New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 1279936 = | 101 (1.030) | 16 (0.240) +TTTGAAAATTATACGCAATATTAAC |
6/110 | NT | 18.5% | intergenic (+29/‑233) | cdsA/USA300HOU_RS06360 | Phosphatidate cytidylyltransferase/Putative zinc metalloprotease |
? | USA300TCH1516_ALE | 1279975 = | 104 (1.060) | intergenic (+68/‑194) | cdsA/USA300HOU_RS06360 | Phosphatidate cytidylyltransferase/Putative zinc metalloprotease |
Only 100 of 137 total aligned reads displayed.
ATATTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTAGACGT > USA300TCH1516_ALE/1279885‑1280065 | atatTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCtt < 1:329726/91‑1 (MQ=255) atatTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCtt > 1:391926/1‑91 (MQ=255) ttattaATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGaa > 1:1975237/1‑91 (MQ=255) ttattaATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGaa > 1:1857726/1‑91 (MQ=255) tattaATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGaaa < 1:3706225/91‑1 (MQ=255) attaATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGaaaa > 1:270304/1‑91 (MQ=255) ttgcgtataattttcaaaaggagttctgagattcattaaattatctcagcaactccttttgaaaattatacgcaatattaacTTTGAAAAt > 1:4099149‑M2/83‑91 (MQ=255) tACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATtata < 1:356230/91‑1 (MQ=255) aCAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATAc > 1:9046/1‑91 (MQ=255) aCAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATAc > 1:8864/1‑91 (MQ=255) aCAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATAc < 1:680628/91‑1 (MQ=255) cAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACg < 1:3906605/91‑1 (MQ=255) aaTCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTACACGc > 1:3459989/1‑91 (MQ=255) tCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCaa > 1:1615245/1‑91 (MQ=255) attttcaaagttaatattgcgtataattttcaaaAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCaa > 1:4099149‑M1/35‑91 (MQ=255) ttAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAata > 1:366691/1‑91 (MQ=255) aaTGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATAtt > 1:3738429/1‑91 (MQ=255) aaTGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATAtt > 1:3247566/1‑91 (MQ=255) gCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAAc > 1:398816/1‑91 (MQ=255) gCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAAc > 1:2856393/1‑91 (MQ=255) cTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATAGGCAATATTAACt < 1:3203860/91‑1 (MQ=255) gagaACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACttt < 1:738338/91‑1 (MQ=255) agttctgagattcattaaattatctcagcaactccttttgaaaattatacgcaatattaacTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGa > 1:1935527‑M2/62‑91 (MQ=255) gttctgagattcattaaattatctcagcaactccttttgaaaattatacgcaatattaacTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGaa > 1:1486430‑M2/61‑91 (MQ=255) gttctgagattcattaaattatctcagcaactccttttgaaaattatacgcaatattaacTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGaa > 1:2937138‑M2/61‑91 (MQ=255) aCAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGaaa > 1:3985223/1‑91 (MQ=255) aCAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGaaa > 1:3055648/1‑91 (MQ=255) aCAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCAGAGATAATTTAATGAATTTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGaaa > 1:3063910/1‑91 (MQ=255) aaTCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAAtt < 1:2693450/91‑1 (MQ=255) aaTCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAAtt < 1:2693451/91‑1 (MQ=255) cAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATtata < 1:190343/91‑1 (MQ=255) attcattaaattatctcagcaactccttttgaaaattatacgcaatattaacTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATAc > 1:2438639‑M2/53‑91 (MQ=255) aaTAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATAc > 1:205494/1‑91 (MQ=255) aaTAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATAc > 1:1875446/1‑91 (MQ=255) aTAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACg > 1:3840688/1‑91 (MQ=255) aTAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACg > 1:3839776/1‑91 (MQ=255) aCGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAat < 1:589418/91‑1 (MQ=255) aCGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAat < 1:590815/91‑1 (MQ=255) cGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAata > 1:152580/1‑91 (MQ=255) cGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAata > 1:3392124/1‑91 (MQ=255) cGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAata < 1:687962/91‑1 (MQ=255) aaaGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTa > 1:3120573/1‑91 (MQ=255) agagGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAAc < 1:3918700/91‑1 (MQ=255) aggagTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACtt > 1:206743/1‑91 (MQ=255) ggagTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACttt > 1:3644725/1‑91 (MQ=255) gagTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTg > 1:524923/1‑91 (MQ=255) gagTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTg > 1:343736/1‑91 (MQ=255) gagTTGCTGAGATAATTTAACGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTg < 1:1119951/91‑1 (MQ=255) agTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGa < 1:543714/91‑1 (MQ=255) agTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTCTGa > 1:3345354/1‑91 (MQ=255) gTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGaa < 1:3528945/91‑1 (MQ=255) gTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGaa > 1:1142105/1‑91 (MQ=255) ttGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGaaa < 1:2995373/91‑1 (MQ=255) ttGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGaaa < 1:2313131/91‑1 (MQ=255) ttGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGaaa < 1:2313221/91‑1 (MQ=255) ttGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGaaa > 1:1983468/1‑91 (MQ=255) gCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAAt < 1:2518016/91‑1 (MQ=255) gCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAAt < 1:2515975/91‑1 (MQ=255) gCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAAt < 1:674102/91‑1 (MQ=255) gCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAAt < 1:2905419/91‑1 (MQ=255) gCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAAt < 1:2393967/91‑1 (MQ=255) aactccttttgaaaattatacgcaatattaacTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAAt < 1:3250820‑M2/59‑1 (MQ=255) aactccttttgaaaattatacgcaatattaacTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAAt > 1:2696282‑M2/33‑91 (MQ=255) aactccttttgaaaattatacgcaatattaacTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAAt > 1:608438‑M2/33‑91 (MQ=255) aactccttttgaaaattatacgcaatattaacTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAAt > 1:1714474‑M2/33‑91 (MQ=255) actccttttgaaaattatacgcaatattaacTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGCAAAtt > 1:2153239‑M2/32‑91 (MQ=255) actccttttgaaaattatacgcaatattaacTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAAtt > 1:3610334‑M2/32‑91 (MQ=255) actccttttgaaaattatacgcaatattaacTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAAtt < 1:3086836‑M2/60‑1 (MQ=255) tGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATta > 1:2459503/1‑91 (MQ=255) ctccttttgaaaattatacgcaatattaacTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAACATta > 1:3458841‑M2/31‑91 (MQ=255) ctccttttgaaaattatacgcaataataacTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATta < 1:3869145‑M2/61‑1 (MQ=255) agaTAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATtata > 1:1636480/1‑91 (MQ=255) agaTAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATtata > 1:2247717/1‑91 (MQ=255) agaTAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATtata > 1:1677676/1‑91 (MQ=255) gaTAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATAc > 1:289485/1‑91 (MQ=255) aTAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACg > 1:2665951/1‑91 (MQ=255) aTTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCaa > 1:1581203/1‑91 (MQ=255) tttAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAat < 1:3717673/91‑1 (MQ=255) tttAATGAATCTCAGAACACCTTTTGAAAAAAATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAat < 1:1179987/91‑1 (MQ=255) ttAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCtata > 1:3276079/1‑91 (MQ=255) tAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAatat > 1:3074537/1‑91 (MQ=255) tAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAatat > 1:702812/1‑91 (MQ=255) aaTGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATAtt < 1:3064794/91‑1 (MQ=255) aTGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTa > 1:3486109/1‑91 (MQ=255) gAATGTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAAc < 1:3453145/91‑1 (MQ=255) aaTCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACt < 1:2783026/91‑1 (MQ=255) tctcAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACttt > 1:4020878/1‑91 (MQ=255) tctcAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACttt > 1:2925555/1‑91 (MQ=255) ctcAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTg > 1:3381214/1‑91 (MQ=255) ctcAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTg < 1:2945674/91‑1 (MQ=255) tcAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGa < 1:512954/91‑1 (MQ=255) tCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTAg > 1:1497162/1‑91 (MQ=255) cTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTAGAc < 1:1219197/91‑1 (MQ=255) cTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTAGAc > 1:2993124/1‑91 (MQ=255) cTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTAGAc < 1:1218431/91‑1 (MQ=255) cTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTAGAc < 1:1789270/91‑1 (MQ=255) ttttGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTAGACg < 1:1806672/91‑1 (MQ=255) tttGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTAGACGt < 1:2735863/91‑1 (MQ=255) tttGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTAGACGt < 1:2736058/91‑1 (MQ=255) tttGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTAGACGt < 1:1060287/91‑1 (MQ=255) | ATATTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTAGACGT > USA300TCH1516_ALE/1279885‑1280065 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |