| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 314329 | 69 (0.700) | 6 (0.070) | 6/148 | NT | 8.5% | intergenic (‑187/+64) | rebM/rbsK_rbiA | Demethylrebeccamycin‑D‑glucose O‑methyltransferase/Bifunctional ribokinase/ribose‑5‑phosphate isomerase A |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 314376 | 65 (0.710) | intergenic (‑234/+17) | rebM/rbsK_rbiA | Demethylrebeccamycin‑D‑glucose O‑methyltransferase/Bifunctional ribokinase/ribose‑5‑phosphate isomerase A | |||||
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
TCATTTATAACTAAACATGAGTCAACAAGCATAGGTTTAGTGGAAAATTATTTCTAATAGATGATGTTTTATAAAGATAAAAAAGCACAGCCATGATATACGAATGTTGCATGTTATATGCTAAACCTTCATATCATAGCTGTGTTTGATTCATTTAAACTTGATTTACTTCTTCTAGTAG > USA300TCH1516_ALE/314239‑314419 | gcgagctcactcactgtacaaaaacacggcgcgcaagcatctattcctctactagaagaagtaaatcaagtttaaatgaatcaaaCACAGc < 1:2687649‑M1/6‑1 (MQ=255)gcgagctcactcactgtacaaaaacacggcgcgcaagcatctattcctctactagaagaagtaaatcaagtttaaatgaatcaaaCACAGc > 1:1092683‑M1/86‑91 (MQ=255) cATTTATAACTAAACATGAGTCAACAAGCATAGGTTTAGTGGAAAATTATTTCTAATAGATGATGTTTTATAAAGATAAAAAAGCACAGcc < 1:3830978/91‑1 (MQ=255) cATTTATAACTAAACATGAGTCAACAAGCATAGGTTTAGTGGAAAATTATTTCTAATAGATGATGTTTTATAAAGATAAAAAAGCACAGcc < 1:575740/91‑1 (MQ=255) cATTTATAACTAAACATGAGTCAACAAGCATAGGTTTAGTGGAAAATTATTTCTAATAGATGATGTTTTATAAAGATAAAAAAGCACAGcc < 1:3830629/91‑1 (MQ=255) aaCTAAACATGAGTCAACAAGCATAGGTTTAGTGGAAAATTATTTCTAATAGATGATGTTTTATAAAGATAAAAAAGCACAGCCATGatat < 1:109733/91‑1 (MQ=255) aaCTAAACATGAGTCAACAAGCATAGGTTTAGTGGAAAATTATTTCTAATAGATGATGTTTTATAAAGATAAAAAAGCACAGCCATGatat < 1:109977/91‑1 (MQ=255) aCTAAACATGAGTCAACAAGCATAGGTTTAGTGGAAAATTATTTCTAATAGATGATGTTTTATAAAGATAAAAAAGCACAGCCATGAtata > 1:3110098/1‑91 (MQ=255) cATGAGTCAACAAGCATAGGTTTAGTGGAAAATTATTTCTAATAGATGATGTTTTATAAAGATAAAAAAGCACAGCCATGATATACGAATg > 1:2255100/1‑91 (MQ=255) cATGAGTCAACAAGCATAGGTTTAGTGGAAAATTATTTCTAATAGATGATGTTTTATAAAGATAAAAAAGCACAGCCATGATATACGAATg < 1:346971/91‑1 (MQ=255) cATGAGTCAACAAGCATAGGTTTAGTGGAAAATTATTTCTAATAGATGATGTTTTATAAAGATAAAAAAGCACAGCCATGATATACGAATg > 1:3493799/1‑91 (MQ=255) cATGAGTCAACAAGCATAGGTTTAGTGGAAAATTATTACTAATAGATGATGTTTTATAAAGATAAAAAAGCACAGCCATGATATACGAATg > 1:3493944/1‑91 (MQ=255) tGAGTCAACAAGCATAGGTTTAGTGGAAAATTATTTCTAATAGATGATGTTTTATAAAGATAAAAAAGCACAGCCATGATATACGAATGtt < 1:3661104/91‑1 (MQ=255) gAGTCAACAAGCATAGGTTTAGTGGAAAATTATTTCTAATAGATGATGTTTTATAAAGATAAAAAAGCACAGCCATGATATACGAATGTTg > 1:128707/1‑91 (MQ=255) gTCAACAAGCATAGGTTTAGTGGAAAATTATTTCTAATAGATGATGTTTTATAAAGATAAAAAAGCACAGCCATGATATACGAATGTTGCa > 1:2297209/1‑91 (MQ=255) tCAACAAGCATAGGTTTAGTGGAAAATTATTTCTAATAGATGATGTTTTATAAAGATAAAAAAGCACAGCCATGATATACGAATGTTGCAt < 1:3134646/91‑1 (MQ=255) tCAACAAGCATAGGTTTAGTGGAAAATTATTTCTAATAGATGATGTTTTATAAAGATAAAAAAGCACAGCCATGATATACGAATGTTGCAt > 1:4631/1‑91 (MQ=255) tCAACAAGCATAGGGTTAGTGGAAAATTATTTCTAATAGATGATGTTTTATAAAGATAAAAAAGCACAGCCATGATATACGAATGTTGCAt < 1:253727/91‑1 (MQ=255) caaGCATAGGTTTAGTGGAAAATTATTTCTAATAGATGATGTTTTATAAAGATAAAAAAGCACAGCCATGATATACGAATGTTGCATGTta > 1:2352922/1‑91 (MQ=255) aGGTTTAGTGGAAAATTATTTCTAATAGATGATGTTTTATAAAGATAAAAAAGCACAGCCATGATATACGAATGTTGCATGTTATATGCTa > 1:1770088/1‑91 (MQ=255) aGGTTTAGTGGAAAATTATTTCTAATAGATGATGTTTTATAAAGATAAAAAAGCACAGCCATGATATACGAATGTTGCATGTTATATGCTa > 1:1916163/1‑91 (MQ=255) aGGTTTAGTGGAAAATTATTTCTAATAGATGATGTTTTATAAAGATAAAAAAGCACAGCCATGATATACGAATGTTGCATGTTATATGCTa > 1:3138120/1‑91 (MQ=255) ggTTTAGTGGAAAATTATTTCTAATAGATGATGTTTTATAAAGATAAAAAAGCACAGCCATGATATACGAATGTTGCATGTTATATGCTaa > 1:1339692/1‑91 (MQ=255) tttAGTGGAAAATTATTTCTAATAGATGATGTTTTATAAAGATAAAAAAGCACAGCCATGATATACGAATGTTGCATGTTATATGCTAAAc < 1:936825/91‑1 (MQ=255) aGTGGAAAATTATTTCTAATAGATGATGTTTTATAAAGATAAAAAAGCACAGCCATGATATACGAATGTTGCATGTTATATGCTAAACCtt < 1:2509317/91‑1 (MQ=255) aGTGGAAAATTATTTCTAATAGATGATGTTTTATAAAGATAAAAAAGCACAGCCATGATATACGAATGTTGCATGTTATATGCTAAACCtt < 1:2879217/91‑1 (MQ=255) aGTGGAAAATTATTTCTAATAGATGATGTTTTATAAAGATAAAAAAGCACAGCCATGATATACGAATGTTGCATGTTATATGCTAAACCtt < 1:3649219/91‑1 (MQ=255) gTGGAAAATTATTTCTAATAGATGATGTTTTATAAAGATAAAAAAGCACAGCCATGATATACGAATGTTGCATGTTATATGCTAAACCTtc < 1:3664975/91‑1 (MQ=255) gAAAATTATTTCTAATAGATGATGTTTTATAAAGATAAAAAAGCACAGCCATGATATACGAATGTTGCATGTTATATGCTAAACCTtcata < 1:3780435/91‑1 (MQ=255) ttcctctactagaagaagtaaatcaagtttaactgaatcaaaCACAGCCATGATATACGAATGTTGCATGTTATATGCTAAACCTtcatat > 1:3527738‑M1/43‑91 (MQ=255) aaaTTATTTCTAATAGATGATGTTTTATAAAGATAAAAAAGCACAGCCATGATATACGAATGTTGCATGTTATATGCTAAACCTtcatatc > 1:2702858/1‑91 (MQ=255) aaaTTATTTCTAATAGATGATGTTTTATAAAGATAAAAAAGCACAGCCATGATATACGAATGTTGCATGTTATATGCTAAACCTtcatatc > 1:977560/1‑91 (MQ=255) aaaTTATTTCTAATAGATGATGTTTTATAAAGATAAAAAAGCACAGCCATGATATACGAATGTTGCATGTTATATGCTAAACCTtcatatc > 1:2704405/1‑91 (MQ=255) aaTTATTTCTAATAGATGATGTTTTATAAAGATAAAAAAGCACAGCcatgatatgaaggtttagcatataacaagcaacattcgtatatca < 1:2767364‑M1/91‑46 (MQ=255) aaTTATTTCTAATAGATGATGTTTTATAAAGATAAAAAAGCACAGCCATGATATACGAATGTTGCATGTTATATGCTAAACCTtcatatca < 1:3332027/91‑1 (MQ=255) ctctactagaagaagtaaatcaagtttaaatgaatcaaaCACAGCCATGATATACGAATGTTGCATGTTATATGCTAAACCTtcatatcat > 1:3428697‑M1/40‑91 (MQ=255) ctctactagaagaagtaaatcaagtttaaatgaatcaaaCACAGCCATGATATACGAATGTTGCATGTTATATGCTAAACCTtcatatcat > 1:880909‑M1/40‑91 (MQ=255) ctctactagaagaagtaaatcaagtttaaatgaatcaaaCACAGCCATGATATACGAATGTTGCATGTTATATGCTAAACCTtcatatcat > 1:881034‑M1/40‑91 (MQ=255) attTCTAATAGATGATGTTTTATAAAGATAAAAAAGCACAGCtatgatatgaaggtttagcatataacatgcaacattcgtatatcatggc < 1:1064563‑M1/91‑50 (MQ=255) aTTTCTAATAGATGATGTTTTATAAAGATAAAAAAGCACAGCCATGATATACGAATGTTGCATGTTATATGCTAAACCTTCATATCATAgc < 1:1822347‑M2/91‑3 (MQ=255) aTTTCTAATAGATGATGTTTTATAAAGATAAAAAAGCACAGCCATGATATACGAATGTTGCATGTTATATGCTAAACCGTCATATCATAgc > 1:3174382‑M2/1‑89 (MQ=255) tttCTAATAGATGATGTTTTATAAAGATAAAAAAGCACAGCtatgatatgaaggtttagcatataacatgcaacattcgtatatcatggct < 1:2217618‑M1/91‑51 (MQ=255) tttCTAATAGATGATGTTTTATAAAGATAAAAAAGCACAGCCATGATATACGAATGTTGCATGTTATATGCTAAACCTTCATATCATAgct < 1:3415128‑M2/91‑4 (MQ=255) tttCTAATAGATGATGTTTTATAAAGATAAAAAAGCACAGCCATGATATACGAATGTTGCATGTTATATGCTAAACCTTCATATCATAgct > 1:1885153‑M2/1‑88 (MQ=255) actagaagaagtaaatcaagtttaaatgaatcaaaCACAGCCATGATATACGAATGTTGCATGTTATATGCTAAACCTTCATATCATAGCt > 1:3427638‑M1/36‑91 (MQ=255) ttCTAATAGATGATGTTTTATAAAGATAAAAAAGCACAGCCATGATATACGAATGTTGCATGTTATATGCTAAACCTTCATATCATAgctg < 1:157444‑M2/91‑5 (MQ=255) ttCTAATAGATGATGTTTTATAAAGATAAAAAAGCACAGCCATGATATACGAATGTTGCATGTTATATGCTAAACCTTCATATCATAgctg > 1:499486‑M2/1‑87 (MQ=255) ttCTAATAGATGATGTTTTATAAAGATAAAAAAGCACAGCCATGATATACGAATGTTGCATGTTATATGCTAAACCTCCATATCATAgctg < 1:157334‑M2/91‑5 (MQ=255) tCTAATAGATGATGTTTTATAAAGATAAAAAAGCACAGCtatgatatgaaggtttagcatataacatgcaacattcgtatatcatggctgt < 1:3000636‑M1/91‑53 (MQ=255) aaTAGATGATGTTTTATAAAGATAAAAAAGCACAGCCATGATATGCGAATGTTGCATGTTATATGCTAAACCTTCATATCATAGCTGTGtt < 1:3285700/91‑1 (MQ=255) aTAGATGATGTTTTATAAAGATAAAAAAGCACAGCCATGATATACGAATGTTGCATGTTATATGCTAAACCTTCATATCATAGCTGTGttt < 1:83319/91‑1 (MQ=255) aTAGATGATGTTTTATAAAGATAAAAAAACACAGCtatgatatgaaggtttagcatataacatgcaacattcgtatatcatggctgtgctt < 1:373487‑M1/91‑57 (MQ=255) aagtaaatcaagtttaaatgaatcaaaCACAGCCATGATATACGAATGTTGCATGTTATATGCTAAACCTTCATATCATAGCTGTGTTTGa > 1:3194076‑M1/28‑91 (MQ=255) aagtaaatcaagtttaaatgaatcaaaCACAGCCATGATATACGAATGTTGCATGTTATATGCTAAACCTTCATATCAGAGCTGTGTTTGa > 1:3188707‑M1/28‑91 (MQ=255) aGATGATGTTTTATAAAGATAAAAAAGCACAGCCATGATATACGAATGTTGCATGTTATATGCTAAACCTTCATATCATAGCTGTGTTTGa < 1:3096519/91‑1 (MQ=255) gatgatGTTTTATAAAGATAAAAAAGCACAGCCATGATATACGAATGTTGCATGTTATATGCTAAACCTTCATATCATAGCTGTGTTTGAt < 1:2973944/91‑1 (MQ=255) tgatgTTTTATGAAGATAAAAAAGCACAGCCATGATATACGAATGTTGCGTGTTATATGCTAAACCTTCATATCATAGCTGTGTTTGATTc < 1:3586261/91‑1 (MQ=255) gatgTTTTATAAAGATAAAAAAGCACAGCCATGATATACGAATGTTGCATGTTATATGCTAAACCTTCATATCATAGCTGTGTTTGATTCa < 1:2587889/91‑1 (MQ=255) atgTTTTATAAAGATAAAAAAGCACAGCCATGATATACGAATGTTGCATGTTATATGCTAAACCTTCATATCATAGCTGTGTTTGATTCAt > 1:775716/1‑91 (MQ=255) atgTTTTATAAAGATAAAAAAGCACAGCCATGATATACGAATGTTGCATGTTATATGCTAAACCTTCATATCATAGCTGTGTTTGATTCAt < 1:1525181/91‑1 (MQ=255) ttATAAAGATAAAAAAGCACAGCCATGATATACGAATGTTGCATGTTATATGCTAAACCTTCATATCATAGCTGTGTTTGATTCATTTaaa > 1:2142586/1‑91 (MQ=255) ttATAAAGATAAAAAAGCACAGCCATGATATACGAATGTTGCATGTTATATGCTAAACCTTCATATCATAGCTGTGTTTGATTCATTTaaa > 1:2837056/1‑91 (MQ=255) tataAAGATAAAAAAGCACAGCCATGATATACGAATGTTGCATGTTATATGCTAAACCTTCATATCATAGCTGTGTTTGATTCATTTAAAc > 1:574573/1‑91 (MQ=255) tataAAGATAAAAAAGCACAGCCATGATATACGAATGTTGCATGTTATATGCTAAACCTTCATATCATAGCTGTGTTTGATTCATTTAAAc > 1:2972800/1‑91 (MQ=255) aaGATAAAAAAGCACAGCCATGATATACGAATGTTGCATGTTATATGCTAAACCTTCATATCATAGCTGTGTTTGATTCATTTAAACTTGa < 1:2651299/91‑1 (MQ=255) aaGATAAAAAAGCACAGCCATGATATACGAATGTTGCATGTTATATGCTAAACCTTCATATCATAGCTGTGTTTGATTCATTTAAACTTGa < 1:2654870/91‑1 (MQ=255) aGATAAATAAGCACAGCCATGATATACGAATGTTGCATGTTATATGCTAAACCTTCATATCATAGCTGTGTTTGATTCATTTAAACTTGAt < 1:2070178/91‑1 (MQ=255) aGATAAAAAAGCATAGCCATGATATACGAATGTTGCATGTTATTTGCTAAACCTTCATATCATAGCTGTGTTTGATTCATTTAAACTTGAt < 1:4151304/91‑1 (MQ=255) aGATAAAAAAGCACAGCCATGATATACGAATGTTGCATGTTATATGCTAAACCTTCATATCATAGCTGTGTTTGATTCATTTAAACTTGAt > 1:322061/1‑91 (MQ=255) aTAAAAAAGCACAGCCATGATATACGAATGTTGCATGTTATATGCTAAACCTTCATATCATAGCTGTGTTTGATTCATTTAAACTTgcaag < 1:2498278/91‑5 (MQ=255) aTAAAAAAGCACAGCCATGATATACGAATGTTGCATGTTATATGCTAAACCTTCATATCATAGCTGTGTTTGATTCATTTAAACTTGAttt < 1:1588731/91‑1 (MQ=255) tAAAAAAGCACAGCCATGATATACGAATGTTGCATGTTATATGCTAAACCTTCATATCATAGCTGTGTTTGATTCATTTAAACTTGATTTa < 1:2016247/91‑1 (MQ=255) tAAAAAAGCACAGCCATGATATACGAATGTTGCATGTTATATGCTAAACCTTCATATCATAGCTGTGTTTGATTCATTTAAACTTGATTTa > 1:2567788/1‑91 (MQ=255) aaaaaaGCACAGCCATGATATACGAATGTTGCATGTTATATGCTAAACCTTCATATCATAGCTGTGTTTGATTCATTTAAACTTGATTTAc < 1:3513576/91‑1 (MQ=255) aaaGCACAGCCATGATATACGAATGTTGCATGTTATATGCTAAACCTTCATATCATAGCTGTGTTTGATTCATTTAAACTTGATTTActtc > 1:1958435/1‑91 (MQ=255) aaGCACAGCCATGATATACGAATGTTGCATGTTATATGCTAAACCTTCATATCATAGCTGTGTTTGATTCATTTAAACTTGATTTActtct < 1:4101953/91‑1 (MQ=255) aaGCACAGCCATGATATACGAATGTTGCATGTTATATGCTAAACCTTCATATCATAGCTGTGTTTGATTCATTTAAACTTGATTTActtct < 1:1632331/91‑1 (MQ=255) aaGCACAGCCATGATATACGAATGTTGCATGTTATATGCTAAACCTTCATATCATAGCTGTGTTTGATTCATTTAAACTTGATTTActtct < 1:2770925/91‑1 (MQ=255) aaGCACAGCCATGATATACGAATGTTGCATGTTATATGCTAAACCTTCATATCATAGCTGTGTTTGATTCATTTAAACTTGATTTActtct < 1:3897233/91‑1 (MQ=255) aGCACAGCCATGATATACGAATGTTGCATGTTATATGCTAAACCTTCATATCATAGCTGTGTTTGATTCATTTAAACTTGATTTActtctt > 1:180190/1‑91 (MQ=255) aGCACAGCCATGATATACGAATGTTGCATGTTATATGCTAAACCTTCATATCATAGCTGTGTTTGATTCATTTAAACTTGATTTActtctt > 1:2995568/1‑91 (MQ=255) aGCACAGCCATGATATACGAATGTTGCATGTTATATGCTAAACCTTCATATCATAGCTGTGTTTGATTCATTTAAACTTGATTTActtctt > 1:3902341/1‑91 (MQ=255) cacaGCCATGATATACGAATGTTGCATGTTATATGCTAAACCTTCATATCATAgctgtgcttttttatctttataaaacatcatctattag < 1:2444529‑M2/91‑39 (MQ=255) acaGCtatgatatgaaggtttagcatataacatgcaacattcgtatatcatggctgtgcttttttatctttataaaacatcatctattaga > 1:98854‑M1/1‑5 (MQ=255) acaGCCATGATATACGAATGTTGCATGTTATATGCTAAACCTTCATATCATAgctgtgcttttttatctttataaaacatcatctattaga < 1:3000636‑M2/91‑40 (MQ=255) ACAGCCATGATATACGAATGTTGCATGTTATATGCTAAACCTTCATATCATAGCTGTGTTTGATTCATTTAAACTTGATTTACTTCTTCta > 1:3955943‑M1/1‑91 (MQ=255) caGCtatgatatgaaggtttagcatataacatgcaacattcgtatatcatggctgtgcttttttatctttataaaacatcatctattagaa > 1:499486‑M1/1‑4 (MQ=255) caGCtatgatatgaaggtttagcatataacatgcaacattcgtatatcatggctgtgcttttttatctttataaaacatcatctattagaa < 1:157444‑M1/91‑88 (MQ=255) CAGCCATGATATACGAATGTTGCATGTTATATGCTAAACCTTCATATCATAGCTGTGTTTGATTCATTTAAACTTGATTTACTTCTTCtag < 1:631964‑M1/91‑1 (MQ=255) aGCtatgatatgaaggtttagcatataacatgcaacattcgtatatcatggctgtgcttttttatctttataaaacatcatctattagaaa < 1:3415128‑M1/91‑89 (MQ=255) aGCtatgatatgaaggtttagcatataacatgcaacattcgtatatcatggctgtgcttttttatctttataaaacatcatctattagaaa > 1:1885153‑M1/1‑3 (MQ=255) aGCCATGATATACGAATGTTGCATGTTATATGCTAAACCTTCATATCATAgctgtgcttttttatctttataaaacatcatctattagaaa < 1:2217618‑M2/91‑42 (MQ=255) AGCCATGATATACGAATGTTGCATGTTATATGCTAAACCTTCATATCATAGCTGTGTTTGATTCATTTAAACTTGATTTACTTCTTCtagt > 1:1378897‑M1/1‑91 (MQ=255) AGCCATGATATACGAATGTTGCATGTTATATGCTAAACCTTCATATCATAGCTGTGTTTGATTCATTTAAACTTGATTTACTTCTTCtagt > 1:1378851‑M1/1‑91 (MQ=255) gCtatgatatgacggtttagcatataacatgcaacattcgtatatcatggctgtgcttttttatctttataaaacatcatctattagaaat > 1:3174382‑M1/1‑2 (MQ=255) gCtatgatatgaaggtttagcatataacatgcaacattcgtatatcatggctgtgcttttttatctttataaaacatcatctattagaaat < 1:1822347‑M1/91‑90 (MQ=255) gCCATGATATACGAATGTTGCATGTTATATGCTAAACCTTCATATCATAgctgtgcttttttatctttataaaacatcatctattagaaat < 1:1064563‑M2/91‑43 (MQ=255) GCCATGATATACGAATGTTGCATGTTATATGCTAAACCTTCATATCATAGCTGTGTTTGATTCATTTAAACTTGATTTACTTCTTCtagta > 1:3249232‑M1/1‑91 (MQ=255) GCCATGATATACGAATGTTGCATGTTATATGCTAAACCTTCATATCATAGCTGTGTTTGATTCATTTAAACTTGATTTACTTCTTCtagta < 1:1329072‑M1/91‑1 (MQ=255) ctatgatatgaaggtttagcatataacatgcaacattcgtatatcatggctgtgcttttttatctttataaaacatcatctattagaaata > 1:3534423‑M1/1‑1 (MQ=255) | TCATTTATAACTAAACATGAGTCAACAAGCATAGGTTTAGTGGAAAATTATTTCTAATAGATGATGTTTTATAAAGATAAAAAAGCACAGCCATGATATACGAATGTTGCATGTTATATGCTAAACCTTCATATCATAGCTGTGTTTGATTCATTTAAACTTGATTTACTTCTTCTAGTAG > USA300TCH1516_ALE/314239‑314419 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |