| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | = 25287 | 184 (0.520) | 12 (0.050) | 8/114 | NT | 7.6% | intergenic (+185/‑61) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0030/USA300HOU_pUSA300HOUMR0031 | Sin recombinase/hypothetical protein |
| ? | CP000731 | = 25310 | 159 (0.640) | intergenic (+208/‑38) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0030/USA300HOU_pUSA300HOUMR0031 | Sin recombinase/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 499 total aligned reads displayed.
TATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTAATTTTTTCTTGTTTATGGACGGC > CP000731/25220‑25400 | tgaaggtaaatatttgttagttatagccgtccataaacaagaaaaaattaaaataataataaaaggaattaaattcattataacacCTCAt < 1:1565554‑M1/5‑1 (MQ=255)tatataGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCAt > 1:1310499/1‑91 (MQ=255) gaaggtaaatatttgttagttatagccgtccataaacaagaaaaaattaaaataataataaaaggaattaaattcattataacacCTCATa < 1:1412250‑M1/6‑1 (MQ=255) atataGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATa > 1:3113863‑M2/1‑90 (MQ=255) atataGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATa < 1:408516‑M2/91‑2 (MQ=255) aaaataataataaaaggaattaaattcattataacacctcataAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATaa > 1:3008787‑M1/44‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |