| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 393589 = | 88 (0.890) | 5 (0.060) | 4/142 | NT | 6.8% | intergenic (+12/+48) | USA300HOU_RS01800/USA300HOU_RS01805 | NAD(P)H‑dependent FAD/FMN reductase/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 393631 = | 58 (0.660) | intergenic (+54/+6) | USA300HOU_RS01800/USA300HOU_RS01805 | NAD(P)H‑dependent FAD/FMN reductase/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
AGTGTTTGAAGAAGAAAACAACCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACTATATAGCCAATGAACGACGATAAAGGCAAGTGATGACAAGCATATTGAGGTAATAATGATTGTCATAAGCGGTTTAA > USA300TCH1516_ALE/393541‑393719 | aGTGTTTGAAGAAGAAAACAACCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCttt < 1:779411/91‑1 (MQ=255)aGTGTTTGAAGAAGAAAACAACCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCttt < 1:1716573/91‑1 (MQ=255) tgtTTGAAGAAGAAAACAACCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTc > 1:33096/1‑91 (MQ=255) atcacttgcctttatcgtcgttcattggctatatagttaatatgaaAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTc > 1:1336646‑M1/47‑91 (MQ=255) gtTTGAAGAAGAAAACAACCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCa < 1:2865326/91‑1 (MQ=255) gtTTGAAGAAGAAAACAACCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCa > 1:3799696/1‑91 (MQ=255) 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aagaaAACAACCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACt < 1:1608137/91‑1 (MQ=255) agaaAACAACCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACta < 1:3105743/91‑1 (MQ=255) agaaAACAACCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACta < 1:1669597/91‑1 (MQ=255) gaaAACAACCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACtat > 1:2496840/1‑91 (MQ=255) gaaAACAACCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACtat < 1:2142482/91‑1 (MQ=255) gaaAACAACCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATAGTAACtat > 1:2064238/1‑91 (MQ=255) aaaaCAACCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACtata > 1:2775355/1‑91 (MQ=255) aaaaCAACCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACtata > 1:821023/1‑91 (MQ=255) aaaaCAACCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACtata > 1:3828394/1‑91 (MQ=255) aaaaCAACCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACtata > 1:820717/1‑91 (MQ=255) aaaCAACCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACtatat < 1:1501043/91‑1 (MQ=255) aaaCAACCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACtatat < 1:1735663/91‑1 (MQ=255) aacaacCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACtatata > 1:1607840/1‑91 (MQ=255) aacaacCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACtatata > 1:1607650/1‑91 (MQ=255) acaacCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACTATATAg > 1:2241895/1‑91 (MQ=255) caacCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACTATATAGc < 1:440942/91‑1 (MQ=255) caacCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACTATATAGc > 1:3152766/1‑91 (MQ=255) aacCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACTATATAGcc > 1:3632063/1‑91 (MQ=255) aacCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACTATATAGcc < 1:1505404/91‑1 (MQ=255) aaTACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACTATATAGCCAATg < 1:1212055/91‑1 (MQ=255) aaTACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACTATATAACCAATg < 1:3222499/91‑1 (MQ=255) aTACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACTATATAGCCAATGa > 1:3904495/1‑91 (MQ=255) cGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGAGGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACTATATAGCCAATGAacg < 1:3866922/91‑1 (MQ=255) cGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACTATATAGCCAATGAacg < 1:2184140/91‑1 (MQ=255) cGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGAAGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACTATATAGCCAATGAacg < 1:3865668/91‑1 (MQ=255) gACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACTATATAGCCAATGAacga < 1:2122472/91‑1 (MQ=255) ttttAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACTATATAGCCAATGAAcgacga > 1:3552856/1‑91 (MQ=255) tttAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACAGTAAATTTGTAAGGGTTTGAGCGTCTGTTCATATTAACTATATAGCCAATGAACGACGAt < 1:3312050/91‑1 (MQ=255) ataAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACTATATAGCCAATGAACGACGATAAAGGCaa < 1:1844773/91‑1 (MQ=255) ataAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACTATATAGCCAATGAACGACGATAAAGGCaa > 1:2145228/1‑91 (MQ=255) aaaaTAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACTATATAGCCAATGAACGACGATAAAGGCAAGtg < 1:283232/91‑1 (MQ=255) gaaaagacgctcaaacacttacaaatttagtgtgccgagcgtcttTTCATATTAACTATATAGCCAATGAACGACGATAAAGGCAAGtgat > 1:1336646‑M2/46‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |