New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 236074 = | 98 (1.000) | 8 (0.090) | 5/152 | NT | 7.4% | coding (486/1593 nt) | gsiA | Glutathione import ATP‑binding protein GsiA |
? | USA300TCH1516_ALE | 236115 = | 108 (1.160) | coding (445/1593 nt) | gsiA | Glutathione import ATP‑binding protein GsiA |
Only 100 of 134 total aligned reads displayed.
CGATTAAAATTTGTGGCTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGAAAGTTCATGTGGATAAGCATCAAATTGTCGAGTTGCATGTTTTATACCTACTTTTTCTAAAATGTCTATTGTCATCGACTTTGCTTCAGATTTAGATACACGTTTATGTTGAAA > USA300TCH1516_ALE/236025‑236205 | cGATTAAAATTTGTGGCTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGAAAGTTCATGTGGATAAGCATCaaa > 1:3175975/1‑91 (MQ=255) cGATTAAAATTTGTGGCTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGAAAGTTCATGTGGATAAGCATCaaa > 1:3175990/1‑91 (MQ=255) gATTAAAATTTGTGGCTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGAAAGTTCATGTGGATAAGCATCAAAt < 1:1771535/91‑1 (MQ=255) aaaaTTTGTGGCTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGAAAGTTCATGTGGATAAGCATCAAATTGTc < 1:4088845/91‑1 (MQ=255) aaaTTTGTGGCTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGAAAGTTCATGTGGATAAGCATCAAATTGTCg > 1:3276349/1‑91 (MQ=255) aaaTTTGTGGCTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGAAAGTTCATGTGGATAAGCATCAAATTGTCg > 1:2409172/1‑91 (MQ=255) aaTTTGTGGCTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGAAAGTTCATGTGGATAAGCATCAAATTGTCGa > 1:280687/1‑91 (MQ=255) aTTTGTGGCTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGAAAGTTCATGTGGATAAGCATCAAATTGTCGAg < 1:3470557/91‑1 (MQ=255) aTTTGTGGCTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGAAAGTTCATGTGGATAAGCATCAAATTGTCGAg > 1:1117424/1‑91 (MQ=255) aTTTGTGGCTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGAAAGTTCATGTGGATAAGCATCAAATTGTCGAg > 1:52121/1‑91 (MQ=255) aTTTGTGGCTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGAAAGTTCATGTGGATAAGCATCAAATTGTCGAg > 1:3803878/1‑91 (MQ=255) tttGTGGCTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCGTGACACGTTGACGCATACCACCAGAAAGTTCATGTGGATAAGCATCAAATTGTCGAGt < 1:3213207/91‑1 (MQ=255) gtgGCTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGAAAGTTCATGTGGATAAGCATCAAATTTTCGAGTTGc > 1:215271/1‑91 (MQ=255) gtgGCTTTAAAATCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGAAAGTTCATGTGGATAAGCATCAAATTGTCGAGTTGc < 1:3034181/91‑1 (MQ=255) 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aTCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGAAAGTTCATGTGGATAAGCATCAAATTGTCGAGTTGCATGTTTTATAc > 1:3425452/1‑91 (MQ=255) aTCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGAAAGTTCATGTGGATAAGCATCAAATTGTCGAGTTGCATGTTTTATAc > 1:67169/1‑91 (MQ=255) tCAATGCCATTGCTATCATGCCACGTTGACGCATACCACCAGAAAGTTCATGTGGATAAGCATAAAATTGTCGTGTTGCATGTTTtatcaa > 1:2697977/1‑88 (MQ=255) tCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGAAAGTTCATGTGGATAAGCATCAAATTGTCGAGTTGCATGTTTTATAcc < 1:3704384/91‑1 (MQ=255) tCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGAAAGTTCATGTGGATAAGCATCAAATTGTCGAGTTGCATGTTTTATAcc > 1:2698550/1‑91 (MQ=255) tCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGAAAGTTCATGTGGATAAGCATCAAATTGTCGAGTTGCATGTTTTATAcc < 1:3830228/91‑1 (MQ=255) tCAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGAAAGTTCATGTGGATAAGCATCAAATTGTCGAGTTGCATGTTTTATAcc < 1:3546589/91‑1 (MQ=255) cAATGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGAAAGTTCATGTGGATAAGCATCAAATTGTCGAGTTGCATGTTTTATACCt < 1:3904906/91‑1 (MQ=255) aaTGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGAAAGTTCATGTGGATAAGCATCAAATTGTCGAGTTGCATGTTTTATACCTa > 1:1077234/1‑91 (MQ=255) aaTGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGAAAGTTCATGTGGATAAGCATCAAATTGTCGAGTTGCATGTTTTATACCTa > 1:397856/1‑91 (MQ=255) aaTGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGAAAGTTCATGTGGATAAGCATCAAATTGTCGAGTTGCATGTTTTATACCTa > 1:397755/1‑91 (MQ=255) aaTGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGAAAGTTCATGTGGATAAGCATCAAATTGTCGAGTTGCATGTTTTATACCTa > 1:1951882/1‑91 (MQ=255) aTGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGAAAGTTCATGTGGATAAGCATCAAATTGTCGAGTTGCATGTTTTATACCTAc < 1:3960797/91‑1 (MQ=255) aTGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGAAAGTTCATGTGGATAAGCATCAAATTGTCGAGTTGCATGTTTTATACCTAc < 1:2372089/91‑1 (MQ=255) aTGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGAAAGTTCATGTGGATAAGCATCAAATTGTCGAGTTGCATGTTTTATACCTAc > 1:3388712/1‑91 (MQ=255) tGCCATTGCTATCATGACACGTTGACGCATACCACCAGAAAGTTCATGTGGATAAGCATCAAATTGTCGAGTTGCATGTTTTATACCTACt > 1:255826/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |