| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2248208 = | 88 (0.890) | 4 (0.040) | 4/150 | NT | 5.0% | intergenic (+2/+128) | coaW/USA300HOU_RS11505 | Type II pantothenate kinase/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2248263 = | 68 (0.740) | intergenic (+57/+73) | coaW/USA300HOU_RS11505 | Type II pantothenate kinase/hypothetical protein | |||||
GGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACTCAATTCAATTAAAATGTAAGTTCATT > USA300TCH1516_ALE/2248174‑2248353 | ggTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAACGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCttttat > 1:3501434/1‑91 (MQ=255)ggTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCttttat > 1:787914/1‑91 (MQ=255)ggTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCttttat < 1:4117707/91‑1 (MQ=255)ggTGCTATTGGGGCATTATATTTAGAAAAAGAGTAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCttttat < 1:3394447/91‑1 (MQ=255) gCTATTGGTACATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCttttatttt > 1:1898565/1‑91 (MQ=255) gnTGCATTANATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTc < 1:2340854/91‑1 (MQ=255) ggTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTc > 1:1670302/1‑91 (MQ=255) ggTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTGATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTc < 1:3995351/91‑1 (MQ=255) gTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCt < 1:2603983/91‑1 (MQ=255) aTTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAgt < 1:857807/91‑1 (MQ=255) aTTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAgt < 1:857753/91‑1 (MQ=255) ttATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAgtg > 1:1392149/1‑91 (MQ=255) ttATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAgtg < 1:3333469/91‑1 (MQ=255) tataTTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAgtgt > 1:2709808/1‑91 (MQ=255) tataTTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAgtgt < 1:3471073/91‑1 (MQ=255) atatTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGtt > 1:997214/1‑91 (MQ=255) atTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGtttt > 1:1620965/1‑91 (MQ=255) atTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGtttt > 1:2642414/1‑91 (MQ=255) atTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGtttt > 1:821129/1‑91 (MQ=255) atTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGtttt < 1:2404278/91‑1 (MQ=255) tagaaaaatagaaaaaGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGaa > 1:2497760/1‑91 (MQ=255) gaaaaatagaaaaaGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATa > 1:4078395/1‑91 (MQ=255) aaaaatagaaaaaGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATAc < 1:2999121/91‑1 (MQ=255) aaaatagaaaaaGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACg < 1:1528189/91‑1 (MQ=255) aatagaaaaaGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTa > 1:3703897/1‑91 (MQ=255) atagaaaaaGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTAt > 1:3120580/1‑91 (MQ=255) tagaaaaaGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTAtt < 1:593009/91‑1 (MQ=255) tagaaaaaGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTAtt < 1:1440439/91‑1 (MQ=255) tagaaaaaGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTAtt < 1:1440452/91‑1 (MQ=255) agaaaaaGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTg > 1:3914188/1‑91 (MQ=255) 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GACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCAtt < 1:2624316‑M1/91‑1 (MQ=255) aCCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCAttt < 1:2395302/91‑1 (MQ=255) ccATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATtta > 1:1246259/1‑91 (MQ=255) ccATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATtta > 1:3725531/1‑91 (MQ=255) cATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATttat < 1:3351584/91‑1 (MQ=255) aTTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATttatt > 1:799495/1‑91 (MQ=255) aTTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATttatt > 1:367001/1‑91 (MQ=255) aTTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATttatt > 1:366746/1‑91 (MQ=255) tttATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATttatta < 1:2631787/91‑1 (MQ=255) tttATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATttatta > 1:3241562/1‑91 (MQ=255) ttATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTtattat > 1:2881201/1‑91 (MQ=255) ttATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTtattat > 1:2881405/1‑91 (MQ=255) atatagcgtttatttaaaacaacgcgcatataaatggtcttttATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCa > 1:2393618‑M2/44‑91 (MQ=255) atatGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATACATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCa < 1:3521659/91‑1 (MQ=255) atatGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCa > 1:1634943/1‑91 (MQ=255) tatGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCAc < 1:2252323/91‑1 (MQ=255) tagcgtttatttaaaacaacgcgcatataaatggtcttttATTTTATGGTCTAAGTGTATTGAATACGTATTGCTCCATTTATTATCACtt > 1:3549493‑M2/41‑91 (MQ=255) gcgcGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTa < 1:931154/91‑1 (MQ=255) gcgcGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTa < 1:928517/91‑1 (MQ=255) gcgTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAAt > 1:3818873/1‑91 (MQ=255) gcgTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAAt < 1:1306573/91‑1 (MQ=255) gttgttTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAAtta < 1:772940/91‑1 (MQ=255) ttgttTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAAttaa > 1:2847174/1‑90 (MQ=255) tttAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAAttacttac < 1:3640628/91‑1 (MQ=255) tttAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAAttacttac < 1:2222660/91‑1 (MQ=255) taaataaaCGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACaa > 1:553459/1‑91 (MQ=255) taaataaaCGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACaa > 1:1286021/1‑91 (MQ=255) aaataaaCGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAAc > 1:350541/1‑91 (MQ=255) aaataaaCGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAAc < 1:2829336/91‑1 (MQ=255) aataaaCGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACt > 1:3908551/1‑91 (MQ=255) taaaCGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACtca < 1:1497470/91‑1 (MQ=255) aaaCGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACtcaa > 1:3643478/1‑91 (MQ=255) aaCGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACtcaat > 1:269911/1‑91 (MQ=255) cGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACtcaattc < 1:4125488/91‑1 (MQ=255) gCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACtcaattca > 1:1369416/1‑91 (MQ=255) cTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACtcaattcaa < 1:3967960/91‑1 (MQ=255) cTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACtcaattcaa > 1:2024866/1‑91 (MQ=255) tatataAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACtcaattcaat > 1:626999/1‑91 (MQ=255) ataAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACTCAATTCAATTaa < 1:1997933/91‑1 (MQ=255) ataAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACTCAATTCAATTaa > 1:4109491/1‑91 (MQ=255) aaaTGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACTCAATTCAATTaaaa < 1:1499527/91‑1 (MQ=255) aaTGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACTCAATTCAATTAAAAt < 1:3469110/91‑1 (MQ=255) aaTGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATAAGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACTCAATTCAATTAAAAt > 1:3302480/1‑91 (MQ=255) tGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACTCAATTCAATTAAAATGt < 1:458075/91‑1 (MQ=255) tGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACTCAATTCAATTAAAATGt < 1:2199660/91‑1 (MQ=255) ggCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACTCAATTCAATTAAAATGTa > 1:2762119/1‑91 (MQ=255) gCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACTCAATTCAATTAAAATGTaa > 1:497675/1‑91 (MQ=255) gCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACTCAATTCAATTAAAATGTaa > 1:355594/1‑91 (MQ=255) ccTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACTCAATTCAATTAAAATGTAAg > 1:1303456/1‑91 (MQ=255) cttttATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACTCAATTCAATTAAAATGTAAGt > 1:772891‑M2/6‑91 (MQ=255) ttttATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACTCAATTCAATTAAAATGTAAGtt > 1:3899208‑M2/5‑91 (MQ=255) ttttATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACTCAATTCAATTAAAATGTAAGtt > 1:2358743‑M2/5‑91 (MQ=255) tttATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACTCAATTCAATTAAAATGTAAGTTc > 1:3101476‑M2/4‑91 (MQ=255) tATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACTCAATTCAATTAAAATGTAAGTTCAt > 1:1037696‑M2/2‑91 (MQ=255) attttatGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACTCAATTCAATTAAAATGTAAGTTCAtt > 1:1849777/1‑91 (MQ=255) | GGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACTCAATTCAATTAAAATGTAAGTTCATT > USA300TCH1516_ALE/2248174‑2248353 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |