| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_012417 | = 3069 | 2218 (0.220) | 315 (0.030) | 24/146 | NT | 23.7% | intergenic (‑395/–) | USA300HOU_RS14900/– | hypothetical protein/– |
| ? | NC_012417 | = 3118 | 0 (0.000) | intergenic (‑444/–) | USA300HOU_RS14900/– | hypothetical protein/– | |||||
Only 100 of 12850 total aligned reads displayed.
ATAACTCGA‑TTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_012417/2979‑3125 | aTAACTCGA‑TTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA < 1:370250‑M1/91‑1 (MQ=255)aTAACTCGA‑TTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGGGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA < 1:3291996‑M1/91‑1 (MQ=255) tAACTCGA‑TTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATaaaaa‑a > 1:2591446/1‑91 (MQ=255) aactcgA‑TTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑c < 1:1034404‑M2/85‑1 (MQ=255) aactcgA‑TTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑c > 1:747992‑M2/7‑91 (MQ=255) actcgATTTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑c > 1:892716‑M2/6‑91 (MQ=255) actcgA‑TTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑cc > 1:972122‑M2/6‑91 (MQ=255) actcgA‑TTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑cc < 1:1456537‑M2/86‑1 (MQ=255) cgA‑TTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCa < 1:92982‑M2/89‑1 (MQ=255) ttATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑CCCGAGTTAT < 1:3223920‑M1/91‑1 (MQ=255) ttATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTAT < 1:3583941‑M1/91‑1 (MQ=255) ttATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTAT < 1:3915238‑M1/91‑1 (MQ=255) ttATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTAT < 1:3077900‑M1/91‑1 (MQ=255) ttATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTAT < 1:4039669‑M1/91‑1 (MQ=255) ttATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTAT < 1:2738508‑M1/91‑1 (MQ=255) atatatataGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTATAT < 1:49634‑M1/91‑1 (MQ=255) atatatataGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTATAT < 1:3658435‑M1/91‑1 (MQ=255) atatatataGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTATAT < 1:188173‑M1/91‑1 (MQ=255) tatatataGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTATATT > 1:2124092‑M1/1‑91 (MQ=255) atatataGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTATATTA < 1:3476082‑M1/91‑1 (MQ=255) tatataGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTATATTAT > 1:1329793‑M1/1‑91 (MQ=255) taGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAg < 1:1760504/91‑1 (MQ=255) tAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCg < 1:2553210/91‑1 (MQ=255) tAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCg < 1:3401676/91‑1 (MQ=255) tAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCg < 1:3623131/91‑1 (MQ=255) tAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTACGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCg > 1:3509743/1‑91 (MQ=255) TTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCtt < 1:1798409‑M1/91‑1 (MQ=255) tGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTa < 1:682875/91‑1 (MQ=255) ttttattatcttgattttcggttatacttctagtagtattatattgcatATAAAAAGACCCCCAG‑‑‑TATTATTAAGGTGTCGAATCTTAaat < 1:1112794‑M2/42‑1 (MQ=255) tatTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAaat > 1:824379‑M2/1‑88 (MQ=255) tACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAaataat > 1:1836675‑M2/1‑85 (MQ=255) cagtGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTACATAATAc > 1:2081877‑M2/5‑91 (MQ=255) cagtGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATAc > 1:3810441‑M2/5‑91 (MQ=255) aGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAaccccagtattatttaagattcgacaccttaataatataact < 1:2399682‑M1/91‑43 (MQ=255) gtgtTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAaccccagtattatttaagattcgacaccttaataatataactg < 1:3324173‑M1/91‑44 (MQ=255) tGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTgg > 1:4119497‑M2/2‑91 (MQ=255) tGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTgg < 1:457939‑M2/90‑1 (MQ=255) tGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTgg > 1:2162128‑M2/2‑91 (MQ=255) gtTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTggg < 1:2477976/91‑1 (MQ=255) tAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGt > 1:2287643/1‑91 (MQ=255) aaaCGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTc > 1:1261705/1‑91 (MQ=255) aaCGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCt > 1:1979703‑M2/1‑90 (MQ=255) aCGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCtt < 1:3878508‑M2/91‑3 (MQ=255) cGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCttt < 1:3776873‑M2/91‑4 (MQ=255) gtgtTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTATATTATTAGGGTGTCGAATCTTAGATAATACTGGGGGTCtttt > 1:1726954‑M2/1‑87 (MQ=255) gtgtTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCtttt < 1:2700232‑M2/91‑5 (MQ=255) gtgtTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCtttt > 1:2891504‑M2/1‑87 (MQ=255) gtgtTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCtttt < 1:2997474‑M2/91‑5 (MQ=255) gtTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCttttta < 1:2775148‑M2/91‑7 (MQ=255) gtTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCttttta < 1:1225152‑M2/91‑7 (MQ=255) gtTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCttttta < 1:534405‑M2/91‑7 (MQ=255) ttttGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTATa < 1:785779‑M2/91‑2 (MQ=255) ttttGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTATa < 1:2244742‑M2/91‑2 (MQ=255) ttttGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTATa < 1:1943880‑M2/91‑2 (MQ=255) tttGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTATat < 1:605479‑M2/91‑3 (MQ=255) ttGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAgacccccagtattatttaagattcgacaccttaataatataactggggttttttattgt < 1:1490839‑M1/91‑60 (MQ=255) ttGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTATatg < 1:263037‑M2/91‑4 (MQ=255) ttGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTATatg < 1:1915035‑M2/91‑4 (MQ=255) tgtgCGTGAAAGGAAAAGTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTATATTAGTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTGTTATatgc > 1:1376211‑M2/1‑87 (MQ=255) tgCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTATatgcaa < 1:3846232‑M2/91‑7 (MQ=255) tgCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTATatgcaa < 1:3545519‑M2/91‑7 (MQ=255) gCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTATatgcaat > 1:2437658‑M2/1‑84 (MQ=255) gCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTATatgcaat > 1:3995917‑M2/1‑84 (MQ=255) cGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTATatgcaata > 1:1295389‑M2/1‑83 (MQ=255) aaaGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTATatgcaatataat < 1:3431411‑M2/91‑13 (MQ=255) aaGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTATatgcaatataata > 1:1619360‑M2/1‑78 (MQ=255) aGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTATatgcaatataatac > 1:2357524‑M2/1‑77 (MQ=255) ggAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTATatgcaatataatact < 1:2929268‑M2/91‑16 (MQ=255) aaaTTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTATatgcaatataatactact < 1:8576‑M2/91‑19 (MQ=255) aTTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTATatgcaatataatactactag > 1:4153731‑M2/1‑71 (MQ=255) aTTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAAGTCTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTATatacaatataatactactag > 1:64369‑M2/1‑71 (MQ=255) ttGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTATatgcaatataatactactagaa > 1:30409‑M2/1‑69 (MQ=255) aCAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTATatgcaatataatactactagaagta < 1:169802‑M2/91‑26 (MQ=255) aCAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTATatgcaatataatactactagaagta < 1:2052249‑M2/91‑26 (MQ=255) aCAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTATatgcaatataatactactagaagta < 1:2519022‑M2/91‑26 (MQ=255) cAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTATatgcaatataatactactagaagtat < 1:1576332‑M2/91‑27 (MQ=255) cAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTATatgcaatataatactactagaagtat < 1:3186291‑M2/91‑27 (MQ=255) aaTAAAAA‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTATatgcaatataatactactagaagtata < 1:1154026‑M2/91‑28 (MQ=255) aTAAAAAgacccccagtattatttaagattcgacaccttaataatataactggggttttttattgtcaaattttcctttcacgcacaaaaa < 1:2816497‑M1/91‑85 (MQ=255) aTAAAAA‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTATatgcaatataatactactagaagtataa > 1:2205577‑M2/1‑63 (MQ=255) aTAAAAA‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTATatgcaatataatactactagaagtataa > 1:574604‑M2/1‑63 (MQ=255) tAAAAAgacccccagtattatttaagattcgacaccttaataatataactggggttttttattgtcaaattttcctttcacgcacaaaaac > 1:1661146‑M1/1‑6 (MQ=255) tAAAAAgacccccagtattatttaagatccgacaccttaataatataactggggttttttattgtcaaattttcctttcacgcacaaaaac < 1:141541‑M1/91‑86 (MQ=255) aaaaa‑a‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTATatgcaatataatactactagaagtataacc < 1:1534806‑M2/91‑31 (MQ=255) aaaagacccccagtattatttaagattcgacaccttaataatataactggggttttttattgtcaaattttcctttcacgcacaaaaacac > 1:2667485‑M1/1‑4 (MQ=255) aaaagacccccagtattatttaagattcgacaccttaataatataactggggttttttattgtcaaattttcctttcacgcacaaaaacac > 1:118535‑M1/1‑4 (MQ=255) aaaagacccccagtattatttaagattcgacaccttaataatataactggggttttttattgtcaaattttcctttcacgcacaaaaacac > 1:3365686‑M1/1‑4 (MQ=255) aaaa‑a‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTATatgcaatataatactactagaagtataaccg < 1:2324226‑M2/91‑32 (MQ=255) aaaa‑a‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTATatgcaatataatactactagaagtataaccg > 1:3112358‑M2/1‑60 (MQ=255) aaaa‑a‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTATatgcaatataatactactagaagtataaccg < 1:2017913‑M2/91‑32 (MQ=255) aaaa‑a‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTATatgcaatataatactactagaagtataaccg > 1:3147713‑M2/1‑60 (MQ=255) aaagacccccagtattatttaagattcgacaccttaataatataactggggttttttattgtcaaattttcctttcacgcacaaaaacacg > 1:1069887‑M1/1‑3 (MQ=255) aaa‑a‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGG‑Tttttattgtcaaattttcctttcacgcacaaaaacacgtt < 1:325906‑M2/91‑41 (MQ=255) aagacccccagtattatttaagattcgacaccttaataatataactggggttttttattgtcaaattttcctttcacgcacaaaaacacgt < 1:2859999‑M1/91‑90 (MQ=255) aagacccccagtattatttaagattcgacaccttaataatataactggggttttttattgtcaaattttcctttcacgcacaaaaacacgt > 1:4077923‑M1/1‑2 (MQ=255) aagacccccagtattatttaagattcgacaccttaataatataactggggttttttattgtcaaattttcctttcacgcacaaaaacacgt < 1:296589‑M1/91‑90 (MQ=255) aa‑a‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCtttttattgtcaaattttcctttcacgcacaaaaacacgt < 1:3959824‑M2/91‑41 (MQ=255) agacccccagtattatttaagattcgacaccttaataatataactggggttttttattgtcaaattttcctttcacgcacaaaaacacgtt > 1:1000217‑M1/1‑1 (MQ=255) a‑a‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCtttttattgtcaaattttcctttcacacacaaaaacaagtt < 1:3741705‑M2/91‑42 (MQ=255) a‑a‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTATatgcaatataatactactagaagtataaccgaaa > 1:711228‑M2/1‑57 (MQ=255) | ATAACTCGA‑TTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_012417/2979‑3125 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |