| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1955657 | 124 (1.220) | 18 (0.200) | 12/158 | 8.0 | 13.8% | intergenic (‑711/+411) | gdmA/lukDv_2 | Lantibiotic gallidermin/Leucotoxin LukDv |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1955663 | 116 (1.300) | intergenic (‑717/+405) | gdmA/lukDv_2 | Lantibiotic gallidermin/Leucotoxin LukDv | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CTCAACTGATAATATAGAAGGCTAATTATAAAAATACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1955557‑1955657‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑caaatagagccTGAAAGGGCTCTATTTGTCTTTTTAAATATATTAAGTGCTAAAAAACGGAAACAGTTTATTAATCGCCAGGTATTTTTATAATTAGCCT < USA300TCH1516_ALE/1955663‑1955575 CTCAACTTATAATATAGAAGGCTAATTATAAAAATACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGAC < 1:1843879/91‑1CTCAACTGATAATATAGAAGGCTAATTATAAAAATACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGAC < 1:2052962/91‑1 TCAACTGATAATATAGAAGGCTAATTATAAAAATACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACA < 1:972271/91‑1 CAACTGATAATATAGAAGGCTAATTATAAAAATACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAA < 1:1745272/91‑1 CAACTGATAATATAGAAGGCTAATTATAAAAATACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAA > 1:537333/1‑91 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ATAATATAGAAGGCTAATTATAAAAATACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAG < 1:2823967/91‑1 TAATATAGAAGGCTAATTATAAAAATACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAGGACAAATAGAGC < 1:94614/91‑1 TAATATAGAAGGCTAATTATAAAAATACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGC > 1:2376175/1‑91 TAATATAGAAGGCTAATTATAAAAATACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGC < 1:94643/91‑1 TAATATAGAAGGCTAATTATAAAAATACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGC < 1:655565/91‑1 AATATAGAAGGCTAATTATAAAAATACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCC > 1:3189959/1‑91 AATATAGAAGGCTAATTATAAAAATACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCC < 1:309208/91‑1 AGAAGGCTAATTATAAAAATACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCTGAAA < 1:1985076/91‑1 AGAAGGCTAATTATAAAAATACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCTGAAA < 1:717758/91‑1 AGAAGGCTAATTATAAAAATACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCTGAAA < 1:1985096/91‑1 AAGGCTAATTATAAAAATACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCTGAAAGG < 1:2678690/91‑1 AAGGCTAATTATAAAAATACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCTGAAAGG < 1:124194/91‑1 AGGCTAATTATAAAAATACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCTGAAAGGG < 1:2886787/91‑1 GGCTAATTATAAAAATACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCTGAAAGGGC < 1:60958/91‑1 CTAATTATAAAAATACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCTGAAAGGGCTC < 1:818143/91‑1 CTAATTATAAAAATACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCTGAAAGGGCTC < 1:31907/91‑1 TAATTATAAAAATACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCTGAAAGGGCTCT < 1:1529936/91‑1 ATTATAAAAATACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCATTTTTTAGCACTTAATGTATTTAAAAAGACAAATAGAGCCTGAAAGGGCTCTAT < 1:3116126/91‑1 TATAAAAATACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCTGAAAGGGCTCTATTT < 1:885050/91‑1 TAAAAATACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCTGAAAGGGCTCTATTTGT < 1:1692385/91‑1 TAAAAATACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCTGAAAGGGCTCTATTTGT < 1:1692371/91‑1 TAAAAATACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCTGAAAGGGCTCTATTTGT < 1:2694811/91‑1 AAAATACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCTGAAAGGGCTCTATTTGTCT < 1:1157022/91‑1 GCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCTGAAAGGGCTCTATTTGTCTTTTTAAATAT < 1:458992/91‑1 TTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCTGAAAGGGCTCTATTTGTCTTTTTAAATATATTAAGTGCTAAAAAACGGAA < 1:2466444/91‑1 CAAATAGAGCCTGAAAGGGCTCTATTTGTCTTTTTAAATATATTAAGTGCTAAAAAACGGAAACAGTTTATTAATCGCCAGGTATTTTTAT > 1:1975377/1‑91 CAAATAGAGCCTGAAAGGGCTCTATTTGTCTTTTTAAATATATTAAGTGCTAAAAAACGGAAACAGTTTATTAATCGCCAGGTATTTTTAT > 1:1975363/1‑91 AAATAGAGCCTGAAAGGGCTCTATTTGTCTTTTTAAATATATTAAGTGCTAAAAAACGGAAACAGTTTATTAATCGCCAGGTATTTTTATA < 1:3367747/91‑1 AAACAGAGCCTGAAAGGGCTCTATTTGTCTTTTTAAATATATTAAGTGCTAAAAAACGGAAACAGTTTATTAATCGCCAGGTATTTTTATA < 1:2983879/91‑1 AGAGCCTGAAAGGGCTCTATTTGTCTTTTTAAATATATTAAGTGCTAAAAAACGGAAACAGTTTATTAATCGCCAGGTATTTTTATAATTA > 1:1549966/1‑91 GAGCCTGAAAGGGCTCTATTTGTCTTTTTAAATATATTAAGTGCTAAAAAACGGAAACAGTTTATTAATCGCCAGGTATTTTTATAATTAG > 1:1633151/1‑91 agaCTGAAAGGGGTCTATTTGTCTTTTTAAATATATTAAGTGCTAAAAAACGGAAACAGTTTATTAATCGCCAGGTATTTTTATAATTAGC < 1:1739947/88‑1 AGCCTGAAAGGGCTCTATTTGTCTTTTTAAATATATTAAGTGCTAAAAAACGGAAACAGTTTATTAATCGCCAGGTATTTTTATAATTAGC < 1:2733299/91‑1 AGCCTGAAAGGGCTCTATTTGTCTTTTTAAATATATTAAGTGCTAAAAAACGGAAACAGTTTATTAATCGCCAGGTATTTTTATAATTAGC < 1:3510074/91‑1 AGCCTGAAAGGGCTCTATTTGTCTTTTTAAATATATTAAGTGCTAAAAAACGGAAACAGTTTATTAATCGCCAGGTATTTTTATAATTAGC < 1:2148165/91‑1 GCCTGAAAGGGCTCTATTTGTCTTTTTAAATATATTAAGTGCTAAAAAACGGAAACAGTTTATTAATCGCCAGGTATTTTTATAATTAGCC > 1:2308669/1‑91 GCCTGAAAGGGCTCTATTTGTCTTTTTAAATATATTAAGTGCTAAAAAACGGAAACAGTTTATTAATCGCCAGGTATTTTTATAATTAGCC > 1:1518314/1‑91 GCCTGAAAGGGCTCTATTTGTCTTTTTAAATATATTAAGTGCTAAAAAACGGAAACAGTTTATTAATCGCCAGGTATTTTTATAATTAGCC > 1:1151730/1‑91 GCCTGAAAGGGCTCTATTTGTCTTTTTAAATATATCAAGTGCTAAAAAACGGAAACAGTTTATTAATCGCCAGGTATTTTTATAATTAGCC > 1:1366293/1‑91 CCTGAAAGGGCTCTATTTGTCTTTTTAAATATATTAAGTGCTAAAAAACGGAAACAGTTTATTAATCGCCAGGTATTTTTATAATTAGCCT > 1:2649599/1‑91 CCTGAAAGGGCTCTATTTGTCTTTTTAAATATATTAAGTGCTAAAAAACGGAAACAGTTTATTAATCGCCAGGTATTTTTATAATTAGCCT < 1:986464/91‑1 CTCAACTGATAATATAGAAGGCTAATTATAAAAATACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1955557‑1955657‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑caaatagagccTGAAAGGGCTCTATTTGTCTTTTTAAATATATTAAGTGCTAAAAAACGGAAACAGTTTATTAATCGCCAGGTATTTTTATAATTAGCCT < USA300TCH1516_ALE/1955663‑1955575 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |