| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 802141 | 80 (0.810) | 11 (0.130) | 9/138 | NT | 12.2% | intergenic (+382/+242) | USA300HOU_RS03915/USA300HOU_RS03920 | Putative 5'(3')‑deoxyribonucleotidase/Putative lipid kinase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 802168 | 90 (1.060) | intergenic (+409/+215) | USA300HOU_RS03915/USA300HOU_RS03920 | Putative 5'(3')‑deoxyribonucleotidase/Putative lipid kinase | |||||
Only 100 of 144 total aligned reads displayed.
ATCGCTACATAATCAATCATTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTAAAATACAACAT > USA300TCH1516_ALE/802051‑802231 | tCGCTACATAATCAATCATTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGaa > 1:2280126/1‑91 (MQ=255) gCTACATAATCAATCATTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAAtg < 1:1505168/91‑1 (MQ=255) cATAATCAATCATTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGtt < 1:837472/91‑1 (MQ=255) cATAATCAATCATTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGtt > 1:1406858/1‑91 (MQ=255) aTAATCAATCATTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTa < 1:2240917/91‑1 (MQ=255) aTAATCAATCATTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTa < 1:237278/91‑1 (MQ=255) tAATCAATCATTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTaa > 1:3522515/1‑91 (MQ=255) tAATCAATCATTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTaa < 1:2271466/91‑1 (MQ=255) tAATCAATCATTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTaa > 1:1419087/1‑91 (MQ=255) tAATCAATCATTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTaa < 1:1438599/91‑1 (MQ=255) aatcaatcATTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAAt < 1:996714/91‑1 (MQ=255) tcaatcaTTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTGGTTTATCTTACTATTATAAATCGTATGAATGTGTTAATCt > 1:3259412/1‑91 (MQ=255) aatcaTTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAcgtgtaatctgcca < 1:1624126‑M1/91‑15 (MQ=255) aatcaTTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTAt < 1:2100489/91‑1 (MQ=255) tcaTTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCAGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATgg < 1:3325785/91‑1 (MQ=255) caTTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGc > 1:164289/1‑91 (MQ=255) tAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGa > 1:1718146/1‑91 (MQ=255) gTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGAtt < 1:644496/91‑1 (MQ=255) tCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTa < 1:938764/91‑1 (MQ=255) gTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAcgtgtaatctgccatagattaacac < 1:2758415‑M1/91‑26 (MQ=255) gTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTAGGGCAGATTaca > 1:3754063/1‑91 (MQ=255) ttCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAcgtgtaatctgccatagattaacaca < 1:2670117‑M1/91‑27 (MQ=255) ttCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTacac < 1:210402/91‑1 (MQ=255) tCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACg > 1:3904654/1‑91 (MQ=255) tCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACg < 1:4063967/91‑1 (MQ=255) cTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGt > 1:1367405‑M2/1‑90 (MQ=255) tATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGtcat > 1:3953717‑M2/1‑87 (MQ=255) aTCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGtcatc > 1:799041‑M2/1‑86 (MQ=255) aTCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGtcatc > 1:799737‑M2/1‑86 (MQ=255) tCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAcgtgtaatctgccatagattaacacattcatcc < 1:2562181‑M1/91‑34 (MQ=255) cATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTATTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGtcatccg > 1:3330349‑M2/1‑84 (MQ=255) cATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGtcatccg > 1:3330437‑M2/1‑84 (MQ=255) cATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGtcatccg > 1:3330531‑M2/1‑84 (MQ=255) cATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGtcatccg < 1:777190‑M2/91‑8 (MQ=255) cATTACCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGtcatccg < 1:3280341‑M2/91‑8 (MQ=255) aTTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGtcatccga < 1:3907942‑M2/91‑9 (MQ=255) ttCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGtcatccgatt > 1:1398177‑M2/1‑81 (MQ=255) tCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAcgtgtaatctgccatagattaacacattcatccgattt < 1:3676166‑M1/91‑39 (MQ=255) tCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGtcatccgattt < 1:2124263‑M2/91‑12 (MQ=255) gTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGAtttttt > 1:3572011/1‑91 (MQ=255) tCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTta > 1:3302010/1‑91 (MQ=255) cccGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTtat < 1:1033551/91‑1 (MQ=255) cGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAg > 1:2595324/1‑91 (MQ=255) ctctCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGaa > 1:259808/1‑91 (MQ=255) ctctCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGaa > 1:259690/1‑91 (MQ=255) cAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATTAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTg < 1:3327407/91‑1 (MQ=255) tAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGaaa > 1:639844/1‑91 (MQ=255) tGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGa < 1:2612386/91‑1 (MQ=255) tGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGa < 1:3486143/91‑1 (MQ=255) tGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGa < 1:3877901/91‑1 (MQ=255) gTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGAc > 1:3202226/1‑91 (MQ=255) ttAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACg < 1:2474841/91‑1 (MQ=255) tAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGc > 1:236364/1‑91 (MQ=255) aGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCa > 1:2285883/1‑91 (MQ=255) gTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCAt > 1:2731784/1‑91 (MQ=255) tttATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATa < 1:426963/91‑1 (MQ=255) ttATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATaa < 1:2798149/91‑1 (MQ=255) aTCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAAc < 1:1180592/91‑1 (MQ=255) tCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAAcc > 1:1444663/1‑91 (MQ=255) ttattattaTAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCAc < 1:3797318/91‑1 (MQ=255) ttattattaTAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCAc > 1:351834/1‑91 (MQ=255) ttattatgaTAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCAc < 1:2083503/91‑1 (MQ=255) attattatAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTa > 1:1560729/1‑91 (MQ=255) attattatAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTa > 1:3732261/1‑91 (MQ=255) ttattatAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTAt < 1:1528059/91‑1 (MQ=255) tattatAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATg > 1:221075/1‑91 (MQ=255) tattatAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATg > 1:221062/1‑91 (MQ=255) attatAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGa > 1:1864961/1‑91 (MQ=255) ttatAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGtcatccgatttataataataagataaactaacatttattgagagcggga < 1:2732231‑M2/91‑50 (MQ=255) ataAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGAttt < 1:3230553/91‑1 (MQ=255) ataAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGAttt > 1:2652486/1‑91 (MQ=255) taAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTa > 1:2772955/1‑91 (MQ=255) aaaTCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGtcatccgatttataataataagataaactaacatttattgagagcgggacgga < 1:1446155‑M2/91‑54 (MQ=255) aaaTCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTaa > 1:1736298/1‑91 (MQ=255) aaaTCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTaa > 1:1736288/1‑91 (MQ=255) aTCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTaaaa < 1:279555/91‑1 (MQ=255) tCGGATGAcgtgtaatctgccatagattaacacattcatccgatttataataataagataaactaacatttattgagagcgggacggaaat < 1:2912625‑M1/91‑84 (MQ=255) tCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTAAAAt > 1:380840/1‑91 (MQ=255) cGGATGAcgtgtaatctgccatagattaacacattcatccgatttataataataagataaactaacatttattgagagcgggacggaaatg > 1:3330531‑M1/1‑7 (MQ=255) cGGATGAcgtgtaatctgccatagattaacacattcatccgatttataataataagataaactaacatttattgagagcgggacggaaatg < 1:777190‑M1/91‑85 (MQ=255) cGGATGAcgtgtaatctgccatagattaacacattcatccgatttataataataagataaactaacatttattgagagcgggacggaaatg < 1:777402‑M1/91‑85 (MQ=255) cGGATGAcgtgtaatctgccatagattaacacattcatccgatttataataataagataaaataacatttattgagagcgggacggaaatg > 1:3330349‑M1/1‑7 (MQ=255) cGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTAAAATa > 1:1800006/1‑91 (MQ=255) gATGAcgtgtaatctgccatagattaacacattcatccgatttataataataagataaactaacatttattgagagcgggacggaaatgat > 1:3095516‑M1/1‑5 (MQ=255) gATGAcgtgtaatctgccatagattaacacattcatccgatttataataataagataaactaacatttattgagagcgggacggaaatgat > 1:799041‑M1/1‑5 (MQ=255) gATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTAAAATaca > 1:481848/1‑91 (MQ=255) gATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTAAAATaca > 1:481898/1‑91 (MQ=255) aTGAcgtgtaatctgccatagattaacacattcatccgatttataataataagataaactaacatttattgagagcgggacggaaatgata > 1:3953717‑M1/1‑4 (MQ=255) aTGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCAATTTTTTATAGAACTTGAAAAAGACGCGTAAACCACTATGATTTAAACTacaa > 1:3866261/1‑91 (MQ=255) tGAcgtgtaatctgccatagattaacacattcatccgatttataataataagataaactaacatttattgagagcgggacggaaatgataa > 1:2125518‑M1/1‑3 (MQ=255) tGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGtcatccgatttataataataagataaactaacatttattgagagcgggacggaaatgataa < 1:2804542‑M2/91‑62 (MQ=255) tGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTAAAATacaac > 1:1294092/1‑91 (MQ=255) tGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTAAAATacaac < 1:3466067/91‑1 (MQ=255) gAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTAAAATacaaca < 1:2313929/91‑1 (MQ=255) gAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTAAAATacaaca < 1:2946812/91‑1 (MQ=255) gAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTAAAATacaaca > 1:1230673/1‑91 (MQ=255) acgtgtaatctgccatagattaacacattcatccgatttataataataagataaactaacatttattgagagcgggacggaaatgataaag > 1:1367405‑M1/1‑1 (MQ=255) aaTGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGtcatccgatttataataataagataaactaacatttattgagagcgggacggaaatgataaag < 1:1506328‑M2/91‑64 (MQ=255) aaTGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTAAAATACAACat > 1:1544211/1‑91 (MQ=255) aaTGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTAAAATACAACat < 1:1008332/91‑1 (MQ=255) | ATCGCTACATAATCAATCATTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTAAAATACAACAT > USA300TCH1516_ALE/802051‑802231 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |