| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 236074 = | 98 (1.000) | 8 (0.090) | 5/152 | NT | 7.4% | coding (486/1593 nt) | gsiA | Glutathione import ATP‑binding protein GsiA |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 236115 = | 108 (1.160) | coding (445/1593 nt) | gsiA | Glutathione import ATP‑binding protein GsiA | |||||
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
ATTTTGTGTACTGGCATCTAATGCCGTTGTTGGTTCATCTGCGATTAAAATTTGTGGCTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGAAAGTTCATGTGGATAAGCATCAAATTGTCGAGTTGCATGTTTTATACCTACTTTTTCTAAAATGTCTATTGTC > USA300TCH1516_ALE/235984‑236164 | aTTTTGTGTACTGGCATCTAATGCCGTTGTTGGTTCATCTGCGATTAAAATTTGTGGCTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCATGACACGt > 1:1148886/1‑91 (MQ=255) ttttGTGTACTGGCATCTAATGCCGTTGTTGGTTCATCTGCGATTAAAATTTGTGGCTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCATGACACGtt < 1:1167037/91‑1 (MQ=255) ttttGTGTACTGGCATCTAATGCCGTTGTTGGTTCATCTGCGATTAAAATTTGTGGCTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCATGACACGtt > 1:1386580/1‑91 (MQ=255) caacataaacgtgtatctaaatctgaagcaaagtcgatgacaatagacattttagaaaaagtaggtataaaacatgcaactcgacaatTTg < 1:616199‑M1/3‑1 (MQ=255) caacataaacgtgtatctaaatctgaagcaaagtcgatgacaatagacattttagaaaaagtaggtataaaacatgcaactcgacaatTTg > 1:48163‑M1/89‑91 (MQ=255) aacataaacgtgtatctaaatctgaagcaaagtcgatgacaatagacattttagaaaaagtaggtataaaacatgcaactcgacaatTTGa > 1:2847955‑M1/88‑91 (MQ=255) tgtgTACTGGCATCTAATGCCGTTGTTGGTTCATCTGCGATTAAAATTTGTGGCTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGAc < 1:3465593/91‑1 (MQ=255) tgtgTACTGGCATCTAATGCCGTTGTTGGTTCATCTGCGATTAAAATTTGTGGCTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGAc < 1:299540/91‑1 (MQ=255) gtgtACTGGCATCTAATGCCGTTGTTGGTTCATCTGCGATTAAAATTTGTGGCTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACg < 1:132624/91‑1 (MQ=255) tgtACTGGCATCTAATGCCGTTGTTGGTTCATCTGCGATTAAAATTTGTGGCTTTAAGATCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGc > 1:3405065/1‑91 (MQ=255) gtACTGGCATCTAATGCCGTTGTTGGTTCATCTGCGATTAAAATTTGTGGCTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCa < 1:916526/91‑1 (MQ=255) aCTGGCATCTAATGCCGTTGTTGGTTCATCTGCGATTAAAATTTGTGGCTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATa > 1:3116919/1‑91 (MQ=255) aCTGGCATCTAATGCCGTTGTTGGTTCATCTGCGATTAAAATTTGTGGCTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATa > 1:3116624/1‑91 (MQ=255) cTGGCATCTAATGCCGTTGTTGGTTCATCTGCGATTAAAATTTGTGGCTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATac > 1:752178/1‑91 (MQ=255) cTGGCATCTAATGCCGTTGTTGGTTCATCTGCGATTAAAATTTGTGGCTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATac > 1:1583033/1‑91 (MQ=255) tGGCATCTAATGCCGTTGTTGGTTCATCTGCGATTAAAATTTGTGGCTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATacc < 1:930825/91‑1 (MQ=255) cATCTAATGCCGTTGTTGGTTCATCTGCGATTAAAATTTGTGGCTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATaccacc < 1:2070217/91‑1 (MQ=255) cTAGTGCCGTTGTTGGTTCATCTGCGATTAAAATTTGTGGCTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGa < 1:3216816/91‑1 (MQ=255) cTAGTGCCGTTGTTGGTTCATCTGCGATTAAAATTTGTGGCTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGa < 1:3216623/91‑1 (MQ=255) cTAATGCCGTTGTTGGTTCATCTGCGATTAAAATTTGTGGCTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGa > 1:1725379/1‑91 (MQ=255) tAATGCCGTTGTTGGTTCATCTGCGATTAAAATTTGTGGCTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGaa < 1:1684445/91‑1 (MQ=255) tAATGCCGTTGTTGGTTCATCTGCGATCAAAATTTGTGGCTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGaa < 1:1789029/91‑1 (MQ=255) aTGCCGTTGTTGGTTCATCTGCGATTAAAATTTGTGGCTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGAAAg > 1:3505662/1‑91 (MQ=255) aTGCCGTTGTTGGTTCATCTGCGATTAAAATTTGTGGCTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGAAAg > 1:1404090/1‑91 (MQ=255) aTGCCGTTGTTGGTTCATCTGCGATTAAAATTTGTGGCTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGAAAg < 1:2291632/91‑1 (MQ=255) aTGCCGTTGTTGGTTCATCTGCGATTAAAATTTGTGGCTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGAAAg < 1:2291928/91‑1 (MQ=255) gCCGTTGTTGGTTCATCTGCGATTAAAATTTGTGGCTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGAAAGtt > 1:1027998/1‑91 (MQ=255) gCCGTTGTTGGTTCATCTGCGATTAAAATTTGTGGCTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGAAAGtt > 1:814612/1‑91 (MQ=255) gCCGTTGTTGGTTCATCTGCGATTAAAATTTGTGGCTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGAAAGtt < 1:1736812/91‑1 (MQ=255) gCCGTTGTTGGTTCATCTGCGATTAAAATTTGTGGCTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGAAAGtt < 1:2224633/91‑1 (MQ=255) cGTTGTTGGTTCATCTGCGATTAAAATTTGTGGCTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGAAAGTTCa > 1:660401/1‑91 (MQ=255) ttgttgGTTCATCTGCGATTAAAATTTGTGGCTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGAAAGTTCAtg < 1:2730777/91‑1 (MQ=255) gaagcaaagtcgatgacaatagacattttagaaaaagtaggtataaaacatgcaactcgacacgTTGACGCATACCACCAGAAAGTTCAtg > 1:2601461‑M1/65‑91 (MQ=255) gttgGTTCATCTGCGATTAAAATTTGTGGCTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGAAAGTTCAtgtg > 1:2260310/1‑91 (MQ=255) tgGTTCATCTGCGATTAAAATTTGTGGCTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGAAAGTTCATGTGGa > 1:3282457/1‑91 (MQ=255) aagtcgatgacaatagacattttagaaaaagtaggtataaaacatgcaactcgacaatTTGACGCATACCACCAGAAAGTTCATGTGGATa > 1:661958‑M1/59‑91 (MQ=255) ttCATCTGCGATTAAAATTTGTGGCTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGAAAGTTCATGTGGATaa > 1:501350/1‑91 (MQ=255) tcgatgacaatagacattttagaaaaagtaggtataaaacatgcaactcgacaatTTGACGCATACCACCAGAAAGTTCATGTGGATAAGc > 1:3666445‑M1/56‑91 (MQ=255) cATCTGCGATTAAAATTTGTGGCTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGAAAGTTCATGTGGATAAGc > 1:2504954/1‑91 (MQ=255) tCTGCGATTAAAATTTGTGGCTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGAAAGTTCATGTGGATAAGCAt < 1:3948494/91‑1 (MQ=255) cTGCGATTAAAATTTGTGGCTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCATGACTCGTTGACGCATACCACCAGAAAGTTCATGTGGATAAGCATc < 1:3587910/91‑1 (MQ=255) cTGCGATTAAAATTTGTGGCTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGAAAGTTCATGTGGATAAGCATc > 1:766421/1‑91 (MQ=255) cTGCGATTAAAATTTGTGGCTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGAAAGTTCATGTGGATAAGCATc < 1:2320668/91‑1 (MQ=255) atgacaatagacattttagaaaaagtaggtataaaacatgcaactcgacaatTTGACGCATACCACCAGAAAGTTCATGTGGATAAGCATc > 1:3928002‑M1/53‑91 (MQ=255) atgacaatagacattttagaaaaagtaggtataaaacatgcaactcgacaatTTGACGCATACCACCAGAAAGTTCATGTGGATAAGCATc > 1:3927915‑M1/53‑91 (MQ=255) gCGATTAAAATTTGTGGCTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGAAAGTTCATGTGGATAAGCATCaa < 1:2407197/91‑1 (MQ=255) cGATTAAAATTTGTGGCTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGAAAGTTCATGTGGATAAGCATCaaa > 1:3175975/1‑91 (MQ=255) cGATTAAAATTTGTGGCTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGAAAGTTCATGTGGATAAGCATCaaa > 1:3175990/1‑91 (MQ=255) gATTAAAATTTGTGGCTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGAAAGTTCATGTGGATAAGCATCAAAt < 1:1771535/91‑1 (MQ=255) aaaaTTTGTGGCTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGAAAGTTCATGTGGATAAGCATCAAATTGTc < 1:4088845/91‑1 (MQ=255) aaaTTTGTGGCTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGAAAGTTCATGTGGATAAGCATCAAATTGTCg > 1:3276349/1‑91 (MQ=255) aaaTTTGTGGCTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGAAAGTTCATGTGGATAAGCATCAAATTGTCg > 1:2409172/1‑91 (MQ=255) aaTTTGTGGCTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGAAAGTTCATGTGGATAAGCATCAAATTGTCGa > 1:280687/1‑91 (MQ=255) aTTTGTGGCTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGAAAGTTCATGTGGATAAGCATCAAATTGTCGAg > 1:3803878/1‑91 (MQ=255) aTTTGTGGCTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGAAAGTTCATGTGGATAAGCATCAAATTGTCGAg > 1:52121/1‑91 (MQ=255) aTTTGTGGCTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGAAAGTTCATGTGGATAAGCATCAAATTGTCGAg < 1:3470557/91‑1 (MQ=255) aTTTGTGGCTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGAAAGTTCATGTGGATAAGCATCAAATTGTCGAg > 1:1117424/1‑91 (MQ=255) aTTTGTGGCTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGAAAGTTCATGTGGATAAGCATCAAATTGTCGAg > 1:3654209/1‑91 (MQ=255) tttGTGGCTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCGTGACACGTTGACGCATACCACCAGAAAGTTCATGTGGATAAGCATCAAATTGTCGAGt < 1:3212765/91‑1 (MQ=255) tttGTGGCTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCGTGACACGTTGACGCATACCACCAGAAAGTTCATGTGGATAAGCATCAAATTGTCGAGt < 1:3213207/91‑1 (MQ=255) gtgGCTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGAAAGTTCATGTGGATAAGCATCAAATTGTCGAGTTGc < 1:3034181/91‑1 (MQ=255) tgGCTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGAAAGTTCATGTGGATAAGCATCAAATTGTCGAGTTGCa < 1:2436628/91‑1 (MQ=255) tgGCTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGAAAGTTCATGTGGATAAGCATCAAATTGTCGAGTTGCa > 1:3692368/1‑91 (MQ=255) tgGCTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGAAAGTTCATGTGGATAAGCATCAAATTGTCGAGTTGCa > 1:3063320/1‑91 (MQ=255) ggCTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGAAAGTTCATGTGGATAAGCATCAAATTGTCGAGTTGCAt < 1:3574747/91‑1 (MQ=255) cTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGAAAGTTCATGTGGATAAGCATCAAATTGTCGAGTTGCATGt > 1:3819106/1‑91 (MQ=255) cTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACAACCAGAAAGTTCATGAGGATAAGCGTCAAATTGTCGAGTAGCATgc > 1:2770565/1‑90 (MQ=255) ttAAAATCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGAAAGTTCATGTGGATAAGCATCAAATTGTCGAGTTGCATGttt < 1:1240968/91‑1 (MQ=255) ttAAAATCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGAAAGTTCATGTGGATAAGCATCAAATTGTCGAGTTGCATGttt < 1:1240895/91‑1 (MQ=255) aaTCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGAAAGTTCATGTGGATAAGCATCAAATTGTCGAGTTGCATGTTTtata < 1:379391/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |