| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | = 3781 | 215 (0.610) | 35 (0.110) | 13/140 | NT | 15.4% | intergenic (+397/‑87) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0005/USA300HOU_pUSA300HOUMR0006 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | CP000731 | = 3794 | 195 (0.640) | intergenic (+410/‑74) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0005/USA300HOU_pUSA300HOUMR0006 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 490 total aligned reads displayed.
AAACTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATACGGTCTATTTATTTTTCTTTCGACGCCGTATCGTCGATGTAATTCAAAAAAGTTATGGGCTATAAATCTAC > CP000731/3704‑3884 | cccataacttttttgaattacatcgacgatacggcgtcgaaagaaaaataaatagaccgtatgaaagaAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGa > 1:4005281‑M1/69‑91 (MQ=255)aaaCTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGa > 1:2951352/1‑91 (MQ=255) aCTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAgg < 1:2706591‑M2/91‑3 (MQ=255) aCTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAgg > 1:4051020‑M2/1‑89 (MQ=255) ataacttttttgaattacatcgacgatacggcgtcgaaagaaaaataaatagaccgtatgaaagaAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGt > 1:2672356‑M1/66‑91 (MQ=255) tataTGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAggta > 1:1015797‑M2/1‑87 (MQ=255) tatGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAggtagc > 1:2800881‑M2/1‑85 (MQ=255) tatGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAggtagc < 1:3132229‑M2/91‑7 (MQ=255) tatGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAggtagc < 1:1706250‑M2/91‑7 (MQ=255) tatGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAggtagc < 1:3852539‑M2/91‑7 (MQ=255) acttttttgaattacatcgacgatacggcgtcgaaagaaaaataaatagaccgtatgaaagaAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGc > 1:1138397‑M1/63‑91 (MQ=255) atGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATATAGTGAggtagct > 1:3203977‑M2/1‑84 (MQ=255) atGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAggtagct < 1:2879375‑M2/91‑8 (MQ=255) atGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAggtagct < 1:180725‑M2/91‑8 (MQ=255) 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tCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTtttc < 1:1654885/91‑1 (MQ=255) cACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTtttct < 1:3838711/91‑1 (MQ=255) ccccTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTtttcttt < 1:2168814/91‑1 (MQ=255) ccccTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTtttcttt > 1:235007/1‑91 (MQ=255) ccccTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTtttcttt > 1:34725/1‑91 (MQ=255) cccTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTtttctttc < 1:4099519/91‑1 (MQ=255) ccTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAATAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCa > 1:4136100/1‑91 (MQ=255) cTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCAt < 1:2592794/91‑1 (MQ=255) aaTCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATACg < 1:3615144/91‑1 (MQ=255) aaTCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATACg < 1:804344/91‑1 (MQ=255) aaTCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATACg < 1:634959/91‑1 (MQ=255) aaTCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATACg < 1:122813/91‑1 (MQ=255) aTCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATACgg > 1:2617569/1‑91 (MQ=255) tttAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATACGGTCt > 1:3207599/1‑91 (MQ=255) ttAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCCTACGGCCta > 1:3733457/1‑91 (MQ=255) ttAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATACGGTCta > 1:874755/1‑91 (MQ=255) ttAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATACGGTCta < 1:908293/91‑1 (MQ=255) ttAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATACGGTCta < 1:571468/91‑1 (MQ=255) tAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATACGGTCtat > 1:798797/1‑91 (MQ=255) aaaaTGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATACGGTCtatt > 1:2475079/1‑91 (MQ=255) GCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATACGGTCTatttattt < 1:3089703‑M1/91‑1 (MQ=255) cccttattttgaattttaagagggcatAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATACGGTCTATTTAtttt > 1:4883‑M2/28‑91 (MQ=255) CCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATACGGTCTATTTAttttt < 1:2310286‑M1/91‑1 (MQ=255) CTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATACGGTCTATTTATTTTTc > 1:928893‑M1/1‑91 (MQ=255) TCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATACGGTCTATTTATTTTTCt > 1:2510453‑M1/1‑91 (MQ=255) TCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATACGGTCTATTTATTTTTCt > 1:1612499‑M1/1‑91 (MQ=255) aaaTTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATACGGTCTATTTATTTTTCTTTCGa > 1:2202543/1‑91 (MQ=255) aaTTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATACGGTCTATTTATTTTTCTTTCGAc > 1:1863803/1‑91 (MQ=255) aTTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATACGGTCTATTTATTTTTCTTTCGACg < 1:2040133/91‑1 (MQ=255) aTTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATACGGTCTATTTATTTTTCTTTCGACg < 1:610230/91‑1 (MQ=255) aaaaTAAGGGCATAAAACATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATACGGTCTATTTATTTTTCTTTCGACgatac < 1:3555284/91‑5 (MQ=255) aaaaTAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATACGGTCTATTTATTTTTCTTTCGACgatac < 1:1767827/91‑5 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |