| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 22206 | 71 (0.720) | 5 (0.060) | 4/142 | NT | 6.8% | intergenic (+19/‑259) | dnaC/purA | Replicative DNA helicase/Adenylosuccinate synthetase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 22224 | 74 (0.850) | intergenic (+37/‑241) | dnaC/purA | Replicative DNA helicase/Adenylosuccinate synthetase | |||||
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
GTTAAGTTACATTTTATGAAACAATATAATAAATTTACCGATATCGATTATGCACATGCAGATATGATGTAAAAAAGTTTTTCCGTACAATAATCATTAAGATGATAAAATTGTACGGTTTTTATTTTGTTCTGAACGGGTTGATATATGTTAAGTTTGTGTATTGAAAGTGATAAATTAG > USA300TCH1516_ALE/22116‑22296 | gttaagttaCATTTTATGAAACAATATAATAAATTTACCGATATCGATTATGCACATGCAGATATGATGTAAAAAAGTTTTTCCGTACAAT > 1:3340916‑M1/1‑91 (MQ=255) taagttaCATTTTATGAAACAATATAATAAATTTACCGATATCGATTATGCACATGCAGATATGATGTAAAAAAGTTTTTCCGTACaataa < 1:2427365/91‑1 (MQ=255) aagttaCATTTTATGAAACAATATAATAAATTTACCGATATCGATTATGCACATGCAGATATGATGTAAAAAAGTTTTTCCGTACaataat < 1:3174303/91‑1 (MQ=255) gttaCATTTTATGAAACAATATAATAAATTTACCGATATCGATTATGCACATGCAGATATGATGTAAAAAAGTTTTTCCGTACAATAATCa > 1:549984/1‑91 (MQ=255) ttaCATTTTATGAAACAATATAATAAATTTACCGATATCGATTATGCACATGCAGATATGATGTAAAAAAGTTTTTCCGTACAATAATCAt < 1:3635949/91‑1 (MQ=255) ttttATGAAACAATATAATAAATTTACCGATATCGATTATGCACATGCAGATATGATGTAAAAAAGTTTTTCCGTACAATAATCATTAAga > 1:2597386/1‑91 (MQ=255) aTGAAACAATATAATAAATTTACCGATATCGATTATGCACATGCAGATATGATGTAAAAAAGTTTTTCCGTACAATAATCATTAAgatgat > 1:4018381/1‑91 (MQ=255) aTGAAACAATATAATAAATTTACCGATATCGATTATGCACATGCAGATATGATGTAAAAAAGTTTTTCCGTACAATAATCATTAAgatgat > 1:142906/1‑91 (MQ=255) gAAACAATATAATAAAGTTACCGATATCGATTATGCACATGCAGCTATGATGTAAAAAAGTTTTTCCGTACAATAATCATTAAGATGATaa < 1:3297728/91‑1 (MQ=255) aaCAATATAATAAATTTACCGATATCGATTATGCACATGCAGATATGATGTAAAAAAGTTTTTCCGTACAATtttatcatcttaatgatta < 1:796216‑M1/91‑20 (MQ=255) aaCAATATAATAAATTTACCGATATCGATTATGCACATGCAGATATGATGTAAAAAAGTTTTTCCGTACAATAATCATTAAGATGATAAAa < 1:2483282‑M2/91‑2 (MQ=255) aaCAATATAATAAATTTACCGATATCGATTATGCACATGCAGATATGATGTAAAAAAGTTTTTCCGTACAATAATCATTAAGATGATAAAa < 1:593905‑M2/91‑2 (MQ=255) aCAATATAATAAATTTACCGATATCGATTATGCACATGCAGATATGATGTAAAAAAGTTTTTCCGTACAATAATCATTAAGATGATAAAat < 1:752678‑M2/91‑3 (MQ=255) aCAATATAATAAATTTACCGATATCGATTATGCACATGCAGATATGATGTAAAAAAGCTTTTCCGTACAATAATCATTAAGATGATAAAat < 1:3392874‑M2/91‑3 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |