| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_012417 | = 997 | 3489 (0.350) | 632 (0.070) | 58/138 | NT | 17.7% | intergenic (+9/+6) | USA300HOU_RS14890/USA300HOU_RS15665 | replication protein/hypothetical protein |
| ? | NC_012417 | = 1001 | 2877 (0.330) | intergenic (+13/+2) | USA300HOU_RS14890/USA300HOU_RS15665 | replication protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 12530 total aligned reads displayed.
ATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAA > NC_012417/911‑1091 | aTAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTg > 1:613385/1‑91 (MQ=255) tcttatttttgtgacactacatacagcatttgtcacaaaaataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaAAGACATTAGTGTTGa > 1:1956332‑M1/76‑91 (MQ=255) aaaaCAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGac > 1:19259‑M2/1‑89 (MQ=255) aaaaCAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGac > 1:255034‑M2/1‑89 (MQ=255) aaaCAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGact < 1:2468651‑M2/91‑4 (MQ=255) aacaacAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGacta > 1:4122139‑M2/1‑87 (MQ=255) acaacaGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGCATTTCGAAAAGCCAAATTATTCTTTAAGACATTAGTGTTGactaa < 1:1669293‑M2/91‑6 (MQ=255) tttttgtgacactacatacagcatttgtcacaaaaataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaAAGACATTAGTGTTGACTAAt > 1:3567472‑M1/71‑91 (MQ=255) caacaGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGactaat > 1:1068325‑M2/1‑85 (MQ=255) caacaGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGactaat > 1:3113280‑M2/1‑85 (MQ=255) atttttgtgacactacatacagcatttgtcacaaaaataagacagtacttttttataaaaatcaacaaaaAAGACATTAGTGTTGACTAAt > 1:464817‑M1/71‑91 (MQ=255) ttttgtgacactacttacagcatttgtcacaaaaataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaAAGACATTAGTGTTGACTAATg > 1:3637660‑M1/70‑91 (MQ=255) aacaGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAGTTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGactaatg < 1:3490426‑M2/91‑8 (MQ=255) aacaGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGactaatg < 1:1033902‑M2/91‑8 (MQ=255) tttgtgacactacatacagcatttgtcacaaaaataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaAAGACATTAGTGTTGACTAATGt > 1:3606782‑M1/69‑91 (MQ=255) tttgtgacactacatacagcatttgtcacaaaaataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaAAGACATTAGTGTTGACTAATGt > 1:2633214‑M1/69‑91 (MQ=255) tttgtgacactacatacagcatttgtcacaaaaataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaAAGACATTAGTGTTGACTAATGt > 1:188820‑M1/69‑91 (MQ=255) ttgtgacactacatacagcatttgtcacaaaaataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaAAGACATTAGTGTTGACTAATGTc > 1:2271265‑M1/68‑91 (MQ=255) caGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGactaatgtc > 1:2423470‑M2/1‑82 (MQ=255) caGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGactaatgtc > 1:389960‑M2/1‑82 (MQ=255) caGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGactaatgtc > 1:210450‑M2/1‑82 (MQ=255) caGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGactaatgtc < 1:535644‑M2/91‑10 (MQ=255) gtgacactacatacagcatttgtcacaaaaataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCtt > 1:1992780‑M1/66‑91 (MQ=255) gACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGactaatgtctt < 1:1816366‑M2/91‑12 (MQ=255) aCGAAGAAGAAATAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCttt > 1:3186223/1‑91 (MQ=255) cGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTCAACactaatgtcttaa > 1:250864‑M2/1‑78 (MQ=255) gaagaagaaAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTCAACactaatgtcttaaa > 1:160063‑M2/1‑77 (MQ=255) aagaagaaAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCtttttt < 1:3382188/91‑1 (MQ=255) agaagaaAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTttg < 1:3817067/91‑1 (MQ=255) agaagaaAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTttg < 1:1243627/91‑1 (MQ=255) gaagaaAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTttgt < 1:2173860/91‑1 (MQ=255) gaagaaAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTCAACactaatgtcttaaataa > 1:2857978‑M2/1‑74 (MQ=255) aagaaAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTttgtt > 1:495118/1‑91 (MQ=255) aagaaAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTttgtt < 1:1489231/91‑1 (MQ=255) aagaaAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTttgtt > 1:2709356/1‑91 (MQ=255) aaaaaGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGAt > 1:1635814/1‑91 (MQ=255) aaaaaGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGAt > 1:2385194/1‑91 (MQ=255) aaaGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGAttt > 1:3045856/1‑91 (MQ=255) aaaGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGAttt > 1:1370069/1‑91 (MQ=255) aaaGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGAttt < 1:400684/91‑1 (MQ=255) aaGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGAtttt < 1:1530823/91‑1 (MQ=255) gCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGAtttttt > 1:1748684/1‑91 (MQ=255) cacaTTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTta > 1:652365/1‑91 (MQ=255) cacaTTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTta > 1:3936657/1‑91 (MQ=255) acaTTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTtat < 1:574695/91‑1 (MQ=255) caTTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTtata > 1:341704/1‑91 (MQ=255) caTTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTtata > 1:3679151/1‑91 (MQ=255) aTTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATaa < 1:2669966/91‑1 (MQ=255) tCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATaaaa < 1:2590926/91‑1 (MQ=255) cAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATaaaaa < 1:2309253/91‑1 (MQ=255) ttACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGT < 1:3754510‑M1/91‑1 (MQ=255) ccGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACT > 1:424144‑M1/1‑91 (MQ=255) gCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGT < 1:1172195‑M1/91‑1 (MQ=255) gCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTACTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGT > 1:2069408‑M1/1‑91 (MQ=255) cAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTC < 1:767144‑M1/91‑1 (MQ=255) cAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTCAACactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaa > 1:1206078‑M2/1‑49 (MQ=255) ttGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTAT < 1:2745026‑M1/91‑1 (MQ=255) tGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATT > 1:1133431‑M1/1‑91 (MQ=255) gAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTT < 1:3339820‑M1/91‑1 (MQ=255) aaTTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTT > 1:2341643‑M1/1‑91 (MQ=255) aTTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTG < 1:3525637‑M1/91‑1 (MQ=255) tttCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGT < 1:1103490‑M1/91‑1 (MQ=255) 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aGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGtgtcaca > 1:3077399‑M2/1‑84 (MQ=255) aGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTGTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGtgtcaca > 1:408400‑M2/1‑84 (MQ=255) ttAGTGTTGactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgttgt < 1:4051050‑M2/91‑83 (MQ=255) ttAGTGTTGactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgttgt < 1:1000134‑M2/91‑83 (MQ=255) ttAGTGTTGactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgttgt < 1:839033‑M2/91‑83 (MQ=255) ttAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGtgtcacaaaaat < 1:2970378‑M2/91‑13 (MQ=255) tAGTGTTGactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgttgtt < 1:2031544‑M2/91‑84 (MQ=255) gtgtTGactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgttgtttt < 1:956302‑M2/91‑86 (MQ=255) gtgtTGactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgttgtttt < 1:345254‑M2/91‑86 (MQ=255) gtgtTGactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgttgtttt < 1:1854314‑M2/91‑86 (MQ=255) gtTGactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgttgttttat < 1:732401‑M2/91‑88 (MQ=255) gtTGactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgttgttttat < 1:1403308‑M2/91‑88 (MQ=255) gtTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGtgtcacaaaaataagac > 1:913283‑M2/1‑74 (MQ=255) gACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGATGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACaaa > 1:877331/1‑91 (MQ=255) | ATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAA > NC_012417/911‑1091 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |