| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 802141 | 80 (0.810) | 11 (0.130) | 9/138 | NT | 12.2% | intergenic (+382/+242) | USA300HOU_RS03915/USA300HOU_RS03920 | Putative 5'(3')‑deoxyribonucleotidase/Putative lipid kinase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 802168 | 90 (1.060) | intergenic (+409/+215) | USA300HOU_RS03915/USA300HOU_RS03920 | Putative 5'(3')‑deoxyribonucleotidase/Putative lipid kinase | |||||
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
TCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTAAAATACAACATCAATCATTTTAGTGGCATGCGCCAAA > USA300TCH1516_ALE/802078‑802257 | tCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACg < 1:4063967/91‑1 (MQ=255)tCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACg > 1:3904654/1‑91 (MQ=255) cTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGt > 1:1367405‑M2/1‑90 (MQ=255) ttATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGtca > 1:2125518‑M2/1‑88 (MQ=255) tATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGtcat > 1:3953717‑M2/1‑87 (MQ=255) aTCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGtcatc > 1:799737‑M2/1‑86 (MQ=255) aTCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGtcatc > 1:799041‑M2/1‑86 (MQ=255) aTCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGtcatc > 1:3095516‑M2/1‑86 (MQ=255) cATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGtcatccg > 1:3330437‑M2/1‑84 (MQ=255) cATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGtcatccg > 1:3330531‑M2/1‑84 (MQ=255) cATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGtcatccg < 1:777190‑M2/91‑8 (MQ=255) ttCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGtcatccgatt > 1:1398177‑M2/1‑81 (MQ=255) tCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGtcatccgattt < 1:2124263‑M2/91‑12 (MQ=255) cccGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTtat < 1:1033551/91‑1 (MQ=255) cccGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTtat < 1:654760/91‑1 (MQ=255) ccGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTtata > 1:356884/1‑91 (MQ=255) ctctCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGaa > 1:259690/1‑91 (MQ=255) ctctCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGaa > 1:259808/1‑91 (MQ=255) cAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATTAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTg < 1:3327407/91‑1 (MQ=255) cAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATCAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTg < 1:3327760/91‑1 (MQ=255) tAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGaaa > 1:2606782/1‑91 (MQ=255) tGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGa < 1:2612386/91‑1 (MQ=255) tGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGa < 1:3877901/91‑1 (MQ=255) ttAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACg < 1:2474841/91‑1 (MQ=255) tAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGc > 1:236364/1‑91 (MQ=255) aGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCa > 1:2285883/1‑91 (MQ=255) ttATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATaa < 1:2798149/91‑1 (MQ=255) tCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAAcc > 1:1444663/1‑91 (MQ=255) ttattattaTAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCAc > 1:351834/1‑91 (MQ=255) ttattattaTAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCAc < 1:3797318/91‑1 (MQ=255) ttattatgaTAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCAc < 1:2083503/91‑1 (MQ=255) attattatAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTa > 1:3732261/1‑91 (MQ=255) attattatAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTa > 1:1560729/1‑91 (MQ=255) ttattatAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTAt < 1:1528086/91‑1 (MQ=255) ttattatAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTAt < 1:1528059/91‑1 (MQ=255) ttattatAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGCCAGATTACACGTGATCCGATTTTTTCTAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTAt > 1:3318537/1‑91 (MQ=255) tattatAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATg > 1:221075/1‑91 (MQ=255) tattatAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATg > 1:221062/1‑91 (MQ=255) tattatAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATg < 1:1901861/91‑1 (MQ=255) attatAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGa > 1:1864961/1‑91 (MQ=255) ttatAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGtcatccgatttataataataagataaactaacatttattgagagcggga < 1:2732231‑M2/91‑50 (MQ=255) ataAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGAttt < 1:3230553/91‑1 (MQ=255) taAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTa > 1:2772955/1‑91 (MQ=255) aaaTCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGtcatccgatttataataataagataaactaacatttattgagagcgggacgga < 1:3676166‑M2/91‑54 (MQ=255) aaaTCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGtcatccgatttataataataagataaactaacatttattgagagcgggacgga < 1:1446155‑M2/91‑54 (MQ=255) aaaTCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTaa < 1:2472364/91‑1 (MQ=255) aaaTCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTaa > 1:1221437/1‑91 (MQ=255) aaaTCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTaa > 1:1736288/1‑91 (MQ=255) aaaTCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTaa > 1:1736298/1‑91 (MQ=255) aTCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTaaaa > 1:546809/1‑91 (MQ=255) tCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTAAAAt > 1:380765/1‑91 (MQ=255) tCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTAAAAt > 1:380840/1‑91 (MQ=255) tCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTAAAAt < 1:4022290/91‑1 (MQ=255) cGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTAAAATa > 1:1800006/1‑91 (MQ=255) ggATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGtcatccgatttataataataagataaactaacatttattgagagcgggacggaaatga < 1:2562181‑M2/91‑59 (MQ=255) ggATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAAATTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTAAAATac < 1:3501935/91‑1 (MQ=255) gATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTAAAATaca > 1:481898/1‑91 (MQ=255) gATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTAAAATaca > 1:481848/1‑91 (MQ=255) aTGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCAATTTTTTATAGAAGTTGAAAAAGACGCGTAAACCACTATGATTTAAAGTacaa > 1:3866268/1‑91 (MQ=255) tGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGtcatccgatttataataataagataaactaacatttattgagagcgggacggaaatgataa < 1:2804542‑M2/91‑62 (MQ=255) tGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTAAAATacaac > 1:1294092/1‑91 (MQ=255) tGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTAAAATacaac < 1:3466067/91‑1 (MQ=255) gAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTAAAATacaaca < 1:2946812/91‑1 (MQ=255) gAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTAAAATacaaca > 1:1230673/1‑91 (MQ=255) aaTGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTAAAATACAACat < 1:1008332/91‑1 (MQ=255) aTGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTAAAATACAACatc > 1:3262566/1‑91 (MQ=255) aTGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTAAAATACAACatc > 1:3723466/1‑91 (MQ=255) aTGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTAAAATACAACatc > 1:3724420/1‑91 (MQ=255) tgtgTTAATCTATGGCAGATTACACGtcatccgatttataataataagataaactaacatttattgagagcgggacggaaatgataaagaa < 1:2670117‑M2/91‑66 (MQ=255) gtgtTAATCTATGGCAGATTACACGtcatccgatttataataataagataaactaacatttattgagagcgggacggaaatgataaagaac < 1:2759466‑M2/91‑67 (MQ=255) gtgtTAATCTATGGCAGATTACACGtcatccgatttataataataagataaactaacatttattgagagcgggacggaaatgataaagaac < 1:2758415‑M2/91‑67 (MQ=255) tgtTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTAAAATACAACatcaat > 1:2903951/1‑91 (MQ=255) gtTAATCTATGGCAGATTACACGtcatccgatttataataataagataaactaacatttattgagagcgggacggaaatgataaagaacga < 1:2660699‑M2/91‑69 (MQ=255) gtTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTAAAATACAACatcaatc < 1:3099447/91‑1 (MQ=255) gtTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTAAAATACAACatcaatc < 1:3099363/91‑1 (MQ=255) gtTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTAAAATACAACatcaatc > 1:2386841/1‑91 (MQ=255) gtTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTAAAATACAACatcaatc < 1:2379458/91‑1 (MQ=255) aaTCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTAAAATACAACATCAATCAtt > 1:223747/1‑91 (MQ=255) tATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTAAAATACAACATCAATCATTTTAg < 1:851623/91‑1 (MQ=255) tATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTAAAATACAACATCAATCATTTTAg < 1:1614023/91‑1 (MQ=255) aTGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTAAAATACAACATCAATCATTTTAGt > 1:1599390/1‑91 (MQ=255) tGGCAGATTACATGTCATCCGCTTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTAAAATACAACATCAATCATTTTAGTg > 1:3204391/1‑91 (MQ=255) tGGCAGATTACATGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTAAAATACAACATCAATCATTTTAGTg > 1:3203858/1‑91 (MQ=255) tGGCAGATTACACGtcatccgatttataataataagataaactaacatttattgagagcgggacggaaatgataaagaacgactaatgatt < 1:1624126‑M2/91‑78 (MQ=255) ggCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTAAAATACAACATCAATCATTTTAGTgg > 1:2923298/1‑91 (MQ=255) gCAGATTACACGTCATCCGATTTATTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTAAAATACAACATCAATCATTTTAGTGGc > 1:3282677/1‑91 (MQ=255) aGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTAAAATACAACATCAATCATTTTAGTGGCAt > 1:474478/1‑91 (MQ=255) gATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTAAAATACAACATCAATCATTTTAGTGGCATg > 1:2710494/1‑91 (MQ=255) gATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTAAAATACAACATCAATCATTTTAGTGGCATg > 1:648968/1‑91 (MQ=255) aTTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTAAAATACAACATCAATCATTTTAGTGGCATgc < 1:1127059/91‑1 (MQ=255) aTTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTAAAATACAACATCAATCATTTTAGTGGCATgc < 1:1814556/91‑1 (MQ=255) tACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTAAAATACAACATCAATCATTTTAGTGGCATgcgc > 1:3339275/1‑91 (MQ=255) tACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTAAAATACAACATCAATCATTTTAGTGGCATgcgc < 1:390363/91‑1 (MQ=255) tACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTAAAATACAACATCAATCATTTTAGTGGCATgcgc < 1:1513049/91‑1 (MQ=255) acacGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTAAAATACAACATCAATCATTTTAGTGGCATGCGcc > 1:1024486/1‑91 (MQ=255) cGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCAGTATGATTTAAAATACAACATCAATCATTTTAGTGGCATGCGCCaaa < 1:3295265/91‑1 (MQ=255) cGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCAGTATGATTTAAAATACAACATCAATCATTTTAGTGGCATGCGCCaaa < 1:3295550/91‑1 (MQ=255) cGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTAAAATACAACATCAATCATTTTAGTGGCATGCGCCaaa > 1:1771788/1‑91 (MQ=255) cGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTAAAATACAACATCAATCATTTTAGTGGCATGCGCCaaa > 1:2951821/1‑91 (MQ=255) cGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTAAAATACAACATCAATCATTTTAGTGGCATGCGCCaaa > 1:2952043/1‑91 (MQ=255) | TCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTAAAATACAACATCAATCATTTTAGTGGCATGCGCCAAA > USA300TCH1516_ALE/802078‑802257 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |