New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2388299 | 76 (0.770) | 11 (0.140) | 6/126 | NT | 13.5% | intergenic (+34/+68) | ribZ_1/sarV | Riboflavin transporter RibZ/HTH‑type transcriptional regulator SarV |
? | USA300TCH1516_ALE | = 2388344 | 81 (1.050) | intergenic (+79/+23) | ribZ_1/sarV | Riboflavin transporter RibZ/HTH‑type transcriptional regulator SarV |
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
GCCATGAACTAAATATTTATATTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTATTTCTTTAGTAATTTTATCTAACAATTTCTTTTGAGAAGTAC > USA300TCH1516_ALE/2388254‑2388434 | gCCATGAACTAAATATTTATATTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACt > 1:4009894/1‑91 (MQ=255) tGAACTAAATATTTATATTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTgatt < 1:2982283‑M2/91‑5 (MQ=255) tGAACTAAATATTTATATTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTgatt < 1:2977488‑M2/91‑5 (MQ=255) gAACTAAATATTTATATTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTgattg < 1:3614322‑M2/91‑6 (MQ=255) aCTAAATATTTATATTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTgattggc > 1:1542747‑M2/1‑84 (MQ=255) tAAATATTTATATTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTgattggcat > 1:3578206‑M2/1‑82 (MQ=255) aaaTATTTATATTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTgattggcatg < 1:3459999‑M2/91‑11 (MQ=255) atatTTATATTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTgattggcatgct > 1:1496378‑M2/1‑79 (MQ=255) tatTTATATTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTgattggcatgctt < 1:3018685‑M2/91‑14 (MQ=255) atTTATATTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTgattggcatgcttt < 1:2793996‑M2/91‑15 (MQ=255) ttATATTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTgattggcatgcttttt > 1:3632353‑M2/1‑75 (MQ=255) tataTTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTgattggcatgcttttta > 1:4026043‑M2/1‑74 (MQ=255) atatTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTaa > 1:3663052/1‑91 (MQ=255) tatTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAg < 1:3183028/91‑1 (MQ=255) tatTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAg < 1:1289387/91‑1 (MQ=255) atTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGt > 1:2623936/1‑91 (MQ=255) atTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGt < 1:3562215/91‑1 (MQ=255) atTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGt < 1:3561978/91‑1 (MQ=255) aaaaTAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTa > 1:115902/1‑91 (MQ=255) aTAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGtt < 1:3803212/91‑1 (MQ=255) aTAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGtt < 1:4017898/91‑1 (MQ=255) aaaaaGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTg > 1:1875743/1‑91 (MQ=255) aaaGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTa > 1:3003510/1‑91 (MQ=255) aaGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTaa > 1:15313/1‑91 (MQ=255) aaGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTaa > 1:2320429/1‑91 (MQ=255) aaGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTaa > 1:2320322/1‑91 (MQ=255) aGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAAc < 1:4052113/91‑1 (MQ=255) aGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAAc < 1:4052038/91‑1 (MQ=255) aGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAAc < 1:4051916/91‑1 (MQ=255) gCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACg > 1:2845158/1‑91 (MQ=255) gCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACg > 1:248982/1‑91 (MQ=255) gCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACg > 1:2779070/1‑91 (MQ=255) cATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTgattggcatgctttttatttttgaatataaatattt < 1:2435912‑M2/91‑37 (MQ=255) aTGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTgattggcatgctttttatttttgaatataaatattta < 1:1776083‑M2/91‑38 (MQ=255) aTGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTgattggcatgctttttatttttgaatataaatattta < 1:216446‑M2/91‑38 (MQ=255) aTGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTgattggcatgctttttatttttgaatataaatattta < 1:1776280‑M2/91‑38 (MQ=255) aTGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTgattggcatgctttttatttttgaatataaatattta < 1:1776279‑M2/91‑38 (MQ=255) tGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTgattggcatgctttttatttttgaatataaatatttag < 1:948688‑M2/91‑39 (MQ=255) tGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTgattggcatgctttttatttttgaatataaatatatag < 1:3341329‑M2/91‑39 (MQ=255) tGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCtt > 1:435875/1‑91 (MQ=255) ccAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTgattggcatgctttttatttttgaatataaatatttagtt < 1:1454541‑M2/91‑41 (MQ=255) ccAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTaa > 1:675866/1‑91 (MQ=255) cAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAac > 1:210533/1‑91 (MQ=255) cAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAac > 1:419489/1‑91 (MQ=255) aaTCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAaca < 1:4073370/91‑1 (MQ=255) aaTCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAaca < 1:2367380/91‑1 (MQ=255) tctcTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACt < 1:1149714/91‑1 (MQ=255) tctcTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACt < 1:1149629/91‑1 (MQ=255) ctctATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTgattggcatgctttttatttttgaatataaatatttagttcatgg < 1:4085268‑M2/91‑46 (MQ=255) ctctATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTgattggcatgctttttatttttgaatataaatatttagttcatgg < 1:2713448‑M2/91‑46 (MQ=255) ctctATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACtt < 1:1272943/91‑1 (MQ=255) ctATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTGACACTTCt < 1:2904863/91‑1 (MQ=255) ctATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCt < 1:4113626/91‑1 (MQ=255) ctATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCt < 1:674752/91‑1 (MQ=255) ttCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTAtt > 1:677213/1‑91 (MQ=255) atcatTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTATTTCt > 1:1026176/1‑91 (MQ=255) atcatTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTATTTCt < 1:1697939/91‑1 (MQ=255) atTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTATTTCTTTa > 1:2945618/1‑91 (MQ=255) tttGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTATTTCTTTAg < 1:2208691/91‑1 (MQ=255) tttGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTATTTCTTTAg < 1:4107800/91‑1 (MQ=255) gtctgtcCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTATTTCTTTAGTaa > 1:3950279/1‑91 (MQ=255) ctgtcCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTATTTCTTTAGTAAtt > 1:2663957/1‑91 (MQ=255) ctgtcCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTATTTCTTTAGTAAtt > 1:3828122/1‑91 (MQ=255) ctgtcCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTATTTCTTCAGTAAtt > 1:2069660/1‑91 (MQ=255) ctgtcCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTATTTCTTAAGTAAtt > 1:2069618/1‑91 (MQ=255) gtcCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTATTTCTTTAGTAAtttt > 1:2913492/1‑91 (MQ=255) tcCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTATTTCTTTAGTAATTTTa < 1:797458/91‑1 (MQ=255) tcCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTATTTCTTTAGTAATTTTa > 1:3418881/1‑91 (MQ=255) ccccAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTATTTCTTTAGTAATTTTAt < 1:3673168/91‑1 (MQ=255) ccccAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTATTTCTTTAGTAATTTTAt > 1:3804273/1‑91 (MQ=255) 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atgatgTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTATTTCTTTAGTAATTTTATCTAACAATTTCtttt > 1:424287/1‑91 (MQ=255) tgatgTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTATTTCTTTAGTAATTTTATCTAACAATTTCTTTTg > 1:822427/1‑91 (MQ=255) tgatgTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTATTTCTTTAGTAATTTTATCTAACAATTTCTTTTg > 1:126497/1‑91 (MQ=255) gatgTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTATTTCTTTAGTAATTTTATCTAACAATTTCTTTTga < 1:2267414/91‑1 (MQ=255) atgTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTATTTCTTTAGTAATTTTATCTAACAATTTCTTTTgag > 1:1325758/1‑91 (MQ=255) atgTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTATTTCTTTAGTAATTTTATCTAACAATTTCTTTTgag > 1:3150708/1‑91 (MQ=255) atgTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTATTTCTTTAGTAATTTTATCTAACAATTTCTTTTgag > 1:890513/1‑91 (MQ=255) atgTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTATTTCTTTAGTAATTTTATCTAACAATTTCTTTTgag < 1:429749/91‑1 (MQ=255) atgTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTATTTCTTTAGTAATTTTATCTAACAATTTCTTTTgag > 1:1709350/1‑91 (MQ=255) atgTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTATTTCTTTAGTAATTTTATCTAACAATTTCTTTTgag > 1:4084576/1‑91 (MQ=255) tACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTATTTCTTTAGTAATTTTATCTAACAATTTCTTTTGAGAAg < 1:101223/91‑1 (MQ=255) aCTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTATTTCTTTAGTAATTTTATCTAACAATTTCTTTTGAGAAGt < 1:1821675/91‑1 (MQ=255) cTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTATTTCTTTAGTAATTTTATCTAACAATTTCTTTTGAGAAGTa < 1:4030764/91‑1 (MQ=255) tGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACGTCTATTTCTTTAGTAATTTTATCTAACAATTTCTTTTGAGAAGTAc < 1:3292288/91‑1 (MQ=255) | GCCATGAACTAAATATTTATATTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTATTTCTTTAGTAATTTTATCTAACAATTTCTTTTGAGAAGTAC > USA300TCH1516_ALE/2388254‑2388434 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |