New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 1255833 = | 96 (0.980) | 8 (0.090) | 4/138 | NT | 9.5% | intergenic (+49/+195) | rplS/USA300HOU_RS06250 | 50S ribosomal protein L19/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | 1255876 = | 70 (0.830) | intergenic (+92/+152) | rplS/USA300HOU_RS06250 | 50S ribosomal protein L19/hypothetical protein |
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
CAGCATTTAAACAAAGCTATGTATGAGTCAAATTCGACTCAAACAATAAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACA > USA300TCH1516_ALE/1255786‑1255965 | cAGCATTTAAACAAAGCTATGTATGAGTCAAATTCGACTCAAACAATAAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCtttt < 1:3020444/91‑1 (MQ=255) aGCATTTAAACAAAGCTATGTATGAGTCAAATTCGACTCAAACAATAAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCttttt > 1:4125074/1‑91 (MQ=255) aGCATTTAAACAAAGCTATGTATGAGTCAAATTCGACTCAAACAATAAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCttttt < 1:2296503/91‑1 (MQ=255) aGCATTTAAACAAAGCTATGTATGAGTCAAATTCGACTCAAACAATAAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCttttt < 1:1395328/91‑1 (MQ=255) gCATTTAAACAAAGCTATGTATGAGTCAAATTCGACTCAAACAATAAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCtttttt > 1:1044196/1‑91 (MQ=255) cATTTAAACAAAGCTATGTATGAGTCAAATTCGACTCAAACAATAAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCttttttt > 1:3129492/1‑91 (MQ=255) cATTTAAACAAAGCTATGTATGAGTCAAATTCGACTCAAACAATAAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGAttttttt > 1:2075273/1‑91 (MQ=255) tttAAACAAAGCTATGTATGAGTCAAATTCGACTCAAACAATAAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGc < 1:2849458/91‑1 (MQ=255) ttAAGCAAAGCTATGTATGAGTCAAATTCGACTCAAACAATAAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCt > 1:3277181/1‑91 (MQ=255) aaaCAAAGCTATGTATGAGTCAAATTCGACTCAAACAATAAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGt < 1:3117354/91‑1 (MQ=255) aaaCAAAGCTATGTATGAGTCAAATTCGACTCAAACAATAAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGt < 1:3116886/91‑1 (MQ=255) aCAAAGCTATGTATGAGTCAAATTCGACACAAACAATAAAGCCATCTAGGTCTCTTTTCTGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGttt > 1:1642349/1‑91 (MQ=255) cAAAGCTATGTATGAGTCAAATTCGACTCAAACAATAAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTa < 1:578970/91‑1 (MQ=255) aaaGCTATGTATGAGTCAAATTCGACTCAAACAATAAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAg > 1:3080657/1‑91 (MQ=255) aaGCTATGTATGAGTCAAATTCGACTCAAACAATAAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGt > 1:386429/1‑91 (MQ=255) aGCTATGTATGAGTCAAATTCGACTCAAACAATAAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGtt < 1:1678460/91‑1 (MQ=255) cTATGTATGAGTCAAATTCGACTCAAACAATAAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGTTaa < 1:1197344/91‑1 (MQ=255) atgtatgAGTCAAATTCGACTCAAACAATAAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGTTGTTTAGTTAATg > 1:167155/1‑91 (MQ=255) atgtatgAGTCAAATTCGACTCAAACAATAAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGTTAATg > 1:1012887/1‑91 (MQ=255) atgtatgAGTCAAATTCGACTCAAACAATAAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTCTAGTTAATg > 1:3965943/1‑91 (MQ=255) tgtatgAGTCAAATTCGACTCAAACAATAAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGTTAATGt < 1:1051853/91‑1 (MQ=255) tgtatgAGTCAAATTCGACTCAAACAATAAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGTTAATGt < 1:1099682/91‑1 (MQ=255) tttgAGTCGAATTTGACTCATACAATAAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGTTAATGTaa > 1:5589/3‑91 (MQ=38) ttgAGTCGAATTTGACTCATACAATAAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGTTAATGTaaa > 1:2056763/2‑91 (MQ=255) tgAGTCGAATTTGACTCAAACAATAAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGTTAATGTAAAg > 1:670953/1‑91 (MQ=255) gAGTCAAATTCGACTCAAACAATAAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGTTAATGTAAAGt < 1:3396707/91‑1 (MQ=255) aGTCAAATTCGACTCAAACAATAAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGTTAATGTAAAGtt > 1:521958/1‑91 (MQ=255) gTCAAATTCGACTCAAACAATAAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTg < 1:3498152/91‑1 (MQ=255) cAAATTCGACTCAAACAATAAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGAt < 1:3059567/91‑1 (MQ=255) gaaTTTGACTCAAACAATAAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGTTAATGTCAAGTTGATa > 1:3972211/2‑91 (MQ=255) aaaTTCGACTCAAACAATAAAGCCATCTAGGGCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATa > 1:638164/1‑91 (MQ=255) aaTTCGACTCAAACAATAAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATaa < 1:2953941/91‑1 (MQ=255) aTTCGACTCAAACAATAAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAAt > 1:2782438/1‑91 (MQ=255) aTTCGACTCAAACAATAAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAAt < 1:3300844/91‑1 (MQ=255) ttCGACTCAAACAATAAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAATg < 1:797502/91‑1 (MQ=255) cGACTCAAACAATAAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAATGTa > 1:3938981/1‑91 (MQ=255) cGACTCAAACAATAAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAATGTa > 1:638194/1‑91 (MQ=255) aCTCAAACAATAAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAATGTAAt > 1:3318381/1‑91 (MQ=255) aCTCAAACAATAAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAATGTAAt > 1:1531591/1‑91 (MQ=255) aCTCAAACAATAAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCATTTTTTGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAACGTAAt > 1:3852990/1‑91 (MQ=255) cTCAAACAAGAAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAATGTAAtt < 1:3964841/91‑1 (MQ=255) cAAACAATAAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAATGTAATTGt < 1:1633988/91‑1 (MQ=255) aaCAATAAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAATGTAATTGttt < 1:31379/91‑1 (MQ=255) aaTAAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTAtt > 1:3771283/1‑91 (MQ=255) aaTAAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTAtt > 1:3772573/1‑91 (MQ=255) tAAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTcc < 1:2736014/91‑1 (MQ=255) tAAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTcc < 1:606826/91‑1 (MQ=255) AAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCt > 1:3381542‑M1/1‑91 (MQ=255) AAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCtt < 1:1368181‑M1/91‑1 (MQ=255) AGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTtc < 1:1373312‑M1/91‑1 (MQ=255) gccatctatatcactccataaaagtgacctagatggctttTTTTGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTtct > 1:1503440‑M2/41‑91 (MQ=255) gccatctatatcactccataaaagtgacctagatggctttTTTTGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTtct > 1:1503566‑M2/41‑91 (MQ=255) GCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTtct < 1:322067‑M1/91‑1 (MQ=255) GCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTtct < 1:1746036‑M1/91‑1 (MQ=255) GCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTT‑GCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTtctc < 1:3372960‑M1/91‑1 (MQ=255) CCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTtctc < 1:936645‑M1/91‑1 (MQ=255) CCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGGTTAGTTAATGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTtctc < 1:630820‑M1/91‑1 (MQ=255) catctatatcactccataaaagtgacctagatggctttTTTTGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTTctct > 1:1323125‑M2/39‑91 (MQ=255) atctatatcactccataaaagtgacctagatggctttGTTTGCTGTCTAGTTAATGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTa > 1:3302290‑M2/38‑91 (MQ=255) atctatatcactccataaaagtgacctagatggctttATTTGCTGTCTAGTTAATGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTa > 1:3302343‑M2/38‑91 (MQ=255) ATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTa < 1:546350‑M1/91‑1 (MQ=255) ATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTa < 1:546922‑M1/91‑1 (MQ=255) ATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTa < 1:3720698‑M1/91‑1 (MQ=255) TCTATGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTAt > 1:3454957‑M1/1‑91 (MQ=255) TCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTAt > 1:4069389‑M1/1‑91 (MQ=255) TAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTc < 1:1644136‑M1/91‑1 (MQ=255) AGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCa > 1:825827‑M1/1‑91 (MQ=255) aCTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACg > 1:2714789/1‑91 (MQ=255) aCTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACg > 1:1741621/1‑91 (MQ=255) cTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACgt > 1:21931/1‑91 (MQ=255) ttttATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACgtg > 1:2414847/1‑91 (MQ=255) tATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGttt < 1:2260307/91‑1 (MQ=255) aTGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTg > 1:1547060/1‑91 (MQ=255) aTGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTg < 1:2770293/91‑1 (MQ=255) aTGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTg > 1:1336259/1‑91 (MQ=255) tGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGc < 1:4001821/91‑1 (MQ=255) tGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGGTTGc < 1:3273811/91‑1 (MQ=255) tGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGCTTGc < 1:3273809/91‑1 (MQ=255) 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gctttTTTTGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTtatata > 1:3092653‑M2/6‑91 (MQ=255) tttTTTTGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATaaa < 1:3940066‑M2/88‑1 (MQ=255) tttTTTTGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATaaa > 1:3993890‑M2/4‑91 (MQ=255) ttTTTTGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAAc < 1:3899942‑M2/89‑1 (MQ=255) ttTTTTGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAAc < 1:1045187‑M2/89‑1 (MQ=255) tTTTTGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACa < 1:532949‑M2/90‑1 (MQ=255) | CAGCATTTAAACAAAGCTATGTATGAGTCAAATTCGACTCAAACAATAAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACA > USA300TCH1516_ALE/1255786‑1255965 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |