| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 10273 = | 82 (0.830) | 4 (0.040) | 4/152 | NT | 5.6% | coding (322/813 nt) | nnrD | ADP‑dependent (S)‑NAD(P)H‑hydrate dehydratase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 10302 = | 57 (0.610) | coding (293/813 nt) | nnrD | ADP‑dependent (S)‑NAD(P)H‑hydrate dehydratase | |||||
ATTGCGGTTTCAGTTTACTAAAGATTGTAATCGCATCGCCGTCTACGATTAAATTTTGATGCGGTTGTATATTTTGTAGTAGGAATGTAATGGCATTATTTCCTTTGAAATCAACGCCAAGACCTGGACCAATTAGTATACTGTCAGTCATTTCAATCATTTTCGTCAACATTTTCGTATC > USA300TCH1516_ALE/10183‑10363 | cccagaagcgatggttattgatattaatgatacgaaaatgttgacgaaaatgattgaaatgactgacagtatactaattggtccaggtctt < 1:1330897‑M1/1‑1 (MQ=255)aTTGCGGTTTCAGTTTCCTAAAGATTGTACTCGCCTCGCCGTCTCCGCTTAACTTTTGATGCGGTTGTATATTTTGTAGTAGGAATGTCAt > 1:2697474/1‑91 (MQ=255)aTTGCGGTTTCAGTTTACTAAAGATTGTAATCGCATCGCCGTCTACGATTAAATTTTGATGCGGTTGTATATTTTGTAGTAGGAATGTAAt < 1:1624310/91‑1 (MQ=255) tGCGGTTTCAGTTTACTAAAGATTGTAATCGCATCGCCGTCTACGATTAAATTTTGATGCGGTTGTATATTTTGTAGTAGGAATGTAATgg > 1:2399074/1‑91 (MQ=255) cagaagcgatggttattgatattaatgatacgaaaatgttgacgaaaatgattgaaatgactgacagtatactaattggtccaggtctTgg > 1:3628110‑M1/89‑91 (MQ=255) cagaagcgatggttattgatattaatgatacgaaaatgttgacgaaaatgattgaaatgactgacagtatactaattggtccaggtctTgg > 1:1442505‑M1/89‑91 (MQ=255) cagaagcgatggttattgatattaatgatacgaaaatgttgacgaaaatgattgaaatgactgacagtatactaattggtccaggtctTgg > 1:1442825‑M1/89‑91 (MQ=255) gCGGTTTCAGTTTACTAAAGATTGTAATCGCATCGCCGTCTACGATTAAATTTTGATGCGGTTGTATATTTTGTAGTAGGAATGTAATGGc < 1:2650910/91‑1 (MQ=255) gCGGTTTCAGTTTACTAAAGATTGTAATCGCATCGCCGTCTACGATTAAATTTTGATGCGGTTGTATATTTTGTAGTAGGAATGTAATGGc < 1:2651107/91‑1 (MQ=255) gTTTCAGTTTACTAAAGATTGTAATCGCATCGCCGTCTACGATTAAATTTTGATGCGGTTGTATATTTTGTAGTAGGAATGTAATGGCatt > 1:2024332/1‑91 (MQ=255) gTTTCAGTTTACTAAAGATTGTAATCGCATCGCCGTCTACGATTAAATTTTGATGCGGTTGTATATTTTGTAGTAGGAATGTAATGGCatt > 1:2024029/1‑91 (MQ=255) gTTTCAGTTTACTAAAGATTGTAATCGCATCGCCGTCTACGATTAAATTTTGATGCGGTTGTATATTTTGTAGTAGGAATGTAATGGCatt < 1:1215820/91‑1 (MQ=255) gTTTCAGTTTACTAAAGATTGTAATCGCATCGCCGTCTACGATTAAATTTTGATGCGGTTGTATATTTTGTAGTAGGAATGTAATGGCatt < 1:1096560/91‑1 (MQ=255) tttCAGTTTACTAGAGATTGTAATCGCATCGCCGTCTACGATTTAATTTTGATGCGGTTGTATATTTTGTAGTAGGAATGTAATGGCatta < 1:4150375/91‑1 (MQ=255) tCAGTTTACTAAAGATTGTAATCGCATCGCCGTCTACGATTAAATTTTGATGCGGTTGTATATTTTGTAGTAGGAATGTAATGGCattatt < 1:3633076/91‑1 (MQ=255) tCAGTTTACTAAAGATTGTAATCGCATCGCCGTCTACGATTAAATTTTGATGCGGTTGTATATTTTGTAGTAGGAATGTAATGGCattatt < 1:1636780/91‑1 (MQ=255) aGTTTACTAAAGATTGTAATCGCATCGCCGTCTACGATTAAATTTTGATGCGGTTGTATATTTTGTAGTAGGAATGTAATGGCATTATTTc < 1:3975467/91‑1 (MQ=255) tACTAAAGATTGTAATCGCATCGCCGTCTACGATTAAATTTTGATGCGGTTGTATATTTTGTAGTAGGAATGTAATGGCATTATTTCCttt < 1:2053839/91‑1 (MQ=255) tACTAAAGATTGTAATCGCATCGCCGTCTACGATTAAATTTTGATGCGGTTGTATATTTTGTAGTAGGAATGTAATGGCATTATTTCCttt > 1:327513/1‑91 (MQ=255) aCTAAAGATTGTAATCGCATCGCCGTCTACGATTAAATTTTGATGCGGTTGTATATTTTGTAGTAGGAATGTAATGGCATTATTTCCTTTg > 1:969501/1‑91 (MQ=255) cTAAAGATTGTAATCGCATCGCTGTCTACGATTAAATTTTGATGCGGTTGTATATTTTGTAGTAGGAATGTAATGGCATTATTTCCTTTGa > 1:3791304/1‑91 (MQ=255) cTAAAGATTGTAATCGCATCGCCGTCTACGATTAAATTTTGATGCGGTTGTATATTTTGTAGTAGGAATGTAATGGCATTATTTCCTTTGa > 1:3790348/1‑91 (MQ=255) aaGATTGTAATCGCATCGCCGTCTACGATTAAATTTTGATGCGGTTGTATATTTTGTAGTAGGAATGTAATGGCATTATTCCCTTTGCAAt > 1:1782280/1‑91 (MQ=255) aGATTGTAATCGCATCGCCGTCTACGATTAAATTTTGATGCGGTTGTATATTTTGTAGTAGGAATGTAATGGCATTATTTCCTTTGAAATc > 1:3406456/1‑91 (MQ=255) aGATTGTAATCGCATCGCCGTCTACGATTAAATTTTGATGCGGTTGTATATTTTGTAGTAGGAATGTAATGGCATTATTTCCTTTGAAATc > 1:3406253/1‑91 (MQ=255) gATTGTAATCGCATCGCCGTCTACGATTAAATTTTGATGCGGTTGTATATTTTGTAGTAGGAATGTAATGGCATTATTTCCTTTGAAATCa > 1:571899/1‑91 (MQ=255) ttaatgatacgaaaatgttgacgaaaatgattgaaatgactgacagtatactaattggtccaggtctTGGCATTATTTCCTTTGAAATCaa > 1:1884570‑M1/68‑91 (MQ=255) aTTGTAATCGCATCGCCGTCTACGATTAAATTTTGATGCGGTTGTATATTTTGTAGTAGGAATGTAATGGCATTATTTCCTTTGAAATCaa < 1:2702582/91‑1 (MQ=255) aTTGTAATCGCATCGCCGTCTACGATTAAATTTTGAGGCGGTTGTATATTTTGTAGTAGGAATGTAATGGCATTATTTCCTTTGAAATCaa < 1:2834299/91‑1 (MQ=255) taatgatacgaaaatgttgacgaaaatgattgaaatgactgacagtatactaattggtccaggtctTGGCATTATTTCCTTTGAAATCAAc > 1:3621342‑M1/67‑91 (MQ=255) tGTAATCGCATCGCCGTCTACGATTAAATTTTGATGCGGTTGTATATTTTGTAGTAGGAATGTAATGGCATTATTTCCTTTGAAATCAACg < 1:618756/91‑1 (MQ=255) aatgatacgaaaatgttgacgaaaatgattgaaatgactgacagtatactaattggtccaggtctTGGCATTATTTCCTTTGAAATCAACg > 1:1781990‑M1/66‑91 (MQ=255) gTAATCGCATCGCCGTCTACGATTAAATTTTGATGCGGTTGTATATTTTGTAGTAGGAATGTAATGGCATTATTTCCTTTGAAATCAACGc < 1:682155/91‑1 (MQ=255) gTAATCGCATCGCCGTCTACGATTAAATTTTGATGCGGTTGTATATTTTGTAGTAGGAATGTAATGGCATTATTTCCTTTGAAATCAACGc > 1:2520828/1‑91 (MQ=255) gTAATCGCATCGCCGTCTACGATTAAATTTTGATGCGGTTGTATATTTTGTAGTAGGAATGTAATGGCATTATTTCCTTTGAAATCAACGc < 1:378768/91‑1 (MQ=255) tAATCGCATCGCCGTCTACGATTAAATTTTGATGCGGTTGTATATTTTGTAGTAGGAATGTAATGGCATTATTTCCTTTGAAATCAACGcc < 1:101792/91‑1 (MQ=255) tAATCGCATCGCCGTCTACGATTAAATTTTGATGCGGTTGTATATTTTGTAGTAGGAATGTAATGGCATTATTTCCTTTGAAATCAACGcc < 1:2582092/91‑1 (MQ=255) tAATCGCATCGCCGTCTACGATTAAATTTTGATGCGGTTGTATATTTTGTAGTAGGAATGTAATGGCATTATTTCCTTTGAAATCAACGcc < 1:478178/91‑1 (MQ=255) tAATCGCATCGCCGTCTACGATTAAATTTTGATGCGGTTGTATATTTTGTAGTAGGAATGTAATGGCATTATTTCCTTTGAAATCAACGcc > 1:2778142/1‑91 (MQ=255) tAATCGCATCGCCGTCTACGATTAAATTTTGATGCGGTTGTATATTTTGTAGTAGGAATGTAATGGCATTATTTCCTTTGAAATCAACGcc > 1:2004984/1‑91 (MQ=255) tAATCGCATCGCCGTCTACGATTAAATTTTGATGCGGTTGTATATTTTGTAGTAGGAATGTAATGGCATTATTTCCTTTGAAATCAACGcc > 1:1595781/1‑91 (MQ=255) gatacgaaaatgttgatgaaaatgattgaaatgactgacagtatactaattggtccaggtctTGGCATTATTTCCTTTGAAATCAACGCCa > 1:1111489‑M1/63‑91 (MQ=255) aaTCGCATCGCCGTCTACGATTAAATTTTGATGCGGTTGTATATTTTGTAGTAGGAATGTAATGGCATTATTTCCTTTGAAATCAACGCCa > 1:3254317/1‑91 (MQ=255) aaTCGCATCGCCGTCTACGATTAAATTTTGATGCGGTTGTATATTTTGTAGTAGGAATGTAATGGCATTATTTCCTTTGAAATCAACGCCa > 1:2807057/1‑91 (MQ=255) atcgcatcgcCGTCTACGATTAAATTTTGATGCGGTTGTATATTTTGTAGTAGGAATGTAATGGTATTATTTCCTTTGAAATCAACGCCaa < 1:2624726/91‑1 (MQ=255) atcgcatcgcCGTCTACGATTAAATTTTGATGCGGTTGTATATTTTGTAGTAGGAATGTAATGGCATTATTTCCTTTGAAATCAACGCCaa < 1:2825028/91‑1 (MQ=255) atcgcatcgcCGTCTACGATTAAATTTTGATGCGGTTGTATATTTTGTAGTAGGAATGTAATGGCATTATTTCCTTTGAAATCAACGCCaa > 1:1867586/1‑91 (MQ=255) atcgcatcgcCATCTACGATTAAATTTTGATGCGGTTGTATATTTTGTAGTAGGAATGTAATGGCATTATTTCCTTTGAAATCAACGCCaa > 1:3475900/1‑91 (MQ=255) cgcatcgcCGTCTACGATTAAATTTTGATGCGGTTGTATATTTTGTAGTAGGAATGTAATGGCATTATTTCCTTTGAAATCAACGCCAAGa > 1:2269780/1‑91 (MQ=255) cgcatcgcCGTCTACGATTAAATTTTGATGCGGTTGTATATTTTGTAGTAGGAATGTAATGGCATTATTTCCTTTGAAATCAACGCCAAGa > 1:1183346/1‑91 (MQ=255) cgcatcgcCGTCTACGATTAAATTTTGATGCGGTTGTATATTTTGTAGTAGGAATGTAATGGCATTATTTCCTTTGAAATCAACGCCAAGa > 1:1183482/1‑91 (MQ=255) gcatcgcCGTCTACGATTAAATTTTGATGCGGTTGTATATTTTGTAGTAGGAATGTAATGGCATTATTTCCTTTGAAATCAACGCCAAGAc > 1:3693902/1‑91 (MQ=255) catcgcCGTCTACGATTAAATTTTGATGCGGTTGTATATTTTGTAGTAGGAATGTAATGGCATTATTTCCTTTGAAATCAACGCCAAGAcc > 1:1309770/1‑91 (MQ=255) tcgcCGTCTACGATTAAATTTTGATGCGGTTGTATATTTTGTAGTAGGAATGTAATGGCATTATTTCCTTTGAAATCAACGCCAAGACCTg > 1:1882357/1‑91 (MQ=255) tcgcCGTCTACGATTAAATTTTGATGCGGTTGTATATTTTGTAGTAGGAATGTAATGGCATTATTTCCTTTGAAATCAACGCCAAGACCTg < 1:1437299/91‑1 (MQ=255) cGTCTACGATTAAATTTTGATGCGGTTGTATATTTTGTAGTAGGAATGTAATGGCATTATTTCCTTTGAAATCAACGCCAAGACCTGGAcc < 1:553452/91‑1 (MQ=255) cTACGATTAAATTTTGATGCGGTTGTATATTTTGTAGTAGGAATGTAATGGCATTATTTCCTTTGAAATCAACGCCAAGACCTGGACCAAt > 1:657230/1‑91 (MQ=255) tACGATTAAATTTTGATGCGGTTGTATATTTTGTAGTAGGAATGTAATGTCATTATTTCCTTTGAAATCAACGCCAAGACCTGGACCAAtt < 1:3599542/91‑1 (MQ=255) tACGATTAAATTTTGATGCGGTTGTATATTTTGTAGTAGGAATGTAATGGCATTATTTCCTTTGAAATCAACGCCAAGACCTGGACCAAtt < 1:3600064/91‑1 (MQ=255) aCGATTAAATTTTGATGCGGTTGTATATTTTGTAGTAGGAATGTAATGGCATTATTTCCTTTGAAATCAACGCCAAGACCTGGACCAATTa < 1:1694755/91‑1 (MQ=255) cGATTAAATTTTGATGCGGTTGTATATTTTGTAGTAGGAATGTAATGGCATTATTTCCTTTGAAATCAACGCCAAGACCTGGACCAATTAg > 1:858324/1‑91 (MQ=255) aTTAAATTTTGATGCGGTTGTATATTTTGTAGTAGGAATGTAATGGCATTATTTCCTTTGAAATCAACGCCAAGACCTGGACCAATTAGta > 1:3197952/1‑91 (MQ=255) aTTAAATTTTGATGCGGTTGTATATTTTGTAGTAGGAATGTAATGGCATTATTTCCTTTGAAATCAACGCCAAGACCTGGACCAATTAGta > 1:3197992/1‑91 (MQ=255) aTTAAATTTTGATGCGGTTGTATATTTTGTAGTAGGAATGTAATGGCATTATTTCCTTTGAAATCAACGCCAAGACCTGGACCAATTAGta > 1:3829787/1‑91 (MQ=255) ttAAATTTTGATGCGGTTGTATATTTTGTAGTAGGAATGTAATGGCATTATTTCCTTTGAAATCAACGCCAAGACCTGGACCAATTAGtat > 1:2159399/1‑91 (MQ=255) ttttGATGCGGTTGTATATTTTGTAGTAGGAATGTAATGGCATTATTTCCTTTGAAATCAACGCCAAGACCTGGACCAATTAGTATACTgt < 1:2080168/91‑1 (MQ=255) tttGATGCGGTTGTATATTTTGTAGTAGGAATGTAATGGCATTATTTCCTTTGAAATCAACGCCAAGACCTGGACCAATTAGTATACTgtc > 1:3394728/1‑91 (MQ=255) tttGATGCGGTTGTATATTTTGTAGTAGGAATGTAATGGCATTATTTCCTTTGAAATCAACGCCAAGACCTGGACCAATTAGTATACTgtc > 1:3347612/1‑91 (MQ=255) tGATGCGGTTGTATATTTTGTAGTAGGAATGTAATGGCATTATTTCCTTTGAAATCAACGCCAAGACCTGGACCAATTAGTATACTgtcag < 1:1451397/91‑1 (MQ=255) tGATGCGGTTGTATATTTTGTAGTAGGAATGTAATGGCATTATTTCCTTTGAAATCAACGCCAAGACCTGGACCAATTAGTATACTgtcag < 1:90303/91‑1 (MQ=255) tGATGCGGTTGTATATTTTGTAGTAGGAATGTAATGGCATTATTTCCTTTGAAATCAACGCCAAGACCTGGACCAATTAGTATACTgtcag < 1:4056834/91‑1 (MQ=255) aTGCGGTTGTATATTTTGTAGTAGGAATGTAATGGCATTATTTCCTTTGAAATCAACGCCAAGACCTGGACCAATTAGTATACTgtccgtc > 1:3338090/1‑91 (MQ=255) aTGCGGTTGTATATTTTGTAGTAGGAATGTAATGGCATTATTTCCTTTGAAATCAACGCCAAGACCTGGACCAATTAGTATACTgtcagtc < 1:2150979/91‑1 (MQ=255) tGCGGTTGTATATTTTGTAGTAGGAATGTAATGGCATTATTTCCTTTGAAATCAACGCCAAGACCTGGACCAATTAGTATACTgtcagtca > 1:413040/1‑91 (MQ=255) gCGGTTGTATATTTTGTAGTAGGAATGTAATGGCATTATTTCCTTTGAAATCAACGCCAAGACCTGGACCAATTAGTATACTGTCAGTCAt > 1:1534003/1‑91 (MQ=255) ggTTGTATATTTTGTAGTAGGAATGTAATGGCATTATTTCCTTTGAAATCAACGCCAAGACCTGGACCAATTAGTATACTGTCAGTCAttt < 1:3612394/91‑1 (MQ=255) tGTATATTTTGTAGTAGGAATGTAATGGCATTATTTCCTTTGAAATCAACGCCAAGACCTGGACCAATTAGTATACTGTCAGTCATTTCaa < 1:2837968/91‑1 (MQ=255) tGTATATTTTGTAGTAGGAATGTAATGGCATTATTTCCTTTGAAATCAACGCCAAGACCTGGACCAATTAGTATACTGTCAGTCATTTCaa < 1:3872444/91‑1 (MQ=255) 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tagtagGAATGTAATGGCATTATTTCCTTTGAAATCAACGCCAAGACCTGGACCAATTAGTATACTGTCAGTCATTTCAATCATTTTCGTc < 1:1925882/91‑1 (MQ=255) tagtagGAATGTAATGGCATTATTTCCTTTGAAATCAACGCCAAGACCTGGACCAATTAGTATACTGTCAGTCATTTCAATCATTTTCGTc < 1:1765292/91‑1 (MQ=255) agtagGAATGTAATGGCATTATTTCCTTTGAAATCAACGCCAAGACCTGGACCAATTAGTATACTGTCAGTCATTTCAATCATTTTCGTCa < 1:2594285/91‑1 (MQ=255) agGAATGTAATGGCATTATTTCCTTTGAAATCAACGCCAAGACCTGGACCAATTAGTATACTGTCAGTCATTTCAATCATTTTCGTCAACa < 1:2565781/91‑1 (MQ=255) agGAATGTAATGGCATTATTTCCTTTGAAATCAACGCCAAGACCTGGACCAATTAGTATACTGTCAGTCATTTCAATCATTTTCGTCAACa > 1:1586056/1‑91 (MQ=255) aaTGTAATGGCATTATTTCCTTTGAAATCAACGCCAAGACCTGGACCAATTAGTATACTGTCAGTCATTTCAATCATTTTCGTCAACAttt < 1:3495229/91‑1 (MQ=255) aaTGTAATGGCATTATTTCCTTTGAAATCAACGCCAAGACCTGGACCAATTAGTATACTGTCAGTCATTTCAATCATTTTCGTCAACAttt > 1:2631324/1‑91 (MQ=255) aaTGTAATGGCATTATTTCCTTTGAAATCAACGCCAAGACCTGGACCAATTAGTATACTGTCAGTCATTCCAATCATTTTCGTCAACAttt < 1:3605053/91‑1 (MQ=255) aTGTAATGGCATTATTTCCTTTGAAATCAACGCCAAGACCTGGACCAATTAGTATACTGTCAGTCATTTCAATCATTTTCGTCAACAtttt > 1:1353299/1‑91 (MQ=255) gTAATGGCATTATTTCCTTTGAAATCAACGCCAAGACCTGGACCAATTAGTATACTGTCAGTCATTTCAATCATTTTCGTCAACATTTTCg < 1:975833/91‑1 (MQ=255) aaTGGCATTATTTCCTTTGAAATCAACGCCAAGACATGGACCAATTAGTATACTGTCAGTCATTTCAATCATTTTCGTCAACATTTTCGTa > 1:3790699/1‑91 (MQ=255) TGGCATTATTTCCTTTGAAATCAACGCCAAGACCTGGACCAATTAGTATACTGTCAGTCATTTCAATCATTTTCGTCAACATTTTCGTATc > 1:4042920‑M1/1‑91 (MQ=255) TGGCATTATTTCCTTTGAAATCAACGCCAAGACCTGGACCAATTAGTATACTGTCAGTCATTTCAATCATTTTCGTCAACATTTTCGTATc > 1:2522860‑M1/1‑91 (MQ=255) | ATTGCGGTTTCAGTTTACTAAAGATTGTAATCGCATCGCCGTCTACGATTAAATTTTGATGCGGTTGTATATTTTGTAGTAGGAATGTAATGGCATTATTTCCTTTGAAATCAACGCCAAGACCTGGACCAATTAGTATACTGTCAGTCATTTCAATCATTTTCGTCAACATTTTCGTATC > USA300TCH1516_ALE/10183‑10363 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |