New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | USA300TCH1516_ALE | 1131036 = | 91 (0.930) | 8 (0.100) | 7/126 | NT | 11.2% | coding (435/435 nt) | USA300HOU_RS05590 | hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | 1131101 = | 55 (0.710) | coding (925/927 nt) | glpQ1 | putative glycerophosphodiester phosphodiesterase 1 |
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
GCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTGTCACAATCGTGTGTGCACCTTTTTGGTATAAATCATTCAT > USA300TCH1516_ALE/1131011‑1131191 | gCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTttta > 1:2407771/1‑91 (MQ=255) gCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTttta < 1:3786597/91‑1 (MQ=255) gCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTttta < 1:2588150/91‑1 (MQ=255) cGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTtttat > 1:2729578/1‑91 (MQ=255) cGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTtttat > 1:639068/1‑91 (MQ=255) aTCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTtttattta > 1:3406441/1‑91 (MQ=255) aTCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTtttattta < 1:1289705/91‑1 (MQ=255) aTCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTtttattta < 1:1442306/91‑1 (MQ=255) tGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCg < 1:3150640/91‑1 (MQ=255) gTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCgg > 1:598894/1‑91 (MQ=255) gTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCgg > 1:599194/1‑91 (MQ=255) tAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAACAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCggg < 1:3393697/91‑1 (MQ=255) tAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCggg < 1:2114535/91‑1 (MQ=255) tAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCggg > 1:1622847/1‑91 (MQ=255) 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cATTATAAAAAACATCGAGGCAGAAAAAGGTGGTCATTGAAACCACTAACTAGCATCTGCCTCGGTGTTTTTATTTATTCGGGCttgtttg > 1:1481698/1‑91 (MQ=255) aTTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGAttgtttgt < 1:1320079/91‑1 (MQ=255) ttATAACAAACCTCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGATCCCACTCACTCGCATCTCACTCGATGTCTTTATTTCTTCGGGCTtgtttgtt < 1:1235944/91‑1 (MQ=255) ttATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATtgtttgtt < 1:2437669/91‑1 (MQ=255) ataAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGtttgtttg < 1:164371/91‑1 (MQ=255) ataAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGtttgtttg < 1:2834618/91‑1 (MQ=255) taAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGa < 1:458533/91‑1 (MQ=255) AAAAACATCGAGTCCGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCCGACTCGACGTCTTTATCTACTCGGGATTGTTTGCTTGAAt < 1:629315‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAAt < 1:1207300‑M1/91‑1 (MQ=255) ATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATtgttgt < 1:2642808‑M1/91‑1 (MQ=255) ATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATtgttgt < 1:3053683‑M1/91‑1 (MQ=255) ATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATtgttgt < 1:1747029‑M1/91‑1 (MQ=255) CGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGc < 1:1175806‑M1/91‑1 (MQ=255) CGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGc < 1:961844‑M1/91‑1 (MQ=255) CGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGc < 1:1269890‑M1/91‑1 (MQ=255) CGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGc < 1:942279‑M1/91‑1 (MQ=255) CGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGc < 1:943398‑M1/91‑1 (MQ=255) agtcagatgctagttagtggtttcaataaccacctttttctgactcgatgtttttATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTa > 1:1671074‑M2/56‑91 (MQ=255) gtcagatgctagttagtggtttcaataaccacctttttctgactcgatgtttttATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTaa > 1:3056307‑M2/55‑91 (MQ=255) CAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAAt > 1:2701813‑M1/1‑91 (MQ=255) agatgctagttagtggtttcaataaccacctttttctgactcgatgtttttATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATc > 1:3918447‑M2/52‑91 (MQ=255) AGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATc > 1:3695583‑M1/1‑91 (MQ=255) gatgctagttagtggtttcaataaccacctttttctgactcgatgtttttATTTATTCGGGCTTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCt > 1:141870‑M2/51‑91 (MQ=255) GAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCt > 1:364410‑M1/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |