New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_012417 | 987 = | 3888 (0.390) | 794 (0.090) | 29/138 | NT | 20.3% | pseudogene (708/709 nt) | USA300HOU_RS14890 | replication protein |
? | NC_012417 | 1013 = | 2877 (0.330) | coding (182/192 nt) | USA300HOU_RS15665 | hypothetical protein |
Only 100 of 14459 total aligned reads displayed.
TGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCAC > NC_012417/897‑1077 | aatatattgcgtttgtcttatttttgtgacactacatacagcatttgtcacaaaaataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaa < 1:849821‑M1/1‑1 (MQ=255) gCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAA < 1:781115‑M1/91‑1 (MQ=255) gCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAA > 1:1709887‑M1/1‑91 (MQ=255) atatattgcgtttgtcttatttttgtgacactacatacagcatttgtcacaaaaataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaa > 1:4072828‑M1/90‑91 (MQ=255) tatattgcgtttgtcttatttttgtgacactacatacagcatttgtcacaaaaataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaAAg < 1:2616101‑M1/3‑1 (MQ=255) tatattgcgtttgtcttatttttgtgacactacatacagcatttgtcacaaaaataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaAAg > 1:3671499‑M1/89‑91 (MQ=255) tattgcgtttgtcttatttttgtgacactacatacagcatttgtcacaaaaataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaAAGAc < 1:2258104‑M1/5‑1 (MQ=255) aGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGAC > 1:3916317‑M1/1‑91 (MQ=255) attgcgtttgtcttatttttgtgacactacatacagcatttgtcacaaaaataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaAAGACa < 1:3565202‑M1/6‑1 (MQ=255) tgatgaAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACAT < 1:628598‑M1/91‑1 (MQ=255) tgatgaAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACAT < 1:3068503‑M1/91‑1 (MQ=255) gatgaAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATT < 1:2995239‑M1/91‑1 (MQ=255) tgaAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAG > 1:3300458‑M1/1‑91 (MQ=255) cgtttgtcttatttttgtgacactacatacagcatttgtcacaaaaataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaAAGACATTAg < 1:515867‑M1/10‑1 (MQ=255) 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acaacaGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTcaacactaa < 1:592709‑M1/91‑10 (MQ=255) acaacaGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTcaacactaa < 1:1000134‑M1/91‑10 (MQ=255) acaacaGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTcaacactaa < 1:742511‑M1/91‑10 (MQ=255) tttttgtgacactacatacagcatttgtcacaaaaataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaAAGACATTAGTGTTGACTAAt > 1:3264458‑M1/71‑91 (MQ=255) tttttgtgacactacatacagcatttgtcacaaaaataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaAAGACATTAGTGTTGACTAAt > 1:2700900‑M1/71‑91 (MQ=255) tttttgtgacactacatacagcatttgtcacaaaaataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaAAGACATTAGTGTTGACTAAt > 1:666475‑M1/71‑91 (MQ=255) aacaGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGactaatg < 1:2412696‑M2/91‑8 (MQ=255) aacaGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGactaatg < 1:1033620‑M2/91‑8 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |