| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_012417 | = 500 | 5203 (0.520) | 262 (0.030) | 24/148 | NT | 5.1% | pseudogene (221/709 nt) | USA300HOU_RS14890 | replication protein |
| ? | NC_012417 | = 511 | 4987 (0.540) | pseudogene (232/709 nt) | USA300HOU_RS14890 | replication protein | |||||
Only 100 of 11110 total aligned reads displayed.
AGCATCTAACTAAAGCATTTGATAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGCACATGCATGTTTTGTTATGTGTTGAAAATGCATATTTTAGAAAAAAAGAGAATTATATAAC > NC_012417/410‑590 | cattcttcttgagttatataattctctttttttctaaaatatgcattttcaacacataacaaaacatgcatgtgctgattataacTACCGt < 1:10004‑M1/6‑1 (MQ=255) atctAACTAAAGCATTTGATAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTtaa < 1:957102‑M2/87‑1 (MQ=255) atctAACTAAAGCATTTGATAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTtaa < 1:548329‑M2/87‑1 (MQ=255) atctAACTAAAGCATTTGATAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTtaa < 1:3517080‑M2/87‑1 (MQ=255) tcttgagttatataattctctttttttctaaaatatgcattttcaacacataacaaaacatgcatgtgctgattataacTACCGTtaataa > 1:3125894‑M1/80‑91 (MQ=255) aactaaAGCATTTGATAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATaaa > 1:3258963/1‑91 (MQ=255) ctaaagCATTTGATAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATaaaaa > 1:3935667‑M2/7‑91 (MQ=255) taaagCATTTGATAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAAt < 1:2981997‑M2/86‑1 (MQ=255) aaagCATTTGATAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATg < 1:776046‑M2/87‑1 (MQ=255) gCATTTGATAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTGAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTcatttttattaacg < 1:3678002‑M1/91‑15 (MQ=255) cATTTGATAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTcatttttattaacgg < 1:3296042‑M1/91‑16 (MQ=255) aTTTGATAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGacggt < 1:3473922‑M2/91‑6 (MQ=255) aTTTGATAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGacggt < 1:909328‑M2/91‑6 (MQ=255) ttGATAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAg > 1:1869536/1‑91 (MQ=255) 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ataAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGCACATGCA < 1:3374557‑M1/91‑1 (MQ=255) taAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGCACATGCAT > 1:1995796‑M1/1‑91 (MQ=255) taAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGCACATGCAT < 1:4045414‑M1/91‑1 (MQ=255) aaaaGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGCACATGCATGt > 1:408395/1‑91 (MQ=255) aaaaGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTAGAATCAGCACATGCATGt > 1:3554076/1‑91 (MQ=255) aaaGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGCACATGCATGtt < 1:706216/91‑1 (MQ=255) gTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAgcacataacaaaacatg < 1:4126013‑M1/91‑18 (MQ=255) ttAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGCACATGCATGTTTTGtt > 1:1652406/1‑91 (MQ=255) ttAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGCACATGCATGTTTTGtt > 1:1269056/1‑91 (MQ=255) ttAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGCACATGCATGTTTTGtt > 1:3713276/1‑91 (MQ=255) ttAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGCACATGCATGTTTTGtt > 1:2134453/1‑91 (MQ=255) ttAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGCACATGCATGTTTTGtt < 1:737629/91‑1 (MQ=255) tAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGCACATGCATGTTTTGTTa < 1:1046177/91‑1 (MQ=255) aaaCAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGCACATGCATGTCTTGTTAt > 1:2073960/1‑91 (MQ=255) aaCAAGATTTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGCACATGCATGTTTTGTTAtg > 1:2279437/1‑91 (MQ=255) aaCAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGCACATGCATGTTTTGTTAtg > 1:2383405/1‑91 (MQ=255) aaCAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGCACATGCATGTTTTGTTAtg > 1:1767927/1‑91 (MQ=255) aCAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGCACATGCATGTTTTGTTAtgt > 1:670951/1‑91 (MQ=255) aaTCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGCACATGCATGTTTTGTTATGTGTtg < 1:1911491‑M2/91‑3 (MQ=255) aaTCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGCACATGCATGTTTTGTTATGTGTtg > 1:420265‑M2/1‑89 (MQ=255) aaTCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGCACATGCATGTTTTGTTATGTGTtg > 1:3749019‑M2/1‑89 (MQ=255) cTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGCACATGCATGTTTTGTTATGTGTTGaaa < 1:1454128/91‑1 (MQ=255) ttgttgGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGCACATGCATGTTTTGTTATGTGTTGAAAa < 1:4010454‑M2/91‑2 (MQ=255) ttgttgGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGCACATGCATGTTTTGTTATGTGTTGAAAa > 1:876527‑M2/1‑90 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |