New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1735361 | 86 (0.870) | 4 (0.050) | 4/134 | NT | 5.1% | intergenic (+61/+100) | USA300TCH1516_01624/tcdA | putative AAA domain‑containing protein/tRNA threonylcarbamoyladenosine dehydratase |
? | USA300TCH1516_ALE | = 1735390 | 78 (0.950) | intergenic (+90/+71) | USA300TCH1516_01624/tcdA | putative AAA domain‑containing protein/tRNA threonylcarbamoyladenosine dehydratase |
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
AAATAAGATTAAATCGATTACCTTTGATATTTTAGCTATAATCAAATCAAAACTGACTAGTACACGAGGCATATTCTACTATGCTTGCGAACTAGTCAGTTTTAGTTTTATGGTGTGGTTACACTTGCCTTACGTTGAAAATTATCCCTTTCAAAATGAATTATTGCCCTTTGTCTTTAA > USA300TCH1516_ALE/1735301‑1735480 | aaTAAGATTAAATCGATTACCTTTGATATTTTAGCTATAATCAAATCAAAACTGACTAGTACACGAGGCATATTCTACTATGCTTGCGAac > 1:2860033‑M2/1‑89 (MQ=255) aaTAAGATTAAATCGATTACCTTTGATATTTTAGCTATAATCAAATCAAAACTGACTAGTACACGAGGCATATTCTACTATGCTTGCGAac > 1:3174102‑M2/1‑89 (MQ=255) aaGATTAAATCGATTACCTTTGATATTTTAGCTATAATCAAATCAAAACTGACTAGTACACGAGGCATATTCTACTATGCTTGCGAactag > 1:2594833‑M2/1‑86 (MQ=255) aaGATTAAATCGATTACCTTTGATATTTTAGCTATAATCAAATCAAAACTGACTAGTACACGAGGCATATTCTACTATGCTTGCGAactag > 1:1512433‑M2/1‑86 (MQ=255) aaGATTAAAGCGATTACCTTTGATATTTTAGCTATAATCAAATCAAAACTGACTAGTACACGAGGCATATTCTACTATGCTTGCGAactag > 1:3973261‑M2/1‑86 (MQ=255) gATTAAATCGATTACCTTTGATATTTTAGCTATAATCAAATCAAAACTGACTAGTACACGAGGCATATTCTACTATGCTTGCGAactagtc > 1:1935780‑M2/1‑84 (MQ=255) ttAAATCGATTACCTTTGATATTTTAGCTATAACCAACTCAAAACTGACTAGTACACGACGCATATTCTACTATGCTTGCGAactagtcag < 1:3313461‑M2/91‑10 (MQ=255) aaaTCGATTACCTTTGATATTTTAGCTATAATCAAATCAAAACTGACTAGTACACGAGGCATATTCTACTATGCTTGCGAactagtcagtt < 1:1309198‑M2/91‑12 (MQ=255) aaaTCGATTACCTTTGATATTTTAGCTATAATCAAATCAAAACTGACTAGTACACGAGGCATATTCTACTATGCTTGCGAactagtcagtt > 1:2210395‑M2/1‑80 (MQ=255) aaaTCGATTACCTTTGATATTTTAGCTATAATCAAATCAAAACTGACTAGTACACGAGGCATATTCTACTATGCTTGCGAactagtcagtt < 1:3160977‑M2/91‑12 (MQ=255) aTCGATTACCTTTGATATTTTAGCTATAATCAAATCAAAACTGACTAGTACACGAGGCATATTCTACTATGCTTGCGAactagtcagtttt > 1:3559781‑M2/1‑78 (MQ=255) aTTACCTTTGATATTTTAGCTATAATCAAATCAAAACTGACTAGTACACGAGGCATATTCTACTATGCTTGCGAACTAGTCagttttagtt < 1:4118809/91‑1 (MQ=255) ttACCTTTGATATTTTAGCTATAATCAAATCAAAACTGACTAGTACACGAGGCATATTCTACTATGCTTGCGAACTAGTCagttttagttt > 1:3978942/1‑91 (MQ=255) tACCTTTGATATTTTAGCTATAATCAAATCAAAACTGACTAGTACACGAGGCATATTCTACTATGCTTGCGAACTAGTCagttttagtttt < 1:3721741/91‑1 (MQ=255) tACCTTTGATATTTTAGCTATAATCAAATCAAAACTGACTAGTACACGAGGCATATTCTACTATGCTTGCGAACTAGTCagttttagtttt > 1:2529662/1‑91 (MQ=255) tACCTTTGATATTTTAGCTATAATCAAATCAAAACTGACTAGTACACGAGGCATATTCTACTATGCTTGCGAACTAGTCagttttagtttt > 1:3348145/1‑91 (MQ=255) tACCTTTGATATTTTAGCTATAATCAAATCAAAACCGACTAGTACACGAGGCATATTCTACTATGCTTGCGAACTAGTCagttttagtttt > 1:20423/1‑91 (MQ=255) aCCTTTGATATTTTAGCTATAATCAAATCAAAACTGACTAGTACACGAGGCATATTCTACTATGCTTGCGAACTAGTCAgttttagtttta < 1:3311369/91‑1 (MQ=255) ccTTTGATATTTTAGCTATAATCAAATCATAACTGACTAGTACACGAGGCATATTCTACTATGCTTGCGAACTAGTCAGTTTTAGTTTTAt < 1:2642835/91‑1 (MQ=255) ccTTTGATATTTTAGCTATAATCAAATCAAAACTGACTAGTACACGAGGCATATTCTACTATGCTTGCGAACTAGTCAGTTTTAGTTTTAt > 1:4039963/1‑91 (MQ=255) ccTTTGATATTTTAGCTATAATCAAATCAAAACTGACTAGTACACGAGGCATATTCTACTATGCTTGCGAACTAGTCAGTTTTAGTTTTAt > 1:4039978/1‑91 (MQ=255) cTTTGATATTTTAGCTATAATCAAATCAAAACTGACTAGTACACGAGGCATATTCTACTATGCTTGCGAACTAGTCAGTTTTAGTTTTATg < 1:819480/91‑1 (MQ=255) cTTTGATATTTTAGCTATAATCAAATCAAAACTGACTAGTACACGAGGCATATTCTACTATGCTTGCGAACTAGTCAGTTTTAGTTTTATg > 1:2919465/1‑91 (MQ=255) cTTTGATATTTTAGCTATAATCAAATCAAAACTGACTAGTACACGAGGCATATTCTACTATGCTTGCGAACTAGTCAGTTTTAGTTTTATg < 1:496616/91‑1 (MQ=255) cTTTGATATTTTAGCTATAATCAAATCAAAACTGACTAGTACACGAGGCATATTCTACTATGCTTGCGAACTAGTCAGTTTTAGTTTTATg < 1:496495/91‑1 (MQ=255) tttGATATTTTAGCTATAATCAAATCAAAACTGACTAGTACACGAGGCATATTCTACTATGCTTGCGAACTAGTCAGTTTTAGTTTTATgg > 1:3063998/1‑91 (MQ=255) atatTTTAGCTATAATCAAATCAAAACTGACTAGTACACGAGGCATATTCTACTATGCTTGCGAACTAGTCAGTTTTAGTTTTATGGtgtg < 1:2154606/91‑1 (MQ=255) atatTTTAGCTATAATCAAATCAAAACTGACTAGTACACGAGGCATATTCTACTATGCTTGCGAACTAGTCAGTTTTAGTTTTATGGtgtg < 1:1323964/91‑1 (MQ=255) atatTTTAGCTATAATCAAATCAAAACTGACTAGTACACGAGGCATATTCTACTATGCTTGCGAACTAGTCAGTTTTAGTTTTATGGtgtg < 1:908607/91‑1 (MQ=255) atTTTAGCTATAATCAAATCAAAACTGACTAGTACACGAGGCATATTCTACTATGCTTGCGAACTAGTCAGTTTTAGTTTTATGGTGTGGt < 1:1702387/91‑1 (MQ=255) ttttAGCTATAATCAAATCAAAACTGACTAGTACACGAGGCATATTCTACTATGCTTGCGAACTAGTCAGTTTTAGTTTTATGGTGTGGtt > 1:2880670/1‑91 (MQ=255) ttttAGCTATAATCAAATCAAAACTGACTAGTACACGAGGCATATTCTACTATGCTTGCGAACTAGTCAGTTTTAGTTTTATGGTGTGGtt < 1:1394035/91‑1 (MQ=255) tttAGCTATAATCAAATCAAAACTGACTAGTACACGAGGCATATTCTACTATGCTTGCGAACTAGTCAGTTTTAGTTTTATGGTGTGGTTa < 1:2975154/91‑1 (MQ=255) ttAGCTATAATCAAATCAAAACTGACTAGTACATGAGGCATATTCTACTATGCTTGCGAACTAGTCAGTTTTAGTTTTATGGTGTGGTTac > 1:3375099/1‑91 (MQ=255) ttAGCTATAATCAAATCAAAACTGACTAGTACACGAGGCATATTCTACTATGCTTGCGAACTAGTCAGTTTTAGTTTTATGGTGTGGTTac > 1:3015622/1‑91 (MQ=255) ttAGCTATAATCAAATCAAAACTGACTAGTACACGAGGCATATTCTACTATGCTTGCGAACTAGTCAGTTTTAGTTTTATGGTGTGGTTac > 1:2880957/1‑91 (MQ=255) ttAGCTATAATCAAATCAAAACTGACTAGTACACGAGGCATATTCTACTATGCTTGCGAACTAGTCAGTTTTAGTTTTATGGTGTGGTTac < 1:3654831/91‑1 (MQ=255) tAGCTATAATCAAATCAAAACTGACTAGTACACGAGGCATATTCTACTATGCTTGCGAACTAGTCAGTTTTAGTTTTATGGTGTGGTTaca > 1:2198280/1‑91 (MQ=255) aGCTATAATCAAATCAAAACTGACTAGTACACGAGGCATATTCTACTATGCTTGCGAACTAGTCAGTTTTAGTTTTATGGTGTGGTTacac < 1:4080709/91‑1 (MQ=255) cTATAATCAAATCAAAACTGACTAGTACACGAGGCATATTCTACTATGCTTGCGAACTAGTCAGTTTTAGTTTTATGGTGTGGTTACACtt < 1:1994294/91‑1 (MQ=255) cTATAATCAAATCAAAACTGACTAGTACACGAGGCATATTCTACTATGCTTGCGAACTAGTCAGTTTTAGTTTTATGGTGTGGTTACACtt < 1:1783764/91‑1 (MQ=255) ataATCAAATCAAAACTGACTAGTACACGAGGCATATTCTACTATGCTTGCGAACTAGTCAGTTTTAGTTTTATGGTGTGGTTACACTTGc > 1:1421602/1‑91 (MQ=255) ataATCAAATCAAAACTGACTAGTACACGAGGCATATTCTACTATGCTTGCGAACTAGTCAGTTTTAGTTTTATGGTGTGGTTACACTTGc > 1:1622070/1‑91 (MQ=255) caaatcaaaACTGACTAGTACACGAGGCATATTCTACTATGCTTGCGAACTAGTCAGTTTTAGTTTTATGGTGTGGTTACACTTGCCTTAc > 1:1715603/1‑91 (MQ=255) atcaaaACTGACTAGTACACGAGGCATATTCTACTATGCTTGCGAACTAGTCAGTTTTAGTTTTATGGTGTGGTTACACTTGCCTTACGtt > 1:559782/1‑91 (MQ=255) atcaaaACTGACTAGTACACGAGGCATATTCTACTATGCTTGCGAACTAGTCAGTTTTAGTTTTATGGTGTGGTTACACTTGCCTTACGtt < 1:418057/91‑1 (MQ=255) atcaaaACTGACTAGTACACGAGGCATATTCTACTATGCTTGCGAACTAGTCAGTTTTAGTTTTATGGTGTGGTTACACTTGCCTTACGtt < 1:418930/91‑1 (MQ=255) tcaaaACTGACTAGTACACGAGGCATATTCTACTATGCTTGCGAACTAGTCAGTTTTAGTTTTATGGTGTGGTTACACTTGCCTTACGTTg < 1:106818/91‑1 (MQ=255) tcaaaACTGACTAGTACACGAGGCATATTCTACTATGCTTGCGAACTAGTCAGTTTTAGTTTTATGGTGTGGTTACACTTGCCTTACGTTg < 1:3887187/91‑1 (MQ=255) tcaaaACTGACTAGTACACGAGGCATATTCTACTATGCTTGCGAACTAGTCAGTTTTAGTTTTATGGTGTGGTTACACTTGCCTTACGTTg < 1:3954468/91‑1 (MQ=255) tcaaaACTGACTAGTACACGAGGCATATTCTACTATGCTTGCGAACTAGTCAGTTTTAGTTTTATGGTGTGGTTACACTTGCCTTACGTTg < 1:4094697/91‑1 (MQ=255) aaaaCTGACTAGTACACGAGGCATATTCTACTATGCTTGCGAACTAGTCAGTTTTAGTTTTATGGTGTGGTTACACTTGCCTTACGTTGaa > 1:1040689/1‑91 (MQ=255) aaaaCTGACTAGTACACGAGGCATATTCTACTATGCTTGCGAACTAGTCAGTTTTAGTTTTATGGTGTGGTTACACTTGCCTTACGTTGaa < 1:1217240/91‑1 (MQ=255) aaaaCTGACTAGTACACGAGGCATATTCTACTATGCTTGCGAACTAGTCAGTTTTAGTTTTATGGTGTGGTTACACTTGCCTTACGTTGaa < 1:1217300/91‑1 (MQ=255) aaaCTGACTAGTACACGAGGCATATTCTACTATGCTTGCGAACTAGTCAGTTTTAGTTTTATGGTGTGGTTACACTTGCCTTACGTTGaaa > 1:2181793/1‑91 (MQ=255) aaaCTGAATAGTACACGAGGCATATTCTACTATGCTTGCGAACTAGTCAGTTTTAGTTTTATGGTGTGGTTACACTTGCCTTACGTTGaaa < 1:2068509/91‑1 (MQ=255) aaCTGACTAGTACACGAGGCATATTCTACTATGCTTGCGAACTAGTCAGTTTTAGTTTTATGGTGTGGTTACACTTGCCTTACGTTGaaaa > 1:2893844/1‑91 (MQ=255) aaCTGACTAGTACACGAGGCATATTCTACTATGCTTGCGAACTAGTCAGTTTTAGTTTTATGGTGTGGTTACACTTGCCTTACGTTGaaaa > 1:1438619/1‑91 (MQ=255) aCTGACTAGTACACGAGGCATATTCTACTATGCTTGCGAACTAGTCAGTTTTAGTTTTATGGTGTGGTTACACTTGCCTTACGTTGAAAAt < 1:2318900/91‑1 (MQ=255) cTGACTAGTACACGAGGCATATTCTACTATGCTTGCGAACTAGTCAGTTTTAGTTTTATGGTGTGGTTACACTTGCCTTACGTTGAAAAtt > 1:2735251/1‑91 (MQ=255) cTGACTAGTACACGAGGCATATTCTACTATGCTTGCGAACTAGTCAGTTTTAGTTTTATGGTGTGGTTACACTTGCCTTACGTTGAAAAtt > 1:1464748/1‑91 (MQ=255) tGACTAGTACACGAGGCATATTCTACTATGCTTGCGAACTAGTCAGTTTTAGTTTTATGGTGTGGTTACACTTGCCTTACGTTGAAAATTa > 1:3163675/1‑91 (MQ=255) 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acacGAGGCATATTCTACTATGCTTGCGAACTAGTCAGTTTTAGTTTTATGGTGTGGTTACACTTGCCTTACGTTGAAAATTATCCCTTTc > 1:951407/1‑91 (MQ=255) acacGAGGCATATTCTACTATGCTTGCGAACTAGTCAGTTTTAGTTTTATGGTGTGGTTACACTTGCCTTACGTTGAAAATTATCCCTTTc > 1:1218334/1‑91 (MQ=255) acacGAGGCATATTCTACTATGCTTGCGAACTAGTCAGTTTTAGTTTTATGGTGTGGTTACACTTGCCTTACGTTGAAAATTATCCCTTTc > 1:1218457/1‑91 (MQ=255) acacGAGGCATATTCTACTATGCTTGCGAACTAGTCAGTTTTAGTTTTATGGTGTGGTTACACTTGCCTTACGTTGAAAATTATCCCTTTc < 1:2637710/91‑1 (MQ=255) acacGAGGCATATTCTACTATGCTTGAGAACTAGTCAGTTTTAGTTTTATGGTGTGGTTACTCTTGCCTTACGTTGAAAATTATCCCTTTc < 1:2637741/91‑1 (MQ=255) acGAGGCATATTCTACTATGCTTGCGAactagtcagttttgatttgattatagctaaaatatcaaaggtaatcgatttaatcttattttta < 1:566594‑M2/91‑65 (MQ=255) cGAGGCATATTCTACTATGCTTGCGAACTAGTCAGTTTTAGTTTTATGGTGTGGTTACACTTGCCTTACGTTGAAAATTATCCCTTTCaaa > 1:2852344/1‑91 (MQ=255) gAGGCATATTCTACTATGCTTGCGAACTAGTCAGTTTTAGTTTTATGGTGTGGTTACACTTGCCTTACGTTGAAAATTATCCCTTTCaaaa < 1:2208826/91‑1 (MQ=255) 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tGCGAACTAGTCAGTTTTAGTTTTATGGTGTGGTTACACTTGCCTTACGTTGAAATTTATCCCTTTCAAAATGAATTATTGCCCTTTGTCt < 1:1312208/91‑1 (MQ=255) tGCGAACTAGTCAGTTTTAGTTTTATGGTGTGGTTACACTTGCCTTACGTTGAAAATTATCCCTTTCAAAATGAATTATTGCCCTTTGTCt < 1:771522/91‑1 (MQ=255) gCGAACTAGTCAGTTTTAGTTTTATGGTGTGGTTACACTTGCCTTACGTTGAAAATTATCCCTTTCAAAATGAATTATTGCCCTTTGTCtt < 1:479293/91‑1 (MQ=255) cGAACTAGTCAGTTTTAGTTTTATGGTGTGGTTACACTTGCCTTACGTTGAAAATTATCCCTTTCAAAATGAATTATTGCCCTTTGTCttt > 1:273070/1‑91 (MQ=255) cGAACTAGTCAGTTTTAGTTTTATGGTGTGGTTACACTTGCCTTACGTTGAAAATTATCCCTTTCAAAATGAATTATTGCCCTTTGTCttt > 1:1127325/1‑91 (MQ=255) aaCTAGTCAGTTTTAGTTTTATGGTGTGGTTACACTTGCCTTACGTTGAAAATTATCCCTTTCAAAATGAATTATTGCCCTTTGTCTTTaa > 1:3845825/1‑91 (MQ=255) | AAATAAGATTAAATCGATTACCTTTGATATTTTAGCTATAATCAAATCAAAACTGACTAGTACACGAGGCATATTCTACTATGCTTGCGAACTAGTCAGTTTTAGTTTTATGGTGTGGTTACACTTGCCTTACGTTGAAAATTATCCCTTTCAAAATGAATTATTGCCCTTTGTCTTTAA > USA300TCH1516_ALE/1735301‑1735480 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |