| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 739800 | 78 (0.790) | 10 (0.120) | 10/134 | NT | 14.3% | intergenic (+27/+561) | pitA_1/sle1_2 | Low‑affinity inorganic phosphate transporter 1/N‑acetylmuramoyl‑L‑alanine amidase sle1 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 739823 | 55 (0.670) | intergenic (+50/+538) | pitA_1/sle1_2 | Low‑affinity inorganic phosphate transporter 1/N‑acetylmuramoyl‑L‑alanine amidase sle1 | |||||
TAGCAGGTTTACTATTCTATATACTTAACTTATTTTTCTAATTGAAAATAAAACTAAACTGAACTTCAGTATCACAAACATATGGTGGTATTGAAGTTCAGTTTTTTATGTAAGTAGATAACATATTTTATAGAATTTACGTAGAATGACCAAGACAAAGCATTTTAATTAGGAGGCTAT > USA300TCH1516_ALE/739733‑739912 | tAGCAGGTTTACTATTCTATATACTTAACTTATTTTTCTAATTGCAAATAAAACTAAACTGAACTTCAGTATCACAAACATATGGTGGTAt > 1:322213/1‑91 (MQ=255)tAGCAGGTTTACTATTCTATATACTTAACTTATTTTTCTAATTGAAAATAAAACTAAACTGAACTTCAGTATCACAAACATATGGTGGTAt > 1:1883012/1‑91 (MQ=255) gCAGGTTTACTATTCTATATACTTAACTTATTTTTCTAATTGAAAATAAAACTAAACTGAACTTCAGTATCACAAACATATGGTGGTATtg > 1:687370‑M2/1‑89 (MQ=255) gCAGGTTTACTATTCTATATACTTAACTTATTTTTCTAATTGAAAATAAAACTAAACTGAACTTCAGTATCACAAACATATGGTGGTATtg > 1:687369‑M2/1‑89 (MQ=255) gCAGGTTTACTATTCTATATACTTAACTTATTTTTCTAATTGAAAATAAAACTAAACTGAACTTCAGTATCACAAACAAATGGTGGTATtg > 1:3193975‑M2/1‑89 (MQ=255) cAGGTTTACTATTCTATATACTTAACTTATTTTTCTAATTGAAAATAAAACTAAACTGAACTTCAGTATCACAAACATATGGTGGTATtga > 1:1396159‑M2/1‑88 (MQ=255) 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aTTGAAGTTCAGTTTTTTATGTAAGTAGATAACATATTTTATAGAATTTACGTAGAATGACCAAGACAAAGCATTTTAATTAGGAGGCtat < 1:1446414/91‑1 (MQ=255) | TAGCAGGTTTACTATTCTATATACTTAACTTATTTTTCTAATTGAAAATAAAACTAAACTGAACTTCAGTATCACAAACATATGGTGGTATTGAAGTTCAGTTTTTTATGTAAGTAGATAACATATTTTATAGAATTTACGTAGAATGACCAAGACAAAGCATTTTAATTAGGAGGCTAT > USA300TCH1516_ALE/739733‑739912 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |