| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | = 25287 | 184 (0.520) | 12 (0.050) | 8/114 | NT | 7.6% | intergenic (+185/‑61) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0030/USA300HOU_pUSA300HOUMR0031 | Sin recombinase/hypothetical protein |
| ? | CP000731 | = 25310 | 159 (0.640) | intergenic (+208/‑38) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0030/USA300HOU_pUSA300HOUMR0031 | Sin recombinase/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 542 total aligned reads displayed.
AAGAGTACGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACA‑CTCATAAATGTCAAATACT‑TTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTA > CP000731/25197‑25377 | agagTACGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTg > 1:1835894/1‑91 (MQ=255) gagTACGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGt > 1:743171/1‑91 (MQ=255) gagTACGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGt > 1:266980/1‑91 (MQ=255) gagTACGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGt > 1:3126548/1‑91 (MQ=255) gagTACGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGt > 1:3193371/1‑91 (MQ=255) gagTACGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGt > 1:673939/1‑91 (MQ=255) gTACGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTAt > 1:3530784/1‑91 (MQ=255) gTACGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTAt > 1:805718/1‑91 (MQ=255) gTACGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTAt < 1:3483072/91‑1 (MQ=255) aCGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTACAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCa > 1:3322421/1‑91 (MQ=255) cGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCaa > 1:2792897/1‑91 (MQ=255) cGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCaa < 1:2679931/91‑1 (MQ=255) gAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCaaa < 1:1992325/91‑1 (MQ=255) gAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCaaa > 1:764885/1‑91 (MQ=255) tCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAata < 1:3655325/91‑1 (MQ=255) tCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAata < 1:1974545/91‑1 (MQ=255) cGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAatat > 1:2739369/1‑91 (MQ=255) gCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATAtt > 1:545179/1‑91 (MQ=255) aGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTa < 1:1548577/91‑1 (MQ=255) aGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTa > 1:1851448/1‑91 (MQ=255) gCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTac > 1:1394714/1‑91 (MQ=255) cTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTaca > 1:1364692/1‑91 (MQ=255) tttCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTaca‑c > 1:2821793/1‑91 (MQ=255) tCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACA‑CTc < 1:1315767/91‑1 (MQ=255) tataGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACA‑CTCATaa < 1:2120005‑M2/91‑3 (MQ=255) aaaataataataaaaggaattaaattcattataacacctcataAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACA‑CTCATaa > 1:2981965‑M1/44‑91 (MQ=255) gTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACA‑CTCATaaatgt > 1:2016593‑M2/1‑85 (MQ=255) tAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACA‑CTCATaaatgtc < 1:454268‑M2/91‑8 (MQ=255) tAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACA‑CTCATaaatgtc > 1:381341‑M2/1‑84 (MQ=255) tAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACA‑CTCATaaatgtc < 1:451711‑M2/91‑8 (MQ=255) aaTTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACA‑CTCATaaatgtca > 1:619487‑M2/1‑83 (MQ=255) ttGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTatgagtgtaaatatttttgatacaaatgtcaaa < 1:3351664‑M1/91‑34 (MQ=255) ttGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACA‑CTCATaaatgtcaaa < 1:576540‑M2/91‑11 (MQ=255) ttGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACA‑CTCATaaatgtcaaa > 1:3383765‑M2/1‑81 (MQ=255) gTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTatgagtgtaaatatttttgatacaaatgtcaaata < 1:3087373‑M1/91‑36 (MQ=255) ttttACTCATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACA‑CTCATaaatgtcaaatac > 1:2074464‑M2/1‑78 (MQ=255) tttACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACA‑CTCATaaatgtcaaatact < 1:4030804‑M2/91‑15 (MQ=255) tttACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACA‑CTCATaaatgtcaaatact < 1:4068907‑M2/91‑15 (MQ=255) ttACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACA‑CTCATaaatgtcaaatactt < 1:3623747‑M2/91‑16 (MQ=255) cTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACA‑CTCATaaatgtcaaatacttttt > 1:3257233‑M2/1‑73 (MQ=255) taataaGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACA‑CTCATaaatgtcaaatacttttta > 1:1453965‑M2/1‑72 (MQ=255) aataaGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACA‑CTCATaaatgtcaaatactttttac > 1:2224910‑M2/1‑71 (MQ=255) aataaGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACA‑CTCATaaatgtcaaatactttttac < 1:1905404‑M2/91‑21 (MQ=255) aaGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACA‑CTCATaaatgtcaaatactttttacatt > 1:41138‑M2/1‑68 (MQ=255) aGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACA‑CTCATAAATGTCAAATACT‑TTTTACAttt > 1:2059837/1‑91 (MQ=255) aGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACA‑CTCATAAATGTCAAATACT‑TTTTACAttt < 1:2938391/91‑1 (MQ=255) ggTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACA‑CTCATAAATGTCAAATACT‑TTTTACATTTa > 1:2407056/1‑91 (MQ=255) gtgtTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACA‑CTCATAAATGTCAAATACT‑TTTTACATTTAt < 1:3537318/91‑1 (MQ=255) gtgtTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACA‑CTCATAAATGTCAAATACT‑TTTTACATTTAt > 1:1917098/1‑91 (MQ=255) tgtTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACA‑CTCATAAATGTCAAATACT‑TTTTACATTTATg < 1:2298237/91‑1 (MQ=255) gtTTTAAAATATATTATAATGTAAACAGTATTTGACATTCGTATCAAAAATATTTACA‑CTCATAAATGTCAAATACT‑TTTTACATTTATGa < 1:3853351/91‑1 (MQ=255) gtTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACA‑CTCATAAATGTCAAATACT‑TTTTACATTTATGa > 1:694308/1‑91 (MQ=255) tttAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACA‑CTCATAAATGTCAAATACT‑TTTTACATTTATGAgg < 1:2516631/91‑1 (MQ=255) aaaaTATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACCTCATAAATGT‑AAAAAGTATTTGACATTTATGAgtgt < 1:2694539/91‑4 (MQ=17) aaaaTATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACA‑CTCATAAATGTCAAATACT‑TTTTACATTTATGAGgtgt > 1:3054122/1‑91 (MQ=255) aaaaTATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACA‑CTCATAAATGTCAAATACT‑TTTTACATTTATGAGgtgt > 1:1263624/1‑91 (MQ=255) aaaaTATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACA‑CTCATAAATGTCAAATACT‑TTTTACATTTATGAGgtgt < 1:2276728/91‑1 (MQ=255) aaaaTATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACA‑CTCATAAATGTCAAATACT‑TTTTACATTTATGAGgtgt > 1:1780277/1‑91 (MQ=255) aaaTATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCGAAAATATTTACACCTCATAAATGT‑AAAAAGTATTTGACATTTATGAgtgta < 1:2721353/91‑5 (MQ=9) aaTATATTAGAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACA‑CTCATAAATGTCAAATACT‑TTTTACATTTATGAGGTGTta < 1:3967943/91‑1 (MQ=255) tatatTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACA‑CTCATAAATGTCAAATACT‑TTTTACATTTATGAGGTGTtata < 1:3761991/91‑1 (MQ=255) attatAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACA‑CTCATAAATGTCAAATACT‑TTTTACATTTATGAGGTGTTATAATg > 1:16784/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |