| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 414290 = | 92 (0.940) | 10 (0.110) | 5/148 | NT | 11.0% | intergenic (‑32/‑632) | metI/spo0C | Cystathionine gamma‑synthase/O‑acetylhomoserine (thiol)‑lyase/Chromosome‑partitioning protein Spo0J |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 414341 = | 77 (0.850) | intergenic (‑83/‑581) | metI/spo0C | Cystathionine gamma‑synthase/O‑acetylhomoserine (thiol)‑lyase/Chromosome‑partitioning protein Spo0J | |||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
CTATAGCACCGGTTGAATCATCGGTTAATGTGATTTGGGCTAACTGTGTATCCTTCATATTAAGACCCTCCTATAAGAAAAAATAAAAAAAGCTTCCGTCCTTCGTACCCGAATGAATCGGATAAAAAGGACGAAAGCTTATGTTTCGCGGTACCACCTTTATTTGTTATTCCATCGCT > USA300TCH1516_ALE/414201‑414379 | tgttcagtaagcatatttacttttaatgcgtactgaataaggttatttcagcgatggaataacaaataaaggtggtaccgcgaaacatAAg < 1:2603175‑M1/3‑1 (MQ=255) tataGCACCGGTTGAATCATCGGTTAATGTGATTTGGGCTAACTGTGTATCCTTCATATTAAGACCCTCCTATAAGAAAAAATAAAAAAAg < 1:426799/91‑1 (MQ=255) tataGCACCGGTTGAATCATCGGTTAATGTGATTTGGGCTAACTGTGTATCCTTCATATTAAGACCCTCCTATAAGAAAAAATAAAAAAAg < 1:696844/91‑1 (MQ=255) ttcagtaagcatatttacttttaatgcgtactgaataaggttatttcagcgatggaataacaaataaaggtggtaccgcgaaacatAAGCt > 1:2493229‑M1/87‑91 (MQ=255) taGCACCGGTTGAATCATCGGTTAATGTGATTTGGGCTAACTGTGTATCGTTCATATTAAGACCCTCCTATAAGAAAAAATAAAAAAAGCt < 1:3600488/91‑1 (MQ=255) taGCACCGGTTGAATCATCGGTTAATGTGATTTGGGCTAACTGTGTATCCTTCATATTAAGACCCTCCTATAAGAAAAAATAAAAAAAGCt > 1:4066193/1‑91 (MQ=255) tcagtaagcatatttacttttaatgcgtactgaataaggttatttcagcgatggaataacaaataaaggtggtaccgcgaaacatAAGCtt > 1:213076‑M1/86‑91 (MQ=255) tcagtaagcatatttacttttaatgcgtactgaataaggttatttcagcgatggaataacaaataaaggtggtaccgcgaaacatAAGCtt > 1:2350349‑M1/86‑91 (MQ=255) tcagtaagcatatttacttttaatgcgtactgaataaggttatttcagcgatggaataacaaataaaggtggtaccgcgaaacatAAGCtt > 1:2614967‑M1/86‑91 (MQ=255) aGCACCGGTTGAATCATCGGTTAATGTGATTTGGGCTAACTGTGTATCCTTCATATTAAGACCCTCCTATAAGAAAAAATAAAAAAAGCtt < 1:2096744/91‑1 (MQ=255) cGGTTGAATCATCGGTTAATGTGATTTGGGCTAACTGTGTATCCTTCATATTAAGACCCTCCTATAAGAAAAAATAAAAAAAGCTTCCGTc < 1:1020805/91‑1 (MQ=255) cGGTTGAATCATCGGTTAATGTGATTTGGGCTAACTGTGTATCCTTCATATTAAGACCCTCCTATAAGAAAAAATAAAAAAAGCTTCCGTc > 1:483090/1‑91 (MQ=255) ggTTGAATCATCGGTTAATGTGATTTGGGCTAACTGTGTATCCTTCATATTAAGACCCTCCTATAAGAAAAAATAAAAAAAGCTTCCGTcc > 1:833411/1‑91 (MQ=255) ggTTGAATCATCGGTTAATGTGATTTGGGCTAACTGTGTATCCTTCATATTAAGACCCTCCTATAAGAAAAAATAAAAAAAGCTTCCGTcc < 1:935562/91‑1 (MQ=255) 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cGGTTAATGTGATTTGGGCTAACTGTGTATCCTTCATATTAAGACCCTCCTATAAGAAAAAATAAAAAAAGCTTCCGTCCTTCGTACCCga > 1:3930919/1‑91 (MQ=255) gTTAATGTGATTTGGGCTAACTGTGTATCCTTCATATTAAGACCCTCCTATAAGAAAAAATAAAAAAAGCTTCCGTCCTTCGTACCCgaat < 1:2640432/91‑1 (MQ=255) ttAATGTGATTTGGGCTAACTGTGTATCCTTCATATTAAGACCCTCCTATAAGAAAAAATAAAAAAAGCTTCCGTCCTTCGTACCCgaatg > 1:1648298/1‑91 (MQ=255) tAATGTGATTTGGGCTAACTGTGTATCCTTCATATTAAGACCCTCCTATAAGAAAAAATAAAAAAAGCTTCCGTCCTTCGTACCCgaatga > 1:3116778/1‑91 (MQ=255) aTGTGATTTGGGCTAACTGTGTATCCTTCATATTAAGACCCTCCTATAAGAAAAAATAAAAAAAGCTTCCGTCCTTCGTACCCgaatgaat < 1:2498476/91‑1 (MQ=255) tgtgATTTGGGCTAACTGTGTATCCTTCATATTAAGACCCTCCTATAAGAAAAAATAAAAAAAGCTTCCGTCCTTCGTACCCGAATGAATc > 1:3730359/1‑91 (MQ=255) gtgATTTGGGCTAACTGTGTATCCTTCATATTAAGACCCTCCTATAAGAAAAAATAAAAAAAGCTTCCGTCCTTCGTACCCGAATGAATCg < 1:259889/91‑1 (MQ=255) gtgATTTGGGCTAACTGTGTATCCTTCATATTAAGACCCTCCTATAAGAAAAAATAAAAAAAGCTTCCGTCCTTCGTACCCGAATGAATCg < 1:625198/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |