New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_012417 | = 500 | 5203 (0.520) | 262 (0.030) | 24/148 | NT | 5.1% | pseudogene (221/709 nt) | USA300HOU_RS14890 | replication protein |
? | NC_012417 | = 511 | 4987 (0.540) | pseudogene (232/709 nt) | USA300HOU_RS14890 | replication protein |
Only 100 of 10100 total aligned reads displayed.
AAAGCATTTGATAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGCACATGCATGTTTTGTTATGTGTTGAAAATGCATATTTTAGAAAAAAAGAGAATTATATAACTCAAGAAGAAT > NC_012417/421‑601 | aaagCATTTGATAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATg > 1:3907098‑M2/5‑91 (MQ=255) aGCATTTGATAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGac > 1:122868‑M2/1‑89 (MQ=255) gCATTTGATAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGacg > 1:840323‑M2/1‑88 (MQ=255) gCATTTGATAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGacg < 1:1517914‑M2/91‑4 (MQ=255) cATTTGATAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGacgg > 1:1000904‑M2/1‑87 (MQ=255) aTTTGATAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGacggt < 1:4092221‑M2/91‑6 (MQ=255) aTTTGATAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGacggt < 1:3234373‑M2/91‑6 (MQ=255) aTTTGATAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGacggt < 1:2557731‑M2/91‑6 (MQ=255) aTTTGATAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGacggt < 1:1354373‑M2/91‑6 (MQ=255) tttGATAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGacggta < 1:1987937‑M2/91‑7 (MQ=255) ttGATAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAg > 1:3485577/1‑91 (MQ=255) tGATAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGt > 1:3268257/1‑91 (MQ=255) tGATAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGt > 1:91389/1‑91 (MQ=255) gATAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGtt < 1:3054356/91‑1 (MQ=255) gATAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGtt < 1:4013018/91‑1 (MQ=255) aTAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTta < 1:1646191/91‑1 (MQ=255) aTAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTta > 1:2301068/1‑91 (MQ=255) tAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTtat > 1:1394904/1‑91 (MQ=255) tAGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTtat > 1:3644749/1‑91 (MQ=255) aGGTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTtata > 1:2829399/1‑91 (MQ=255) ggTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATaa < 1:631880/91‑1 (MQ=255) ggTTGAGTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATaa < 1:3164109/91‑1 (MQ=255) 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gTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGca > 1:4049798/1‑91 (MQ=255) gTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGca > 1:1264527/1‑91 (MQ=255) gTAGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGca > 1:2750035/1‑91 (MQ=255) aGATATAAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGCACA < 1:1439319‑M1/91‑1 (MQ=255) tataAAAAGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGCACATGC > 1:805273‑M1/1‑91 (MQ=255) aaaaaGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGCAcatgcatg < 1:2485316/91‑1 (MQ=255) aaaaGGTTAAACCAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGCACATGCATGt > 1:3199804/1‑91 (MQ=255) aaaaGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGCACATGCATGt > 1:77503/1‑91 (MQ=255) aaaaGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGCACATGCATGt > 1:3530435/1‑91 (MQ=255) aaaGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGCACATGCATGtt > 1:3014140/1‑91 (MQ=255) aaaGGTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGCACATGCATGtt < 1:2524300/91‑1 (MQ=255) ggTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGCACATGCATGTTTTg > 1:958482/1‑91 (MQ=255) gTTAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGCACATGCATGTTTTGt < 1:2678067/91‑1 (MQ=255) ttAAACAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGCACATGCATGTTTTGtt < 1:737629/91‑1 (MQ=255) aaaCAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGCACATGCATGTTTTGTTAt > 1:216102/1‑91 (MQ=255) aaaCAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGCACATGCATGTTTTGTTAt > 1:2940022/1‑91 (MQ=255) aaaCAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGCTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGCACATGCATGTTTTGTTAt > 1:1793531/1‑91 (MQ=255) aaCAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGCACATGCATGTTTTGTTAtg > 1:3722090/1‑91 (MQ=255) aaCAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGCACATGCATGTTTTGTTAtg > 1:3379346/1‑91 (MQ=255) aaCAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGCACATGCATGTTTTGTTAtg > 1:1683289/1‑91 (MQ=255) aaCAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGCACATGCATGTTTTGTTAtg < 1:279424/91‑1 (MQ=255) aaCAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGCACATGCATGTTTTGTTAtg < 1:2232957/91‑1 (MQ=255) aCAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGCACATGCATGTCTTGTTAtgt > 1:3977333/1‑91 (MQ=255) cAAAATCTTGTTGGATTTATGCGTTCAACAGAAGTTACCGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAGCACATGCATGTTTTGTTAtgtg < 1:2976549/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |