| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2525589 | 73 (0.740) | 8 (0.100) | 7/130 | NT | 10.2% | intergenic (‑161/+69) | sirB/ytmI | Sirohydrochlorin ferrochelatase/putative N‑acetyltransferase YtmI |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2525624 | 82 (1.030) | intergenic (‑196/+34) | sirB/ytmI | Sirohydrochlorin ferrochelatase/putative N‑acetyltransferase YtmI | |||||
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
ATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTAAT > USA300TCH1516_ALE/2525504‑2525679 | aTCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATc < 1:529800/91‑1 (MQ=255)aTCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATc > 1:57746/1‑91 (MQ=255) gggAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTa > 1:3356873/1‑91 (MQ=255) gggAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTa > 1:670819/1‑91 (MQ=255) ggAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTAc > 1:1950752/1‑91 (MQ=255) ggAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTAc > 1:1951100/1‑91 (MQ=255) gAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATTAATCCCTACt > 1:1500497/1‑91 (MQ=255) aaTTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTCAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTc > 1:732422/1‑91 (MQ=255) aaTTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTc > 1:658189/1‑91 (MQ=255) aaTTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTc > 1:1131439/1‑91 (MQ=255) aTTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCa > 1:1393601/1‑91 (MQ=255) aTTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCa > 1:789195/1‑91 (MQ=255) aTTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATC‑AAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCaa < 1:3581386/91‑1 (MQ=255) aTTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCGTATACATTTTCCCATTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCa < 1:1765010/91‑1 (MQ=255) ttCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCaa > 1:286147/1‑91 (MQ=255) ttCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCaa < 1:3814249/91‑1 (MQ=255) tCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAAc > 1:3815435/1‑91 (MQ=255) cccTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACa > 1:2377088/1‑91 (MQ=255) tGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCACTTTTTGTTAAATAAAAAAAAGCGACCTATATATGAATCCCTACTCATCattt > 1:3865446/1‑91 (MQ=255) gATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACattta > 1:3821957/1‑91 (MQ=255) tGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATtaatgcttgctcaaataaatgttgag < 1:462613‑M1/91‑27 (MQ=255) gTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGagc > 1:1906741/1‑91 (MQ=255) gTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGagc > 1:2589679/1‑91 (MQ=255) gTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGagc < 1:2531065/91‑1 (MQ=255) gTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGagc < 1:1149832/91‑1 (MQ=255) gTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGagc > 1:1375191/1‑91 (MQ=255) cATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGagcaagca > 1:737925/1‑91 (MQ=255) aTGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCAt < 1:673090/91‑1 (MQ=255) aTGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCAt < 1:1590876/91‑1 (MQ=255) aTGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCAt < 1:1768003/91‑1 (MQ=255) tGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCAtt > 1:158896/1‑91 (MQ=255) tGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCAtt < 1:1295929/91‑1 (MQ=255) cATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATtaatgcttgctcaaataaatgttgagtagggattca < 1:1415238‑M1/91‑37 (MQ=255) atatTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATtaatgcttgctcaaataaatgttgagtagggattcat < 1:352487‑M1/91‑38 (MQ=255) atTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATtaatgcttgctcaaataaatgttgagtagggattcatat < 1:3485672‑M1/91‑40 (MQ=255) ttCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATtaatgcttgctcaaataaatgttgagtagggattcatata < 1:2001878‑M1/91‑41 (MQ=255) ccTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATtaatgcttgctcaaataaatgttgagtagggattcatatatc < 1:1617568‑M1/91‑43 (MQ=255) ccTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatatatc < 1:2098955‑M2/91‑8 (MQ=255) ttATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatatatcgg > 1:32303‑M2/1‑82 (MQ=255) tataCATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATtaatgcttgctcaaataaatgttgagtagggattcatatatcggt < 1:1232800‑M1/91‑46 (MQ=255) tataCATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATtaatgctggctcaaataaatgttgagtagggattcatatatcggt < 1:3499816‑M1/91‑46 (MQ=255) tataCATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatatatcggt < 1:2455225‑M2/91‑11 (MQ=255) ataCATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatatatcggtc > 1:28178‑M2/1‑80 (MQ=255) cATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatatatcggtcgct > 1:126175‑M2/1‑77 (MQ=255) tttCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGt > 1:2367854/1‑91 (MQ=255) tttCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGt > 1:200596/1‑91 (MQ=255) tttCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGt > 1:200574/1‑91 (MQ=255) ttCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTa > 1:3267451/1‑91 (MQ=255) ttCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTa > 1:3445151/1‑91 (MQ=255) tCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAg < 1:2795631/91‑1 (MQ=255) tCCCTTTATGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAg < 1:2084875/91‑1 (MQ=255) tttttGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGta < 1:2060674/91‑1 (MQ=255) tttttGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGta < 1:3769389/91‑1 (MQ=255) ttttGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTCCTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGtat > 1:3714077/1‑91 (MQ=255) ttttGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGtat < 1:1070278/91‑1 (MQ=255) tGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTAtatt < 1:356703/91‑1 (MQ=255) tGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTAtatt < 1:3633350/91‑1 (MQ=255) gTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTAtatta < 1:1753223/91‑1 (MQ=255) gTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCCTGTAGTGTAtatta > 1:3655646/1‑91 (MQ=255) tAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTAtattatt < 1:824944/91‑1 (MQ=255) aTCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATc > 1:3475561/1‑91 (MQ=255) aTCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATc < 1:1752359/91‑1 (MQ=255) tCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCt < 1:781976/91‑1 (MQ=255) atcaaaaaaGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCt > 1:3192238/4‑91 (MQ=255) aaaaaaaGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTa < 1:3963184/91‑1 (MQ=255) aaaaaaGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTaa > 1:1470132/1‑91 (MQ=255) aaaaaGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTaaa > 1:599409/1‑91 (MQ=255) aaaaaGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTaaa < 1:1325644/91‑1 (MQ=255) aaaaGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTaaaa > 1:1811859/1‑91 (MQ=255) aaGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAAtg < 1:2719574/91‑1 (MQ=255) aaGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAAtg < 1:2720992/91‑1 (MQ=255) aaGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAAtg < 1:59265/91‑1 (MQ=255) aGCGACCGATATATtaatgcttgctcaaataaatgttgagtagggattcatatatcggtcgctttttttgatttaacaaaaagggaaaatg > 1:126175‑M1/1‑14 (MQ=255) aGCGACCGATATATtaatgcttgctcaaataaatgttgagtagggattcatatatcggtcgctttttttgatttaacaaaaagggaaaatg > 1:126412‑M1/1‑14 (MQ=255) cGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAAtggtg > 1:1518431/1‑91 (MQ=255) gACCGATATATtaatgcttgctcaaataaatgttgagtagggattcatatatcggtcgctttttttgatttaacaaaaagggaaaatgtat > 1:28178‑M1/1‑11 (MQ=255) gACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAAtggtgg > 1:3313376/1‑91 (MQ=255) gACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAAtggtgg > 1:19043/1‑91 (MQ=255) 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ccGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGAGGtt > 1:3450874/1‑91 (MQ=255) gATATATtaatgcttgctcaaataaatgttgagtagggattcatatatcggtcgctttttttgatttaacaaaaagggaaaatgtataagg < 1:2098955‑M1/91‑85 (MQ=255) gATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatatatcggtcgctttttttgatttaacaaaaagggaaaatgtataagg < 1:1617568‑M2/91‑50 (MQ=255) tatatGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatatatcggtcgctttttttgatttaacaaaaagggaaaatgtataaggaa < 1:2001878‑M2/91‑52 (MQ=255) atatGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCt > 1:2159610/1‑91 (MQ=255) tatGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTa < 1:3632527/91‑1 (MQ=255) atGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatatatcggtcgctttttttgatttaacaaaaagggaaaatgtataaggaatat < 1:352487‑M2/91‑55 (MQ=255) atGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTaa < 1:4142308/91‑1 (MQ=255) atGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTaa < 1:4141308/91‑1 (MQ=255) atGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTaa < 1:1094604/91‑1 (MQ=255) tGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatatatcggtcgctttttttgatttaacaaaaagggaaaatgtataaggaatatg < 1:1415238‑M2/91‑56 (MQ=255) tGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTAat < 1:1576968/91‑1 (MQ=255) tGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTAat > 1:4045927/1‑91 (MQ=255) tGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTAat < 1:1132044/91‑1 (MQ=255) | ATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTAAT > USA300TCH1516_ALE/2525504‑2525679 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |