| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | = 3781 | 215 (0.610) | 35 (0.110) | 13/140 | NT | 15.4% | intergenic (+397/‑87) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0005/USA300HOU_pUSA300HOUMR0006 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | CP000731 | = 3794 | 195 (0.640) | intergenic (+410/‑74) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0005/USA300HOU_pUSA300HOUMR0006 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 608 total aligned reads displayed.
AGTTTTAGATATAAAACTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATACGGTCTATTTATTTTTCTTTCGACGCCGTATCGTCGATGTAATTCAAAAAAGTTATGG > CP000731/3691‑3871 | tgtagatttatagcccataacttttttgaattacatcgacgatacggcgtcgaaagaaaaataaatagaccgtatgaaagaAAAAGCTAcc < 1:3772190‑M1/10‑1 (MQ=255) ttttAGATATAAAACTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTAcccc < 1:2340044/91‑1 (MQ=255) tttAGATATAAAACTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCa < 1:606719/91‑1 (MQ=255) tttAGATATAAAACTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCa < 1:1590977/91‑1 (MQ=255) ttAGATATAAAACTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAg < 1:3571222/91‑1 (MQ=255) tAGATATAAAACTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGa > 1:3082587/1‑91 (MQ=255) gATATAAAACTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATa < 1:1787577/91‑1 (MQ=255) tataAAACTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATaaa < 1:129214/91‑1 (MQ=255) ataAAACTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCtcactttatc < 1:41106‑M1/91‑11 (MQ=255) ataAAACTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAg > 1:2100759/1‑91 (MQ=255) ataAAACTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAg > 1:799704/1‑91 (MQ=255) aaaaCTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCtcactttatctg < 1:449664‑M1/91‑13 (MQ=255) aaaaCTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCtcactttatctg < 1:2249718‑M1/91‑13 (MQ=255) cccataacttttttgaattacatcgacgatacggcgtcgaaagaaaaataaatagaccgtatgaaagaAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGa > 1:3363308‑M1/69‑91 (MQ=255) aaaCTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCtcactttatctgg < 1:1478143‑M1/91‑14 (MQ=255) aCTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCtcactttatctgggg < 1:2719072‑M1/91‑16 (MQ=255) aCTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAgg > 1:2120068‑M2/1‑89 (MQ=255) aCTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAgg < 1:2706163‑M2/91‑3 (MQ=255) aCTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAgg > 1:4051048‑M2/1‑89 (MQ=255) cTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAggt > 1:796687‑M2/1‑88 (MQ=255) cTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAggt > 1:50096‑M2/1‑88 (MQ=255) cTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAggt > 1:801165‑M2/1‑88 (MQ=255) ataacttttttgaattacatcgacgatacggcgtcgaaagaaaaataaatagaccgtatgaaagaAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGt > 1:265823‑M1/66‑91 (MQ=255) tataTGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCtcactttatctggggta < 1:3625850‑M1/91‑18 (MQ=255) tataTGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAggta > 1:1015797‑M2/1‑87 (MQ=255) tatGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAggtagc > 1:684447‑M2/1‑85 (MQ=255) atGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAggtagct < 1:747201‑M2/91‑8 (MQ=255) gactcacCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAggtagcttt > 1:2864594‑M2/4‑82 (MQ=255) gAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAggtagcttt > 1:3058451‑M2/1‑82 (MQ=255) gAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAggtagcttt < 1:1430469‑M2/91‑10 (MQ=255) gAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAggtagcttt < 1:229087‑M2/91‑10 (MQ=255) aaTCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAggtagctttt < 1:853909‑M2/91‑11 (MQ=255) aTCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCttttt < 1:1940141/91‑1 (MQ=255) aTCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCttttt > 1:2145918/1‑91 (MQ=255) gaattacatcgacgatacggcgtcgaaagaaaaataaatagaccgtatgaaagaAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTtttctt > 1:3414875‑M1/55‑91 (MQ=255) ccTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAATAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCa > 1:4136100/1‑91 (MQ=255) ccTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCa < 1:3251857/91‑1 (MQ=255) tAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATa < 1:3377664/91‑1 (MQ=255) aaTCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATACg < 1:634959/91‑1 (MQ=255) cTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACACCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATACGGTc < 1:3507904/91‑1 (MQ=255) ttAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATACGGTCta > 1:874755/1‑91 (MQ=255) ttAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATACGGTCta < 1:912591/91‑1 (MQ=255) tAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATACGGTCtat < 1:237059/91‑1 (MQ=255) tAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATACGGTCtat > 1:2432084/1‑91 (MQ=255) aaaaTGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATACGGTCtatt < 1:766583/91‑1 (MQ=255) aaaTGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATACGGTCtattt < 1:2054125/91‑1 (MQ=255) aaTGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATACGGTCtattta < 1:402438/91‑1 (MQ=255) ATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATACGGTCtatttat > 1:13517‑M1/1‑91 (MQ=255) TGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATACGGTCtatttatt < 1:3843020‑M1/91‑1 (MQ=255) gcccttattttgaattttaagagggcatAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATACGGTCTatttattt > 1:3889177‑M2/29‑91 (MQ=255) CCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATACGGTCTATTTAtttt > 1:3000744‑M1/1‑91 (MQ=255) CTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATACGGTCTATTTATTTTTc < 1:2916027‑M1/91‑1 (MQ=255) TCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATACGGTCTATTTATTTTTCt > 1:1713910‑M1/1‑91 (MQ=255) TCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATACGGTCTATTTATTTTTCt > 1:2510453‑M1/1‑91 (MQ=255) TCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATACGGTCTATTTATTTTTCt < 1:2791785‑M1/91‑1 (MQ=255) tttgaattttaagagggcatAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATACGGTCTATTTATTTTTCTTTCg > 1:282746‑M2/21‑91 (MQ=255) aaaaTTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATACGGTCTATTTATTTTTCTTTCg > 1:2676087/1‑91 (MQ=255) aaTTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATACGGTCTATTTATTTTTCTTTCGAc > 1:1863803/1‑91 (MQ=255) aTTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTTCCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATACGGTCTATTTATTTTTCTTTCGACg < 1:2574201/91‑1 (MQ=255) ttCAAAATAGGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATACGGTCTATTTATTTTTCTTTCGACGc < 1:3971060/91‑1 (MQ=255) cAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATACGGTCTATTTATTTTTCTTTCGACGCCg < 1:571575/91‑1 (MQ=255) aaaaTAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTGCATACGGTCTATTTATTTTTCTTTCGACGCCGt > 1:3677125/1‑91 (MQ=255) 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aaGCTACCtcactttatctggggtagcttttattttttatgcccttattttgaattttaagagggcattttaaagatttaggggtgattca > 1:940351‑M1/1‑8 (MQ=255) aaGCTACCtcactttatctggggtagcttttattttttatgcccttattttgaattttaagagggcattttaaagatttaggggtgattca < 1:4132916‑M1/91‑84 (MQ=255) AAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATACGGTCTATTTATTTTTCTTTCGACGCCGTATCGCCGATGTAATTCaacaaa < 1:3914435‑M1/91‑1 (MQ=255) aGCTACCtcactatatctggggtagcttttattttttatgcccttattttgaattttaagagggcattttaaagatttaggggtgattcat > 1:3203977‑M1/1‑7 (MQ=255) gCTACCtcactttatctggggtagcttttattttttatgcccttattttgaattttacgagggcattttaaagatttaggggtgattcata > 1:1835745‑M1/1‑6 (MQ=255) gCTACCtcactttatctggggtagcttttattttttatgcccttattttgaattttaagagggcattttaaagatttaggggtgattcata < 1:3820769‑M1/91‑86 (MQ=255) gCTACCtcactttatctggggtagcttttattttttatgcccttattttgaattttaagagggcattttaaagatttaggggtgattcata < 1:3322717‑M1/91‑86 (MQ=255) gCTACCtcactttatctggggtagcttttattttttatgcccttattttgaattttaagagggcattttaaagatttaggggtgattcata < 1:3132229‑M1/91‑86 (MQ=255) gCTACCCCAGATAAAGTGAggtagcttttattttttatgcccttattttgaattttaagagggcattttaaagatttaggggtgattcata < 1:555973‑M2/91‑73 (MQ=255) gCTACCCCAGATAAAGTGAggtagcttttattttttatgcccttattttgaattttaagagggcattttaaagatttaggggtgattcata < 1:2180034‑M2/91‑73 (MQ=255) tACCCCAGATAAAGTGAggtagcttttattttttatgcccttattttgaattttaagagggcattttaaagatttaggggtgattcatata < 1:2224347‑M2/91‑75 (MQ=255) aCCCCAGATAAAGTGAggtagcttttattttttatgcccttattttgaattttaagagggcattttaaagatttaggggtgattcatatag < 1:2232534‑M2/91‑76 (MQ=255) CCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATACGGTCTATTTATTTTTCTTTCGACGCCGTATCGTCGATGTAATTCAAAAAAGTTATg < 1:1992352‑M1/91‑1 (MQ=255) CCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATACGGTCTATTTATTTTTCTTTCGACGCCGTATCGTCGATGTAATTCAAAAAAGTTATgg > 1:3550725‑M1/1‑91 (MQ=255) | AGTTTTAGATATAAAACTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATACGGTCTATTTATTTTTCTTTCGACGCCGTATCGTCGATGTAATTCAAAAAAGTTATGG > CP000731/3691‑3871 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |