ=255) cTGAATTTGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTAc < 1:1438479/91‑1 (MQ=255) tGAATTTGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACa < 1:4113781/91‑1 (MQ=255) gAATTTGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACaa < 1:1670101/91‑1 (MQ=255) aTTTGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAAc > 1:3800786/1‑91 (MQ=255) aTTTGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAAc > 1:1913007/1‑91 (MQ=255) tttGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACg > 1:2577763/1‑91 (MQ=255) tGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTc > 1:1128908/1‑91 (MQ=255) ggTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCt > 1:2432238/1‑91 (MQ=255) gaaaacatagcacaaaacgtactgaagtgccgtcataatttaataaatagaaatAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGt > 1:673551‑M1/55‑91 (MQ=255) acaTAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACaagacgtttgtagcgagcgtcatggtatagc < 1:193833‑M1/91‑32 (MQ=255) acaTAGTATGACAGCTAAAATAACTCTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTgtatagc > 1:3870348‑M2/1‑84 (MQ=255) acaTAGTATGACAGCTAAAATAACTATACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTgtatagc > 1:3867732‑M2/1‑84 (MQ=255) caTAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACaagacgtttgtagcgagcgtcatggtatagct < 1:178025‑M1/91‑33 (MQ=255) caTAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTgtatagct > 1:2979430‑M2/1‑83 (MQ=255) caTAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTgtatagct > 1:2341278‑M2/1‑83 (MQ=255) caTAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTgtatagct > 1:1022561‑M2/1‑83 (MQ=255) tAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTgtatagctat < 1:3066‑M2/91‑11 (MQ=255) tAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTgtatagctat < 1:3001676‑M2/91‑11 (MQ=255) agcacaaaacgtactgaagtgccgtcataatttaataaatagaaatAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCtat > 1:1863118‑M1/47‑91 (MQ=255) gcacaaaacgtactgaagtgccgtcataatttaataaatagaagtAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCtatt > 1:4142390‑M1/46‑91 (MQ=255) aGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACaagacgtttgtagcgagcgtcatggtatagctatt < 1:2781913‑M1/91‑36 (MQ=255) aGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTgtatagctatt > 1:722853‑M2/1‑80 (MQ=255) acaaaacgtactgaagtgccgtcataatttaataaatagaaatAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCtattat > 1:365323‑M1/44‑91 (MQ=255) aTGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTattatt > 1:892127/1‑91 (MQ=255) aaaacgtactgaagtgccgtcataatttaataaatagaaatAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTAttt > 1:933313‑M1/42‑91 (MQ=255) cAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCta < 1:3066771/91‑1 (MQ=255) cTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCtattt > 1:1423282/1‑91 (MQ=255) tAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCtattta > 1:3415082/1‑91 (MQ=255) aaaTAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCtatttatt > 1:866492/1‑91 (MQ=255) aaTAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATttatta < 1:69544/91‑1 (MQ=255) tAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTaaa < 1:3463951/91‑1 (MQ=255) aaCTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAAt < 1:2895944/91‑1 (MQ=255) aCTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACTAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAAtt < 1:3508441/91‑1 (MQ=255) cTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTa < 1:2428546/91‑1 (MQ=255) ttACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATg < 1:2855117/91‑1 (MQ=255) tACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGa > 1:4020407/1‑91 (MQ=255) cATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACg > 1:1388926/1‑91 (MQ=255) cATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACg < 1:2648159/91‑1 (MQ=255) aGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACt > 1:2406892/1‑91 (MQ=255) aGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATGATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACt > 1:3329619/1‑91 (MQ=255) aGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGGCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGCCGGCACt > 1:2916858/1‑91 (MQ=255) gcgcTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACtt < 1:3146131/91‑1 (MQ=255) cgcTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTc > 1:2034899/1‑91 (MQ=255) cgcTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTc > 1:2033487/1‑91 (MQ=255) cTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAg < 1:2263843/91‑1 (MQ=255) tataCAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAGt < 1:1565826/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |