| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1601462 = | NA (NA) | 8 (0.090) | 7/146 | NT | 100% | coding (131/177 nt) | USA300TCH1516_01480 | hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1601492 = | 0 (0.000) | coding (101/177 nt) | USA300TCH1516_01480 | hypothetical protein | |||||
AGTCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAACTGTATTGATTATTTACTTCATTTACTAATCGATTCCATTCGTCTCTTGGTATATCTTCAAGAAGTAAGAGAATCATCTTTAATTTTT > USA300TCH1516_ALE/1601402‑1601582 | agatataccaagagacgaatggaatcgattagtaaatgaagtaaataatcaatacagttaccaagctgacaaggtaggacttgccagtgat < 1:1074023‑M2/1‑1 (MQ=255)aGTCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGT > 1:3884963‑M2/1‑91 (MQ=255)aGTCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGT < 1:270408‑M2/91‑1 (MQ=255)aGTCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGT < 1:834728‑M2/91‑1 (MQ=255)aGTCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGT < 1:2403935‑M2/91‑1 (MQ=255)aGTCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGT < 1:834786‑M2/91‑1 (MQ=255)aGTCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGT > 1:4136891‑M2/1‑91 (MQ=255)aGTCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGT > 1:874182‑M2/1‑91 (MQ=255)aGTCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGT < 1:3328089‑M2/91‑1 (MQ=255)aGTCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGT > 1:4136365‑M2/1‑91 (MQ=255)aGTCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGT > 1:3884685‑M2/1‑91 (MQ=255)aGTCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGT > 1:1239716‑M2/1‑91 (MQ=255) gatataccaagagacgaatggaatcgattagtaaatgaagtaaataatcaatacagttaccaagctgacaaggtaggacttgccagtgaTa < 1:2961458‑M2/2‑1 (MQ=255) gatataccaagagacgaatggaatcgattagtaaatgaagtaaataatcaatacagttaccaagctgacaaggtaggacttgccagtgaTa < 1:2609099‑M2/2‑1 (MQ=255) gTCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTA < 1:1745191‑M2/91‑1 (MQ=255) gTCCTTATCCATATTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTA < 1:3180949‑M2/91‑1 (MQ=255) tCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAA < 1:1316446‑M2/91‑1 (MQ=255) tCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAA < 1:1315867‑M2/91‑1 (MQ=255) atataccaagagacgaatggaatcgattagtaaatgaagtaaataatcaatacagttaccaagctgacaaggtaggacttgccagtgaTaa > 1:3993449‑M2/89‑91 (MQ=255) atataccaagagacgaatggaatcgattagtaaatgaagtaaataatcaatacagttaccaagctgacaaggtaggacttgccagtgaTaa > 1:730103‑M2/89‑91 (MQ=255) tataccaagagacgaatggaatcgattagtaaatgaagtaaataatcaatacagttaccaagctgacaaggtaggacttgccagtgaTAAc < 1:649449‑M2/4‑1 (MQ=255) ccTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAAC > 1:2789273‑M2/1‑91 (MQ=255) ccTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAAC > 1:2783570‑M2/1‑91 (MQ=255) ccTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAAC > 1:2789066‑M2/1‑91 (MQ=255) ccTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAAC > 1:206895‑M2/1‑91 (MQ=255) cTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAACT > 1:3633309‑M2/1‑91 (MQ=255) cTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAACT < 1:1786045‑M2/91‑1 (MQ=255) ataccaagagacgaatggaatcgattagtaaatgaagtaaataatcaatacagttaccaagctgacaaggtaggacttgccagtgaTAACt < 1:666744‑M2/5‑1 (MQ=255) ataccaagagacgaatggaatcgactagtaaatgaagtaaataatcaatacagttaccaagctgacaaggtaggacttgccagtgaTAACt > 1:1835672‑M2/87‑91 (MQ=255) ttATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAACTG < 1:3761238‑M2/91‑1 (MQ=255) ttATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGACAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAACTG < 1:3320508‑M2/91‑1 (MQ=255) taccaagagacgaatggaatcgattagtaaatgaagtaaataatcaatacagttaccaagctgacaaggtaggacttgccagtgaTAACTg > 1:876916‑M2/86‑91 (MQ=255) taccaagagacgaatggaatcgattagtaaatgaagtaaataatcaatacagttaccaagctgacaaggtaggacttgccagtgaTAACTg < 1:3628181‑M2/6‑1 (MQ=255) taccaagagacgaatggaatcgattagtaaatgaagtaaataatcaatacagttaccaagctgacaaggtaggacttgccagtgaTAACTg > 1:2128408‑M2/86‑91 (MQ=255) taccaagagacgaatggaatcgattagtaaatgaagtaaataatcaatacagttaccaagctgacaaggtaggacttgccagtgaTAACTg > 1:2135067‑M2/86‑91 (MQ=255) taccaagagacgaatggaatcgattagtaaatgaagtaaataatcaatacagttaccaagctgacaaggtaggacttgccagtgaTAACTg > 1:2699776‑M2/86‑91 (MQ=255) tATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAACTGT < 1:523984‑M2/91‑1 (MQ=255) tATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAACTGT < 1:531364‑M2/91‑1 (MQ=255) tATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAACTGT > 1:162063‑M2/1‑91 (MQ=255) tATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAACTGT > 1:786952‑M2/1‑91 (MQ=255) tATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAACTGT < 1:1350504‑M2/91‑1 (MQ=255) taaataatcaatacagttaccaagctgacaaggtaggacttgccagcttggTAACTGTATTGATTATTTACTTCATTTACTAATCGATTcc > 1:1490455‑M2/52‑91 (MQ=255) taatcaatacagttaccaagctgacaaggtaggacttgccagtgaTAACTGTATTGATTATTTACTTCATTTACTAATCGATTCCATTCGt > 1:290635‑M2/46‑91 (MQ=255) aatcaatacagttaccaagctgacaaggtaggacttgccagtgaTAACTGTATTGATTATTTACTTCATTTACTAATCGATTCCATTCGtc > 1:1527744‑M2/45‑91 (MQ=255) tcaatacagttaccaagctgacaaggtaggacttgccagtgaTAACTGTATTGATTATTTACTTCATTTACTAATCGATTCCATTCGtctc > 1:3810080‑M2/43‑91 (MQ=255) caatacagttaccaagctgacaaggtaggacttgccagtgaTAACTGTATTGATTATTTACTTCATTTACTAATCGATTCCATTCGTctct > 1:3011391‑M2/42‑91 (MQ=255) aCAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCCGCTTGGTAACTGTcaacaaatagcaaataactataagccctctggattttaagatggata < 1:1688943‑M2/91‑48 (MQ=255) cAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAACTGTcaacaaatagcaaataactataagcactatggattttaagatggataa < 1:2812328‑M2/91‑49 (MQ=255) agttaccaagctgacaaggtaggacttgccagtgaTAACTGTATTGATTATTTACTTCATTTACTAATCGATTCCATTCGTCTCTTGGtat > 1:3096105‑M2/36‑91 (MQ=255) agttaccaagctgacaaggtaggacttgccagtgaTAACTGTATTGATTATTTACTTCATTTACTAATCGATTCCATTCGTCTCTTGGtat > 1:3095659‑M2/36‑91 (MQ=255) ttaccaagctgacaaggtaggacttgccagtgaTAACTGTATTGATTATTTACTTCATTTACTAATCGATTCCATTCGTCTCTTGGTatat > 1:3102191‑M2/34‑91 (MQ=255) ttATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAACCGTcaacaaatagcaaataactataagcactatggattttaagatggataagga < 1:3513802‑M2/91‑52 (MQ=255) tATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTGACTGTcaacaaatagcaaataactataagcactatggattttaagatggataaggac < 1:307167‑M2/91‑53 (MQ=255) tATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAACTGTcaacaaatagcaaataactataagcactatggattttaagatggataaggac < 1:3490513‑M2/91‑53 (MQ=255) tATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAACTGTcaacaaatagcaaataactataagcactatggattttaagatggataaggac < 1:2530304‑M2/91‑53 (MQ=255) aTCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAACTGTcaacaaatagcaaataactataagcactatggattttaagatggataaggact < 1:2908571‑M2/91‑54 (MQ=255) aTCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAACTGTcaacaaatagcaaataactataagcactatggattttaagatggataaggact < 1:1207332‑M2/91‑54 (MQ=255) cACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAACTGTcaacaaatagcaaataactataagcactatggattttaagatggataaggactat < 1:768453‑M2/91‑56 (MQ=255) cACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAG‑‑TGATAACTGTcaacaaatagcaaataactataagcactatggattttaagatggataaggactatcg > 1:2517509‑M2/1‑34 (MQ=255) tAACTGTtaacaaatagcaaataactataagcactatggattttaagatggataaggactatcgttattcttttcacctttaacgttaatg > 1:2072189‑M2/1‑7 (MQ=255) | AGTCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAACTGTATTGATTATTTACTTCATTTACTAATCGATTCCATTCGTCTCTTGGTATATCTTCAAGAAGTAAGAGAATCATCTTTAATTTTT > USA300TCH1516_ALE/1601402‑1601582 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |