| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2687471 = | 83 (0.840) | 14 (0.170) | 6/138 | NT | 19.8% | intergenic (+25/+44) | clpL/USA300HOU_RS13835 | ATP‑dependent Clp protease ATP‑binding subunit ClpL/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2687511 = | 42 (0.500) | intergenic (+65/+4) | clpL/USA300HOU_RS13835 | ATP‑dependent Clp protease ATP‑binding subunit ClpL/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
CATACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAAC > USA300TCH1516_ALE/2687381‑2687561 | aacaaggaaaatgtggtacatgtgacattaatcgtgattgttgtggaacagaacagcacacagcgaatcattttccagggaaataattaaa > 1:2733785‑M1/91‑91 (MQ=255) aTACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCaa > 1:2095264/1‑91 (MQ=255) caaggaaaatgtggtacatgtgacattaatcgtgattgttgtggaacagaacagcacacagcgaatcattttccagggaaataattaaaaa > 1:742470‑M1/89‑91 (MQ=255) aaggaaaatgtggtacatgtgacattaatcgtgattgttgtggaacagaacagcacacagcgaatcattttccagggaaataattaaaaaa < 1:199778‑M1/4‑1 (MQ=255) cAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCaaaaa < 1:2477916/91‑1 (MQ=255) cAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCaaaaa > 1:1308969/1‑91 (MQ=255) aggaaaatgtggtacatgtgacattaatcgtgattgttgtggaacagaacagcacacagcgaatcattttccagggaaataattaaaaaaa < 1:3659698‑M1/5‑1 (MQ=255) aggaaaatgtggtacatgtgacattaatcgtgattgttgtggaacagaacagcacacagcgaatcattttccagggaaataattaaaaaaa > 1:3129501‑M1/87‑91 (MQ=255) ggaaaatgtggtacatgtgacattaatcgtgattgttgtggaacagaacagcacacagcgaatcattttccagggaaataattaaAAAAAt < 1:2755711‑M1/6‑1 (MQ=255) aGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAAt > 1:3498/1‑91 (MQ=255) gACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATg < 1:1977499/91‑1 (MQ=255) aaatgtggtacatgtgacattaatcgtgattgttgtggaacagaacagcacacagcgaatcattttccagggaaataattaaAAAAATGAg < 1:1349747‑M1/9‑1 (MQ=255) aaatgtggtacatgtgacattaatcgtgattgttgtggaacagaacagcacacagcgaatcattttccagggaaataattaaAAAAATGAg < 1:3225816‑M1/9‑1 (MQ=255) aaatgtggtacatgtgacattaatcgtgattgttgtggaacagaacagcacacagcgaatcattttccagggaaataattaaAAAAATGAg < 1:1193043‑M1/9‑1 (MQ=255) aatgtggtacatgtgacattaatcgtgattgttgtggaacagaacagcacacagcgaatcattttccagggaaataattaaAAAAATGAGc > 1:3664220‑M1/82‑91 (MQ=255) ttAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCa < 1:1105961/91‑1 (MQ=255) ttAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCa < 1:1520695/91‑1 (MQ=255) atgtggtacatgtgacattaatcgtgattgttgtggaacagaacagcacacagcgaatcattttccagggaaataattaaAAAAATGAGCa > 1:2495672‑M1/81‑91 (MQ=255) atgtggtacatgtgacattaatcgtgattgttgtggaacagaacagcacacagcgaatcattttccagggaaataattaaAAAAATGAGCa > 1:2495609‑M1/81‑91 (MQ=255) aaaCATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAGGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATc < 1:3293533/91‑1 (MQ=255) aaaCATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATc > 1:1373719/1‑91 (MQ=255) aCATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAg > 1:695933/1‑91 (MQ=255) aCATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAg > 1:1755144/1‑91 (MQ=255) aTGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGt < 1:1790106/91‑1 (MQ=255) gtgGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCg < 1:2115504/91‑1 (MQ=255) gtgGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCg < 1:1117210/91‑1 (MQ=255) gtgGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCg < 1:3754865/91‑1 (MQ=255) gtgGATACAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCg < 1:2073186/91‑1 (MQ=255) tgGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGc > 1:2961215/1‑91 (MQ=255) tgGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGc > 1:587330/1‑91 (MQ=255) ggATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGcc < 1:237161/91‑1 (MQ=255) gATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGccc < 1:2787965/91‑1 (MQ=255) gATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGccc < 1:3119916/91‑1 (MQ=255) atatAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCt > 1:3998961/1‑91 (MQ=255) atatAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCt > 1:4004746/1‑91 (MQ=255) taGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGc > 1:2458272/1‑91 (MQ=255) taGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGc > 1:1129241/1‑91 (MQ=255) taatcgtgattgttgtggaacagaacagcacacagcgaatcattttccagggaaataattaaAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCtg > 1:1757120‑M1/63‑91 (MQ=255) taatcgtgattgttgtggaacagaacagcacacagcgaatcattttccagggaaataattaaAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCtg > 1:363960‑M1/63‑91 (MQ=255) taatcgtgattgttgtggaacagaacagcacacagcgaatcattttccagggaaataattaaAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCtg > 1:363311‑M1/63‑91 (MQ=255) aTGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCtg < 1:3789846/91‑1 (MQ=255) aTGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCtg > 1:2177467/1‑91 (MQ=255) aTGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCtg > 1:3519482/1‑91 (MQ=255) tGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCtgt > 1:861482/1‑91 (MQ=255) tGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCtgt < 1:2382142/91‑1 (MQ=255) gTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCtgtg > 1:2529601/1‑91 (MQ=255) gTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCtgtg > 1:2251704/1‑91 (MQ=255) atcgtgattgttgtggaacagaacagcacacagcgaatcattttccagggaaataattaaAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCtgtg > 1:2276377‑M1/61‑91 (MQ=255) tcgtgattgttgtggaacagaacagcacacagcgaatcattttccagggaaataattaaAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGc > 1:3068004‑M1/60‑91 (MQ=255) tGAGGATAATGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCt < 1:3964569/91‑1 (MQ=255) cgtgattgttgtggaacagaacagcacacagcgaatcattttcccgggaaataatgaaAAAAATTAGCATCAGTTCGCCCTTGCCTGTGCt > 1:3297405‑M1/59‑91 (MQ=255) cgtgattgttgtggaacagaacagcacacagcgaatcattttccagggaaataattaaAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCt > 1:1745485‑M1/59‑91 (MQ=255) gAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTc < 1:2674846/91‑1 (MQ=255) gAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTc > 1:2851764/1‑91 (MQ=255) tgattgttgtggaacagaacagcacacagcgaatcattttccagggaaataattaaAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCa > 1:869962‑M1/57‑91 (MQ=255) tgattgttgtggaacagaacagcacacagcgaatcattttccagggaaataattaaAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCa > 1:3113362‑M1/57‑91 (MQ=255) aGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCa < 1:124062/91‑1 (MQ=255) ggATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCAt > 1:3466304/1‑91 (MQ=255) ggATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGATCAt > 1:3461398/1‑91 (MQ=255) ttgttgtggaacagaacagcacacagcgaatcattttccagggaaataattaaAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCAttt > 1:2846591‑M1/54‑91 (MQ=255) aCGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCAtttttt > 1:324413/1‑91 (MQ=255) aCGAATTAGTCGCAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCAtttttt > 1:3171344/1‑91 (MQ=255) aTTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAat < 1:4041387/91‑1 (MQ=255) aTTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAat > 1:498027/1‑91 (MQ=255) aTTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAat > 1:498003/1‑91 (MQ=255) aTTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTCTTTAat > 1:497798/1‑91 (MQ=255) ttAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAatt > 1:774705/1‑91 (MQ=255) tAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACAAAACGCGCATCAAAAATGAGCATGAGGTCGCCATTGAAGGTGCCAATTCTTTTaaatc > 1:3743262/1‑88 (MQ=255) aGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAattat > 1:233908/1‑91 (MQ=255) aGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAattat > 1:231811/1‑91 (MQ=255) 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aaCATATCGCGGATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGct < 1:3762354/91‑1 (MQ=255) aaCATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGct < 1:3037463/91‑1 (MQ=255) aaCATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGct < 1:2558367/91‑1 (MQ=255) aaCATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGct > 1:3446575/1‑91 (MQ=255) aaCATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGct > 1:642537/1‑91 (MQ=255) cATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGctgt > 1:3232024/1‑91 (MQ=255) atatCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGctgtt > 1:3454170/1‑91 (MQ=255) tCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGctgttctg > 1:2387322/1‑91 (MQ=255) tCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGctgttctg > 1:4081498/1‑91 (MQ=255) gcgcATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGctgttctgtt > 1:2038281/1‑91 (MQ=255) gcATCCAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCCCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGCGCTGTTCTGTTcc > 1:1739284/1‑91 (MQ=255) tCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCcaca > 1:1102906/1‑91 (MQ=255) AAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCacaac < 1:1435929‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCacaac > 1:2835400‑M1/1‑91 (MQ=255) | CATACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAAC > USA300TCH1516_ALE/2687381‑2687561 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |