New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1955657 | 124 (1.220) | 18 (0.200) | 12/158 | 8.0 | 13.8% | intergenic (‑711/+411) | gdmA/lukDv_2 | Lantibiotic gallidermin/Leucotoxin LukDv |
? | USA300TCH1516_ALE | = 1955663 | 116 (1.300) | intergenic (‑717/+405) | gdmA/lukDv_2 | Lantibiotic gallidermin/Leucotoxin LukDv | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 133 total aligned reads displayed.
GAAGGCTAATTATAAAAATACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTATCCTTAACAACAGAAGCTGTTAAAACTACCCGTCTTTTCACAACCAAAGCTACAAAAAAGATGGCTAGTTATT > USA300TCH1516_ALE/1955573‑1955752 | gAAGGCTAATTATAAAAATACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCa > 1:2667267/1‑91 (MQ=255) ggCTAATTATAAAAATACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTGATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGc < 1:1366293/91‑1 (MQ=255) ggCTAATTATAAAAATACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGc < 1:1518314/91‑1 (MQ=255) ggCTAATTATAAAAATACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGc < 1:2308669/91‑1 (MQ=255) ggCTAATTATAAAAATACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGc < 1:1151730/91‑1 (MQ=255) gCTAATTATAAAAATACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGct > 1:2733299/1‑91 (MQ=255) gCTAATTATAAAAATACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGACCCCTTTCAGTct > 1:1739947/1‑91 (MQ=255) cTAATTATAAAAATACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGctc < 1:1633151/91‑1 (MQ=255) tAATTATAAAAATACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGctct < 1:1549966/91‑1 (MQ=255) tataAAAATACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTGttt > 1:2983879/1‑91 (MQ=255) ataAAAATACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTg < 1:1975377/91‑1 (MQ=255) ataAAAATACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTg < 1:1975363/91‑1 (MQ=255) aaaaaTACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCt > 1:2908940/1‑91 (MQ=255) aaaaTACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTATTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTg < 1:3292890/91‑1 (MQ=255) aaTACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTa > 1:1340376/1‑91 (MQ=255) aTACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTAt > 1:2042271/1‑91 (MQ=255) tACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTATc < 1:501505/91‑1 (MQ=255) tACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATGTGCTGTATc < 1:1854762/91‑1 (MQ=255) ccTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTATCCt > 1:2883904/1‑91 (MQ=255) ggCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTATCCTTaa < 1:2983348/91‑1 (MQ=255) gCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTATCCTTaac > 1:678677/1‑91 (MQ=255) cGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTATCCTTaaca > 1:1012949/1‑91 (MQ=255) ttAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTATCCTTAacaaca < 1:1608986/91‑1 (MQ=255) ttAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTATCCTTAacaaca < 1:3501285/91‑1 (MQ=255) taataaACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTATCCTTAACAACAg > 1:407988/1‑91 (MQ=255) aataaACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTATCCTTAACAACAGa > 1:3201187/1‑91 (MQ=255) taaACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTATCCTTAACAACAGAAg < 1:2809268/91‑1 (MQ=255) aaaCTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTATCCTTAACAACAGAAGc > 1:3512625/1‑91 (MQ=255) aaCTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTATCCTTAACAACAGATGCt > 1:2916167/1‑91 (MQ=255) cTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTATCCTTAACAACAGAAGCTGt < 1:1304626/91‑1 (MQ=255) gTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTATCCTTAACAACAGAAGCTGTTa > 1:2710959/1‑91 (MQ=255) gTTTCCGTTGTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTATCCTTAACAACAGAAGCTGTTa < 1:3552891/91‑1 (MQ=255) tttCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTATCCTTAACAACAGAAGCTGTTaa > 1:538234/1‑91 (MQ=255) tttCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTATCCTTAACAACAGAAGCTGTTaa > 1:535959/1‑91 (MQ=255) ttCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTATCCTTAACAACAGAAGCTGTTaaa > 1:2774866/1‑91 (MQ=255) ttCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTATCCTTAACAACAGAAGCTGTTaaa < 1:2582047/91‑1 (MQ=255) ttCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGGATCCTTAACAACAGAAGCTGTTaaa > 1:3452188/1‑91 (MQ=255) ttCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTACTTGCTGTATCCTTAACAACAGAAGCTGTTaaa > 1:3159451/1‑91 (MQ=255) tCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTATCCTTAACAACAGAAGCTGTTaaaa < 1:2125340/91‑1 (MQ=255) tCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTATCCTTAACAACAGAAGCTGTTaaaa > 1:663816/1‑91 (MQ=255) ccGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTATCCTTAACAACAGAAGCTGTTAAAAc < 1:651410/91‑1 (MQ=255) ccGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTATCCTTAACAACAGAAGCTGTTAAAAc < 1:651327/91‑1 (MQ=255) cGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTATCCTTAACAACAGAAGCTGTTAAAACt > 1:175814/1‑91 (MQ=255) cGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTATCCTTAACAACAGAAGCTGTTAAAACt < 1:1353008/91‑1 (MQ=255) cGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTATCCTTAACAACAGAAGCTGTTAAAACt > 1:329319/1‑91 (MQ=255) ttttttAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTATCCTTAACAACAGAAGCTGTTAAAACTAc < 1:768864/91‑1 (MQ=255) tttttAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTATCCTTAACAACAGAAGCTGTTAAAACTAcc < 1:1034643/91‑1 (MQ=255) tttttAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTATCCTTAACAACAGAAGCTGTTAAAACTAcc > 1:1908402/1‑91 (MQ=255) ttAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTATCCTTAACAACAGAAGCTGTTAAAACTACCCGt > 1:675480/1‑91 (MQ=255) tAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTATCCTTAACAACAGAAGCTGTTAAAACTACCCGTc < 1:3653958/91‑1 (MQ=255) tAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTAAGGCTCTATTTGCTGTATCCTTAACAACAGAAGCTGTTAAAACTACCCGTc > 1:2157621/1‑91 (MQ=255) gCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTATCCTTAACAACAGAAGCTGTTAAAACTACCCGTCtt < 1:1110276/91‑1 (MQ=255) gCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTATCCTTAACAACAGAAGCTGTTAAAACTACCCGTCtt < 1:1110477/91‑1 (MQ=255) cTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTATCCTTAACAACAGAAGCTGTTAAAACTACCCGTCTTTTc < 1:2437403/91‑1 (MQ=255) ttAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTATCCTTAACAACAGAAGCTGTTAAAACTACCCGTCTTTTca < 1:643931/91‑1 (MQ=255) ttAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTATCCTTAACAACAGAAGCTGTTAAAACTACCCGTCTTTTca < 1:699871/91‑1 (MQ=255) tAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTGAGGCTCTATTTGCTGTATCCTTAACAACAGAAGCTGTTAAAACTACCCGTCTTTTcac < 1:3158940/91‑1 (MQ=255) tAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTATCCTTAACAACAGAAGCTGTTAAAACTACCCGTCTTTTcac < 1:3691150/91‑1 (MQ=255) tAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTATCCTTAACAACAGAAGCTGTTAAAACTACCCGTCTTTTcac < 1:169597/91‑1 (MQ=255) atatatTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTATCCTTAACAACAGAAGCTGTTAAAACTACCCGTCTTTTCACaa < 1:1387828/91‑1 (MQ=255) atatatTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTATCCTTAACAACAGAAGCTGTTAAAACTACCCGTCTTTTCACaa < 1:1386729/91‑1 (MQ=255) tatTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTATCCTTAACAACAGAAGCTGTTAAAACTACCCGTCTTTTCACAACCa > 1:2940290/1‑91 (MQ=255) tttAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTATCCTTAACAACAGAAGCTGTTAAAACTACCCGTCTTTTCACAACCaaa < 1:908127/91‑1 (MQ=255) tttAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTATCCTTAACAACAGAAGCTGTTAAAACTACCCGTCTTTTCACAACCaaa > 1:482017/1‑91 (MQ=255) tttAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTATCCTTAACAACAGAAGCTGTTAAAACTACCCGTCTTTTCACAACCaaa > 1:482491/1‑91 (MQ=255) tttAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTATCCTTAACAACAGAAGCTGTTAAAACTACCCGTCTTTTCACAACCaaa < 1:2750902/91‑1 (MQ=255) tttAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTACTTGCTGAATCCTTAACAACAGAAGCTGTTAAAACTACCCGTCTTTTGACAACCaaa > 1:482099/1‑91 (MQ=255) ttAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTATCCTTAACAACAGAAGCTGTTAAAACTACCCGTCTTTTCACAACCAAAg > 1:1419633/1‑91 (MQ=255) ttAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTATCCTTAACAACAGAAGCTGTTAAAACTACCCGTCTTTTCACAACCAAAg > 1:676971/1‑91 (MQ=255) ttAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTATCCTTAACAACAGAAGCTGTTAAAACTACCCGTCTTTTCACAACCAAAg > 1:2194136/1‑91 (MQ=255) tAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTATCCTTAACAACAGAAGCTGTTAAAACTACCCGTCTTTTCACAACCAAAGc < 1:1171624/91‑1 (MQ=255) aaaaaGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTATCCTTAACAACAGAAGCTGTTAAAACTACCCGTCTTTTCACAACCAAAGCt > 1:1410116/1‑91 (MQ=255) aaaGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTATCCTTAACAACAGAAGCTGTTAAAACTACCCGTCTTTTCACAACCAAAGCTAc < 1:2585057/91‑1 (MQ=255) aaaGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTATCCTTAACAACAGAAGCTGTTAAAACTACCCGTCTTTTCACAACCAAAGCTAc < 1:3581744/91‑1 (MQ=255) aGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTATCCTTAACAACAGAAGCTGTTAAAACTACCCGTCTTTTCACAACCAAAGCTACaa < 1:232523/91‑1 (MQ=255) aCAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTATCCTTAACAACAGAAGCTGTTAAAACTACCCGTCTTTTCACAACCAAAGCTACaaaa < 1:2768466/91‑1 (MQ=255) aCAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTATCCTTAACAACAGAAGCTGTTAAAACTACCCGTCTTTTCACAACCAAAGCTACaaaa > 1:2158358/1‑91 (MQ=255) aaaTAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTATCCTTAACAACAGAAGCTGTTAAAACTACCCGTCTTTTCACAACCAAAGCTACaaaaaa < 1:340091/91‑1 (MQ=255) 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tttCAGGCTCTATTTGCTGTATCCTTAACAACAGAAGCTGTTAAAACTACCCGTCTTTTCACAACCAAAGCTACAAAAAAGATGGCTAGtt > 1:1999835/1‑91 (MQ=255) tttCAGGCTCTATTTGCTGTATCCTTAACAACAGAAGCTGTTAAAACTACCCGTCTTTTCACAACCAAAGCTACAAAAAAGATGGCTAGtt > 1:1708787/1‑91 (MQ=255) tttCAGGCTCTATTTGCTGTATCCTTAACAACAGAAGATGTTAAAACTACCCGTCTTTTCACAACCAAAGCTACAAAAAAGATGGCTAGtt > 1:3130366/1‑91 (MQ=255) tttCAGGCGCTATTTGCTGTATCCTTAACAACAGAAGCTGTTAAAACTACCCGTCTTTTCACAACCAAAGCTACAAAAAAGATGGCTAGtt > 1:245548/1‑91 (MQ=255) ttCAGGCTCTATTTGCTGTATCCTTAACAACAGAAGCTGTTAAAACTACCCGTCTTTTCACAACCAAAGCTACAAAAAAGATGGCTAGTTa < 1:3654865/91‑1 (MQ=255) tCAGGCTCTATTTGCTGTATCCTTAACAACAGAAGCTGTTAAAACTACCCGTCTTTTCACAACCAAAGCTACAAAAAAGATGGCTAGTTAt > 1:402129/1‑91 (MQ=255) | GAAGGCTAATTATAAAAATACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTATCCTTAACAACAGAAGCTGTTAAAACTACCCGTCTTTTCACAACCAAAGCTACAAAAAAGATGGCTAGTTATT > USA300TCH1516_ALE/1955573‑1955752 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |