| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2537754 = | 96 (0.980) | 10 (0.120) | 8/138 | NT | 12.1% | intergenic (+108/+46) | USA300TCH1516_02423/gpmA_2 | hypothetical protein/2,3‑bisphosphoglycerate‑dependent phosphoglycerate mutase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2537797 = | 62 (0.730) | intergenic (+151/+3) | USA300TCH1516_02423/gpmA_2 | hypothetical protein/2,3‑bisphosphoglycerate‑dependent phosphoglycerate mutase | |||||
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
ATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAGCGGTGCACCTGTTTTAATTTCATAATTAATGATA > USA300TCH1516_ALE/2537707‑2537887 | atatAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCttt < 1:2892298/91‑1 (MQ=255) ataAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCttttt < 1:923292/91‑1 (MQ=255) taAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCtttttt > 1:552493/1‑91 (MQ=255) taAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCtttttt < 1:37870/91‑1 (MQ=255) aaaCTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCttttttt < 1:2387836/91‑1 (MQ=255) aaCTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTta > 1:1981292/1‑91 (MQ=255) aaCTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTta < 1:365495/91‑1 (MQ=255) aCTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTtat < 1:3335140/91‑1 (MQ=255) tctATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATaa < 1:1882784/91‑1 (MQ=255) ctATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAag > 1:1265909/1‑91 (MQ=255) ctATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAag > 1:1265973/1‑91 (MQ=255) tataCTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAagt < 1:2031010/91‑1 (MQ=255) tataCTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAagt < 1:2031070/91‑1 (MQ=255) ataCTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAagta > 1:125644/1‑91 (MQ=255) ataCTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAagta > 1:3251617/1‑91 (MQ=255) ataCTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAagta < 1:611040/91‑1 (MQ=255) taCTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAagtag < 1:1120367/91‑1 (MQ=255) cTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAgtagta < 1:2021970/91‑1 (MQ=255) cTTAACTATCTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATGAgtagta > 1:2088168/1‑91 (MQ=255) tAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTAtt < 1:2319884/91‑1 (MQ=255) tatagataaatactacttataaaaaaagagctgcatgtacacaaggagtgagtgtatatgcagctcttTTTTTATAAGTAGTATTTATCta > 1:1921868‑M2/69‑91 (MQ=255) tagataaatactacttataaaaaAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCtata > 1:1921868‑M1/24‑91 (MQ=255) tCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCtata > 1:2854359/1‑91 (MQ=255) tCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCtata > 1:2806696/1‑91 (MQ=255) aCATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTc < 1:2795690/91‑1 (MQ=255) cATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCt < 1:1682544/91‑1 (MQ=255) cATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCt < 1:1226071/91‑1 (MQ=255) ttACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTaa < 1:1160780/91‑1 (MQ=255) ttACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTACTaa > 1:2937337/1‑91 (MQ=255) tACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTaaa < 1:1754214/91‑1 (MQ=255) cTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAatc > 1:2475741/1‑91 (MQ=255) cTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAatc > 1:1385284/1‑91 (MQ=255) tCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAatcat > 1:2706328/1‑91 (MQ=255) acaTATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATcc > 1:2016022/1‑91 (MQ=255) caTATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCg > 1:1606368/1‑91 (MQ=255) caTATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCg > 1:3575168/1‑91 (MQ=255) caTATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCg > 1:2680886/1‑91 (MQ=255) caTATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCg < 1:1766262/91‑1 (MQ=255) atatTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGt > 1:444295/1‑91 (MQ=255) tatTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGtt > 1:3518204/1‑91 (MQ=255) tttAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTaa < 1:2427120/91‑1 (MQ=255) ttAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAAt > 1:3120596/1‑91 (MQ=255) ttAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAAt > 1:2823945/1‑91 (MQ=255) tAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAAtt < 1:702800/91‑1 (MQ=255) aagagctgcatgtacacaaggagtgagtgtatatgcagctcttTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTc > 1:2714362‑M2/44‑91 (MQ=255) AAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTc < 1:2536392‑M1/91‑1 (MQ=255) AAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTc < 1:2536660‑M1/91‑1 (MQ=255) AAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTc < 1:2536730‑M1/91‑1 (MQ=255) AAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTc < 1:508563‑M1/91‑1 (MQ=255) agagctgcatgtacacaaggagtgagtgtatatgcagctcttTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCa > 1:2213944‑M2/43‑91 (MQ=255) AGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCa > 1:3090581‑M1/1‑91 (MQ=255) GAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCAt > 1:2524832‑M1/1‑91 (MQ=255) gcatgtacacaaggagtgagtgtatatgcagctcttTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACa > 1:1732947‑M2/37‑91 (MQ=255) GCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACa < 1:3583083‑M1/91‑1 (MQ=255) GCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACa < 1:2982419‑M1/91‑1 (MQ=255) GCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACa < 1:2982644‑M1/91‑1 (MQ=255) GCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACa < 1:3583306‑M1/91‑1 (MQ=255) catgtacacaaggagtgagtgtatatgcagctcttTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACaa > 1:2836781‑M2/36‑91 (MQ=255) CATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACaa > 1:2207750‑M1/1‑91 (MQ=255) CATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACaa > 1:1428567‑M1/1‑91 (MQ=255) ATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAg < 1:521783‑M1/91‑1 (MQ=255) taCACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAGCgg < 1:1732809/91‑1 (MQ=255) acacaaggagtgagtgtatatgcagctcttTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAGCGGt > 1:450050‑M2/31‑91 (MQ=255) acacaaggagtgagtgtatatgcagctcttTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAGCGGt > 1:3344378‑M2/31‑91 (MQ=255) cactcactCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAGCGGTg < 1:2722036/91‑1 (MQ=255) cactcactCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAGCGGTg > 1:1045835/1‑91 (MQ=255) cacaaggagtgagtgtatatgcagctcttTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAGCGGTg > 1:951095‑M2/30‑91 (MQ=255) acaaggagtgagtgtatatgcagctcttTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAGCGGTGc > 1:3814260‑M2/29‑91 (MQ=255) ctcactcCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAGCGGTGCa > 1:4032558/1‑91 (MQ=255) cactcCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAGCGGTGCAcc > 1:1201384/1‑91 (MQ=255) ctcCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAGCGGTGCACCTg < 1:3833670/91‑1 (MQ=255) ctcCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAGCGGTGCACCTg > 1:2301929/1‑91 (MQ=255) ccTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAGCGGTGCACCTGtt > 1:2766640/1‑91 (MQ=255) cTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAGCGGTGCACCTGttt < 1:3088438/91‑1 (MQ=255) cTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAGCGGTGCACCTGttt > 1:1689693/1‑91 (MQ=255) ttGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAGCGGTGCACCTGtttt < 1:1946315/91‑1 (MQ=255) ttGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAGCGGTGCACCTGtttt > 1:2364578/1‑91 (MQ=255) gtACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAGCGGTGCACCTGTTTTAAtt > 1:585890/1‑91 (MQ=255) 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tgcagctcttTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAGCGGTGCACCTGTTTTAATTTCAta > 1:4037527‑M2/11‑91 (MQ=255) tgcagctcttTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAGCGGTGCACCTGTTTTAATTTCAta < 1:3815635‑M2/81‑1 (MQ=255) tgcagctcttTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAGCGGTGCACCTGTTTTAATTTCAta < 1:1240209‑M2/81‑1 (MQ=255) tgcagctcttTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAGCGGTGCACCTGTTTTAATTTCAta < 1:1240257‑M2/81‑1 (MQ=255) gctcttTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAGCGGTGCACCTGTTTTAATTTCAtaatta > 1:944002‑M2/7‑91 (MQ=255) ctcttTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAGCGGTGCACCTGTTTTAATTTCAtaattaa > 1:4034465‑M2/6‑91 (MQ=255) ctcttTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAGCGGTGCACCTGTTTTAATTTCAtaattaa > 1:1814820‑M2/6‑91 (MQ=255) tcttTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAGCGGTGCACCTGTTTTAATTTCAtaattaat > 1:315722‑M2/5‑91 (MQ=255) tcttTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAGCGGTGCACCTGTTTTAATTTCAtaattaat < 1:2656826‑M2/87‑1 (MQ=255) ttTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAGCGGTGCACCTGTTTTAATTTCATAATTAATGa < 1:1666065‑M2/89‑1 (MQ=255) ttTTTTTATAAGAAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAGCGGTGCACCTGTTTTAATTTCATAATTAATGa > 1:3175657‑M2/3‑91 (MQ=255) tTTTTTATAAGTAGTATTTATCAATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAGCGGTGCACCTGTTTTAATTTCATAATTAATGAt > 1:1731908‑M2/2‑91 (MQ=255) tttttATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAATAAGCGGTGCACCTGTTTTAATTTCATAATTAATGata < 1:3497229/91‑1 (MQ=255) tttttATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAGCGGTGCACCTGTTTTAATTTCATAATTAATGata > 1:2772750/1‑91 (MQ=255) | ATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAGCGGTGCACCTGTTTTAATTTCATAATTAATGATA > USA300TCH1516_ALE/2537707‑2537887 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |