| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 42564 = | 51 (0.520) | 35 (0.470) +TACATTATAAAATACATATC |
9/120 | NT | 47.8% | coding (1402/1524 nt) | USA300TCH1516_00035 | hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1803072 = | NA (NA) | coding (796/807 nt) | USA300HOU_RS12765 | hypothetical protein | |||||
Only 100 of 158 total aligned reads displayed.
GGACATAAAGTTCTTGGATAAGTGAAAAAAGACAATTTCTAT‑TGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTT‑ATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCAAGTTCTCTTTTGACTTTATTGAGTCCTCGGACAGACAT > USA300TCH1516_ALE/42475‑42654 | ggACATAAAGTTCTTGGATAAGTGAAAAAAGACAATTTCTAT‑TGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTT‑ATAAATTTTTTGATTATTTTCa < 1:3747746/91‑1 (MQ=255) gACATAAAGTTCTTGGATAAGTGAAAAAAGACAATTTCTAT‑TGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTT‑ATAAATTTTTTGATTATTTTCAg < 1:958162/91‑1 (MQ=255) gACATAAAGTTCTTGGATAAGTGAAAAAAGACAATTTCTAT‑TGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTT‑ATAAATTTTTTGATTATTTTCAg < 1:3599538/91‑1 (MQ=255) gACATAAAGTTCTTGGATAAGTGAAAAAAGACAATTTCTAT‑TGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTT‑ATAAATTTTTTGATTATTTTCAg < 1:3599561/91‑1 (MQ=255) aCATAAAGTTCTTGGATAAGTGAAAAAAGACAATTTCTAT‑TGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTT‑ATAAATTTTTTGATTATTTTCAGc > 1:396556/1‑91 (MQ=255) aTAAAGTTCTTGGATAAGTGAAAAAAGACAATTTCTAT‑TGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTT‑ATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTc > 1:105122/1‑91 (MQ=255) tAAAGTTCTTGGATAAGTGAAAAAAGACAATTTCTAT‑TGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTT‑ATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCg < 1:3618043/91‑1 (MQ=255) tAAAGTTCTTGGATAAGTGAAAAAAGACAATTTCTAT‑TGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTT‑ATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCg < 1:3809825/91‑1 (MQ=255) aaaGTTCTTGGATAAGTGAAAAAAGACAATTTCTAT‑TGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTT‑ATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGt < 1:1154106/91‑1 (MQ=255) aaGTTCTTGGATAAGTGAAAAAAGACAATTTCTAT‑TGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTT‑ATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGtt > 1:3722496/1‑91 (MQ=255) aaGTTCTTGGATAAGTGAAAAAAGACAATTTCTAT‑TGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTT‑ATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGtt < 1:1744886/91‑1 (MQ=255) aGTTCTTGGATAAGTGAAAAAAGACAATTTCTAT‑TGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTT‑ATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTg > 1:1728321/1‑91 (MQ=255) gTTCTTGGATAAGTGAAAAAAGACAATTTCTAT‑TGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTT‑ATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGa > 1:872997/1‑91 (MQ=255) tGGATAAGTGAAAAAAGACAATTTCTAT‑TGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTT‑ATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGctac > 1:1956014/1‑91 (MQ=255) gATAAGTGAAAAAAGACAATTTCTAT‑TGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTT‑ATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGctacta < 1:719912/91‑1 (MQ=255) aTAAGCGAAAAAAGACAATTTCTAT‑AGAAATAATATAGAGATTGTCTTTTTT‑AGAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCtactac < 1:3857830/91‑1 (MQ=255) gTGAAAAAAGACAATTTCTAT‑TGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTT‑ATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACtttt > 1:3800089/1‑91 (MQ=255) gAAAAAAGACAATTTCTAT‑TGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTT‑ATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCt < 1:1916098/91‑1 (MQ=255) AAAAAAGACAATTTCTATATTATTTCA‑ATAGAAATTGTCTTTTTT‑ATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCtt < 1:2105293‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAAAAGACAATTTCTATATTATTTCA‑ATAGAAATTGTCTTTTTT‑ATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCtt < 1:2105330‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAAAAGACAATTTCTAT‑TGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTT‑ATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCtt < 1:593738‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAAAGACAATTTCTAT‑TGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTT‑ATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTta < 1:2778433‑M1/91‑1 (MQ=255) aaaaagacaatttctatattatttcaatagaaattgtcttttttATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTta > 1:1926813‑M2/45‑91 (MQ=255) aaagctgatttctatcaaataaataatagaaatcagcatttttgatatgtattttataatgtaCAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTtat < 1:3513438‑M1/28‑1 (MQ=255) AAGACAATTTCTAT‑TGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTT‑ATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTatat > 1:2116853‑M1/1‑91 (MQ=255) aagctgatttctatcaaataaataatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtaCAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTtata < 1:3132406‑M1/29‑1 (MQ=255) AGACAATTTCTAT‑TGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTT‑ATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATAtt > 1:3750073‑M1/1‑91 (MQ=255) GACAATTTCTAT‑TGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTT‑ATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTa > 1:2202844‑M1/1‑91 (MQ=255) GACAATTTCTAT‑TGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTT‑ATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTa < 1:740920‑M1/91‑1 (MQ=255) ACAATTTCTAT‑TGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTT‑ATAAATTTTTTGATTATTTTTAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTaa < 1:501893‑M1/91‑1 (MQ=255) ACAATTTCTAT‑TGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTT‑ATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTaa < 1:1093367‑M1/91‑1 (MQ=255) ACAATTTCTAT‑TGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTT‑ATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTaa < 1:3783512‑M1/91‑1 (MQ=255) tgatttctatcaaataattaatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtaCAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTaa < 1:3432344‑M1/33‑1 (MQ=255) gatttctatcaaataaataatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtaCAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAg < 1:1961727‑M1/34‑1 (MQ=255) ATTTCTAT‑TGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTT‑ATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTg < 1:1708952‑M1/91‑1 (MQ=255) atttctatcaaataattaatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtaCAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGt < 1:2866149‑M1/35‑1 (MQ=255) atttctatcaaataattaatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtaCAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGt < 1:3097714‑M1/35‑1 (MQ=255) atttctatcaaataattaatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtaCAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGt < 1:2614591‑M1/35‑1 (MQ=255) atttctatcaaataattaatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtaCAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGt < 1:55715‑M1/35‑1 (MQ=255) atttctatcaaataattaatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtaCAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGt < 1:1163485‑M1/35‑1 (MQ=255) atttctatcaaataattaatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtaCAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTCATAttaatt < 1:3972164‑M1/35‑3 (MQ=255) atttccatcaaataattaatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtaCAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGt < 1:3682649‑M1/35‑1 (MQ=255) atttccatcaaataattaatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtaCAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGt < 1:1424074‑M1/35‑1 (MQ=255) aatttctatattatttcaatagaaattgtcttttttATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGt > 1:1003364‑M2/37‑91 (MQ=255) TTTCTAT‑TGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTT‑ATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTGc > 1:3890172‑M1/1‑91 (MQ=255) TTTCTAT‑TGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTT‑ATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTGc < 1:412723‑M1/91‑1 (MQ=255) tttctatcaaataattaatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtaCAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTg < 1:3907927‑M1/36‑1 (MQ=255) tttctatcaaataattaatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtaCAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTg < 1:1911017‑M1/36‑1 (MQ=255) tttctatcaaataattaatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtaCAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTg < 1:3504429‑M1/36‑1 (MQ=255) tttccatcaaataattaatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtaCAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTg < 1:2496041‑M1/36‑1 (MQ=255) TTCTAT‑TGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTGc > 1:1379595‑M1/1‑91 (MQ=255) ttctatcaaataattaatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtaCAGCTCGTTGCGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGc < 1:2008661‑M1/37‑1 (MQ=255) tctatcaaataattaatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtaCAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGcc < 1:2804699‑M1/38‑1 (MQ=255) CTAT‑TGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTT‑ATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTGCCAt > 1:1613785‑M1/1‑91 (MQ=255) tctatattatttcaatagaaattgtcttttttATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTGCCa > 1:3603997‑M2/33‑91 (MQ=255) ctatcaaataattaatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtaCAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTACGTGCCa < 1:254475‑M1/39‑1 (MQ=255) ctatcaaataattaatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtaCAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCa < 1:2851164‑M1/39‑1 (MQ=255) ctatcaaataattaatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtaCAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCa < 1:2462978‑M1/39‑1 (MQ=255) ctatcaaataattaatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtaCAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCa < 1:986078‑M1/39‑1 (MQ=255) ctatcaaataattaatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtaCAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCa < 1:1357556‑M1/39‑1 (MQ=255) ccatcaaataattaatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtaCAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCa < 1:2689457‑M1/39‑1 (MQ=255) TAT‑TGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTT‑ATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTGCCAtt > 1:2138265‑M1/1‑91 (MQ=255) tatcaaataattaatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtaCAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCAt < 1:2864830‑M1/40‑1 (MQ=255) tatattatttcaatagaaattgtcttttttATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTGCCAtt > 1:3438418‑M2/31‑91 (MQ=255) tatattatttcaatagaaattgtcttttttATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTGCCAtt > 1:3440403‑M2/31‑91 (MQ=255) tatattatttcaatagaaattgtcttttttATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTGCCAtt > 1:1231128‑M2/31‑91 (MQ=255) atcaaataattaatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtaCAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCAtt < 1:4098687‑M1/41‑1 (MQ=255) aataatATAGAAATTGTCTTTTTT‑ATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTGCCATTAATACa > 1:2414890/1‑91 (MQ=255) ataataTAGAAATTGTCTTTTTT‑ATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTGCCATTAATACaa < 1:377965/91‑1 (MQ=255) aataTAGAAATTGTCTTTTTT‑ATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTACGTGCCATTAATACaaaa > 1:3555521/1‑91 (MQ=255) tagaaattgtcttttttATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCaa < 1:3170593‑M2/74‑1 (MQ=255) agaaattgtcttttttATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCAAg < 1:2658849‑M2/75‑1 (MQ=255) agaaattgtcttttttATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCAAg < 1:855324‑M2/75‑1 (MQ=255) aaattgtcttttttATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCAAGtt < 1:1822774‑M2/77‑1 (MQ=255) aattgtcttttttATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCAAGTtc > 1:2428905‑M2/14‑91 (MQ=255) gtcttttttATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCAAGTTCTCtt > 1:2787120‑M2/10‑91 (MQ=255) tcttttttATAAATTTTTTGATTGTTTTCAGCTAGTTGAGCTACTAATTTTCTTATATTGAGTGCCATTAATACAAAACCAAGTTCTCttt > 1:3312600‑M2/9‑91 (MQ=255) cttttttATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCAAGTTCTCtttt > 1:2420505‑M2/8‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |