| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 303840 | 81 (0.820) | 9 (0.100) | 7/146 | NT | 10.8% | coding (630/1725 nt) | epsJ | putative glycosyltransferase EpsJ |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 303860 | 75 (0.840) | coding (650/1725 nt) | epsJ | putative glycosyltransferase EpsJ | |||||
ATTTAAATGCAAATCGAATCAGTGTGTTAAGTGATAAAGCGTATTATTATGCTACAAAGCGTGAAGGTGAACATATGAGTAGTGCGTATGTTTCACCTGAAGACTTTTATGAAGTCATGAGATTGATTGCTGTAGAAATATTAAATGCAGATTTAGAAGAAGCCCATAAAAATCAAATCTT > USA300TCH1516_ALE/303770‑303950 | atTTAAATGCAAATCGAATCAGTGTGTTAAGTGATAAAGCGTATTATTATGCTACAAAGCGTGAAGGTGAACATATGAGTAGTGCGTATGt > 1:3464712/1‑91 (MQ=255) aaTGCAAATCGAATCAGTGTGTTAAGTGATAAAGCGTATTATTATGCTACAAAGCGTGAAGGTGAACATATGAGTAGTGCGTATGTttcac < 1:2566010‑M2/91‑6 (MQ=255) aTGCAAATCGAATCAGTGTGTTAAGTGATAAAGCGTATTATTATGCTACAAAGCGTGAAGGTGAACATATGAGTAGTGCGTATGTttcacc > 1:3066932‑M2/1‑85 (MQ=255) tGCAAATCGAATCAGTGTGTTAAGTGATAAAGCGTATTATTATGCTACAAAGCGTGAAGGTGAACATATGAGTAGTGCGTATGTttcacct > 1:2872291‑M2/1‑84 (MQ=255) aaTCGAATCAGTGTGTTAAGTGATAAAGCGTATTATTATGCTACAAAGCGTGAAGGTGAACATATGAGTAGTGCGTATGTTTCACCTGAAg < 1:904976/91‑1 (MQ=255) aaTCGAATCAGTGTGTTAAGTGATAAAGCGTATTATTATGCTACAAAGCGTGAAGGTGAACATATGAGTAGTGCGTATGTTTCACCTGAAg > 1:807121/1‑91 (MQ=255) aaTCGAATCAGTGTGTTAAGTGATAAAGCGTATTATTATGCTACAAAGCGTGAAGGTGAACATATGAGTAGTGCGTATGTTTCACCTGAAg > 1:1751563/1‑91 (MQ=255) aTCGAATCAGTGTGTTAAGTGATAAAGCGTATTATTATGCTACAAAGCGTGAAGGTGAACATATGAGTAGTGCGTATGTTTCACCTGAAGa < 1:1095397/91‑1 (MQ=255) gAATCAGTGTGTTAAGTGATAAAGCGTATTATTATGCTACAAAGCGTGAAGGTGAACATATGAGTAGTGCGTATGTTTCACCTGAAGACtt > 1:1661723/1‑91 (MQ=255) aaTCAGTGTGTTAAGTGATAAAGCGTATTATTATGCTACAAAGCGTGAAGGTGAACATATGAGTAGTGCGTATGTTTCACCTGAAGACttt < 1:541534/91‑1 (MQ=255) aaTCAGTGTGTTAAGTGATAAAGCGTATTATTATGCTACAAAGCGTGAAGGTGAACATATGAGTAGTGCGTATGTTTCACCTGAAGACttt < 1:3453929/91‑1 (MQ=255) aaTCAGTGTGTTAAGTGATAAAGCGTATTATTATGCTACAAAGCGTGAAGGTGAACATATGAGTAGTGCGTATGTTTCACCTGAAGACttt < 1:3490495/91‑1 (MQ=255) aTCAGTGTGTTAAGTGATAAAGCGTATTATTATGCTAAAAAGCGTGAAGGTGAACATATGAGTAGTGCGTATGTTTCACCTGAAGACtttt > 1:3514006/1‑91 (MQ=255) tCAGTGTGTTAAGTGATAAAGCGTATTATTATGCTACAAAGCGTGAAGGTGAACATATGAGTAGTGCGTATGTTTCACCTGAAGACTTTTa > 1:2850612/1‑91 (MQ=255) cAGTGTGTTAAGTGATAAAGCGTATTATTATGCTACAAAGCGTGAAGGTGAACATATGAGTAGTGCGTATGTTTCACCTGAAGACTTTTAt > 1:591121/1‑91 (MQ=255) cAGTGTGTTAAGTGATAAAGCGTATTATTATGCTACAAAGCGTGAAGGTGAACATATGAGTAGTGCGTATGTTTCACCTGAAGACTTTTAt > 1:1060321/1‑91 (MQ=255) aGTGTGTTAAGTGATAAAGCGTATTATTATGCTACAAAGCGTGAAGGTGAACATATGAGTAGTACGTATGTTTCACCTGAAGACTTTTATg < 1:1673463/91‑1 (MQ=255) tAAGTGATAAAGCGTATTATTATGCTACAAAGCGTGAAGGTGAACATATGAGTAGTGCGTATGTTTCACCTGAAGACTTTTATGAAGTCAt < 1:2728767/91‑1 (MQ=255) aaGTGATAAAGCGTATTATTATGCTACAAAGCGTGAAGGTGAACATATGAGTAGTGCGTATGTTTCACCTGAAGACTTTTATGAAGTCATg > 1:1469665/1‑91 (MQ=255) aaGTGATAAAGCGTATTATTATGCTACAAAGCGTGAAGGTGAACATATGAGTAATGCGTATGTTTCACCTGAAGACTTTTATGAAGTCATg < 1:3510625/91‑1 (MQ=255) aGTGATAAAGCGTATTATTATGCTACAAAGCGTGAAGGTGAACATATGAGTAGTGCGTATGTTTCACCTGAAGACTTTTATGAAGTCATga > 1:733703/1‑91 (MQ=255) gTGATAAAGCGTATTATTATGCTACAAAGCGTGAAGGTGAACATATGAGTAGTGCGTATGTTTCACCTGAAGACTTTTATGAAGTCATgag > 1:3459269/1‑91 (MQ=255) tGATAAAGCGTATTATTATGCTACAAAGCGTGAAGGTGAACATATGAGTAGTGCGTATGTTTCACCTGAAGACTTTTATGAAGTCATgaga < 1:377212/91‑1 (MQ=255) tGATAAAGCGTATTATTATGCTACAAAGCGTGAAGGTGAACATATGAGTAGTGCGTATGTTTCACCTGAAGACTTTTATGAAGTCATgaga > 1:2603920/1‑91 (MQ=255) tGATAAAGCGTATTATTATGCTACAAAGCGTGAAGGTGAACATATGAGTAGTGCGTATGTTTCACCTGAAGACTTTTATGAAGTCATgaga > 1:738193/1‑91 (MQ=255) aTAAAGCGTATTATTATGCTACAAAGCGTGAAGGTGAACATATGAGTAGTGCGTATGTTTCACCTGAAGACTTTTATGAAGTCATGAgatt > 1:1882041/1‑91 (MQ=255) aaaGCGTATTATTATGCTACAAAGCGTGAAGGTGAACATATGAGTAGTGCGTATGTTTCACCTGAAGACTTTTATGAAGTCATGAgattga < 1:1347421/91‑1 (MQ=255) gCGTATTATTATGCTACAAAGCGTGAAGGTGAACATATGAGTAGTGCGTATGTTTCTCGTGATGACTTTTCTGAAGTCATGAGtttggttg > 1:1023022/1‑91 (MQ=255) gCGTATTATTATGCTACAAAGCGTGAAGGTGAACATATGAGTAGTGCGTATGTTTCACCTGAAGACTTTTATGAAGTCATGAGattgattg > 1:391668/1‑91 (MQ=255) gCGTATTATTATGCTACAAAGCGTGAAGGTGAACATATGAGTAGTGCGTATGTTTCACCTGAAGACTTTTATGAAGTCATGAGattgattg > 1:3928724/1‑91 (MQ=255) gCGTATTATTATGCTACAAAGCGTGAAGGTGAACATATGAGTAGTGCGTATGTTTCACCTGAAGACTTTTATGAAGTCATGAGattgattg > 1:1347962/1‑91 (MQ=255) cGTATTATTATGCTACAAAGCGTGAAGGTGAACATATGAGTAGTGCGTATGTTTCACCTGAAGACTTTTATGAAGTCATGAGATTGATTGc < 1:3027943/91‑1 (MQ=255) attattatGCTACAAAGCGTGAAGGTGAACATATGAGTAGTGCGTATGTTTCACCTGAAGACTTTTATGAAGTCATGAGATTGATTGCTGt < 1:1864437/91‑1 (MQ=255) tattatGCTACAAAGCGTGAAGGTGAACATATGAGTAGTGCGTATGTTTCACCTGAAGACTTTTATGAAGTCATGAGATTGATTGCTGTAg > 1:972461/1‑91 (MQ=255) attatGCTACAAAGCGTGAAGGTGAACATATGAGTAGTGCGTATATTTCACCTGAAGACTTTTATGAAGTCATGAGATTGATTGCTGTAGa < 1:3316757/91‑1 (MQ=255) ttatGCTACAAAGCGTGAAGGTGAACATATGAGTAGTGCGTATGTTTCACCTGAAGACGTTTATGAAGTCATGAGAGTGATTGCTGTAGaa > 1:1070652/1‑91 (MQ=255) tGCTACAAAGCGTGAAGGTGAACATATGAGTAGTGCGTATGTTTCACCTGAAGACTTTTATGAAGTCATGAGATTGATTGCTGTAGAAata < 1:2204015/91‑1 (MQ=255) gCTACAAAGCGTGAAGGTGAACATATGAGTAGTGCGTATGTTTCACCTGAAGACTTTTATGAAGTCATGAGATTGATTGCTGTAGAAatat > 1:3987421/1‑91 (MQ=255) gCTACAAAGCGTGAAGGTGAACATATGAGTAGTGCGTATGTTTCACCTGAAGACTTTTATGAAGTCATGAGATTGATTGCTGTAGAAatat > 1:3988425/1‑91 (MQ=255) gCTACAAAGCGTGAAGGTGAACATATGAGTAGTGCGTATGTTTCACCTGAAGACTTTTATGAAGTCATGAGATTGATTGCTGTAGAAatat > 1:300379/1‑91 (MQ=255) cTACAAAGCGTGAAGGTGAACATATGAGTAGTGCGTATGTTTCACCTGAAGACTTTTATGAAGTCATGAGATTGATTGCTGTAGAAATAtt < 1:676018/91‑1 (MQ=255) aCAAAGCGTGAAGGTGAACATATGAGTAGTGCGTATGTTTCACCTGAAGACTTTTATGAAGTCATGAGATTGATTGCTGTAGAAATATTaa > 1:85589/1‑91 (MQ=255) aCAAAGCGTGAAGGTGAACATATGAGTAGTGCGTATGTTTCACCTGAAGACTTTTATGAAGTCATGAGATTGATTGCTGTAGAAATATTaa > 1:3655687/1‑91 (MQ=255) aCAAAGCGTGAAGGTGAACATATGAGTAGTGCGTATGTTTCACCTGAAGACTTTTATGAAGTCATGAGATTGATTGCTGTAGAAATATTaa > 1:4004079/1‑91 (MQ=255) aCAAAGCGTGAAGGTGAACATATGAGTAGTGCGTATGTTTCACCTGAAGACTTTTATGAAGTCATGAGATTGATTGCTGTAGAAATATTaa < 1:4004685/91‑1 (MQ=255) aCAAAGCGTGAAGGTGAACATATGAGTAGTGCGTATGTTTCACCTGAAGACTTTTATGAAGTCATGAGATTGATTGCTGTAGAAATATTaa > 1:3655536/1‑91 (MQ=255) cAAAGCGTGAAGGTGAACATATGAGTAGTGCGTATGTTTCACCTGAAGACTTTTATGAAGTCATGAGATTGATTGCTGTAGAAATATTaaa > 1:3654607/1‑91 (MQ=255) aaaGCGTGAAGGTGAACATATGAGTAGTGCGTATGTTTCACCTGAAGACTTTTATGAAGTCATGAGATTGATTGCTGTAGAAATATTAAAt > 1:3061684/1‑91 (MQ=255) gCGTGAAGGTGAACATATGAGTAGTGCGTATGTTTCACCTGAAGACTTTTATGAAGTCATGAGATTGATTGCTGTAGAAATATTAAATGCa > 1:2243005/1‑91 (MQ=255) gCGTGAAGGTGAACATATGAGTAGTGCGTATGTTTCACCTGAAGACTTTTATGAAGTCATGAGATTGATTGCTGTAGAAATATTAAATGCa < 1:1700938/91‑1 (MQ=255) gTGAAGGTGAACATATGAGTAGTGCGTATGTttcacctgaagactttgtagcataataatacgctttatcacttaacacactgattcgatt < 1:2278862‑M2/91‑61 (MQ=255) gTGAAGGTGAACATATGAGTAGTGCGTATGTTTCACCTGAAGACTTTTATGAAGTCATGAGATTGATTGCTGTAGAAATATTAAATGCAGa > 1:3595622/1‑91 (MQ=255) gTGAAGGTGAACATATGAGTAGTGCGTATGTTTCACCTGAAGACTTTTATGAAGTCATGAGATTGATTGCTGTAGAAATATTAAATGCAGa > 1:1534913/1‑91 (MQ=255) tGAAGGTGAACATATGAGTAGTGCGTATGTTTCACCTGAAGACTTTTATGAAGTCATGAGATTGATTGCTGTAGAAATATTAAATGCAGAt > 1:2938837/1‑91 (MQ=255) tGAAGGTGAACATATGAGTAGTGCGTATGTTTCACCTGAAGACTTTTATGAAGTCATGAGATTGATTGCTGTAGAAATATTAAATGCAGAt < 1:3255844/91‑1 (MQ=255) gAAGGTGAACATATGAGTAGTGCGTATGTTTCACCTGAAGACTTTTATGAAGTCATGAGATTGATTGCTGTAGAAATATTAAATGCAgtct < 1:2034987/91‑4 (MQ=255) gAAGGTGAACATATGAGTAGTGCGTATGTTTCACCTGAAGACTTTTATGAAGTCATGAGATTGATTGCTGTAGAAATATTAAATGCAgtct < 1:321717/91‑4 (MQ=255) aaGGTGAACATATGAGTAGTGCGTATGTTTCACCTGAAGACTTTTATGAAGTCATGAGATTGATTGCTGTAGAAATATTAAATGCAGAttt < 1:1721815/91‑1 (MQ=255) aaGGTGAACATATGAGTAGTGCGTATGTTTCACCTGAAGACTTTTATGAAGTCATGAGATTGATTGCTGTAGAAATATTAAATGCAGAttt < 1:388659/91‑1 (MQ=255) aGGTGAACATATGAGTAGTGCGTATGTTTCACCTGAAGACTTTTATGAAGTCATGAGATTGATTGCTGTAGAAATATTAAATGCAGATTTa > 1:3716757/1‑91 (MQ=255) ggTGAACATATGAGTAGTGCGTATGTTTCACCTGAAGACTTTTATGAAGTCATGAGATTGATTGCTGTAGAAATATTAAATGCAGATTTag < 1:1310435/91‑1 (MQ=255) ggTGAACATATGAGTAGTGCGTATGTTTCACCTGAAGACTTTTATGAAGTCATGAGATTGATTGCTGTAGAAATATTAAATGCAGATTTag < 1:2625499/91‑1 (MQ=255) gTGAACATATGAGTAGTGCGTATGTttcaccttcacgctttgtagcataataatacgctttatcacttaacacactgattcgatttgcatt < 1:113981‑M2/91‑67 (MQ=255) gTGAACATATGAGTAGTGCGTATGTTTCACCTGAAGACTTTTATGAAGTCATGAGATTGATTGCTGTAGAAATATTAAATGCAGATTTaga > 1:3111600/1‑91 (MQ=255) gTGAACATATGAGTAGTGCGTATGTTTCACCTGAAGACTTTTATGAAGTCATGAGATTGATTGCTGTAGAAATATTAAATGCAGATTTaga > 1:3100330/1‑91 (MQ=255) tGAACATATGAGTAGTGCGTATGTtcaccttcacgctttgtagcataataatacgctttatcacttaacacactgattcgatttgcattta < 1:2360653‑M2/91‑68 (MQ=255) aaCATATGAGTAGTGCGTATGTttcaccttcacgctttgtagcataataatacgctttatcacttaacacactgattcgatttgcatttaa < 1:2460963‑M2/91‑70 (MQ=255) aaCATATGAGTAGTGCGTATGTttcaccttcacgctttgtagcataataatacgctttatcacttaacacactgattcgatttgcatttaa < 1:112405‑M2/91‑70 (MQ=255) aCATATGAGTAGTGCGTATGTttcaccttcacgctttgtagcataataatacgctttatcacttaacacactgattcgatttgcatttaaa < 1:266889‑M2/91‑71 (MQ=255) aCATATGAGTAGTGCGTATGTtcaccttcacgctttgtagcataataatacgctttatcacttaacacactgattcgatttgcatttaaat < 1:2028191‑M2/91‑71 (MQ=255) cATATGAGTAGTGCGTATGTttcaccttcacgctttgtagcataataatacgctttatcacttaacacactgattcgatttgcatttaaat < 1:2340857‑M2/91‑72 (MQ=255) cATATGAGTAGTGCGTATGTTTCACCTGAAGACTTTTATGAAGTCATGAGATTGATTGCTGTAGAAATATTAAATGCAGATTTAGaagaag < 1:1109229/91‑1 (MQ=255) cATATGAGTAGTGCGTATGTTTCACCTGAAGACTTTTATGAAGTCATGAGATTGATTGCTGTAGAAATATTAAATGCAGATTTAGaagaag < 1:2116552/91‑1 (MQ=255) tatGAGTAGTGCGTATGTTTCACCTGAAGACTTTTATGAAGTCATGAGATTGATTGCTGTAGAAATATTAAATGCAGATTTAGAAGAAGcc > 1:4046989/1‑91 (MQ=255) atGAGTAGTGCGTATGTTTCACCTGAAGACTTTTATGAAGTCATGAGATTGATTGCTGTAGAAATATTAAATGCAGATTTAGAAGAAGccc < 1:293189/91‑1 (MQ=255) atGAGTAGTGCGTATGTTTCACCTGAAGACTTTTATGAAGTCATGAGATTGATTGCTGTAGAAATATTAAATGCACATTTAGAAGAAGccc > 1:1821257/1‑91 (MQ=255) tGAGTAGTGCGTATGTttcaccttcacgctttgtagcataataatacgctttatcacttaacacactgattcgatttgcatttaaatatgc < 1:574364‑M2/91‑76 (MQ=255) gAGTAGTGCGTATGTTTCACCTGAAGACTTTTATGAAGTCATGAGATTGATTGCTGTAGAAATATTAAATGCAGATTTAGAAGAAGCCCAt < 1:55805/91‑1 (MQ=255) gAGTAGTGCGTATGTTTCACCTGAAGACTTTTATGAAGTCATGAGATTGATTGCTGTAGAAATATTAAATGCAGATTTAGAAGAAGCCCAt < 1:4114459/91‑1 (MQ=255) gAGTAGTGCGTATGTTTCACCTGAAGACTTTTATGAAGTCATGAGATTGATTGCTGTAGAAATATTAAATGCAGATTTAGAAGAAGCCCAt < 1:4114223/91‑1 (MQ=255) agtagtGCGTATGTTTCACCTGAAGACTTTTATGAAGTCATGAGATTGATTGCTGTAGAAATATTAAATGCAGATTTAGAAGAAGCCCATa < 1:3257005/91‑1 (MQ=255) agtagtGCGTATGTTTCACCTGAAGACTTTTATGAAGTCATGAGATTGATTGCTGTAGAAATATTAAATGCAGATTTAGAAGAAGCCCATa < 1:3258679/91‑1 (MQ=255) gtagtGCGTATGTTTCACCTGAAGACTTTTATGTAGTCATGAGATTGATTGCTGTAGAAATATTAAATGCAGATTTAGAAGAAGCCCATaa < 1:3394153/91‑1 (MQ=255) gtagtGCGTATGTTTCACCTGAAGACTTTTATGAAGTCATGAGATTGATTGCTGTAGAAATATTAAATGCAGATTTAGAAGAAGCCCATaa < 1:1023057/91‑1 (MQ=255) gtagtGCGTATGTTTCACCTGAAGACTTTTATGAAGTCATGAGATTGATTGCTGTAGAAATATTAAATGCAGATTTAGAAGAAGCCCATaa < 1:1024157/91‑1 (MQ=255) gtGCGTATGTTTCACCTGAAGACTTTTATGAAGTCATGAGATTGATTGCTGTAGAAATATTAAATGCAGATTTAGAAGAAGCCCATaaaaa > 1:1606199/1‑91 (MQ=255) gtGCGTATGTTTCACCTGAAGACTTTTATGAAGTCATGAGATTGATTGCTGTAGAAATATTAAATGCAGATTTAGAAGAAGCCCATaaaaa > 1:1749070/1‑91 (MQ=255) gtGCGTATGTTTCACCTGAAGACTTTTATGAAGTCATGAGATTGATTGCTGTAGAAATATTAAATGCAGATTTAGAAGAAGCCCATaaaaa > 1:1743889/1‑91 (MQ=255) tGCGTATGTTTCACCTGAAGACTTTTATGAAGTCATGAGATTGATTGCTGTAGAAATATTAAATGCAGATTTAGAAGAAGCCCATAAaaat < 1:61046/91‑1 (MQ=255) tGCGTATGTTTCACCTGAAGACTTTTATGAAGTCATGAGATTGATTGCTGTAGAAATATTAAATGCAGATTTAGAAGAAGCCCATAAaaat < 1:2631139/91‑1 (MQ=255) gCGTATGTTTCACCTGAAGACTTTTATGAAGTCATGAGATTGATTGCTGTAGAAATATTAAATGCAGATTTAGAAGAAGCCCATAAaaatc < 1:3461995/91‑1 (MQ=255) cGTATGTTTCACCTGAAGACTTTTATGAAGTCATGAGATTGATTGCTGTAGAAATATTAAATGCAGATTTAGAAGAAGCCCATAAaaatca < 1:784468/91‑1 (MQ=255) aTGTTTCACCTGAAGACTTTTATGAAGTCATGAGATTGATTGCTGTAGAAATATTAAATGCAGATTTAGAAGAAGCCCATAAaaatcaaat > 1:3245906/1‑91 (MQ=255) tGTTTCACCTGAAGACTTTTATGAAGTCATGAGATTGATTGCTGTAGAAATATTAAATGCAGATTTAGAAGAAGCCCATAAaaatcaaatc > 1:2664532/1‑91 (MQ=255) tttCACCTGAAGACTTTTATGAAGTCATGAGATTGATTGCTGTAGAAATATTAAATGCAGATTTAGAAGAAGCCCATAAAAATCAAATCtt > 1:410910/1‑91 (MQ=255) tttCACCTGAAGACTTTTATGAAGTCATGAGATTGATTGCTGTAGAAATATTAAATGCAGATTTAGAAGAAGCCCATAAAAATCAAATCtt > 1:3414515/1‑91 (MQ=255) | ATTTAAATGCAAATCGAATCAGTGTGTTAAGTGATAAAGCGTATTATTATGCTACAAAGCGTGAAGGTGAACATATGAGTAGTGCGTATGTTTCACCTGAAGACTTTTATGAAGTCATGAGATTGATTGCTGTAGAAATATTAAATGCAGATTTAGAAGAAGCCCATAAAAATCAAATCTT > USA300TCH1516_ALE/303770‑303950 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |