| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2537754 = | 96 (0.980) | 10 (0.120) | 8/138 | NT | 12.1% | intergenic (+108/+46) | USA300TCH1516_02423/gpmA_2 | hypothetical protein/2,3‑bisphosphoglycerate‑dependent phosphoglycerate mutase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2537797 = | 62 (0.730) | intergenic (+151/+3) | USA300TCH1516_02423/gpmA_2 | hypothetical protein/2,3‑bisphosphoglycerate‑dependent phosphoglycerate mutase | |||||
Only 100 of 143 total aligned reads displayed.
TATTGTATGTCTAACTATATTTTCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTC > USA300TCH1516_ALE/2537664‑2537844 | tatTGTATGTCTAACTATATTTTCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTa < 1:1131866/91‑1 (MQ=255)tatTGTATGTCTAACTATATTTTCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTa < 1:1487410/91‑1 (MQ=255)atcattaattatgaaattaaaacaggtgcaccgcttgtttatgaattaacggatgatttagaagttattgataaatactacttataaaaaa > 1:1731908‑M1/91‑91 (MQ=255) tcattaattatgaaattaaaacaggtgcaccgcttgtttatgaattaacggatgatttagaagttatagataaatacttcttataaaaaaa > 1:3175657‑M1/90‑91 (MQ=255) tcattaattatgaaattaaaacaggtgcaccgcttgtttatgaattaacggatgatttagaagttatagataaatactactaataaacaaa < 1:3731117‑M1/2‑1 (MQ=255) atTGTATGTCTAACTATATTTTCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACCTCACATATTTaa < 1:3189974/91‑1 (MQ=255) atTGTATGTCTAACTATATTTTCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACATCACATATTTaa < 1:3190014/91‑1 (MQ=255) ttGTATGTCTAACTATATTTTCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAag < 1:3180324/91‑1 (MQ=255) attaattatgaaattaaaacaggtgcaccgcttgtttatgaattaacggatgatttagaagttatagataaatactacttataaaaaAaga < 1:2656826‑M1/4‑1 (MQ=255) attaattatgaaattaaaacaggtgcaccgcttgtttatgaattaacggatgatttagaagttatagataaatactacttataaaaaAaga > 1:315722‑M1/88‑91 (MQ=255) ttaattatgaaattaaaacaggtgcaccgcttgtttatgaattaacggatgatttagaagttatagataaatactacttataaaaaAagag > 1:1814820‑M1/87‑91 (MQ=255) ttaattatgaaattaaaacaggtgcaccgcttgtttatgaattaacggatgatttagaagttatagataaatactacttataaaaaAagag > 1:4034465‑M1/87‑91 (MQ=255) gTATGTCTAACTATATTTTCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAagag > 1:1565209/1‑91 (MQ=255) taattatgaaattaaaacaggtgcaccgcttgtttatgaattaacggatgatttagaagttatagataaatactacttataaaaaAAGAGc > 1:944002‑M1/86‑91 (MQ=255) tATGTCTAACTATATTTTCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATACAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGc > 1:3599950/1‑91 (MQ=255) aTGTCTAACTATATTTTCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCt < 1:2147647/91‑1 (MQ=255) gTCTAACTATATTTTCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGc < 1:1465047/91‑1 (MQ=255) tatgaaattaaaacaggtgcaccgcttgtttatgaattaacggatgatttagaagttatagataaatactacttataaaaaAAGAGCTGCa < 1:1186264‑M1/10‑1 (MQ=255) tatgaaattaaaacaggtgcaccgcttgtttatgaattaacggatgatttagaagttatagataaatactacttataaaaaAAGAGCTGCa > 1:3884756‑M1/82‑91 (MQ=255) tatgaaattaaaacaggtgcaccgcttgtttatgaattaacggatgatttagaagttatagataaatactacttataaaaaAAGAGCTGCa < 1:1240679‑M1/10‑1 (MQ=255) tatgaaattaaaacaggtgcaccgcttgtttatgaattaacggatgatttagaagttatagataaatactacttataaaaaAAGAGCTGCa < 1:1240257‑M1/10‑1 (MQ=255) tatgaaattaaaacaggtgcaccgcttgtttatgaattaacggatgatttagaagttatagataaatactacttataaaaaAAGAGCTGCa < 1:1240209‑M1/10‑1 (MQ=255) tatgaaattaaaacaggtgcaccgcttgtttatgaattaacggatgatttagaagttatagataaatactacttataaaaaAAGAGCTGCa > 1:4037527‑M1/82‑91 (MQ=255) tCTAACTATATTTTCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCa < 1:2836793/91‑1 (MQ=255) tCTAACTATATTTTCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCa > 1:1807888/1‑91 (MQ=255) cTAACTATATTTTCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCat > 1:1335860/1‑91 (MQ=255) cTAACTATATTTTCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCat > 1:1335739/1‑91 (MQ=255) atgaaattaaaacaggtgcaccgcttgtttatgaattaacggatgatttagaagttatagataaatactacttataaaaaAAGAGCTGCat > 1:57906‑M1/81‑91 (MQ=255) tAACTATATTTTCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCata < 1:3698598/91‑1 (MQ=255) tAACTATATTTTCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCata < 1:804208/91‑1 (MQ=255) tAACTATATTTTCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCata > 1:2311971/1‑91 (MQ=255) tAACTATATTTTCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCata > 1:2311494/1‑91 (MQ=255) tAACTATATTTTCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCata < 1:2206563/91‑1 (MQ=255) gaaattaaaacaggtgcaccgcttgtttatgaattaacggatgatttagaagttatagataaatactacttataaaaaAAGAGCtgcacgg < 1:178644‑M1/13‑4 (MQ=255) aCTATATTTTCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCAtata < 1:2561493/91‑1 (MQ=255) aCTATATTTTCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCAtata < 1:2561254/91‑1 (MQ=255) aCTATATTTTCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCAtata > 1:1042902/1‑91 (MQ=255) atatTTTCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTGACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATacac < 1:3301239/91‑1 (MQ=255) atatTTTCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATacac < 1:556638/91‑1 (MQ=255) atatTTTCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATacac < 1:494555/91‑1 (MQ=255) tatTTTCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATAcact < 1:1899390/91‑1 (MQ=255) tatTTTCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACACTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATAcact > 1:3534961/1‑91 (MQ=255) tatTTTCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACACTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATAcact > 1:3534181/1‑91 (MQ=255) atTTTCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATAcactc < 1:2782193/91‑1 (MQ=255) tttCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATAcactcac < 1:339244/91‑1 (MQ=255) tttCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATAcactcac < 1:339231/91‑1 (MQ=255) cGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTcc < 1:2029772/91‑1 (MQ=255) gAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCt < 1:3811676/91‑1 (MQ=255) gTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTtg < 1:1030258/91‑1 (MQ=255) gcaccgcttgtttatgaattaacggatgatttagaagttatagataaatactacttataaaaaAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTtgt > 1:3814260‑M1/64‑91 (MQ=255) caccgcttgtttatgaattaacggatgatttagaagttatagataaatactacttataaaaaAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTtgtg > 1:951095‑M1/63‑91 (MQ=255) caccgcttgtttatgaattaacggatgatttagaagttatagagaaatactacttataaaaaAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTtgtg > 1:4151459‑M1/63‑91 (MQ=255) accgcttgtttatgaattaacggatgatttagaagttatagataaatactacttataaaaaAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTgtgt > 1:450050‑M1/62‑91 (MQ=255) accgcttgtttatgaattaacggatgatttagaagttatagataaatactacttataaaaaAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTgtgt > 1:3344378‑M1/62‑91 (MQ=255) cccTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTa > 1:909780/1‑91 (MQ=255) ccTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTAc > 1:2481411/1‑91 (MQ=255) ttgtttatgaattaacggatgatttagaagttatagataaatactacttataaaaaAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATg > 1:2836781‑M1/57‑91 (MQ=255) aGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATg < 1:3084221/91‑1 (MQ=255) tgtttatgaattaacggatgatttagaagttatagataaatactacttataaaaaAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGc > 1:1732947‑M1/56‑91 (MQ=255) cTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCa < 1:2642124/91‑1 (MQ=255) tCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAg < 1:2281996/91‑1 (MQ=255) gTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGct > 1:662439/1‑91 (MQ=255) gaattaacggatgatttagaagttatagataaatactacttataaaaaAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCtt > 1:2714362‑M1/49‑91 (MQ=255) aaTATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCtt > 1:1670324/1‑91 (MQ=255) ataAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCttttt < 1:923292/91‑1 (MQ=255) taAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCtttttt > 1:552493/1‑91 (MQ=255) taAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCtttttt < 1:37870/91‑1 (MQ=255) taAACTCTATACTTAACTATTTCCTAACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCtttttt < 1:309209/91‑1 (MQ=255) aaCTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTta > 1:1981292/1‑91 (MQ=255) ctctATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTtata > 1:2923068/1‑91 (MQ=255) tctATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATaa < 1:1882784/91‑1 (MQ=255) ctATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAag > 1:810622/1‑91 (MQ=255) ctATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAag > 1:1265909/1‑91 (MQ=255) ctATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAag > 1:1265973/1‑91 (MQ=255) tataCTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAagt < 1:2031010/91‑1 (MQ=255) ataCTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAagta < 1:611040/91‑1 (MQ=255) taCTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAagtag < 1:1120367/91‑1 (MQ=255) cTTAACTATCTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATGAgtagta > 1:2088168/1‑91 (MQ=255) 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tACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTaaa < 1:1754214/91‑1 (MQ=255) cTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAatc > 1:1385284/1‑91 (MQ=255) cTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAatc > 1:2475741/1‑91 (MQ=255) ttCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAatca < 1:1903429/91‑1 (MQ=255) acaTATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATcc > 1:2016022/1‑91 (MQ=255) caTATTTAAGAGCTGCATATACCCTCACTCCTTCTGTCCATGCAGCCCTTTTTTTGTAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTCAATCATCCg > 1:3305304/1‑91 (MQ=255) caTATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCg > 1:2680886/1‑91 (MQ=255) caTATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCg < 1:1766262/91‑1 (MQ=255) caTATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCg > 1:3575168/1‑91 (MQ=255) caTATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCg > 1:1606368/1‑91 (MQ=255) tttAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTaa < 1:2427120/91‑1 (MQ=255) ttAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAAt > 1:2823418/1‑91 (MQ=255) AAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTc < 1:2536660‑M1/91‑1 (MQ=255) AAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTc < 1:2536392‑M1/91‑1 (MQ=255) | TATTGTATGTCTAACTATATTTTCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTC > USA300TCH1516_ALE/2537664‑2537844 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |