BRESEQ :: Evidence

New junction evidence
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*	?	USA300TCH1516_ALE	= 2633349	65 (0.660)	11 (0.110) +GC	6/156	NT	13.6%	coding (2599/3057 nt)	fnbA_2	Fibronectin‑binding protein A

Only 100 of 101 total aligned reads displayed.

GTTGGAGTTTCTGGCTCACTCGGCACTTCTGGTGTCGGTGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTTGGTGGCGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTCGGTGGCGTTGGTGGCACGATTGGAGGTGTTGTATCTTCTTCAATCGTTTGTTGACCTTC  >  USA300TCH1516_ALE/2633183‑2633361

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gtTGGAGTTTCTGGCTCACTCGGCACTTCTGGTGTCGGTGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTTGGTGGCGTTGgtg                                                                                          <  1:529633/91‑1 (MQ=255)

gtTGGAGTTTCTGGCTCACTCGGCACTTCTGGTGTCGGTGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTTGGTGGCGTTGgtg                                                                                          <  1:2762127/91‑1 (MQ=255)

gtTGGAGTTTCTGGCTCACTCGGCACTTCTGGTGTCGGTGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTTGGTGGCGTTGgtg                                                                                          <  1:1430882/91‑1 (MQ=255)

 ttGGAGTTTCTGGCTCACTCGGCACTTCTGGTGTCGGTGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTTGGTGGCGTTGgtgt                                                                                         >  1:1233244/1‑91 (MQ=255)

  tGGAGTTTCTGGCTCACTCGGCACTTCTGGTGTCGGTGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTTGGTGGCGTTGGTGtt                                                                                        <  1:1928595/91‑1 (MQ=255)

     aGTTTCTGGCTCACTCGGCACTTCTGGTGTCGGTGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTTGGTGGCGTTGGTGTTTcc                                                                                     >  1:1233129/1‑91 (MQ=255)

      gTTTCTGGCTCACTCGGCACTTCTGGTGTCGGTGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTTGGTGGCGTTGGTGTTTCCg                                                                                    >  1:3365606/1‑91 (MQ=255)

         tCTGGCTCACTCGGCACTTCTGGTGTCGGTGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTTGGTGGCGTTGGTGTTTCCGGCt                                                                                 <  1:1763038/91‑1 (MQ=255)

          cTGGCTCACTCGGCACTTCTGGTGTCGGTGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTTGGTGGCGTTGGTGTTTCCGGCTc                                                                                >  1:26288/1‑91 (MQ=255)

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           tGGCTCACTCGGCACTTCTGGTGTCGGTGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTTGGTGGCGTTGGTGTTTCCGGCTCa                                                                               >  1:1217190/1‑91 (MQ=255)

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                 aCTCGGCACTTCTGGTGTCGGTGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTTGGTGGCGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGt                                                                         <  1:1961386/91‑1 (MQ=255)

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                                                                      cTGGTGTTGGTGGCGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTCGGTGGCGTTGGTGGCACGATTGGAGGTGTTGTATCttcttc                    >  1:2153900/1‑91 (MQ=255)

                                                                       tGGTGTTGGTGGCGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTCGGTGGCGTTGGTGGCACGATTGGAGGTGTTGTATCTTCTTCa                   >  1:83834/1‑91 (MQ=255)

                                                                       tGGTGTTGGTGGCGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTCGGTGGCGTTGGTGGCACGATTGGAGGTGTTGTATCTTCTTCa                   <  1:3248111/91‑1 (MQ=255)

                                                                         gtgtTGGTGGCGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTCGGTGGCGTTGGTGGCACGATTGGAGGTGTGGTATCTTCTTCAAt                 <  1:689657/91‑1 (MQ=255)

                                                                          tgtTGGTGGCGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTCGGTGGCGTTGGTGGCACGATTGGAGGTGTTGTATCTTCTTCAATc                <  1:2979352/91‑1 (MQ=255)

                                                                           gtTGGTGGCGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTCGGTGGCGTTGGTGGCACGATTGGAGGTGTTGTATCTTCTTCAATCg               <  1:3962165/91‑1 (MQ=255)

                                                                           gtTGGTGGCGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTCGGTGGCGTTGGTGGCACGATTGGAGGTGTTGTATCTTCTTCAATCg               <  1:2640389/91‑1 (MQ=255)

                                                                             tggtggCGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTCGGTGGCGTTGGTGGCACGATTGGAGGTGTTGTATCTTCTTCAATCGtt             >  1:2431862/1‑91 (MQ=40)

                                                                             tggtggCGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTCGGTGGCGTTGGTGGCACGATTGGAGGTGTTGTATCTTCTTCAATCGtt             >  1:1101701/1‑91 (MQ=40)

                                                                                tggCGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTCGGTGGCGTTGGTGGCACGATTGGAGGTGTTGTATCTTCTTCAATCGTttgt          >  1:1287977/1‑91 (MQ=39)

                                                                                 ggCGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTCGGTGGCGTTGGTGGCACGATTGGAGGTGTTGTATCTTCTTCAATCGTttgtt         >  1:626972/1‑91 (MQ=38)

                                                                                   cGTTGGTGTTTCCGGCCCACTTGGTACTTCTGGTGTCGGTGGCGTTGGTGGCACGCTTGGAGGAGTTGTATCTTCTTCAATCGTTTGTTGa       >  1:459704/1‑91 (MQ=255)

                                                                                     ttGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTCGGTGGCGTTGGTGGCACGATTGGAGGTGTTGTATCTTCTTCAATCGTTTGTTGAcc     <  1:2160439/91‑1 (MQ=34)

                                                                                      tGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTCGGTGGCGTTGGTGGCACGATTGGAGGTGTTGTATCTTCTTCAATCGTTTGTTGACCt    <  1:3621146/91‑1 (MQ=33)

                                                                                       ggTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTCGGTGGCGTTGGTGGCACGATTGGAGGTGTTGTATCTTCTTCAATCGTTTGTTGACCtt   >  1:2431213/1‑91 (MQ=34)

                                                                                       ggTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTCGGTGGCGTTGGTGGCACGATTGGAGGTGTTGTATCTTCTTCAATCGTTTGTTGACCtt   >  1:2431200/1‑91 (MQ=33)

                                                                                       ggTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTCGGTGGCGTTGGTGGCACGATTGGAGGTGTTGTATCTTCTTCAATCGTTTGTTGACCtt   <  1:832809/91‑1 (MQ=34)

                                                                                        gtgtTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTCGGTGGCGTTGGTGGCACGATTGGCGGTGTTGTATCTTCTTCAATCGTTTGTTGACCTTc  >  1:238482/1‑91 (MQ=21)

GTTGGAGTTTCTGGCTCACTCGGCACTTCTGGTGTCGGTGGTGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTTGGTGGCGTTGGTGTTTCCGGCTCACTTGGTACTTCTGGTGTCGGTGGCGTTGGTGGCACGATTGGAGGTGTTGTATCTTCTTCAATCGTTTGTTGACCTTC  >  USA300TCH1516_ALE/2633183‑2633361

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 22 ≤` `ATCG/ATCG` `< 37 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.